CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp15A1-B : CodonNum = 19

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	Q6471H	nonsyn	caG	caT	8239	8178	0.992596	19675-19677
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	Q6471H	nonsyn	caG	caC	8239	61	0.00740381	19675-19677
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19Q	Q6471Q	syn	caG	caA	423	423	1	19675-19677
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19R	Q6471R	nonsyn	cAg	cGg	370	370	1	19675-19677
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19K	Q6471K	nonsyn	Cag	Aag	67	63	0.940298	19675-19677
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19K	Q6471K	nonsyn	CaG	AaA	67	4	0.0597015	19675-19677
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19E	Q6471E	nonsyn	Cag	Gag	45	39	0.866667	19675-19677
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19E	Q6471E	nonsyn	CaG	GaA	45	6	0.133333	19675-19677
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19del	Q6471del	del	CAG	---	39	39	1	19675-19677
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19X	Q6471X	nonsyn	Cag	Tag	17	17	1	19675-19677
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19L	Q6471L	nonsyn	cAg	cTg	9	7	0.777778	19675-19677
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19del1	Q6471del1	del	caG	ca-	9	6	0.666667	19675-19677
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19L	Q6471L	nonsyn	cAG	cTA	9	2	0.222222	19675-19677
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19del1	Q6471del1	del	Cag	-ag	9	1	0.111111	19675-19677
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19del1	Q6471del1	del	CAG	-NN	9	1	0.111111	19675-19677
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19del1	Q6471del1	del	cAg	c-g	9	1	0.111111	19675-19677
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19P	Q6471P	nonsyn	cAg	cCg	7	5	0.714286	19675-19677
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19P	Q6471P	nonsyn	cAG	cCA	7	2	0.285714	19675-19677
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19N	Q6471N	nonsyn	CaG	AaC	4	3	0.75	19675-19677
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19N	Q6471N	nonsyn	CaG	AaT	4	1	0.25	19675-19677
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19D	Q6471D	nonsyn	CaG	GaC	2	2	1	19675-19677
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19del2	Q6471del2	del	cAG	c--	2	2	1	19675-19677
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19T	Q6471T	nonsyn	CAg	ACg	2	1	0.5	19675-19677
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19T	Q6471T	nonsyn	CAG	ACA	2	1	0.5	19675-19677
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19M	Q6471M	nonsyn	CAg	ATg	1	1	1	19675-19677
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19I	Q6471I	nonsyn	CAG	ATA	1	1	1	19675-19677
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19S	Q6471S	nonsyn	CAg	TCg	1	1	1	19675-19677

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	8178	8239	All	0.001564
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caC	61	8239	All	0.000012
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	4233	4233	AY.114	0.978276
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	1371	1374	B.1.1.7	0.001227
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caC	3	1374	B.1.1.7	0.000003
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	819	819	B.1.139	0.60044
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19Q	caG	caA	423	423	All	0.000081
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19R	cAg	cGg	370	370	All	0.000071
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	281	281	AY.4	0.000437
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	233	233	AY.25	0.001401
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	208	208	AY.47	0.00647
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	177	180	B.1.617.2	0.000666
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caC	3	180	B.1.617.2	0.000011
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19Q	caG	caA	96	96	B.1.243	0.00668
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	85	85	B.1.1	0.001542
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	73	74	B.1	0.000669
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caC	1	74	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19K	Cag	Aag	63	67	All	0.000012
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19K	CaG	AaA	4	67	All	0.000001
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19R	cAg	cGg	66	66	B.1.1.7	0.000059
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	53	53	B.1.2	0.000467
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19E	Cag	Gag	39	45	All	0.000007
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19E	CaG	GaA	6	45	All	0.000001
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19R	cAg	cGg	43	43	AY.25	0.000259
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	43	43	AY.44	0.000262
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19Q	caG	caA	43	43	B.1.429	0.001012
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caC	40	42	B.1.526	0.00094
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	2	42	B.1.526	0.000047
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19R	cAg	cGg	40	40	AY.9.1	0.003349
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19del	CAG	---	39	39	All	0.000007
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19Q	caG	caA	39	39	B.1.1.7	0.000035
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	37	38	AY.103	0.00023
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caC	1	38	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	35	36	P.1	0.000551
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caC	1	36	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19R	cAg	cGg	34	34	AE.8	0.016626
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	34	34	B.1.509	0.029437
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19Q	caG	caA	30	30	AY.42	0.001207
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	30	30	AY.65	0.015991
