CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp15A1-B : CodonNum = 196

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196H	Q6648H	nonsyn	caG	caT	1180	1173	0.994068	20206-20208
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196H	Q6648H	nonsyn	caG	caC	1180	7	0.0059322	20206-20208
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196Q	Q6648Q	syn	caG	caA	105	105	1	20206-20208
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196L	Q6648L	nonsyn	cAg	cTg	91	90	0.989011	20206-20208
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196L	Q6648L	nonsyn	cAG	cTT	91	1	0.010989	20206-20208
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196R	Q6648R	nonsyn	cAg	cGg	65	65	1	20206-20208
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196X	Q6648X	nonsyn	Cag	Tag	61	61	1	20206-20208
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196E	Q6648E	nonsyn	Cag	Gag	32	32	1	20206-20208
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196del	Q6648del	del	CAG	---	25	25	1	20206-20208
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196del1	Q6648del1	del	caG	ca-	18	17	0.944444	20206-20208
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196del1	Q6648del1	del	Cag	-ag	18	1	0.0555556	20206-20208
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196K	Q6648K	nonsyn	Cag	Aag	12	12	1	20206-20208
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196P	Q6648P	nonsyn	cAg	cCg	5	4	0.8	20206-20208
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196P	Q6648P	nonsyn	cAG	cCA	5	1	0.2	20206-20208
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196del2	Q6648del2	del	cAG	c--	3	2	0.666667	20206-20208
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196del2	Q6648del2	del	CAg	--g	3	1	0.333333	20206-20208
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196S	Q6648S	nonsyn	CAg	TCg	2	1	0.5	20206-20208
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196S	Q6648S	nonsyn	CAG	TCA	2	1	0.5	20206-20208
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196G	Q6648G	nonsyn	CAg	GGg	1	1	1	20206-20208
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196N	Q6648N	nonsyn	CaG	AaT	1	1	1	20206-20208

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196H	caG	caT	1173	1180	All	0.000224
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196H	caG	caC	7	1180	All	0.000001
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196H	caG	caT	336	336	B.1.1.7	0.000301
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196Q	caG	caA	105	105	All	0.00002
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196H	caG	caT	105	105	AY.33	0.007012
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196L	cAg	cTg	90	91	All	0.000017
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196L	cAG	cTT	1	91	All	0
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196H	caG	caT	84	85	AY.4	0.000131
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196H	caG	caC	1	85	AY.4	0.000002
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196H	caG	caT	78	78	B.1.1.461	0.939759
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196R	cAg	cGg	65	65	All	0.000012
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196X	Cag	Tag	61	61	All	0.000012
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196Q	caG	caA	60	60	AY.4	0.000093
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196H	caG	caT	50	50	B.1.2	0.00044
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196H	caG	caT	36	38	B.1.617.2	0.000136
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196H	caG	caC	2	38	B.1.617.2	0.000008
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196H	caG	caT	37	37	AY.44	0.000225
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196H	caG	caT	37	37	B.1.160	0.001154
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196E	Cag	Gag	32	32	All	0.000006
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196H	caG	caT	32	32	B.1.1.519	0.001271
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196H	caG	caT	30	30	R.1	0.0027
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196L	cAg	cTg	28	29	B.1.1.7	0.000025
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196L	cAG	cTT	1	29	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196H	caG	caT	26	26	AY.103	0.000161
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196del	CAG	---	25	25	All	0.000005
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196X	Cag	Tag	24	24	B.1.1.7	0.000021
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196H	caG	caT	23	23	AY.42	0.000925
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196H	caG	caT	23	23	B.1.1.222	0.004692
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196H	caG	caT	21	21	B.1.621	0.001859
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196del1	caG	ca-	17	18	All	0.000003
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196del1	Cag	-ag	1	18	All	0
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196H	caG	caT	15	15	B.1	0.000137
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196L	cAg	cTg	15	15	B.1.160	0.000468
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196H	caG	caT	14	14	AY.95	0.010654
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196H	caG	caT	12	13	B.1.1	0.000218
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196H	caG	caC	1	13	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196K	Cag	Aag	12	12	All	0.000002
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196H	caG	caT	12	12	AY.43	0.000053
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196H	caG	caT	12	12	Q.8	0.001979
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196L	cAg	cTg	11	11	AY.118	0.000689
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196R	cAg	cGg	11	11	B.1.617.2	0.000041
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196H	caG	caT	10	10	A.23.1	0.007042
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196R	cAg	cGg	10	10	AY.9.2	0.000367
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196Q	caG	caA	8	8	B.1.1.318	0.002414
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196R	cAg	cGg	7	7	AY.4	0.000011
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196L	cAg	cTg	7	7	Q.1	0.000884
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196H	caG	caT	6	6	AY.25	0.000036
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196L	cAg	cTg	6	6	AY.25	0.000036
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196H	caG	caT	6	6	AY.26	0.00017
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196E	Cag	Gag	6	6	AY.39	0.000148
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196L	cAg	cTg	6	6	AY.4	0.000009
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196Q	caG	caA	6	6	B.1.1.7	0.000005
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196del1	caG	ca-	6	6	B.1.2	0.000053
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196E	Cag	Gag	6	6	B.1.2	0.000053
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196H	caG	caT	6	6	B.1.480	0.014925
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196H	caG	caT	6	6	P.1	0.000095
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196P	cAg	cCg	4	5	All	0.000001
