CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp15A1-B : CodonNum = 19

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19HQ6471HnonsyncaGcaT823981780.99259619675-19677
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19HQ6471HnonsyncaGcaC8239610.0074038119675-19677
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19QQ6471QsyncaGcaA423423119675-19677
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19RQ6471RnonsyncAgcGg370370119675-19677
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19KQ6471KnonsynCagAag67630.94029819675-19677
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19KQ6471KnonsynCaGAaA6740.059701519675-19677
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19EQ6471EnonsynCagGag45390.86666719675-19677
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19EQ6471EnonsynCaGGaA4560.13333319675-19677
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19delQ6471deldelCAG---3939119675-19677
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19XQ6471XnonsynCagTag1717119675-19677
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19LQ6471LnonsyncAgcTg970.77777819675-19677
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19del1Q6471del1delcaGca-960.66666719675-19677
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19LQ6471LnonsyncAGcTA920.22222219675-19677
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19del1Q6471del1delCag-ag910.11111119675-19677
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19del1Q6471del1delCAG-NN910.11111119675-19677
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19del1Q6471del1delcAgc-g910.11111119675-19677
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19PQ6471PnonsyncAgcCg750.71428619675-19677
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19PQ6471PnonsyncAGcCA720.28571419675-19677
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19NQ6471NnonsynCaGAaC430.7519675-19677
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19NQ6471NnonsynCaGAaT410.2519675-19677
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19DQ6471DnonsynCaGGaC22119675-19677
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19del2Q6471del2delcAGc--22119675-19677
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19TQ6471TnonsynCAgACg210.519675-19677
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19TQ6471TnonsynCAGACA210.519675-19677
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19MQ6471MnonsynCAgATg11119675-19677
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19IQ6471InonsynCAGATA11119675-19677
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19SQ6471SnonsynCAgTCg11119675-19677

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19HcaGcaT81788239All0.001564
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19HcaGcaC618239All0.000012
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19HcaGcaT42334233AY.1140.978276
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19HcaGcaT13711374B.1.1.70.001227
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19HcaGcaC31374B.1.1.70.000003
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19HcaGcaT819819B.1.1390.60044
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19QcaGcaA423423All0.000081
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19RcAgcGg370370All0.000071
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19HcaGcaT281281AY.40.000437
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19HcaGcaT233233AY.250.001401
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19HcaGcaT208208AY.470.00647
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19HcaGcaT177180B.1.617.20.000666
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19HcaGcaC3180B.1.617.20.000011
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19QcaGcaA9696B.1.2430.00668
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19HcaGcaT8585B.1.10.001542
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19HcaGcaT7374B.10.000669
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19HcaGcaC174B.10.000009
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19KCagAag6367All0.000012
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19KCaGAaA467All0.000001
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19RcAgcGg6666B.1.1.70.000059
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19HcaGcaT5353B.1.20.000467
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19ECagGag3945All0.000007
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19ECaGGaA645All0.000001
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19RcAgcGg4343AY.250.000259
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19HcaGcaT4343AY.440.000262
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19QcaGcaA4343B.1.4290.001012
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19HcaGcaC4042B.1.5260.00094
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19HcaGcaT242B.1.5260.000047
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19RcAgcGg4040AY.9.10.003349
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19delCAG---3939All0.000007
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19QcaGcaA3939B.1.1.70.000035
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19HcaGcaT3738AY.1030.00023
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19HcaGcaC138AY.1030.000006
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19HcaGcaT3536P.10.000551
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19HcaGcaC136P.10.000016
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19RcAgcGg3434AE.80.016626
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19HcaGcaT3434B.1.5090.029437
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19QcaGcaA3030AY.420.001207
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19HcaGcaT3030AY.650.015991
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19HcaGcaT2729B.1.1770.000356
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19HcaGcaC229B.1.1770.000026
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19HcaGcaT2828AY.1180.001754
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19RcAgcGg2626B.1.2430.001809
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19QcaGcaA2525AY.40.000039
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19HcaGcaT2125AY.430.000093
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19HcaGcaC425AY.430.000018
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19QcaGcaA2525B.1.1.3170.010292
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19HcaGcaT2222AY.30.000219
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19HcaGcaT2121AY.50.000434
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19HcaGcaT1919A.2.50.009481
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19HcaGcaT1919B.1.3510.000565
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19XCagTag1717All0.000003
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19HcaGcaT1717AY.46.60.001228
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19QcaGcaA1616B.1.617.20.00006
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19QcaGcaA1414AY.30.000139
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19KCagAag1414B.1.1.70.000013
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19HcaGcaT1313AY.46.20.008259
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19QcaGcaA1313B.10.000119
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19QcaGcaA1313B.1.20.000114
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19ECagGag913P.10.000142
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19ECaGGaA413P.10.000063
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19QcaGcaA1212AY.430.000053
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19HcaGcaT1212B.1.2210.000852
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19RcAgcGg1111AY.98.10.000533
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19delCAG---1111B.1.1.70.00001
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19HcaGcaT1111B.1.4690.039711
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19HcaGcaT1010B.1.2430.000696
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19LcAgcTg79All0.000001
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19del1caGca-69All0.000001
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19LcAGcTA29All0