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	27	29	B.1.177	0.000356
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caC	2	29	B.1.177	0.000026
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	28	28	AY.118	0.001754
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19R	cAg	cGg	26	26	B.1.243	0.001809
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19Q	caG	caA	25	25	AY.4	0.000039
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	21	25	AY.43	0.000093
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caC	4	25	AY.43	0.000018
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19Q	caG	caA	25	25	B.1.1.317	0.010292
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	22	22	AY.3	0.000219
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	21	21	AY.5	0.000434
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	19	19	A.2.5	0.009481
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	19	19	B.1.351	0.000565
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19X	Cag	Tag	17	17	All	0.000003
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	17	17	AY.46.6	0.001228
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19Q	caG	caA	16	16	B.1.617.2	0.00006
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19Q	caG	caA	14	14	AY.3	0.000139
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19K	Cag	Aag	14	14	B.1.1.7	0.000013
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	13	13	AY.46.2	0.008259
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19Q	caG	caA	13	13	B.1	0.000119
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19Q	caG	caA	13	13	B.1.2	0.000114
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19E	Cag	Gag	9	13	P.1	0.000142
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19E	CaG	GaA	4	13	P.1	0.000063
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19Q	caG	caA	12	12	AY.43	0.000053
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	12	12	B.1.221	0.000852
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19R	cAg	cGg	11	11	AY.98.1	0.000533
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19del	CAG	---	11	11	B.1.1.7	0.00001
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	11	11	B.1.469	0.039711
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	10	10	B.1.243	0.000696
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19L	cAg	cTg	7	9	All	0.000001
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19del1	caG	ca-	6	9	All	0.000001
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19L	cAG	cTA	2	9	All	0
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19del1	cAg	c-g	1	9	All	0
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19del1	CAG	-NN	1	9	All	0
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19del1	Cag	-ag	1	9	All	0
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19R	cAg	cGg	9	9	AY.103	0.000056
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19R	cAg	cGg	9	9	AY.4	0.000014
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19R	cAg	cGg	9	9	AY.43	0.00004
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19R	cAg	cGg	8	8	AD.1	0.032922
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	8	8	AY.26	0.000226
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19E	Cag	Gag	8	8	AY.4	0.000012
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	8	8	AY.42	0.000322
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	8	8	B.1.160	0.00025
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19K	Cag	Aag	8	8	P.1	0.000126
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19P	cAg	cCg	5	7	All	0.000001
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19P	cAG	cCA	2	7	All	0
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19Q	caG	caA	7	7	AY.103	0.000043
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	7	7	AY.5.3	0.002362
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19R	cAg	cGg	7	7	B.1.177	0.000092
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19R	cAg	cGg	7	7	B.1.2	0.000062
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19Q	caG	caA	6	6	AY.102	0.000159
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	6	6	AY.119	0.000212
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	6	6	AY.20	0.000233
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	6	6	AY.29	0.000095
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19R	cAg	cGg	6	6	AY.4.2	0.00013
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19Q	caG	caA	6	6	AY.44	0.000037
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	6	6	AY.54	0.000572
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	4	6	AY.98.1	0.000194
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caC	2	6	AY.98.1	0.000097
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19K	Cag	Aag	6	6	B.1.1.519	0.000238
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	6	6	B.1.438.2	0.115385
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19Q	caG	caA	6	6	P.1	0.000095
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19Q	caG	caA	5	5	AY.119	0.000177
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19Q	caG	caA	5	5	AY.36	0.000741
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19R	cAg	cGg	5	5	AY.39.2	0.007704
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	5	5	AY.92	0.001436
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19E	Cag	Gag	4	5	AY.99.2	0.000369
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19E	CaG	GaA	1	5	AY.99.2	0.000092
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19Q	caG	caA	5	5	B.1.1	0.000091
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	5	5	B.1.177.81	0.000947
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19R	cAg	cGg	5	5	B.1.234	0.00066
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19R	cAg	cGg	5	5	B.1.429	0.000118
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19R	cAg	cGg	5	5	B.1.617.2	0.000019
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19E	Cag	Gag	5	5	P.1.13	0.004492
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19K	Cag	Aag	2	4		0.111111
