CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp16 : CodonNum = 128

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp16	128	I128V	I6926V	nonsyn	Att	Gtt	651	651	1	21040-21042
ORF1ab/nsp16	128	I128I	I6926I	syn	atT	atC	49	48	0.979592	21040-21042
ORF1ab/nsp16	128	I128I	I6926I	syn	atT	atA	49	1	0.0204082	21040-21042
ORF1ab/nsp16	128	I128M	I6926M	nonsyn	atT	atG	36	36	1	21040-21042
ORF1ab/nsp16	128	I128del	I6926del	del	ATT	---	35	35	1	21040-21042
ORF1ab/nsp16	128	I128F	I6926F	nonsyn	Att	Ttt	13	13	1	21040-21042
ORF1ab/nsp16	128	I128S	I6926S	nonsyn	aTt	aGt	5	5	1	21040-21042
ORF1ab/nsp16	128	I128T	I6926T	nonsyn	aTt	aCt	4	4	1	21040-21042
ORF1ab/nsp16	128	I128L	I6926L	nonsyn	Att	Ctt	3	2	0.666667	21040-21042
ORF1ab/nsp16	128	I128N	I6926N	nonsyn	aTt	aAt	3	2	0.666667	21040-21042
ORF1ab/nsp16	128	I128N	I6926N	nonsyn	aTT	aAC	3	1	0.333333	21040-21042
ORF1ab/nsp16	128	I128L	I6926L	nonsyn	AtT	TtG	3	1	0.333333	21040-21042
ORF1ab/nsp16	128	I128Y	I6926Y	nonsyn	ATt	TAt	2	2	1	21040-21042
ORF1ab/nsp16	128	I128C	I6926C	nonsyn	ATt	TGt	1	1	1	21040-21042
ORF1ab/nsp16	128	I128X	I6926X	nonsyn	ATT	TAA	1	1	1	21040-21042

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp16	128	I128V	Att	Gtt	651	651	All	0.000125
ORF1ab/nsp16	128	I128V	Att	Gtt	131	131	AY.4	0.000204
ORF1ab/nsp16	128	I128V	Att	Gtt	119	119	B.1.1.7	0.000107
ORF1ab/nsp16	128	I128V	Att	Gtt	58	58	B.1.617.2	0.000218
ORF1ab/nsp16	128	I128I	atT	atC	48	49	All	0.000009
ORF1ab/nsp16	128	I128I	atT	atA	1	49	All	0
ORF1ab/nsp16	128	I128V	Att	Gtt	44	44	AY.103	0.000273
ORF1ab/nsp16	128	I128V	Att	Gtt	37	37	AY.44	0.000225
ORF1ab/nsp16	128	I128M	atT	atG	36	36	All	0.000007
ORF1ab/nsp16	128	I128del	ATT	---	35	35	All	0.000007
ORF1ab/nsp16	128	I128V	Att	Gtt	16	16	B.1.160.28	0.046784
ORF1ab/nsp16	128	I128V	Att	Gtt	16	16	B.1.526	0.000376
ORF1ab/nsp16	128	I128V	Att	Gtt	15	15	AY.120	0.000558
ORF1ab/nsp16	128	I128V	Att	Gtt	15	15	B.1.1	0.000272
ORF1ab/nsp16	128	I128F	Att	Ttt	13	13	All	0.000002
ORF1ab/nsp16	128	I128V	Att	Gtt	12	12	AY.43	0.000053
ORF1ab/nsp16	128	I128V	Att	Gtt	12	12	AY.46.5	0.002381
ORF1ab/nsp16	128	I128V	Att	Gtt	11	11	AY.25	0.000066
ORF1ab/nsp16	128	I128V	Att	Gtt	11	11	B.1.1.519	0.000437
ORF1ab/nsp16	128	I128V	Att	Gtt	11	11	B.1.104	0.04059
ORF1ab/nsp16	128	I128I	atT	atC	10	10	AY.4	0.000016
ORF1ab/nsp16	128	I128F	Att	Ttt	10	10	AY.9.2	0.000367
ORF1ab/nsp16	128	I128V	Att	Gtt	10	10	AY.98.1	0.000484
ORF1ab/nsp16	128	I128I	atT	atC	10	10	B.1	0.000092
ORF1ab/nsp16	128	I128del	ATT	---	10	10	B.1.1.7	0.000009
