CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp15A1-B : CodonNum = 218

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	M6670I	nonsyn	atG	atT	4725	4573	0.967831	20272-20274
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	M6670I	nonsyn	atG	atA	4725	106	0.0224339	20272-20274
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	M6670I	nonsyn	atG	atC	4725	46	0.00973545	20272-20274
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218T	M6670T	nonsyn	aTg	aCg	582	581	0.998282	20272-20274
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218T	M6670T	nonsyn	aTG	aCT	582	1	0.00171821	20272-20274
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218V	M6670V	nonsyn	Atg	Gtg	172	172	1	20272-20274
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218del1	M6670del1	del	atG	at-	106	103	0.971698	20272-20274
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218del1	M6670del1	del	Atg	-tg	106	2	0.0188679	20272-20274
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218del1	M6670del1	del	AtG	-tT	106	1	0.00943396	20272-20274
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218del	M6670del	del	ATG	---	66	66	1	20272-20274
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218L	M6670L	nonsyn	Atg	Ctg	29	18	0.62069	20272-20274
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218L	M6670L	nonsyn	Atg	Ttg	29	11	0.37931	20272-20274
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218R	M6670R	nonsyn	aTg	aGg	26	26	1	20272-20274
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218K	M6670K	nonsyn	aTg	aAg	20	20	1	20272-20274
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218del2	M6670del2	del	aTG	a--	2	2	1	20272-20274
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218G	M6670G	nonsyn	ATG	GGT	1	1	1	20272-20274
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218A	M6670A	nonsyn	ATg	GCg	1	1	1	20272-20274
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218Y	M6670Y	nonsyn	ATG	TAC	1	1	1	20272-20274
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218S	M6670S	nonsyn	aTG	aGT	1	1	1	20272-20274

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	4573	4725	All	0.000875
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atA	106	4725	All	0.00002
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atC	46	4725	All	0.000009
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1127	1143	AY.4	0.001754
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atC	9	1143	AY.4	0.000014
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atA	7	1143	AY.4	0.000011
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218T	aTg	aCg	581	582	All	0.000111
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218T	aTG	aCT	1	582	All	0
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	553	555	B.1.617.2	0.002082
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atC	1	555	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atA	1	555	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	402	402	AY.39.1	0.015925
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218T	aTg	aCg	374	375	B.1.1	0.006785
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218T	aTG	aCT	1	375	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	217	226	AY.43	0.000961
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atA	8	226	AY.43	0.000035
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atC	1	226	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	184	184	AY.77	0.207441
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218V	Atg	Gtg	172	172	All	0.000033
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	136	169	B.1.1.7	0.000122
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atA	27	169	B.1.1.7	0.000024
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atC	6	169	B.1.1.7	0.000005
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	160	167	AY.3	0.001591
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atA	7	167	AY.3	0.00007
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	123	123	AY.98.1	0.005957
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	119	119	B.1.177	0.001567
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218del1	atG	at-	103	106	All	0.00002
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218del1	Atg	-tg	2	106	All	0
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218del1	AtG	-tT	1	106	All	0
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	100	103	B.1.1	0.001814
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atA	3	103	B.1.1	0.000054
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	98	100	AY.44	0.000597
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atA	2	100	AY.44	0.000012
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	86	86	AY.5	0.001776
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	79	79	AY.102	0.002095
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	74	74	B.1.400	0.031746
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218V	Atg	Gtg	70	70	AY.4	0.000109
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	66	68	B.1.2	0.000581
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atA	2	68	B.1.2	0.000018
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218del	ATG	---	66	66	All	0.000013
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	63	63	A.21	0.174515
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	58	58	B.1.177.86	0.01064
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	57	57	B.1.563	0.966102
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218T	aTg	aCg	52	52	AY.25	0.000313
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	47	47	B.1	0.00043
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	44	44	B.1.597	0.203704
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218del1	atG	at-	43	43	B.1.1	0.00078
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	30	38	AY.103	0.000186
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atA	7	38	AY.103	0.000043
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atC	1	38	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	36	36	AY.12	0.011378
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	26	31	AY.25	0.000156
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atA	5	31	AY.25	0.00003