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19K	CaG	AaA	2	4		0.111111
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19N	CaG	AaC	3	4	All	0.000001
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19N	CaG	AaT	1	4	All	0
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	4	4	AY.23	0.000279
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19R	cAg	cGg	4	4	AY.4.5	0.00043
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19R	cAg	cGg	4	4	AY.44	0.000024
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	4	4	AY.46	0.000416
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	4	4	AY.75.1	0.000721
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19R	cAg	cGg	4	4	AY.75.1	0.000721
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	4	4	AY.9	0.00027
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19del1	caG	ca-	3	4	B.1.1.7	0.000003
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19del1	CAG	-NN	1	4	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19Q	caG	caA	4	4	B.1.177.86	0.000734
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	4	4	B.1.258	0.000266
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	4	4	C.37	0.000464
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19K	Cag	Aag	3	4	P.2	0.00056
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	3	4	P.2	0.00056
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caC	1	4	P.2	0.000187
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19K	CaG	AaA	1	4	P.2	0.000187
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	3	3	AY.117	0.000254
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19Q	caG	caA	3	3	AY.20	0.000117
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19R	cAg	cGg	3	3	AY.20	0.000117
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19R	cAg	cGg	3	3	AY.26	0.000085
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19Q	caG	caA	3	3	AY.39	0.000074
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	3	3	AY.4.2	0.000065
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19R	cAg	cGg	3	3	AY.54	0.000286
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	3	3	AY.6	0.000123
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	3	3	AY.74	0.000347
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	3	3	AY.75	0.000168
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	3	3	AY.99.2	0.000276
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19X	Cag	Tag	3	3	B.1	0.000027
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19R	cAg	cGg	3	3	B.1	0.000027
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19K	Cag	Aag	3	3	B.1	0.000027
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	3	3	B.1.1.222	0.000612
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	3	3	B.1.1.284	0.000322
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19R	cAg	cGg	3	3	B.1.210	0.006397
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	3	3	B.1.221.4	0.0125
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	3	3	B.1.234	0.000396
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19Q	caG	caA	3	3	B.1.526	0.000071
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	3	3	B.1.596	0.000261
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19Q	caG	caA	3	3	B.1.637	0.000219
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	3	3	B.40	0.001093
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19R	cAg	cGg	3	3	B.6	0.00273
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	3	3	P.1.14	0.000143
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	3	3	P.3	0.004785
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	3	3	Q.1	0.000379
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	3	3	Q.3	0.000435
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19del	CAG	---	2	2		0.111111
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19Q	caG	caA	2	2		0.111111
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19L	cAG	cTA	1	2		0.055556
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19T	CAG	ACA	1	2		0.055556
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19L	cAg	cTg	1	2		0.055556
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19T	CAg	ACg	1	2		0.055556
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19P	cAG	cCA	1	2		0.055556
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19P	cAg	cCg	1	2		0.055556
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19del	CAG	---	2	2	A	0.000774
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19del2	cAG	c--	2	2	All	0
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19D	CaG	GaC	2	2	All	0
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19T	CAG	ACA	1	2	All	0
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19T	CAg	ACg	1	2	All	0
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19Q	caG	caA	2	2	AY.100	0.000092
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19R	cAg	cGg	2	2	AY.100	0.000092
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19R	cAg	cGg	2	2	AY.102	0.000053
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	2	2	AY.108	0.002205
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	2	2	AY.110	0.000225
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	2	2	AY.113	0.000285
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	2	2	AY.12	0.000632
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	2	2	AY.120	0.000074
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19K	Cag	Aag	2	2	AY.20	0.000078
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19K	Cag	Aag	2	2	AY.23	0.000139
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19L	cAg	cTg	2	2	AY.23	0.000139
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19Q	caG	caA	2	2	AY.25	0.000012
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19R	cAg	cGg	2	2	AY.32	0.001065
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	2	2	AY.33	0.000134
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	2	2	AY.34	0.000194
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	2	2	AY.36	0.000296
