CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp15A1-B : CodonNum = 271

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	M6723I	nonsyn	atG	atT	2648	1486	0.561178	20431-20433
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	M6723I	nonsyn	atG	atA	2648	1140	0.430514	20431-20433
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	M6723I	nonsyn	atG	atC	2648	22	0.00830816	20431-20433
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271V	M6723V	nonsyn	Atg	Gtg	280	278	0.992857	20431-20433
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271V	M6723V	nonsyn	AtG	GtC	280	1	0.00357143	20431-20433
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271V	M6723V	nonsyn	AtG	GtA	280	1	0.00357143	20431-20433
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271T	M6723T	nonsyn	aTg	aCg	268	265	0.988806	20431-20433
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271T	M6723T	nonsyn	aTG	aCA	268	2	0.00746269	20431-20433
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271T	M6723T	nonsyn	aTG	aCT	268	1	0.00373134	20431-20433
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271K	M6723K	nonsyn	aTg	aAg	124	124	1	20431-20433
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271del	M6723del	del	ATG	---	40	40	1	20431-20433
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271L	M6723L	nonsyn	Atg	Ttg	31	25	0.806452	20431-20433
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271L	M6723L	nonsyn	Atg	Ctg	31	3	0.0967742	20431-20433
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271L	M6723L	nonsyn	AtG	TtA	31	2	0.0645161	20431-20433
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271L	M6723L	nonsyn	AtG	CtT	31	1	0.0322581	20431-20433
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271R	M6723R	nonsyn	aTg	aGg	7	7	1	20431-20433
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271F	M6723F	nonsyn	AtG	TtT	2	1	0.5	20431-20433
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271F	M6723F	nonsyn	AtG	TtC	2	1	0.5	20431-20433
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271del1	M6723del1	del	Atg	-tg	2	1	0.5	20431-20433
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271del1	M6723del1	del	aTg	a-g	2	1	0.5	20431-20433
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271N	M6723N	nonsyn	aTG	aAT	1	1	1	20431-20433
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271del2	M6723del2	del	aTG	a--	1	1	1	20431-20433
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271A	M6723A	nonsyn	ATg	GCg	1	1	1	20431-20433
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271W	M6723W	nonsyn	ATg	TGg	1	1	1	20431-20433
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271G	M6723G	nonsyn	ATG	GGT	1	1	1	20431-20433

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	1486	2648	All	0.000284
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atA	1140	2648	All	0.000218
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atC	22	2648	All	0.000004
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atA	658	660	AP.1	0.987988
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	2	660	AP.1	0.003003
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	481	533	B.1.1.7	0.000431
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atA	47	533	B.1.1.7	0.000042
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atC	5	533	B.1.1.7	0.000004
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271V	Atg	Gtg	278	280	All	0.000053
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271V	AtG	GtA	1	280	All	0
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271V	AtG	GtC	1	280	All	0
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271T	aTg	aCg	265	268	All	0.000051
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271T	aTG	aCA	2	268	All	0
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271T	aTG	aCT	1	268	All	0
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	188	228	AY.4	0.000293
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atA	40	228	AY.4	0.000062
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	131	131	AY.4.5	0.014081
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271K	aTg	aAg	124	124	All	0.000024
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271V	Atg	Gtg	108	108	AY.4	0.000168
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	50	96	B.1.617.2	0.000188
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atA	46	96	B.1.617.2	0.000173
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271T	aTg	aCg	92	92	B.1.1.7	0.000082
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	81	81	AY.62	0.035294
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271K	aTg	aAg	72	72	AY.4	0.000112
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atA	41	68	AY.43	0.000182
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	27	68	AY.43	0.00012
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	52	68	B.1.2	0.000458
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atC	12	68	B.1.2	0.000106
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atA	4	68	B.1.2	0.000035
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atA	61	62	B.1.575	0.018507
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	1	62	B.1.575	0.000303
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	49	57	AY.103	0.000304
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atA	8	57	AY.103	0.00005
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atA	48	49	B.1.1.222	0.009792
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	1	49	B.1.1.222	0.000204
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	47	47	P.1.15	0.01092
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	25	41	AY.47	0.000778
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atA	16	41	AY.47	0.000498
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271del	ATG	---	40	40	All	0.000008
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	37	37	B.1.1.432	0.046835
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atA	21	33	B.1	0.000192
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	11	33	B.1	0.000101
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atC	1	33	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271V	Atg	Gtg	32	32	B.1	0.000293
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271L	Atg	Ttg	25	31	All	0.000005
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271L	Atg	Ctg	3	31	All	0.000001
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271L	AtG	TtA	2	31	All	0