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	30	31	AY.39	0.000741
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atC	1	31	AY.39	0.000025
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218L	Atg	Ctg	18	29	All	0.000003
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218L	Atg	Ttg	11	29	All	0.000002
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	28	29	AY.1	0.01108
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atA	1	29	AY.1	0.000396
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218T	aTg	aCg	29	29	B.1.2	0.000255
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	28	28	AY.120	0.001041
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218T	aTg	aCg	28	28	AY.4	0.000044
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218R	aTg	aGg	26	26	All	0.000005
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	26	26	AY.23	0.001813
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218T	aTg	aCg	22	22	B.1.617.2	0.000083
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218K	aTg	aAg	20	20	All	0.000004
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218V	Atg	Gtg	20	20	AY.4.2.1	0.00298
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	19	19	AY.29	0.0003
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	19	19	AY.33	0.001269
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	18	19	B.1.1.519	0.000715
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atA	1	19	B.1.1.519	0.00004
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atC	18	18	B.1.177.24	0.023316
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	17	17	B.1.240	0.003665
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	16	16	AY.48	0.007442
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218R	aTg	aGg	16	16	AY.9.1	0.00134
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218V	Atg	Gtg	15	15	AY.25	0.00009
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	14	14	B.1.160	0.000437
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	14	14	C.36	0.01275
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	12	13	AY.119	0.000424
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atA	1	13	AY.119	0.000035
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	13	13	AY.6	0.000535
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	13	13	B.1.36	0.001897
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218del1	atG	at-	13	13	B.40	0.004736
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	12	12	AY.114	0.002773
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	12	12	AY.4.2	0.00026
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218T	aTg	aCg	12	12	B.1.1.7	0.000011
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	11	11	AY.47	0.000342
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	11	11	AY.9.2	0.000404
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218V	Atg	Gtg	11	11	B.1.1.7	0.00001
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	10	10	AY.118	0.000626
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atA	7	10	B.1.526	0.000165
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	3	10	B.1.526	0.000071
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218V	Atg	Gtg	9	9	AY.43	0.00004
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218del1	atG	at-	9	9	B.1	0.000082
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	9	9	B.1.218	0.046392
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	7	8	AY.20	0.000272
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atA	1	8	AY.20	0.000039
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	8	8	B.1.596	0.000697
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atA	8	8	B.1.637	0.000585
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218L	Atg	Ctg	7	7	AY.14	0.000616
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	7	7	AY.46	0.000729
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	7	7	B.1.1.28	0.002179
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218K	aTg	aAg	7	7	B.1.1.7	0.000006
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218del	ATG	---	7	7	B.1.1.7	0.000006
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	7	7	B.1.582	0.003435
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218V	Atg	Gtg	7	7	B.1.617.2	0.000026
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218del	ATG	---	6	6	AY.25	0.000036
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	5	6	AY.26	0.000142
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atA	1	6	AY.26	0.000028
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218del	ATG	---	6	6	AY.43	0.000027
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	6	6	AY.45	0.00073
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	6	6	AY.46.6	0.000433
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	6	6	AY.84	0.002625
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218T	aTg	aCg	6	6	AY.9.2	0.00022
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218T	aTg	aCg	6	6	B.1	0.000055
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	5	6	B.1.1.33	0.002104
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atA	1	6	B.1.1.33	0.000421
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	6	6	B.1.1.356	0.051282
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atC	6	6	B.1.177.21	0.000459
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	6	6	B.1.234	0.000792
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	6	6	B.1.258	0.000399
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	5	5	AY.105	0.003215
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	5	5	AY.110	0.000563
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	5	5	AY.98	0.000395
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218del1	atG	at-	5	5	B	0.000639
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	5	5	B.1.1.189	0.007564
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	5	5	B.1.177.19	0.007153
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	3	5	B.1.243	0.000209
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atA	1	5	B.1.243	0.00007
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atC	1	5	B.1.243	0.00007
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218del1	atG	at-	5	5	B.1.391	0.005637