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	2	2	AY.39	0.000049
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19E	Cag	Gag	2	2	AY.4.3	0.001684
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	2	2	AY.45	0.000243
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19R	cAg	cGg	2	2	AY.5	0.000041
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19K	Cag	Aag	2	2	AY.6	0.000082
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19Q	caG	caA	2	2	AY.6	0.000082
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	2	2	AY.61	0.00021
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	2	2	AY.67	0.000929
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19del1	caG	ca-	1	2	AY.9.2	0.000037
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19del1	Cag	-ag	1	2	AY.9.2	0.000037
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19del	CAG	---	2	2	B.1	0.000018
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19N	CaG	AaT	1	2	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19N	CaG	AaC	1	2	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19X	Cag	Tag	2	2	B.1.1	0.000036
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19del	CAG	---	2	2	B.1.1	0.000036
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	2	2	B.1.1.214	0.000111
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19Q	caG	caA	2	2	B.1.1.214	0.000111
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19del	CAG	---	2	2	B.1.1.315	0.016949
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19Q	caG	caA	2	2	B.1.1.519	0.000079
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	2	2	B.1.1.519	0.000079
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	2	2	B.1.1.528	0.009615
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19E	Cag	Gag	2	2	B.1.1.7	0.000002
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19Q	caG	caA	2	2	B.1.177	0.000026
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	2	2	B.1.177.7	0.00033
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19X	Cag	Tag	2	2	B.1.2	0.000018
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19del	CAG	---	2	2	B.1.2	0.000018
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19K	Cag	Aag	2	2	B.1.351	0.000059
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19R	cAg	cGg	2	2	B.1.351	0.000059
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	2	2	B.1.36.8	0.002
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19R	cAg	cGg	2	2	B.1.427	0.000101
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	2	2	B.1.427	0.000101
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	2	2	B.1.429	0.000047
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19R	cAg	cGg	2	2	B.1.466.2	0.000782
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	2	2	B.1.524	0.002813
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19K	Cag	Aag	2	2	B.1.617.2	0.000008
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19R	cAg	cGg	2	2	B.1.637	0.000146
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	2	2	C.30	0.003454
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19Q	caG	caA	2	2	C.30	0.003454
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19R	cAg	cGg	2	2	P.1	0.000032
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19del	CAG	---	2	2	P.1.15	0.000465
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19E	Cag	Gag	1	2	P.2	0.000187
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19E	CaG	GaA	1	2	P.2	0.000187
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	2	2	Q.8	0.00033
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19X	Cag	Tag	1	1		0.055556
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19M	CAg	ATg	1	1		0.055556
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19I	CAG	ATA	1	1		0.055556
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	1	1	A	0.000387
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	1	1	A.23	0.010526
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19M	CAg	ATg	1	1	All	0
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19I	CAG	ATA	1	1	All	0
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19S	CAg	TCg	1	1	All	0
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19E	Cag	Gag	1	1	AY.102	0.000027
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19K	Cag	Aag	1	1	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19R	cAg	cGg	1	1	AY.113	0.000142
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19R	cAg	cGg	1	1	AY.116	0.000287
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19del	CAG	---	1	1	AY.116	0.000287
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19R	cAg	cGg	1	1	AY.117	0.000085
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19K	Cag	Aag	1	1	AY.118	0.000063
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19del	CAG	---	1	1	AY.118	0.000063
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19R	cAg	cGg	1	1	AY.118	0.000063
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19del	CAG	---	1	1	AY.120	0.000037
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19R	cAg	cGg	1	1	AY.121	0.000135
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19K	Cag	Aag	1	1	AY.121	0.000135
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19R	cAg	cGg	1	1	AY.13	0.000161
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19R	cAg	cGg	1	1	AY.23	0.00007
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19K	Cag	Aag	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19X	Cag	Tag	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19Q	caG	caA	1	1	AY.26	0.000028
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19R	cAg	cGg	1	1	AY.27	0.000065
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19K	Cag	Aag	1	1	AY.29	0.000016
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19R	cAg	cGg	1	1	AY.29	0.000016
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19R	cAg	cGg	1	1	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19Q	caG	caA	1	1	AY.3.1	0.000085
