CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp15A1-B : CodonNum = 263

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263L	F6715L	nonsyn	Ttt	Ctt	1146	601	0.524433	20407-20409
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263L	F6715L	nonsyn	ttT	ttA	1146	520	0.453752	20407-20409
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263L	F6715L	nonsyn	ttT	ttG	1146	25	0.021815	20407-20409
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263F	F6715F	syn	ttT	ttC	562	562	1	20407-20409
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263del	F6715del	del	TTT	---	497	497	1	20407-20409
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263S	F6715S	nonsyn	tTt	tCt	125	123	0.984	20407-20409
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263S	F6715S	nonsyn	tTT	tCC	125	1	0.008	20407-20409
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263S	F6715S	nonsyn	TTt	AGt	125	1	0.008	20407-20409
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263V	F6715V	nonsyn	Ttt	Gtt	90	90	1	20407-20409
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263C	F6715C	nonsyn	tTt	tGt	78	78	1	20407-20409
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263I	F6715I	nonsyn	Ttt	Att	53	52	0.981132	20407-20409
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263I	F6715I	nonsyn	TtT	AtA	53	1	0.0188679	20407-20409
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263X	F6715X	nonsyn	tTT	tAA	6	5	0.833333	20407-20409
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263del1	F6715del1	del	Ttt	-tt	6	4	0.666667	20407-20409
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263del1	F6715del1	del	ttT	tt-	6	2	0.333333	20407-20409
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263X	F6715X	nonsyn	tTT	tGA	6	1	0.166667	20407-20409
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263Y	F6715Y	nonsyn	tTt	tAt	5	4	0.8	20407-20409
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263Y	F6715Y	nonsyn	tTT	tAC	5	1	0.2	20407-20409
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263del2	F6715del2	del	tTT	t--	4	4	1	20407-20409
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263E	F6715E	nonsyn	TTT	GAA	2	2	1	20407-20409
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263T	F6715T	nonsyn	TTT	ACC	1	1	1	20407-20409
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263R	F6715R	nonsyn	TTT	AGA	1	1	1	20407-20409

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263L	Ttt	Ctt	601	1146	All	0.000115
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263L	ttT	ttA	520	1146	All	0.000099
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263L	ttT	ttG	25	1146	All	0.000005
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263F	ttT	ttC	562	562	All	0.000107
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263del	TTT	---	497	497	All	0.000095
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263L	ttT	ttA	336	336	B.1.526	0.007898
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263del	TTT	---	306	306	AY.4	0.000476
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263F	ttT	ttC	185	185	B.1.1.7	0.000166
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263F	ttT	ttC	165	165	AY.103	0.001024
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263L	Ttt	Ctt	131	131	B.1.632	0.879195
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263S	tTt	tCt	123	125	All	0.000024
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263S	TTt	AGt	1	125	All	0
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263S	tTT	tCC	1	125	All	0
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263L	Ttt	Ctt	125	125	AY.5	0.002581
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263L	Ttt	Ctt	84	108	B.1.1.7	0.000075
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263L	ttT	ttA	20	108	B.1.1.7	0.000018
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263L	ttT	ttG	4	108	B.1.1.7	0.000004
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263F	ttT	ttC	102	102	AY.119	0.003601
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263V	Ttt	Gtt	90	90	All	0.000017
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263L	ttT	ttA	78	85	AY.4	0.000121
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263L	Ttt	Ctt	5	85	AY.4	0.000008
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263L	ttT	ttG	2	85	AY.4	0.000003
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263C	tTt	tGt	78	78	All	0.000015
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263I	Ttt	Att	52	53	All	0.00001
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263I	TtT	AtA	1	53	All	0
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263F	ttT	ttC	52	52	AY.4	0.000081
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263L	Ttt	Ctt	52	52	B.1.1.37	0.010029
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263S	tTt	tCt	46	46	B.1.1.7	0.000041
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263V	Ttt	Gtt	40	40	B.1.617.2	0.000151
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263L	Ttt	Ctt	31	32	AY.103	0.000192
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263L	ttT	ttA	1	32	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263C	tTt	tGt	32	32	B.1.1.7	0.000029
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263L	Ttt	Ctt	24	31	B.1.2	0.000211
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263L	ttT	ttA	7	31	B.1.2	0.000062
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263S	tTt	tCt	26	26	AY.4	0.00004
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263I	Ttt	Att	24	24	B.1.1.7	0.000021
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263V	Ttt	Gtt	23	23	AY.25	0.000138
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263L	ttT	ttA	23	23	B.1.36.36	0.013847
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263del	TTT	---	20	20	AY.25	0.00012
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263I	Ttt	Att	20	20	AY.4	0.000031
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263del	TTT	---	18	18	AY.44	0.00011
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263L	Ttt	Ctt	15	17	B.1	0.000137
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263L	ttT	ttA	2	17	B.1	0.000018
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263del	TTT	---	17	17	B.1.617.2	0.000064
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263del	TTT	---	14	14	AY.3	0.000139
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263L	ttT	ttA	12	13	B.1.221	0.000852
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263L	Ttt	Ctt	1	13	B.1.221	0.000071
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263L	Ttt	Ctt	12	12	AY.3	0.000119
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263L	Ttt	Ctt	12	12	B.1.1.269	0.016238
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263L	Ttt	Ctt	10	12	B.1.177	0.000132
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263L	ttT	ttG	2	12	B.1.177	0.000026
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263L	ttT	ttG	5	11	AY.43	0.000022
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263L	ttT	ttA	3	11	AY.43	0.000013
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263L	Ttt	Ctt	3	11	AY.43	0.000013
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263L	Ttt	Ctt	10	11	B.1.351	0.000297