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271L	AtG	CtT	1	31	All	0
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atA	31	31	AY.36	0.004595
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	21	29	AY.25	0.000126
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atA	8	29	AY.25	0.000048
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271T	aTg	aCg	26	26	AY.3.1	0.002217
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	24	24	A.2.5.1	0.115385
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	21	23	AY.98.1	0.001017
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atA	2	23	AY.98.1	0.000097
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	18	21	AY.3	0.000179
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atA	3	21	AY.3	0.00003
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271T	aTg	aCg	21	21	AY.4	0.000033
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	20	20	B.1.160	0.000624
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	11	19	AY.44	0.000067
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atA	7	19	AY.44	0.000043
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atC	1	19	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271V	Atg	Gtg	17	17	B.1.1.7	0.000015
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271V	Atg	Gtg	16	16	AY.29	0.000252
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271T	aTg	aCg	16	16	B.1.1.214	0.000887
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	14	15	AY.102	0.000371
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atA	1	15	AY.102	0.000027
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atA	15	15	AY.4.2	0.000325
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271V	Atg	Gtg	14	14	B.1.617.2	0.000053
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	12	14	P.1	0.000189
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atA	2	14	P.1	0.000032
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271T	aTg	aCg	13	13	B.1.1	0.000236
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	8	13	B.1.1	0.000145
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atA	4	13	B.1.1	0.000073
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atC	1	13	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271K	aTg	aAg	10	10	B.1.1.7	0.000009
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	7	10	B.1.177	0.000092
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atA	3	10	B.1.177	0.00004
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	10	10	B.1.369	0.002852
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271K	aTg	aAg	9	9	AY.103	0.000056
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271V	Atg	Gtg	9	9	AY.25	0.000054
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	7	9	AY.39	0.000173
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atA	2	9	AY.39	0.000049
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271T	aTg	aCg	9	9	P.1	0.000142
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271T	aTg	aCg	8	8	AY.43	0.000035
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atA	5	8	AY.5	0.000103
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	3	8	AY.5	0.000062
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	6	8	AY.9.2	0.00022
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atA	2	8	AY.9.2	0.000073
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271V	Atg	Gtg	8	8	B.1.36.38	0.013136
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	8	8	Q.8	0.001319
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271R	aTg	aGg	7	7	All	0.000001
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271V	Atg	Gtg	7	7	AY.119	0.000247
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271T	aTg	aCg	7	7	AY.42	0.000282
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271V	Atg	Gtg	7	7	B.1.2	0.000062
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271L	Atg	Ttg	7	7	P.1	0.00011
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271del	ATG	---	6	6		0.333333
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271V	Atg	Gtg	6	6	AY.103	0.000037
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	6	6	AY.4.1	0.004425
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271T	aTg	aCg	6	6	B.1	0.000055
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	6	6	B.1.177.36	0.096774
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271K	aTg	aAg	6	6	B.1.617.2	0.000023
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atA	5	6	B.1.621	0.000443
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	1	6	B.1.621	0.000089
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271L	Atg	Ttg	5	5	AE.8	0.002445
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271T	aTg	aCg	5	5	AY.119	0.000177
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atA	4	5	AY.29	0.000063
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	1	5	AY.29	0.000016
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atA	4	5	AY.37	0.001264
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	1	5	AY.37	0.000316
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271V	Atg	Gtg	5	5	B.1.258.6	0.098039
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271T	aTg	aCg	5	5	C.35	0.00387
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	4	4	AY.20	0.000155
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	4	4	AY.46.6	0.000289
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271T	aTg	aCg	4	4	AY.47	0.000124
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271del	ATG	---	4	4	AY.59	0.002119
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	4	4	AY.9.1	0.000335
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	4	4	B.1.258.7	0.007648
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271T	aTg	aCg	4	4	B.1.351	0.000119
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atA	2	4	B.1.351	0.000059
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	2	4	B.1.351	0.000059
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	4	4	B.1.356	0.006908
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271T	aTg	aCg	4	4	B.1.568	0.004444
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271T	aTg	aCg	4	4	B.1.617.2	0.000015
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atA	4	4	B.1.637	0.000292
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atA	4	4	D.2	0.0003
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atA	2	3	AY.100	0.000092
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	1	3	AY.100	0.000046