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19K	Cag	Aag	1	1	AY.3.1	0.000085
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19E	Cag	Gag	1	1	AY.30	0.000396
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19R	cAg	cGg	1	1	AY.37	0.000316
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	1	1	AY.37	0.000316
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	1	1	AY.38	0.000499
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19R	cAg	cGg	1	1	AY.39	0.000025
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	1	1	AY.39.1	0.00004
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	1	1	AY.4.3	0.000842
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	1	1	AY.4.5	0.000107
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19del	CAG	---	1	1	AY.4.5	0.000107
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	1	1	AY.40	0.000964
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19del1	cAg	c-g	1	1	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19del	CAG	---	1	1	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19X	Cag	Tag	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19P	cAg	cCg	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19del	CAG	---	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19K	Cag	Aag	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19Q	caG	caA	1	1	AY.45	0.000122
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19K	Cag	Aag	1	1	AY.46	0.000104
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19R	cAg	cGg	1	1	AY.46.2	0.000635
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	1	1	AY.46.5	0.000198
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19Q	caG	caA	1	1	AY.47	0.000031
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19R	cAg	cGg	1	1	AY.48	0.000465
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19Q	caG	caA	1	1	AY.5	0.000021
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19K	Cag	Aag	1	1	AY.5	0.000021
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19E	Cag	Gag	1	1	AY.5	0.000021
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19Q	caG	caA	1	1	AY.52	0.000814
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	1	1	AY.58	0.000907
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19del1	caG	ca-	1	1	AY.6	0.000041
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19R	cAg	cGg	1	1	AY.61	0.000105
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19Q	caG	caA	1	1	AY.62	0.000436
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19del	CAG	---	1	1	AY.62	0.000436
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19K	CaG	AaA	1	1	AY.67	0.000464
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	1	1	AY.68	0.000274
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	1	1	AY.70	0.000209
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	1	1	AY.71	0.000475
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19del1	caG	ca-	1	1	AY.71	0.000475
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19E	Cag	Gag	1	1	AY.83	0.001724
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	1	1	AY.84	0.000437
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	1	1	AY.85	0.000427
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19R	cAg	cGg	1	1	AY.85	0.000427
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19Q	caG	caA	1	1	AY.9	0.000068
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	1	1	AY.9.1	0.000084
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19Q	caG	caA	1	1	AY.9.2	0.000037
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	1	1	AY.9.2	0.000037
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19P	cAg	cCg	1	1	AY.90	0.000684
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19Q	caG	caA	1	1	AY.99.2	0.000092
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	1	1	B	0.000128
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19L	cAg	cTg	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19R	cAg	cGg	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19K	Cag	Aag	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caC	1	1	B.1.1.1	0.000327
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	1	1	B.1.1.207	0.001182
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	1	1	B.1.1.216	0.00089
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19Q	caG	caA	1	1	B.1.1.216	0.00089
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	1	1	B.1.1.25	0.000569
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	1	1	B.1.1.262	0.015152
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19del	CAG	---	1	1	B.1.1.301	0.001179
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	1	1	B.1.1.306	0.000438
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19X	Cag	Tag	1	1	B.1.1.306	0.000438
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	1	1	B.1.1.312	0.001912
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19Q	caG	caA	1	1	B.1.1.316	0.000925
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19R	cAg	cGg	1	1	B.1.1.317	0.000412
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19Q	caG	caA	1	1	B.1.1.326	0.001761
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	1	1	B.1.1.37	0.000193
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19R	cAg	cGg	1	1	B.1.1.372	0.000689
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19R	cAg	cGg	1	1	B.1.1.413	0.006897
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19S	CAg	TCg	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19X	Cag	Tag	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19del2	cAG	c--	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19P	cAg	cCg	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19X	Cag	Tag	1	1	B.1.1.70	0.000341
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19del	CAG	---	1	1	B.1.1.70	0.000341
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	1	1	B.1.104	0.00369
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19del	CAG	---	1	1	B.1.140	0.018868
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19X	Cag	Tag	1	1	B.1.160	0.000031