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218K	aTg	aAg	5	5	B.1.526	0.000118
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	4	5	D.2	0.0003
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atC	1	5	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218del	ATG	---	4	4		0.222222
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	4	4	A.2	0.002647
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	4	4	AY.10	0.00212
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	4	4	AY.100	0.000184
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atA	4	4	AY.120.1	0.001284
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218del	ATG	---	4	4	AY.4	0.000006
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	4	4	AY.42	0.000161
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218L	Atg	Ctg	4	4	AY.43	0.000018
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218V	Atg	Gtg	4	4	AY.44	0.000024
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218del	ATG	---	4	4	AY.59	0.002119
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	4	4	AY.73	0.002661
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	4	4	AY.75	0.000224
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218V	Atg	Gtg	4	4	B.1	0.000037
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	4	4	B.1.1.220	0.007435
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	3	4	B.1.1.222	0.000612
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atA	1	4	B.1.1.222	0.000204
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	4	4	B.1.1.25	0.002274
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	4	4	B.1.1.294	0.005063
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	4	4	B.1.1.437	0.041667
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218del	ATG	---	4	4	B.1.2	0.000035
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	4	4	B.1.258.22	0.010667
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	4	4	B.1.429	0.000094
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	4	4	B.1.503	0.00995
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	4	4	P.2	0.000747
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	3	3	AE.8	0.001467
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218T	aTg	aCg	3	3	AY.102	0.00008
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	3	3	AY.108	0.003308
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	3	3	AY.121	0.000406
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218T	aTg	aCg	3	3	AY.3	0.00003
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	3	3	AY.7.1	0.000338
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	3	3	AY.70	0.000626
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218V	Atg	Gtg	3	3	B.1.1	0.000054
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218del1	atG	at-	3	3	B.1.1.213	0.065217
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	3	3	B.1.1.305	0.011583
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218L	Atg	Ctg	2	3	B.1.1.7	0.000002
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218L	Atg	Ttg	1	3	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218T	aTg	aCg	3	3	B.1.160	0.000094
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218T	aTg	aCg	3	3	B.1.177	0.00004
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	3	3	B.1.177.8	0.002257
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218del	ATG	---	3	3	B.1.258	0.0002
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atA	2	3	B.1.351	0.000059
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	3	B.1.351	0.00003
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	3	3	B.1.36.29	0.001552
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	3	3	B.1.36.8	0.003
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	3	3	B.1.538	0.024194
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218del	ATG	---	3	3	B.1.617.2	0.000011
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	3	3	B.1.621	0.000266
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218T	aTg	aCg	3	3	P.1	0.000047
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	2	3	P.1	0.000032
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atA	1	3	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218del	ATG	---	3	3	P.1.15	0.000697
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atA	1	2	A	0.000387
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	2	A	0.000387
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218K	aTg	aAg	2	2	A.1	0.000564
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218del2	aTG	a--	2	2	All	0
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218V	Atg	Gtg	2	2	AY.100	0.000092
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218T	aTg	aCg	2	2	AY.100	0.000092
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218T	aTg	aCg	2	2	AY.118	0.000125
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	2	2	AY.14	0.000176
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218T	aTg	aCg	2	2	AY.20	0.000078
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218V	Atg	Gtg	2	2	AY.27	0.000129
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	2	AY.37	0.000316
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atA	1	2	AY.37	0.000316
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atA	1	2	AY.4.5	0.000107
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	2	AY.4.5	0.000107
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218T	aTg	aCg	2	2	AY.43	0.000009
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218T	aTg	aCg	2	2	AY.44	0.000012
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	2	2	AY.46.4	0.000329
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	2	2	AY.46.5	0.000397
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	2	2	AY.64	0.00119
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	2	2	AY.7	0.000392
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218V	Atg	Gtg	2	2	AY.75	0.000112
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218T	aTg	aCg	2	2	AY.84	0.000875
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	2	2	AY.9	0.000135
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	2	2	AY.93	0.000546
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218del	ATG	---	2	2	AY.98	0.000158
