CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp15A1-B : CodonNum = 168

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168I	I6620I	syn	atT	atA	726	529	0.72865	20122-20124
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168I	I6620I	syn	atT	atC	726	197	0.27135	20122-20124
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168del	I6620del	del	ATT	---	71	71	1	20122-20124
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168T	I6620T	nonsyn	aTt	aCt	69	69	1	20122-20124
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168V	I6620V	nonsyn	Att	Gtt	65	65	1	20122-20124
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168S	I6620S	nonsyn	aTt	aGt	61	61	1	20122-20124
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168L	I6620L	nonsyn	Att	Ctt	41	40	0.97561	20122-20124
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168L	I6620L	nonsyn	AtT	CtA	41	1	0.0243902	20122-20124
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168M	I6620M	nonsyn	atT	atG	15	15	1	20122-20124
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168F	I6620F	nonsyn	Att	Ttt	12	12	1	20122-20124
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168N	I6620N	nonsyn	aTt	aAt	5	5	1	20122-20124
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168A	I6620A	nonsyn	ATt	GCt	4	2	0.5	20122-20124
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168del1	I6620del1	del	ATT	-NN	4	1	0.25	20122-20124
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168del1	I6620del1	del	aTt	a-t	4	1	0.25	20122-20124
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168A	I6620A	nonsyn	ATT	GCG	4	1	0.25	20122-20124
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168del1	I6620del1	del	AtT	-tC	4	1	0.25	20122-20124
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168del1	I6620del1	del	atT	at-	4	1	0.25	20122-20124
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168A	I6620A	nonsyn	ATT	GCC	4	1	0.25	20122-20124
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168Q	I6620Q	nonsyn	ATT	CAA	1	1	1	20122-20124
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168G	I6620G	nonsyn	ATt	GGt	1	1	1	20122-20124

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168I	atT	atA	529	726	All	0.000101
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168I	atT	atC	197	726	All	0.000038
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168I	atT	atA	457	457	B.1.627	0.923232
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168I	atT	atC	89	94	B.1.1.7	0.00008
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168I	atT	atA	5	94	B.1.1.7	0.000004
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168del	ATT	---	71	71	All	0.000014
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168T	aTt	aCt	69	69	All	0.000013
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168V	Att	Gtt	65	65	All	0.000012
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168S	aTt	aGt	61	61	All	0.000012
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168L	Att	Ctt	40	41	All	0.000008
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168L	AtT	CtA	1	41	All	0
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168I	atT	atA	36	36	B.1.160.21	0.734694
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168S	aTt	aGt	31	31	AY.103	0.000192
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168del	ATT	---	18	18	B.1.1.7	0.000016
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168I	atT	atA	9	17	B.1	0.000082
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168I	atT	atC	8	17	B.1	0.000073
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168M	atT	atG	15	15	All	0.000003
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168I	atT	atC	12	14	AY.4	0.000019
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168I	atT	atA	2	14	AY.4	0.000003
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168T	aTt	aCt	13	13	B.1.1.7	0.000012
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168S	aTt	aGt	13	13	B.1.221	0.000923
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168F	Att	Ttt	12	12	All	0.000002
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168I	atT	atC	12	12	AY.113	0.001709
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168del	ATT	---	11	11	B.1.2	0.000097
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168V	Att	Gtt	10	10	AY.4.2	0.000217
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168T	aTt	aCt	8	8	B.1.1	0.000145
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168V	Att	Gtt	8	8	B.1.1.7	0.000007
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168L	Att	Ctt	7	7	AY.4	0.000011
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168T	aTt	aCt	7	7	AY.44	0.000043
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168L	Att	Ctt	7	7	B.1.526	0.000165
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168I	atT	atC	7	7	B.1.617.2	0.000026
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168L	Att	Ctt	6	6	AY.3	0.00006
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168I	atT	atC	6	6	AY.44	0.000037
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168I	atT	atA	6	6	B.1.1	0.000109
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168I	atT	atC	6	6	B.1.1.519	0.000238
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168N	aTt	aAt	5	5	All	0.000001
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168I	atT	atC	5	5	AY.100	0.00023
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168I	atT	atC	4	5	AY.103	0.000025
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168I	atT	atA	1	5	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168I	atT	atC	4	5	AY.5	0.000083
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168I	atT	atA	1	5	AY.5	0.000021