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19L	cAg	cTg	1	1	B.1.160	0.000031
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19del	CAG	---	1	1	B.1.160	0.000031
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19R	cAg	cGg	1	1	B.1.160.16	0.000929
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	1	1	B.1.160.8	0.001289
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19del2	cAG	c--	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19Q	caG	caA	1	1	B.1.177.21	0.000076
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	1	1	B.1.177.50	0.004695
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	1	1	B.1.177.60	0.000218
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	1	1	B.1.177.65	0.000665
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19del	CAG	---	1	1	B.1.177.73	0.000566
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	1	1	B.1.177.82	0.000477
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	1	1	B.1.177.87	0.000728
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19L	cAG	cTA	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	1	1	B.1.210	0.002132
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19K	Cag	Aag	1	1	B.1.221	0.000071
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	1	1	B.1.240	0.000216
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19R	cAg	cGg	1	1	B.1.258	0.000067
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19del	CAG	---	1	1	B.1.258	0.000067
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	1	1	B.1.258.14	0.00098
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19R	cAg	cGg	1	1	B.1.258.17	0.000104
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	1	1	B.1.258.17	0.000104
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19Q	caG	caA	1	1	B.1.258.2	0.004505
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19X	Cag	Tag	1	1	B.1.325	0.006897
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19X	Cag	Tag	1	1	B.1.343	0.020833
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	1	1	B.1.349	0.000715
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19Q	caG	caA	1	1	B.1.36.17	0.000494
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	1	1	B.1.396	0.000706
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19K	Cag	Aag	1	1	B.1.417	0.028571
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19R	cAg	cGg	1	1	B.1.422	0.000812
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19R	cAg	cGg	1	1	B.1.426	0.001009
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19Q	caG	caA	1	1	B.1.427	0.00005
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19Q	caG	caA	1	1	B.1.438.1	0.000107
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19Q	caG	caA	1	1	B.1.466.2	0.000391
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19Q	caG	caA	1	1	B.1.495	0.009091
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19Q	caG	caA	1	1	B.1.517	0.000427
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19Q	caG	caA	1	1	B.1.525	0.000113
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	1	1	B.1.547	0.02439
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	1	1	B.1.565	0.00081
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	1	1	B.1.580	0.004065
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19L	cAg	cTg	1	1	B.1.609	0.000479
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	1	1	B.1.617.1	0.000129
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19P	cAG	cCA	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19E	Cag	Gag	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19R	cAg	cGg	1	1	B.1.621	0.000089
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19Q	caG	caA	1	1	B.1.621	0.000089
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19K	Cag	Aag	1	1	B.1.621	0.000089
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19K	Cag	Aag	1	1	B.1.91	0.002075
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caC	1	1	B.1.91	0.002075
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19N	CaG	AaC	1	1	B.1.91	0.002075
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19E	Cag	Gag	1	1	B.23	0.002924
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19P	cAg	cCg	1	1	B.39	0.002331
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19K	Cag	Aag	1	1	B.6	0.00091
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19K	Cag	Aag	1	1	B.6.6	0.000889
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	1	1	C.35	0.000774
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	1	1	C.36	0.000911
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19Q	caG	caA	1	1	C.37	0.000116
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	1	1	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19X	Cag	Tag	1	1	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19D	CaG	GaC	1	1	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19del	CAG	---	1	1	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	1	1	P.1.10	0.000269
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19E	Cag	Gag	1	1	P.1.14	0.000048
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19K	Cag	Aag	1	1	P.1.17	0.000162
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19L	cAg	cTg	1	1	P.1.17	0.000162
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	1	1	P.1.17	0.000162
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	1	1	P.1.7	0.000319
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19N	CaG	AaC	1	1	P.2	0.000187
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19E	Cag	Gag	1	1	P.7	0.004367
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caC	1	1	P.7	0.004367
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19D	CaG	GaC	1	1	P.7	0.004367
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19Q	caG	caA	1	1	Q.3	0.000145
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	1	1	Q.7	0.001111
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19R	cAg	cGg	1	1	Q.8	0.000165
ORF1ab/nsp15A1-B	19	Q19H	caG	caT	1	1	R.1	0.00009

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.