CoV-GLUEGenomeCountriesLineagesMutationsInsertionsDeletionsUpdated:

CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp15A1-B : Mut = G129V

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VG6581VnonsyngGtgTt24312431120005-20007

Details of the mutation G129V within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt24312431All0.000465
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt596596AY.250.003585
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt504504AY.40.000784
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt227227B.1.1.70.000203
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt197197B.1.617.20.000742
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt112112AY.1030.000695
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt9898AY.290.001546
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt9898AY.430.000434
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt6464AY.1050.041158
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt5050AY.30.000497
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt4242AY.1020.001114
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt4040B.1.10.000726
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt1919B.1.5750.005765
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt1818AY.3.10.001535
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt1818AY.440.00011
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt1818B.10.000165
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt1818B.1.1.1450.666667
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt1616B.1.20.000141
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt1616P.10.000252
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt1313AY.1000.000598
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt1313AY.4.20.000282
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt1111AY.390.000272
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt99AY.50.000186
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt99B.1.1770.000119
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt88AY.1130.001139
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt77AY.260.000198
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt77AY.470.000218
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt66AY.4.2.10.000894
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt66AY.90.000406
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt55AY.1210.000677
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt55AY.39.10.000198
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt55AY.46.20.003177
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt55B.1.360.00073
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt44AY.420.000161
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt44AY.690.000747
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt44AY.980.000316
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt44B.1.1.3770.005525
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt44B.1.4290.000094
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt33A.290.015957
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt33AY.1170.000254
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt33AY.1180.000188
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt33AY.230.000209
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt33AY.460.000312
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt33AY.540.000286
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt33AY.60.000123
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt33AY.610.000314
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt33AY.640.001786
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt33B0.000383
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt33B.1.1.250.001706
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt33B.1.1.280.000934
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt33B.1.3510.000089
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt33B.1.5260.000071
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt33B.1.5950.000783
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt33P.1.140.000143
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt22AY.1140.000462
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt22AY.1190.000071
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt22AY.140.000176
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt22AY.200.000078
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt22AY.330.000134
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt22AY.450.000243
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt22AY.520.001629
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt22AY.570.001312
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt22AY.75.10.000361
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt22AY.780.003082
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt22AY.9.20.000073
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt22B.1.1.1410.004024
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt22B.1.1.2140.000111
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt22B.1.1.2940.002532
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt22B.1.1.4670.038462
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt22B.1.1.630.000772
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt22B.1.36.190.018519
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt22B.1.36.290.001035
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt22B.1.36.80.002
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt22B.1.5090.001732
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt22B.1.5820.000981
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt22B.6.60.001778
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt22D.20.00015
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt22P.1.170.000324
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt11A0.000387
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt11A.10.000282
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt11AE.80.000489
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt11AT.10.005128
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt11AY.1040.001984
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt11AY.1200.000037
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt11AY.120.10.000321
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt11AY.130.000161
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt11AY.240.000431
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt11AY.320.000532
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt11AY.340.000097
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt11AY.34.10.00051
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt11AY.360.000148
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt11AY.4.40.000409
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt11AY.46.40.000165
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt11AY.5.40.000277
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt11AY.550.000917
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt11AY.580.000907
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt11AY.670.000464
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt11AY.700.000209
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt11AY.740.000116
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt11B.1.1.10.000327
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt11B.1.1.1350.004695
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt11B.1.1.1390.022727
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt11B.1.1.2220.000204
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt11B.1.1.2540.011236
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt11B.1.1.2840.000107
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt11B.1.1.2980.000862
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt11B.1.1.3750.011905
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt11B.1.1.3930.111111
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt11B.1.1.4480.002033
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt11B.1.1.460.004367
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt11B.1.1100.004525
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt11B.1.1570.002985
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt11B.1.1600.000031
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt11B.1.177.570.000281
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt11B.1.177.800.001912
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt11B.1.1890.004292
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt11B.1.1990.004132
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt11B.1.2210.000071
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt11B.1.3610.001289
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt11B.1.4090.000781
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt11B.1.4530.003236
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt11B.1.4560.003268
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt11B.1.5250.000113
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt11B.1.5550.022222
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt11B.1.6090.000479
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt11B.1.619.10.000641
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt11B.1.6210.000089
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt11B.550.00295
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt11C.10.002392
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt11C.1.20.004255
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt11C.400.027778
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt11Q.30.000145
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt11Q.80.000165

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

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