ORF1ab/nsp16	128	I128V	Att	Gtt	10	10	B.1.221	0.00071
ORF1ab/nsp16	128	I128V	Att	Gtt	9	9	B.1.177.81	0.001704
ORF1ab/nsp16	128	I128I	atT	atC	9	9	B.1.617.2	0.000034
ORF1ab/nsp16	128	I128V	Att	Gtt	8	8	B.1.2	0.00007
ORF1ab/nsp16	128	I128V	Att	Gtt	6	6	P.1	0.000095
ORF1ab/nsp16	128	I128S	aTt	aGt	5	5	All	0.000001
ORF1ab/nsp16	128	I128V	Att	Gtt	5	5	AY.27	0.000324
ORF1ab/nsp16	128	I128V	Att	Gtt	5	5	AY.42	0.000201
ORF1ab/nsp16	128	I128V	Att	Gtt	5	5	B.1.1.304	0.014045
ORF1ab/nsp16	128	I128V	Att	Gtt	5	5	B.1.429	0.000118
ORF1ab/nsp16	128	I128del	ATT	---	4	4		0.222222
ORF1ab/nsp16	128	I128T	aTt	aCt	4	4	All	0.000001
ORF1ab/nsp16	128	I128V	Att	Gtt	4	4	AY.3	0.00004
ORF1ab/nsp16	128	I128M	atT	atG	4	4	AY.3	0.00004
ORF1ab/nsp16	128	I128V	Att	Gtt	4	4	AY.75	0.000224
ORF1ab/nsp16	128	I128V	Att	Gtt	4	4	B.1	0.000037
ORF1ab/nsp16	128	I128V	Att	Gtt	4	4	B.1.1.33	0.001684
ORF1ab/nsp16	128	I128F	Att	Ttt	3	3		0.166667
ORF1ab/nsp16	128	I128L	Att	Ctt	2	3	All	0
ORF1ab/nsp16	128	I128N	aTt	aAt	2	3	All	0
ORF1ab/nsp16	128	I128N	aTT	aAC	1	3	All	0
ORF1ab/nsp16	128	I128L	AtT	TtG	1	3	All	0
ORF1ab/nsp16	128	I128M	atT	atG	3	3	AY.103	0.000019
ORF1ab/nsp16	128	I128V	Att	Gtt	3	3	AY.104	0.005952
ORF1ab/nsp16	128	I128V	Att	Gtt	3	3	AY.29	0.000047
ORF1ab/nsp16	128	I128V	Att	Gtt	3	3	AY.4.5	0.000322
ORF1ab/nsp16	128	I128I	atT	atC	3	3	AY.43	0.000013
ORF1ab/nsp16	128	I128I	atT	atC	3	3	B.1.1.7	0.000003
ORF1ab/nsp16	128	I128M	atT	atG	3	3	B.1.160.17	0.005102
ORF1ab/nsp16	128	I128M	atT	atG	3	3	B.1.177.32	0.004049
ORF1ab/nsp16	128	I128I	atT	atC	3	3	B.1.565	0.002431
ORF1ab/nsp16	128	I128V	Att	Gtt	3	3	B.1.617.1	0.000387
ORF1ab/nsp16	128	I128del	ATT	---	3	3	P.1.15	0.000697
ORF1ab/nsp16	128	I128M	atT	atG	3	3	R.1	0.00027
ORF1ab/nsp16	128	I128N	aTt	aAt	2	2		0.111111
ORF1ab/nsp16	128	I128Y	ATt	TAt	2	2		0.111111
ORF1ab/nsp16	128	I128Y	ATt	TAt	2	2	All	0
ORF1ab/nsp16	128	I128V	Att	Gtt	2	2	AY.33	0.000134
ORF1ab/nsp16	128	I128I	atT	atC	2	2	AY.39	0.000049
ORF1ab/nsp16	128	I128V	Att	Gtt	2	2	AY.39.1	0.000079
ORF1ab/nsp16	128	I128del	ATT	---	2	2	AY.4	0.000003
ORF1ab/nsp16	128	I128M	atT	atG	2	2	AY.4	0.000003
ORF1ab/nsp16	128	I128del	ATT	---	2	2	AY.4.5	0.000215
ORF1ab/nsp16	128	I128V	Att	Gtt	2	2	AY.46	0.000208
ORF1ab/nsp16	128	I128V	Att	Gtt	2	2	AY.5	0.000041
ORF1ab/nsp16	128	I128V	Att	Gtt	2	2	AY.63	0.000774
ORF1ab/nsp16	128	I128V	Att	Gtt	2	2	AY.99.2	0.000184
ORF1ab/nsp16	128	I128T	aTt	aCt	2	2	B.1	0.000018
ORF1ab/nsp16	128	I128M	atT	atG	2	2	B.1	0.000018
ORF1ab/nsp16	128	I128L	Att	Ctt	2	2	B.1.1.7	0.000002