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263L	ttT	ttA	1	11	B.1.351	0.00003
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263C	tTt	tGt	11	11	B.1.617.2	0.000041
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263L	Ttt	Ctt	5	10	B.1.1	0.000091
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263L	ttT	ttA	4	10	B.1.1	0.000073
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263L	ttT	ttG	1	10	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263F	ttT	ttC	10	10	B.1.2	0.000088
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263L	ttT	ttA	5	10	B.1.617.2	0.000019
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263L	Ttt	Ctt	4	10	B.1.617.2	0.000015
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263L	ttT	ttG	1	10	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263L	Ttt	Ctt	10	10	C.37	0.001161
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263S	tTt	tCt	10	10	P.1	0.000158
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263S	tTt	tCt	9	9	B.1.1.347	0.163636
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263del	TTT	---	8	8		0.444444
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263del	TTT	---	8	8	B.1.2	0.00007
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263F	ttT	ttC	8	8	B.1.617.2	0.00003
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263C	tTt	tGt	7	7	AY.100	0.000322
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263del	TTT	---	7	7	AY.103	0.000043
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263L	ttT	ttA	7	7	AY.111	0.001282
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263del	TTT	---	7	7	AY.46.4	0.001152
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263C	tTt	tGt	7	7	B.1.1.519	0.000278
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263del	TTT	---	7	7	B.1.1.7	0.000006
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263L	Ttt	Ctt	6	7	P.1	0.000095
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263L	ttT	ttG	1	7	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263L	Ttt	Ctt	7	7	Q.4	0.003183
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263X	tTT	tAA	5	6	All	0.000001
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263del1	Ttt	-tt	4	6	All	0.000001
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263del1	ttT	tt-	2	6	All	0
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263X	tTT	tGA	1	6	All	0
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263del	TTT	---	6	6	AY.39	0.000148
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263C	tTt	tGt	6	6	AY.4	0.000009
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263L	Ttt	Ctt	4	6	AY.44	0.000024
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263L	ttT	ttG	1	6	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263L	ttT	ttA	1	6	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263Y	tTt	tAt	4	5	All	0.000001
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263Y	tTT	tAC	1	5	All	0
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263del	TTT	---	5	5	AY.43	0.000022
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263del	TTT	---	5	5	B.1	0.000046
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263L	Ttt	Ctt	3	5	B.1.429	0.000071
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263L	ttT	ttA	2	5	B.1.429	0.000047
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263del2	tTT	t--	4	4	All	0.000001
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263L	Ttt	Ctt	2	4	AY.25	0.000012
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263L	ttT	ttA	1	4	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263L	ttT	ttG	1	4	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263L	Ttt	Ctt	4	4	AY.27	0.000259
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263del	TTT	---	4	4	AY.42	0.000161
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263V	Ttt	Gtt	4	4	AY.46.6	0.000289
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263del	TTT	---	4	4	AY.59	0.002119
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263S	tTt	tCt	3	4	B.1	0.000027
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263S	tTT	tCC	1	4	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263I	Ttt	Att	3	4	B.1.1	0.000054
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263I	TtT	AtA	1	4	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263L	Ttt	Ctt	3	4	B.1.1.25	0.001706
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263L	ttT	ttA	1	4	B.1.1.25	0.000569
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263L	Ttt	Ctt	4	4	B.1.1.519	0.000159
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263S	tTt	tCt	4	4	B.1.1.519	0.000159
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263del	TTT	---	4	4	B.1.177	0.000053
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263del	TTT	---	4	4	B.1.258	0.000266
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263V	Ttt	Gtt	4	4	B.1.429	0.000094
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263S	tTt	tCt	3	3	AY.102	0.00008
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263del	TTT	---	3	3	AY.20	0.000117
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263V	Ttt	Gtt	3	3	AY.4	0.000005
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263L	Ttt	Ctt	3	3	AY.42	0.000121
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263S	tTt	tCt	3	3	AY.54	0.000286
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263C	tTt	tGt	3	3	AY.9.1	0.000251
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263del	TTT	---	3	3	AY.92	0.000862
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263F	ttT	ttC	3	3	B.1.1	0.000054
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263S	tTt	tCt	2	3	B.1.1	0.000036
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263S	TTt	AGt	1	3	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263S	tTt	tCt	3	3	B.1.1.174	0.010135
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263L	ttT	ttG	3	3	B.1.1.284	0.000322
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263L	Ttt	Ctt	3	3	B.1.1.303	0.008287
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263L	ttT	ttA	2	3	B.1.160	0.000062
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263L	Ttt	Ctt	1	3	B.1.160	0.000031
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263S	tTt	tCt	3	3	B.1.2	0.000026
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263F	ttT	ttC	3	3	B.1.351	0.000089
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263del	TTT	---	3	3	B.1.517	0.001281
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263F	ttT	ttC	3	3	B.1.526	0.000071
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263C	tTt	tGt	3	3	B.1.526	0.000071
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263L	Ttt	Ctt	3	3	B.1.623	0.001609
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263L	Ttt	Ctt	3	3	B.1.628	0.001057
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263del	TTT	---	3	3	P.1.15	0.000697
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263E	TTT	GAA	2	2	All	0
ORF1ab/nsp15A1-B	263	F263del	TTT	---	2	2	AY.102	0.000053
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CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.