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271V	Atg	Gtg	3	3	AY.20	0.000117
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	2	3	AY.23	0.000139
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atA	1	3	AY.23	0.00007
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	2	3	AY.26	0.000057
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atA	1	3	AY.26	0.000028
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271V	Atg	Gtg	3	3	AY.39	0.000074
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atA	3	3	AY.39.1	0.000119
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atA	2	3	AY.46.4	0.000329
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	1	3	AY.46.4	0.000165
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	3	3	AY.61	0.000314
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271L	Atg	Ttg	2	3	B.1	0.000018
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271L	AtG	TtA	1	3	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271L	Atg	Ttg	2	3	B.1.1	0.000036
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271V	AtG	GtC	1	3	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271V	Atg	Gtg	1	3	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271L	AtG	TtA	1	3	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271V	AtG	GtA	1	3	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atA	3	3	B.1.1.436	0.076923
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271R	aTg	aGg	3	3	B.1.1.7	0.000003
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271del	ATG	---	3	3	B.1.1.7	0.000003
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271del	ATG	---	3	3	B.1.258	0.0002
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	2	3	B.1.258	0.000133
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atA	1	3	B.1.258	0.000067
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	2	3	B.1.36	0.000292
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atA	1	3	B.1.36	0.000146
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	3	3	B.1.36.8	0.003
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271V	Atg	Gtg	3	3	B.1.429	0.000071
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	3	3	B.1.617.1	0.000387
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	3	3	B.1.632	0.020134
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atA	3	3	P.2	0.00056
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	3	3	Q.1	0.000379
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271T	aTg	aCg	1	2		0.055556
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271T	aTG	aCT	1	2		0.055556
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271del1	Atg	-tg	1	2	All	0
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271del1	aTg	a-g	1	2	All	0
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271F	AtG	TtT	1	2	All	0
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271F	AtG	TtC	1	2	All	0
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271T	aTg	aCg	2	2	AY.103	0.000012
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271V	Atg	Gtg	2	2	AY.107	0.000932
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atA	1	2	AY.117	0.000085
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	1	2	AY.117	0.000085
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atA	2	2	AY.118	0.000125
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271T	aTg	aCg	2	2	AY.25	0.000012
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271V	Atg	Gtg	2	2	AY.26	0.000057
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271K	aTg	aAg	2	2	AY.36	0.000296
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271T	aTg	aCg	2	2	AY.4.5	0.000215
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271del	ATG	---	2	2	AY.43	0.000009
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271T	aTg	aCg	2	2	AY.44	0.000012
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271V	Atg	Gtg	2	2	AY.44	0.000012
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271V	Atg	Gtg	2	2	AY.46.4	0.000329
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271T	aTg	aCg	2	2	AY.61	0.00021
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	2	2	AY.84	0.000875
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271K	aTg	aAg	2	2	AY.98	0.000158
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atA	2	2	AY.98	0.000158
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	2	2	AY.99.2	0.000184
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271K	aTg	aAg	2	2	B.1.1	0.000036
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	2	2	B.1.1.244	0.030769
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	2	2	B.1.1.33	0.000842
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271T	aTg	aCg	2	2	B.1.1.432	0.002532
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	1	2	B.1.1.434	0.000349
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atA	1	2	B.1.1.434	0.000349
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atA	2	2	B.1.1.58	0.010753
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271L	Atg	Ttg	2	2	B.1.1.7	0.000002
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271K	aTg	aAg	2	2	B.1.177	0.000026
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271T	aTg	aCg	2	2	B.1.177	0.000026
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271K	aTg	aAg	2	2	B.1.2	0.000018
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271del	ATG	---	2	2	B.1.2	0.000018
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271T	aTg	aCg	2	2	B.1.221	0.000142
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	2	2	B.1.399	0.003868
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271L	Atg	Ctg	1	2	B.1.416	0.001269
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271L	AtG	CtT	1	2	B.1.416	0.001269
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	2	2	B.1.429	0.000047
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271del	ATG	---	2	2	B.1.517	0.000854
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271T	aTg	aCg	2	2	B.1.525	0.000226
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271K	aTg	aAg	2	2	B.1.576	0.001813
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atA	2	2	B.1.595	0.000522
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271V	Atg	Gtg	2	2	B.1.596	0.000174
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271R	aTg	aGg	2	2	B.1.617.2	0.000008
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271L	Atg	Ctg	1	2	B.6.6	0.000889