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	2	2	AY.99	0.002099
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	2	2	AY.99.1	0.003106
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	2	2	B	0.000256
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218L	Atg	Ttg	2	2	B.1	0.000018
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218R	aTg	aGg	2	2	B.1	0.000018
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218R	aTg	aGg	2	2	B.1.1	0.000036
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	2	2	B.1.1.1	0.000653
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218del1	atG	at-	2	2	B.1.1.10	0.00223
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	2	2	B.1.1.284	0.000215
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218del1	atG	at-	2	2	B.1.1.3	0.017391
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	2	2	B.1.1.326	0.003521
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	2	2	B.1.1.37	0.000386
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	2	2	B.1.1.434	0.000697
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218V	Atg	Gtg	2	2	B.1.1.50	0.001358
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218L	Atg	Ttg	2	2	B.1.1.519	0.000079
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	2	2	B.1.1.521	0.010695
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218V	Atg	Gtg	2	2	B.1.177	0.000026
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	2	2	B.1.177.57	0.000562
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	2	2	B.1.177.77	0.001452
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	2	2	B.1.177.81	0.000379
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218V	Atg	Gtg	2	2	B.1.2	0.000018
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218del1	atG	at-	1	2	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218del1	AtG	-tT	1	2	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	2	2	B.1.239	0.002442
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	2	2	B.1.413	0.008511
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218del	ATG	---	2	2	B.1.517	0.000854
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	2	2	B.1.525	0.000226
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218T	aTg	aCg	2	2	B.1.526	0.000047
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218V	Atg	Gtg	2	2	B.1.568	0.002222
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	2	B.1.568	0.001111
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atA	1	2	B.1.568	0.001111
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	2	2	B.1.617.1	0.000258
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218del1	atG	at-	2	2	B.31	0.007463
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	2	2	L.3	0.007092
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218del	ATG	---	2	2	P.1.1	0.000635
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	2	2	P.1.14	0.000096
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	2	2	P.4	0.007605
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218L	Atg	Ttg	1	1	A.1	0.000282
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218del	ATG	---	1	1	A.2.4	0.003367
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218del1	atG	at-	1	1	A.5	0.001923
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218Y	ATG	TAC	1	1	All	0
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218A	ATg	GCg	1	1	All	0
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218G	ATG	GGT	1	1	All	0
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218S	aTG	aGT	1	1	All	0
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218del1	Atg	-tg	1	1	AY.100	0.000046
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218V	Atg	Gtg	1	1	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218T	aTg	aCg	1	1	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218del	ATG	---	1	1	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	AY.109	0.00074
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	AY.113	0.000142
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	AY.116	0.000287
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	AY.117	0.000085
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	AY.13	0.000161
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218T	aTg	aCg	1	1	AY.16	0.00038
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218L	Atg	Ttg	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	AY.27	0.000065
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218del	ATG	---	1	1	AY.29	0.000016
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218R	aTg	aGg	1	1	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	AY.3.1	0.000085
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	AY.30	0.000396
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	AY.34	0.000097
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	AY.36	0.000148
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218T	aTg	aCg	1	1	AY.39	0.000025
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218T	aTg	aCg	1	1	AY.4.2.1	0.000149
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	AY.4.3	0.000842
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	AY.4.4	0.000409
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218T	aTg	aCg	1	1	AY.46	0.000104
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218L	Atg	Ttg	1	1	AY.46.1	0.001027
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218del1	atG	at-	1	1	AY.46.6	0.000072
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218T	aTg	aCg	1	1	AY.47	0.000031
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218T	aTg	aCg	1	1	AY.5.3	0.000337
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	AY.5.3	0.000337
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	AY.51	0.000909
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	AY.52	0.000814
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	AY.53	0.000288
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	AY.54	0.000095
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218A	ATg	GCg	1	1	AY.59	0.00053
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218T	aTg	aCg	1	1	AY.59	0.00053
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218V	Atg	Gtg	1	1	AY.59	0.00053