ORF1ab/nsp16	128	I128V	Att	Gtt	2	2	B.1.258	0.000133
ORF1ab/nsp16	128	I128M	atT	atG	2	2	B.1.351	0.000059
ORF1ab/nsp16	128	I128M	atT	atG	2	2	B.1.617.2	0.000008
ORF1ab/nsp16	128	I128V	Att	Gtt	2	2	P.2	0.000373
ORF1ab/nsp16	128	I128C	ATt	TGt	1	1		0.055556
ORF1ab/nsp16	128	I128S	aTt	aGt	1	1		0.055556
ORF1ab/nsp16	128	I128del	ATT	---	1	1	AD.2	0.000219
ORF1ab/nsp16	128	I128C	ATt	TGt	1	1	All	0
ORF1ab/nsp16	128	I128X	ATT	TAA	1	1	All	0
ORF1ab/nsp16	128	I128V	Att	Gtt	1	1	AW.1	0.003049
ORF1ab/nsp16	128	I128V	Att	Gtt	1	1	AY.102	0.000027
ORF1ab/nsp16	128	I128del	ATT	---	1	1	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp16	128	I128V	Att	Gtt	1	1	AY.117	0.000085
ORF1ab/nsp16	128	I128I	atT	atC	1	1	AY.117	0.000085
ORF1ab/nsp16	128	I128I	atT	atC	1	1	AY.118	0.000063
ORF1ab/nsp16	128	I128del	ATT	---	1	1	AY.120	0.000037
ORF1ab/nsp16	128	I128S	aTt	aGt	1	1	AY.120.1	0.000321
ORF1ab/nsp16	128	I128V	Att	Gtt	1	1	AY.120.1	0.000321
ORF1ab/nsp16	128	I128M	atT	atG	1	1	AY.16	0.00038
ORF1ab/nsp16	128	I128M	atT	atG	1	1	AY.20	0.000039
ORF1ab/nsp16	128	I128V	Att	Gtt	1	1	AY.20	0.000039
ORF1ab/nsp16	128	I128I	atT	atC	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp16	128	I128M	atT	atG	1	1	AY.29	0.000016
ORF1ab/nsp16	128	I128T	aTt	aCt	1	1	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp16	128	I128del	ATT	---	1	1	AY.33	0.000067
ORF1ab/nsp16	128	I128del	ATT	---	1	1	AY.36	0.000148
ORF1ab/nsp16	128	I128V	Att	Gtt	1	1	AY.36	0.000148
ORF1ab/nsp16	128	I128V	Att	Gtt	1	1	AY.39	0.000025
ORF1ab/nsp16	128	I128V	Att	Gtt	1	1	AY.4.2	0.000022
ORF1ab/nsp16	128	I128V	Att	Gtt	1	1	AY.4.4	0.000409
ORF1ab/nsp16	128	I128del	ATT	---	1	1	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp16	128	I128I	atT	atC	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp16	128	I128M	atT	atG	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp16	128	I128I	atT	atC	1	1	AY.46	0.000104
ORF1ab/nsp16	128	I128M	atT	atG	1	1	AY.46.3	0.000934
ORF1ab/nsp16	128	I128V	Att	Gtt	1	1	AY.46.6	0.000072
ORF1ab/nsp16	128	I128M	atT	atG	1	1	AY.46.6	0.000072
ORF1ab/nsp16	128	I128V	Att	Gtt	1	1	AY.47	0.000031
ORF1ab/nsp16	128	I128I	atT	atA	1	1	AY.47	0.000031
ORF1ab/nsp16	128	I128V	Att	Gtt	1	1	AY.64	0.000595
ORF1ab/nsp16	128	I128V	Att	Gtt	1	1	AY.85	0.000427
ORF1ab/nsp16	128	I128V	Att	Gtt	1	1	AY.87	0.000833
ORF1ab/nsp16	128	I128V	Att	Gtt	1	1	AY.9.1	0.000084
ORF1ab/nsp16	128	I128V	Att	Gtt	1	1	AY.98	0.000079
ORF1ab/nsp16	128	I128V	Att	Gtt	1	1	B	0.000128