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271L	Atg	Ttg	1	2	B.6.6	0.000889
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271T	aTg	aCg	2	2	C.36	0.001821
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	2	2	N.9	0.011905
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271V	Atg	Gtg	2	2	P.1	0.000032
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271del	ATG	---	2	2	P.1.15	0.000465
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	1	1		0.055556
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271N	aTG	aAT	1	1		0.055556
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271K	aTg	aAg	1	1		0.055556
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271L	Atg	Ttg	1	1		0.055556
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271del1	Atg	-tg	1	1	A.2	0.000662
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271del	ATG	---	1	1	A.2.4	0.003367
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271N	aTG	aAT	1	1	All	0
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271W	ATg	TGg	1	1	All	0
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271A	ATg	GCg	1	1	All	0
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271del2	aTG	a--	1	1	All	0
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271G	ATG	GGT	1	1	All	0
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	1	1	AY.10	0.00053
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atA	1	1	AY.106	0.000335
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271V	Atg	Gtg	1	1	AY.108	0.001103
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	1	1	AY.114	0.000231
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271V	Atg	Gtg	1	1	AY.116	0.000287
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271K	aTg	aAg	1	1	AY.117	0.000085
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271T	aTg	aCg	1	1	AY.118	0.000063
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	1	1	AY.119	0.000035
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atA	1	1	AY.16.1	0.00047
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271T	aTg	aCg	1	1	AY.20	0.000039
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271T	aTg	aCg	1	1	AY.24	0.000431
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271del	ATG	---	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271L	Atg	Ttg	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271T	aTg	aCg	1	1	AY.26	0.000028
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271del	ATG	---	1	1	AY.26	0.000028
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	1	1	AY.27	0.000065
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271T	aTg	aCg	1	1	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271L	Atg	Ttg	1	1	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	1	1	AY.34	0.000097
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	1	1	AY.34.1	0.00051
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271V	Atg	Gtg	1	1	AY.36	0.000148
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271V	Atg	Gtg	1	1	AY.37	0.000316
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271T	aTg	aCg	1	1	AY.37	0.000316
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271T	aTg	aCg	1	1	AY.39	0.000025
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271del	ATG	---	1	1	AY.4	0.000002
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271V	Atg	Gtg	1	1	AY.4.2	0.000022
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271K	aTg	aAg	1	1	AY.4.2	0.000022
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271V	Atg	Gtg	1	1	AY.4.2.1	0.000149
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271K	aTg	aAg	1	1	AY.42	0.00004
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271del	ATG	---	1	1	AY.42	0.00004
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271L	Atg	Ttg	1	1	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271V	Atg	Gtg	1	1	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271K	aTg	aAg	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271del	ATG	---	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	1	1	AY.45	0.000122
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	1	1	AY.46	0.000104
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271del	ATG	---	1	1	AY.47	0.000031
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271V	Atg	Gtg	1	1	AY.5	0.000021
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271V	Atg	Gtg	1	1	AY.5.3	0.000337
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271R	aTg	aGg	1	1	AY.54	0.000095
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	1	1	AY.57	0.000656
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271T	aTg	aCg	1	1	AY.6	0.000041
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atA	1	1	AY.6	0.000041
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atA	1	1	AY.60	0.000938
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	1	1	AY.64	0.000595
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271del	ATG	---	1	1	AY.71	0.000475
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	1	1	AY.74	0.000116
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atA	1	1	AY.75	0.000056
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	1	1	AY.75.1	0.00018
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271V	Atg	Gtg	1	1	AY.85	0.000427
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	1	1	AY.9	0.000068
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271V	Atg	Gtg	1	1	AY.9.2	0.000037
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271K	aTg	aAg	1	1	AY.91	0.00073
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atA	1	1	AY.99.1	0.001553
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271T	aTg	aCg	1	1	AY.99.2	0.000092
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271V	Atg	Gtg	1	1	B	0.000128
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271del	ATG	---	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271G	ATG	GGT	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271F	AtG	TtT	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271K	aTg	aAg	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271F	AtG	TtC	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	1	1	B.1.1.101	0.01
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271V	Atg	Gtg	1	1	B.1.1.214	0.000055
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	1	1	B.1.1.217	0.003636
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271T	aTg	aCg	1	1	B.1.1.253	0.002506
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	1	1	B.1.1.28	0.000311