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218K	aTg	aAg	1	1	AY.59	0.00053
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	AY.61	0.000105
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	AY.65	0.000533
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	AY.68	0.000274
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218T	aTg	aCg	1	1	AY.75	0.000056
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	AY.75.1	0.00018
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218del	ATG	---	1	1	AY.78	0.001541
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218del	ATG	---	1	1	AY.85	0.000427
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	AY.85	0.000427
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218T	aTg	aCg	1	1	AY.88	0.000884
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	AY.89	0.004902
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	AY.9.1	0.000084
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	AY.90	0.000684
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	AY.91	0.00073
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	AY.92	0.000287
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	AZ.2	0.000821
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218del2	aTG	a--	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218L	Atg	Ttg	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	B.1.1.134	0.011364
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	B.1.1.153	0.001095
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218del1	atG	at-	1	1	B.1.1.164	0.005155
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	B.1.1.170	0.001247
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	B.1.1.194	0.00495
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	B.1.1.201	0.02439
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	B.1.1.214	0.000055
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	B.1.1.216	0.00089
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	B.1.1.251	0.007937
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218del1	atG	at-	1	1	B.1.1.257	0.009709
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218del1	atG	at-	1	1	B.1.1.279	0.001121
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218V	Atg	Gtg	1	1	B.1.1.28	0.000311
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	B.1.1.291	0.000742
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	B.1.1.302	0.002075
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	B.1.1.306	0.000438
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	B.1.1.316	0.000925
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218V	Atg	Gtg	1	1	B.1.1.317	0.000412
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	B.1.1.348	0.000796
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	B.1.1.372	0.000689
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218V	Atg	Gtg	1	1	B.1.1.385	0.004464
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	B.1.1.39	0.00051
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	B.1.1.404	0.015873
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	B.1.1.409	0.002833
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	B.1.1.411	0.014706
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	B.1.1.424	0.045455
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	B.1.1.432	0.001266
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218T	aTg	aCg	1	1	B.1.1.464	0.001473
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	B.1.1.59	0.006494
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	B.1.1.63	0.000386
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218del1	atG	at-	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218R	aTg	aGg	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218del	ATG	---	1	1	B.1.1.70	0.000341
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218del1	atG	at-	1	1	B.1.1.8	0.003584
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218T	aTg	aCg	1	1	B.1.1.83	0.00271
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	B.1.1.89	0.006061
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218del1	atG	at-	1	1	B.1.1.89	0.006061
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218del1	atG	at-	1	1	B.1.105	0.009615
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218del1	atG	at-	1	1	B.1.117	0.0125
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	B.1.12	0.008
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218del1	atG	at-	1	1	B.1.13	0.002375
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	B.1.139	0.000733
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	B.1.157	0.002985
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218del1	atG	at-	1	1	B.1.157	0.002985
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218L	Atg	Ttg	1	1	B.1.160	0.000031
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218V	Atg	Gtg	1	1	B.1.160.11	0.005714
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218L	Atg	Ctg	1	1	B.1.160.14	0.002119
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218L	Atg	Ctg	1	1	B.1.160.16	0.000929
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	B.1.160.23	0.004831
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218L	Atg	Ctg	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	B.1.177.11	0.001698
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218T	aTg	aCg	1	1	B.1.177.12	0.000152
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	B.1.177.33	0.001645
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	B.1.177.35	0.000691
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218L	Atg	Ctg	1	1	B.1.177.44	0.000519
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	B.1.177.58	0.001332
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218del	ATG	---	1	1	B.1.177.68	0.015152
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218T	aTg	aCg	1	1	B.1.177.75	0.001041
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218S	aTG	aGT	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218del2	aTG	a--	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218K	aTg	aAg	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218T	aTg	aCg	1	1	B.1.221	0.000071
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	B.1.221	0.000071