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19del1cAgc-g19All0
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19del1CAG-NN19All0
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19del1Cag-ag19All0
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19RcAgcGg99AY.1030.000056
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19RcAgcGg99AY.40.000014
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19RcAgcGg99AY.430.00004
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19RcAgcGg88AD.10.032922
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19HcaGcaT88AY.260.000226
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19ECagGag88AY.40.000012
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19HcaGcaT88AY.420.000322
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19HcaGcaT88B.1.1600.00025
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19KCagAag88P.10.000126
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19PcAgcCg57All0.000001
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19PcAGcCA27All0
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19QcaGcaA77AY.1030.000043
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19HcaGcaT77AY.5.30.002362
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19RcAgcGg77B.1.1770.000092
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19RcAgcGg77B.1.20.000062
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19QcaGcaA66AY.1020.000159
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19HcaGcaT66AY.1190.000212
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19HcaGcaT66AY.200.000233
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19HcaGcaT66AY.290.000095
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19RcAgcGg66AY.4.20.00013
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19QcaGcaA66AY.440.000037
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19HcaGcaT66AY.540.000572
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19HcaGcaT46AY.98.10.000194
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19HcaGcaC26AY.98.10.000097
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19KCagAag66B.1.1.5190.000238
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19HcaGcaT66B.1.438.20.115385
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19QcaGcaA66P.10.000095
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19QcaGcaA55AY.1190.000177
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19QcaGcaA55AY.360.000741
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19RcAgcGg55AY.39.20.007704
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19HcaGcaT55AY.920.001436
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19ECagGag45AY.99.20.000369
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19ECaGGaA15AY.99.20.000092
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19QcaGcaA55B.1.10.000091
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19HcaGcaT55B.1.177.810.000947
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19RcAgcGg55B.1.2340.00066
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19RcAgcGg55B.1.4290.000118
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19RcAgcGg55B.1.617.20.000019
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19ECagGag55P.1.130.004492
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19KCagAag240.111111
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19KCaGAaA240.111111
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19NCaGAaC34All0.000001
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19NCaGAaT14All0
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19HcaGcaT44AY.230.000279
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19RcAgcGg44AY.4.50.00043
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19RcAgcGg44AY.440.000024
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19HcaGcaT44AY.460.000416
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19HcaGcaT44AY.75.10.000721
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19RcAgcGg44AY.75.10.000721
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19HcaGcaT44AY.90.00027
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19del1caGca-34B.1.1.70.000003
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19del1CAG-NN14B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19QcaGcaA44B.1.177.860.000734
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19HcaGcaT44B.1.2580.000266
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19HcaGcaT44C.370.000464
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19KCagAag34P.20.00056
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19HcaGcaT34P.20.00056
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19HcaGcaC14P.20.000187
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19KCaGAaA14P.20.000187
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19HcaGcaT33AY.1170.000254
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19QcaGcaA33AY.200.000117
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19RcAgcGg33AY.200.000117
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19RcAgcGg33AY.260.000085
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19QcaGcaA33AY.390.000074
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19HcaGcaT33AY.4.20.000065
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19RcAgcGg33AY.540.000286
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19HcaGcaT33AY.60.000123
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19HcaGcaT33AY.740.000347
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19HcaGcaT33AY.750.000168
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19HcaGcaT33AY.99.20.000276
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19XCagTag33B.10.000027
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19RcAgcGg33B.10.000027
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19KCagAag33B.10.000027
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19HcaGcaT33B.1.1.2220.000612
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19HcaGcaT33B.1.1.2840.000322
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19RcAgcGg33B.1.2100.006397
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19HcaGcaT33B.1.221.40.0125
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19HcaGcaT33B.1.2340.000396
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19QcaGcaA33B.1.5260.000071
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19HcaGcaT33B.1.5960.000261
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19QcaGcaA33B.1.6370.000219
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19HcaGcaT33B.400.001093
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19RcAgcGg33B.60.00273
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19HcaGcaT33P.1.140.000143
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19HcaGcaT33P.30.004785
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19HcaGcaT33Q.10.000379
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19HcaGcaT33Q.30.000435
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19delCAG---220.111111
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19QcaGcaA220.111111
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19LcAGcTA120.055556
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19TCAGACA120.055556
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19LcAgcTg120.055556
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19TCAgACg120.055556
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19PcAGcCA120.055556
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19PcAgcCg120.055556
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19delCAG---22A0.000774
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19del2cAGc--22All0
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19DCaGGaC22All0
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19TCAGACA12All0
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19TCAgACg12All0
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19QcaGcaA22AY.1000.000092
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19RcAgcGg22AY.1000.000092
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19RcAgcGg22AY.1020.000053
ORF1ab/nsp15A1-B19Q19HcaGcaT22AY.1080.002205
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