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196P	cAG	cCA	1	5	All	0
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196R	cAg	cGg	5	5	AY.103	0.000031
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196H	caG	caT	5	5	AY.120	0.000186
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196H	caG	caT	5	5	AY.39	0.000124
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196Q	caG	caA	5	5	AY.43	0.000022
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196H	caG	caT	5	5	AY.61	0.000524
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196Q	caG	caA	5	5	B.1.617.2	0.000019
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196X	Cag	Tag	5	5	D.2	0.000375
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196del	CAG	---	4	4		0.222222
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196H	caG	caT	4	4	AY.100	0.000184
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196del1	caG	ca-	4	4	AY.44	0.000024
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196H	caG	caT	4	4	AY.45	0.000487
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196H	caG	caT	4	4	AY.72	0.005442
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196H	caG	caT	4	4	B.1.1.389	0.024242
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196E	Cag	Gag	4	4	B.1.617.2	0.000015
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196del2	cAG	c--	2	3	All	0
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196del2	CAg	--g	1	3	All	0
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196H	caG	caT	2	3	AY.29	0.000032
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196H	caG	caC	1	3	AY.29	0.000016
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196H	caG	caT	3	3	AY.3	0.00003
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196E	Cag	Gag	3	3	AY.44	0.000018
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196Q	caG	caA	3	3	AY.44	0.000018
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196R	cAg	cGg	3	3	AY.46	0.000312
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196H	caG	caT	3	3	AY.5	0.000062
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196H	caG	caT	3	3	AY.6	0.000123
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196R	cAg	cGg	3	3	AY.61	0.000314
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196H	caG	caT	3	3	AY.98.1	0.000145
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196H	caG	caT	3	3	AY.99.2	0.000276
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196K	Cag	Aag	3	3	B.1	0.000027
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196E	Cag	Gag	3	3	B.1.1.28	0.000934
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196Q	caG	caA	3	3	B.1.1.434	0.001046
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196E	Cag	Gag	3	3	B.1.1.519	0.000119
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196H	caG	caT	3	3	B.1.177.15	0.001893
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196H	caG	caT	3	3	B.1.192	0.027778
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196del	CAG	---	3	3	B.1.2	0.000026
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196L	cAg	cTg	3	3	B.1.2	0.000026
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196X	Cag	Tag	3	3	B.1.2	0.000026
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196H	caG	caT	3	3	B.1.36	0.000438
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196H	caG	caT	3	3	B.1.36.10	0.014354
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196H	caG	caT	3	3	B.1.36.29	0.001552
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196H	caG	caT	3	3	B.1.369	0.000856
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196X	Cag	Tag	3	3	B.1.526	0.000071
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196H	caG	caT	3	3	B.1.596	0.000261
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196H	caG	caT	2	3	D.2	0.00015
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196H	caG	caC	1	3	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196H	caG	caT	3	3	P.1.17	0.000485
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196H	caG	caT	3	3	P.2	0.00056
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196S	CAG	TCA	1	2	All	0
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196S	CAg	TCg	1	2	All	0
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196R	cAg	cGg	2	2	AY.100	0.000092
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196H	caG	caT	2	2	AY.102	0.000053
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196H	caG	caT	2	2	AY.110	0.000225
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196Q	caG	caA	2	2	AY.120.1	0.000642
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196Q	caG	caA	2	2	AY.26	0.000057
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196E	Cag	Gag	2	2	AY.3	0.00002
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196L	cAg	cTg	2	2	AY.39	0.000049
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196E	Cag	Gag	2	2	AY.4	0.000003
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196H	caG	caT	2	2	AY.4.2	0.000043
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196del	CAG	---	2	2	AY.43	0.000009
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196R	cAg	cGg	2	2	AY.43	0.000009
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196L	cAg	cTg	2	2	AY.44	0.000012
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196H	caG	caT	2	2	AY.47	0.000062
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196R	cAg	cGg	2	2	AY.9.1	0.000167
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196H	caG	caT	2	2	AY.99	0.002099
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196R	cAg	cGg	2	2	B.1	0.000018
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196X	Cag	Tag	2	2	B.1	0.000018
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196del1	caG	ca-	1	2	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196del1	Cag	-ag	1	2	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196X	Cag	Tag	2	2	B.1.1	0.000036
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196L	cAg	cTg	2	2	B.1.1	0.000036
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196H	caG	caT	2	2	B.1.1.158	0.02439
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196H	caG	caT	2	2	B.1.1.214	0.000111
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196H	caG	caT	2	2	B.1.1.294	0.002532
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196R	cAg	cGg	2	2	B.1.1.58	0.010753
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196del	CAG	---	2	2	B.1.1.7	0.000002
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196R	cAg	cGg	2	2	B.1.177.60	0.000437
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196R	cAg	cGg	2	2	B.1.2	0.000018
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196H	caG	caT	2	2	B.1.258	0.000133
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196del	CAG	---	2	2	B.1.258	0.000133
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196H	caG	caT	2	2	B.1.258.9	0.01
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196H	caG	caT	2	2	B.1.351	0.000059
ORF1ab/nsp15A1-B	196	Q196H	caG	caT	2	2	B.1.396	0.001411
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CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.