CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp15A1-B : Mut = F176F

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	F6628F	syn	ttC	ttT	22220	22220	1	20146-20148

Details of the mutation F176F within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	22220	22220	All	0.00425
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	10672	10672	B.1.621	0.944676
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	4381	4381	B.1.1.7	0.003922
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	1901	1901	B.1.621.1	0.961558
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	734	734	B.1.36	0.107091
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	390	390	AY.29	0.006152
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	313	313	AY.4	0.000487
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	268	268	B.1.617.2	0.001009
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	184	184	AY.44	0.00112
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	176	176	B.1	0.001612
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	153	153	AY.43	0.000678
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	141	141	B.1.232	0.075766
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	124	124	AY.98.1	0.006005
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	117	117	B.1.1	0.002122
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	116	116	B.1.544	0.698795
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	113	113	AY.7.1	0.012735
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	102	102	B.1.177.4	0.021528
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	101	101	B.1.429	0.002376
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	82	82	B.1.351	0.002438
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	78	78	B.1.1.176	0.034271
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	74	74	B.1.2	0.000652
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	70	70	AY.103	0.000435
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	64	64	B.1.526	0.001504
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	61	61	AY.3	0.000607
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	57	57	AY.118	0.003571
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	56	56	AE.1	0.636364
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	54	54	P.1.10	0.014551
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	52	52	AY.25	0.000313
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	52	52	P.1	0.000819
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	49	49	C.1.2	0.208511
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	44	44	B.1.78	0.376068
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	43	43	B.1.627	0.086869
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	41	41	B.1.1.170	0.051122
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	39	39	AY.75	0.002185
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	38	38	AY.26	0.001076
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	37	37	AY.121	0.005007
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	36	36	AY.120	0.001338
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	36	36	B.1.1.519	0.00143
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	35	35	AY.102	0.000928
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	28	28	B.1.1.72	0.848485
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	27	27	B.1.221	0.001918
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	26	26	B.1.623	0.013948
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	25	25	C.37	0.002902
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	24	24	B.1.177	0.000316
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	23	23	AY.5	0.000475
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	21	21	B.1.456	0.068627
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	20	20	B.13	0.909091
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	19	19	AY.39	0.00047
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	19	19	AY.46.6	0.001372
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	19	19	Q.8	0.003133
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	16	16	B.1.324	0.025682
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	16	16	B.1.637	0.001169
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	15	15	AY.20	0.000583
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	15	15	B.1.214.2	0.008993
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	15	15	B.1.416	0.019036
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	15	15	Q.3	0.002175
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	14	14	AY.30	0.00554
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	14	14	B.1.160	0.000437
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	13	13	AY.100	0.000598
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	13	13	AY.23	0.000907
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	13	13	AY.34.1	0.006629
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	13	13	B.1.1.406	0.084416
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	13	13	B.1.525	0.001471
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	13	13	B.1.565	0.010535
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	12	12	A.1	0.003382
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	12	12	AY.47	0.000373
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	12	12	AY.9.2	0.000441
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	12	12	P.1.12	0.005808
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	12	12	R.1	0.00108
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	11	11	AY.3.1	0.000938
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	11	11	AY.4.2	0.000239
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	11	11	AY.60	0.010319
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	11	11	B.1.177.21	0.000841
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	11	11	B.1.349	0.007863
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	11	11	B.1.596	0.000959
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	11	11	P.1.14	0.000526
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	10	10	AY.27	0.000647
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	10	10	B.1.1.222	0.00204
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	10	10	P.1.15	0.002323
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	9	9	A.2.5	0.004491
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	9	9	AY.119	0.000318
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	9	9	B	0.00115
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	9	9	B.1.1.284	0.000967
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	9	9	B.1.177.56	0.006008
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	9	9	B.1.243	0.000626
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	8	8	AY.34	0.000776
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	8	8	B.1.369	0.002282
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	7	7	AY.9.1	0.000586
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	7	7	B.1.1.169	0.127273
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	7	7	B.1.1.214	0.000388
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	7	7	B.1.258.17	0.000728
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	6	6	AY.117	0.000507
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	6	6	AY.29.1	0.001323
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	6	6	AY.38	0.002996
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	6	6	AY.98	0.000474
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	6	6	AY.99.2	0.000553
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	6	6	B.1.157	0.01791
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	6	6	B.1.177.7	0.000989
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	6	6	B.1.320	0.007472
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	6	6	B.1.427	0.000303
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	6	6	B.1.466.2	0.002347
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	6	6	C.36.3.1	0.016304
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	6	6	P.2	0.00112
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	5	5	AY.33	0.000334
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	5	5	AY.42	0.000201
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	5	5	AY.75.1	0.000902
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	5	5	B.1.1.1	0.001633
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	5	5	B.1.1.125	0.05102
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	5	5	B.1.1.25	0.002843
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	5	5	B.1.1.70	0.001705
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	5	5	B.1.177.60	0.001092
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	5	5	B.1.177.63	0.013514
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	5	5	B.1.258	0.000333
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	4	4	AY.41	0.001176
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	4	4	AY.46.4	0.000658
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	4	4	AY.5.3	0.00135
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	4	4	AY.59	0.002119
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	4	4	AY.61	0.000419
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	4	4	AY.84	0.00175
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	4	4	B.1.1.28	0.001245
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	4	4	B.1.234	0.000528
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	4	4	B.1.378	0.027397
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	4	4	B.1.576	0.003626
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	4	4	B.1.617.1	0.000516
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	4	4	C.35	0.003096
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	4	4	D.2	0.0003
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	4	4	P.1.7	0.001277
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	3	3	AD.2	0.000657
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	3	3	AY.13	0.000483
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	3	3	AY.46	0.000312
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	3	3	AY.6	0.000123
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	3	3	AY.9	0.000203
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	3	3	AY.93	0.000819
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	3	3	B.1.1.306	0.001315
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	3	3	B.1.1.526	0.010638
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	3	3	B.1.177.73	0.001699
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	3	3	B.1.177.83	0.004444
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	3	3	B.1.225	0.046154
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	3	3	B.1.351.2	0.000908
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	3	3	B.1.36.29	0.001552
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	3	3	B.1.362	0.004622
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	3	3	B.1.422	0.002437
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	3	3	B.1.533	0.028846
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	3	3	B.1.558	0.013699
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	3	3	B.1.564	0.001278
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	2	2	A	0.000774
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	2	2	A.2.5.2	0.003145
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	2	2	AY.111	0.000366
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	2	2	AY.113	0.000285
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	2	2	AY.12	0.000632
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	2	2	AY.16.1	0.00094
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	2	2	AY.31	0.037037
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	2	2	AY.32	0.001065
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	2	2	AY.35	0.000466
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	2	2	AY.39.1	0.000079
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	2	2	AY.4.2.1	0.000298
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	2	2	AY.4.5	0.000215
ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	2	2	AY.55	0.001835
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ORF1ab/nsp15A1-B	176	F176F	ttC	ttT	1	1	N.3	0.005814

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.