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218V	Atg	Gtg	1	1	B.1.258.17	0.000104
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	B.1.291	0.019231
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218V	Atg	Gtg	1	1	B.1.351	0.00003
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218T	aTg	aCg	1	1	B.1.351	0.00003
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218del	ATG	---	1	1	B.1.356	0.001727
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218R	aTg	aGg	1	1	B.1.36	0.000146
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218del	ATG	---	1	1	B.1.36.1	0.00114
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	B.1.36.1	0.00114
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218V	Atg	Gtg	1	1	B.1.36.22	0.001208
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	B.1.36.24	0.006173
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218del	ATG	---	1	1	B.1.36.29	0.000517
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	B.1.36.31	0.001751
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218L	Atg	Ctg	1	1	B.1.36.35	0.002604
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	B.1.362	0.001541
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	B.1.367	0.000792
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218del1	Atg	-tg	1	1	B.1.369	0.000285
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218del	ATG	---	1	1	B.1.375	0.00082
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218del1	atG	at-	1	1	B.1.400	0.000429
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	B.1.409	0.000781
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218del	ATG	---	1	1	B.1.416.1	0.001563
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218T	aTg	aCg	1	1	B.1.427	0.00005
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	B.1.428	0.00102
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	B.1.428.2	0.033333
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218T	aTg	aCg	1	1	B.1.429	0.000024
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218K	aTg	aAg	1	1	B.1.429	0.000024
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218Y	ATG	TAC	1	1	B.1.438.1	0.000107
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	B.1.451	0.008197
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	B.1.456	0.003268
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	B.1.459	0.004082
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218R	aTg	aGg	1	1	B.1.462	0.007246
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218T	aTg	aCg	1	1	B.1.466.2	0.000391
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218K	aTg	aAg	1	1	B.1.466.2	0.000391
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	B.1.466.2	0.000391
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	B.1.471	0.002732
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218T	aTg	aCg	1	1	B.1.492	0.007042
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	B.1.524	0.001406
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218T	aTg	aCg	1	1	B.1.525	0.000113
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	B.1.561	0.000397
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	B.1.565	0.00081
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	B.1.575	0.000303
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	B.1.576	0.000907
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218L	Atg	Ttg	1	1	B.1.580	0.004065
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218del	ATG	---	1	1	B.1.585	0.027778
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218V	Atg	Gtg	1	1	B.1.595	0.000261
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218V	Atg	Gtg	1	1	B.1.596	0.000087
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218T	aTg	aCg	1	1	B.1.596	0.000087
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218T	aTg	aCg	1	1	B.1.617.1	0.000129
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218G	ATG	GGT	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218V	Atg	Gtg	1	1	B.1.617.3	0.002985
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218del	ATG	---	1	1	B.1.620	0.000946
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218del1	atG	at-	1	1	B.1.621	0.000089
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218del	ATG	---	1	1	B.1.621.1	0.000506
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	B.1.8	0.001972
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atC	1	1	B.1.9	0.006173
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	B.1.93	0.000934
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218del1	atG	at-	1	1	B.1.93	0.000934
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218V	Atg	Gtg	1	1	B.12	0.00641
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218del1	atG	at-	1	1	B.3	0.000831
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218K	aTg	aAg	1	1	B.31	0.003731
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	B.4.8	0.071429
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atA	1	1	B.55	0.00295
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	B.6	0.00091
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atA	1	1	B.6.6	0.000889
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218del1	atG	at-	1	1	B.60	0.015873
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218del1	atG	at-	1	1	B.61	0.005747
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	C.1.2	0.004255
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atA	1	1	C.35	0.000774
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218V	Atg	Gtg	1	1	C.37	0.000116
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218R	aTg	aGg	1	1	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218K	aTg	aAg	1	1	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218R	aTg	aGg	1	1	P.1.14	0.000048
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218V	Atg	Gtg	1	1	P.1.2	0.001156
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	P.1.7	0.000319
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	Q.1	0.000126
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218del	ATG	---	1	1	Q.2	0.000613
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	Q.8	0.000165
ORF1ab/nsp15A1-B	218	M218I	atG	atT	1	1	R.1	0.00009

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.