ORF1ab/nsp16	128	I128S	aTt	aGt	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp16	128	I128L	AtT	TtG	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp16	128	I128I	atT	atC	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp16	128	I128V	Att	Gtt	1	1	B.1.1.1	0.000327
ORF1ab/nsp16	128	I128V	Att	Gtt	1	1	B.1.1.161	0.003534
ORF1ab/nsp16	128	I128V	Att	Gtt	1	1	B.1.1.25	0.000569
ORF1ab/nsp16	128	I128M	atT	atG	1	1	B.1.1.44	0.00241
ORF1ab/nsp16	128	I128N	aTT	aAC	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp16	128	I128X	ATT	TAA	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp16	128	I128S	aTt	aGt	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp16	128	I128V	Att	Gtt	1	1	B.1.1.70	0.000341
ORF1ab/nsp16	128	I128del	ATT	---	1	1	B.1.1.70	0.000341
ORF1ab/nsp16	128	I128I	atT	atC	1	1	B.1.137	0.5
ORF1ab/nsp16	128	I128V	Att	Gtt	1	1	B.1.160	0.000031
ORF1ab/nsp16	128	I128M	atT	atG	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp16	128	I128V	Att	Gtt	1	1	B.1.177.12	0.000152
ORF1ab/nsp16	128	I128M	atT	atG	1	1	B.1.177.19	0.001431
ORF1ab/nsp16	128	I128del	ATT	---	1	1	B.1.177.62	0.001192
ORF1ab/nsp16	128	I128del	ATT	---	1	1	B.1.177.7	0.000165
ORF1ab/nsp16	128	I128del	ATT	---	1	1	B.1.177.9	0.001332
ORF1ab/nsp16	128	I128M	atT	atG	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp16	128	I128I	atT	atC	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp16	128	I128S	aTt	aGt	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp16	128	I128del	ATT	---	1	1	B.1.258	0.000067
ORF1ab/nsp16	128	I128V	Att	Gtt	1	1	B.1.279	0.000514
ORF1ab/nsp16	128	I128M	atT	atG	1	1	B.1.332	0.003497
ORF1ab/nsp16	128	I128T	aTt	aCt	1	1	B.1.338	0.008621
ORF1ab/nsp16	128	I128V	Att	Gtt	1	1	B.1.36	0.000146
ORF1ab/nsp16	128	I128V	Att	Gtt	1	1	B.1.36.38	0.001642
ORF1ab/nsp16	128	I128M	atT	atG	1	1	B.1.400	0.000429
ORF1ab/nsp16	128	I128V	Att	Gtt	1	1	B.1.459	0.004082
ORF1ab/nsp16	128	I128V	Att	Gtt	1	1	B.1.470	0.001404
ORF1ab/nsp16	128	I128del	ATT	---	1	1	B.1.525	0.000113
ORF1ab/nsp16	128	I128V	Att	Gtt	1	1	B.1.575	0.000303
ORF1ab/nsp16	128	I128V	Att	Gtt	1	1	B.1.576	0.000907
ORF1ab/nsp16	128	I128del	ATT	---	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp16	128	I128del	ATT	---	1	1	B.1.620	0.000946
ORF1ab/nsp16	128	I128V	Att	Gtt	1	1	B.1.628	0.000352
ORF1ab/nsp16	128	I128V	Att	Gtt	1	1	B.6.6	0.000889
ORF1ab/nsp16	128	I128V	Att	Gtt	1	1	C.37	0.000116
ORF1ab/nsp16	128	I128V	Att	Gtt	1	1	L.3	0.003546
ORF1ab/nsp16	128	I128V	Att	Gtt	1	1	N.9	0.005952
ORF1ab/nsp16	128	I128V	Att	Gtt	1	1	Q.1	0.000126

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.