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atA	1	1	B.1.1.284	0.000107
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	1	1	B.1.1.305	0.003861
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271V	Atg	Gtg	1	1	B.1.1.306	0.000438
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atA	1	1	B.1.1.317	0.000412
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271K	aTg	aAg	1	1	B.1.1.326	0.001761
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271L	Atg	Ttg	1	1	B.1.1.372	0.000689
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	1	1	B.1.1.482	0.023256
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271V	Atg	Gtg	1	1	B.1.1.50	0.000679
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	1	1	B.1.1.519	0.00004
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271T	aTG	aCA	1	1	B.1.1.519	0.00004
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	1	1	B.1.1.526	0.003546
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271W	ATg	TGg	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271del2	aTG	a--	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271del	ATG	---	1	1	B.1.1.70	0.000341
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	1	1	B.1.1.98	0.018519
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271K	aTg	aAg	1	1	B.1.142	0.002899
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	1	1	B.1.142	0.002899
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271L	Atg	Ttg	1	1	B.1.160	0.000031
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271K	aTg	aAg	1	1	B.1.160	0.000031
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271T	aTg	aCg	1	1	B.1.160	0.000031
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	1	1	B.1.160.8	0.001289
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271R	aTg	aGg	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271del	ATG	---	1	1	B.1.177.18	0.00116
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	1	1	B.1.177.41	0.0025
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271T	aTg	aCg	1	1	B.1.177.44	0.000519
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atA	1	1	B.1.177.60	0.000218
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271del	ATG	---	1	1	B.1.177.68	0.015152
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271T	aTg	aCg	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271del1	aTg	a-g	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	1	1	B.1.221	0.000071
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271V	Atg	Gtg	1	1	B.1.221.2	0.004016
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271T	aTg	aCg	1	1	B.1.258	0.000067
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atA	1	1	B.1.258.11	0.000396
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	1	1	B.1.260	0.003344
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271K	aTg	aAg	1	1	B.1.273	0.012987
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271V	Atg	Gtg	1	1	B.1.311	0.000275
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atA	1	1	B.1.320	0.001245
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	1	1	B.1.336	0.002439
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271K	aTg	aAg	1	1	B.1.351	0.00003
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271V	Atg	Gtg	1	1	B.1.351	0.00003
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271T	aTG	aCA	1	1	B.1.36.1	0.00114
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271V	Atg	Gtg	1	1	B.1.367	0.000792
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271del	ATG	---	1	1	B.1.375	0.00082
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271T	aTg	aCg	1	1	B.1.396	0.000706
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271K	aTg	aAg	1	1	B.1.400	0.000429
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	1	1	B.1.408	0.00369
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	1	1	B.1.427	0.00005
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271T	aTg	aCg	1	1	B.1.429	0.000024
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271T	aTg	aCg	1	1	B.1.466.2	0.000391
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271A	ATg	GCg	1	1	B.1.466.2	0.000391
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271V	Atg	Gtg	1	1	B.1.466.2	0.000391
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271K	aTg	aAg	1	1	B.1.497	0.000315
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	1	1	B.1.499	0.00105
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atC	1	1	B.1.526	0.000024
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271T	aTg	aCg	1	1	B.1.564.1	0.001577
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atA	1	1	B.1.597	0.00463
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271K	aTg	aAg	1	1	B.1.617.1	0.000129
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271del	ATG	---	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271del	ATG	---	1	1	B.1.620	0.000946
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271del	ATG	---	1	1	B.1.621.1	0.000506
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atA	1	1	B.1.628	0.000352
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271V	Atg	Gtg	1	1	B.1.632	0.006711
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	1	1	B.3.1	0.001658
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271V	Atg	Gtg	1	1	B.39	0.002331
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	1	1	B.39	0.002331
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271V	Atg	Gtg	1	1	B.40	0.000364
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271V	Atg	Gtg	1	1	B.6	0.00091
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271V	Atg	Gtg	1	1	C.1.2	0.004255
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atA	1	1	C.37	0.000116
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271L	Atg	Ctg	1	1	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271T	aTg	aCg	1	1	N.5	0.001767
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	1	1	N.5	0.001767
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atT	1	1	P.1.14	0.000048
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271V	Atg	Gtg	1	1	P.1.17	0.000162
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atA	1	1	Q.7	0.001111
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271T	aTg	aCg	1	1	R.1	0.00009
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271V	Atg	Gtg	1	1	R.1	0.00009
ORF1ab/nsp15A1-B	271	M271I	atG	atC	1	1	W.4	0.001351

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.