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168V	Att	Gtt	5	5	B.1	0.000046
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168del	ATT	---	5	5	B.1.617.2	0.000019
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168A	ATt	GCt	2	4	All	0
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168del1	ATT	-NN	1	4	All	0
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168A	ATT	GCG	1	4	All	0
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168del1	aTt	a-t	1	4	All	0
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168del1	AtT	-tC	1	4	All	0
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168del1	atT	at-	1	4	All	0
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168A	ATT	GCC	1	4	All	0
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168L	Att	Ctt	4	4	AY.111	0.000733
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168V	Att	Gtt	4	4	AY.3	0.00004
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168V	Att	Gtt	4	4	AY.4	0.000006
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168I	atT	atC	4	4	AY.43	0.000018
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168T	aTt	aCt	4	4	B.1	0.000037
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168del	ATT	---	4	4	B.1.526	0.000094
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168I	atT	atC	4	4	B.1.628	0.001409
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168V	Att	Gtt	3	3	A.21	0.00831
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168T	aTt	aCt	3	3	AY.4	0.000005
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168A	ATt	GCt	2	3	AY.43	0.000009
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168A	ATT	GCG	1	3	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168T	aTt	aCt	3	3	B	0.000383
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168S	aTt	aGt	3	3	B.1.1.7	0.000003
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168L	Att	Ctt	2	3	B.1.1.7	0.000002
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168L	AtT	CtA	1	3	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168I	atT	atC	3	3	B.1.2	0.000026
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168V	Att	Gtt	3	3	B.1.617.2	0.000011
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168del	ATT	---	2	2		0.111111
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168L	Att	Ctt	2	2		0.111111
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168F	Att	Ttt	2	2		0.111111
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168I	atT	atC	2	2	AY.120	0.000074
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168I	atT	atA	1	2	AY.20	0.000039
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168I	atT	atC	1	2	AY.20	0.000039
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168T	aTt	aCt	2	2	AY.25	0.000012
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168I	atT	atC	1	2	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168I	atT	atA	1	2	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168T	aTt	aCt	2	2	AY.33	0.000134
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168T	aTt	aCt	2	2	AY.39	0.000049
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168del	ATT	---	2	2	AY.43	0.000009
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168M	atT	atG	2	2	AY.43	0.000009
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168V	Att	Gtt	2	2	AY.44	0.000012
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168I	atT	atC	2	2	AY.47	0.000062
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168L	Att	Ctt	2	2	AY.47	0.000062
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168I	atT	atC	2	2	AY.5.4	0.000553
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168I	atT	atC	2	2	AY.77	0.002255
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168I	atT	atC	2	2	AY.98.1	0.000097
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168F	Att	Ttt	2	2	B.1	0.000018
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168V	Att	Gtt	2	2	B.1.1	0.000036
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168V	Att	Gtt	2	2	B.1.1.519	0.000079
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168del1	atT	at-	1	2	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168del1	ATT	-NN	1	2	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168T	aTt	aCt	2	2	B.1.160	0.000062
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168S	aTt	aGt	2	2	B.1.2	0.000018
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168M	atT	atG	2	2	B.1.2	0.000018
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168T	aTt	aCt	2	2	B.1.258	0.000133
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168del	ATT	---	2	2	B.1.258	0.000133
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168T	aTt	aCt	2	2	B.1.351	0.000059
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168M	atT	atG	2	2	B.1.36.9	0.006431
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168T	aTt	aCt	2	2	B.1.36.9	0.006431
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168V	Att	Gtt	2	2	B.1.526	0.000047
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168I	atT	atC	2	2	B.1.621.1	0.001012
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168I	atT	atC	1	2	B.1.637	0.000073
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168I	atT	atA	1	2	B.1.637	0.000073
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168T	aTt	aCt	2	2	B.40	0.000729
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168L	Att	Ctt	2	2	P.1	0.000032
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168Q	ATT	CAA	1	1	All	0
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168G	ATt	GGt	1	1	All	0
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168I	atT	atC	1	1	AU.2	0.002421
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168I	atT	atC	1	1	AY.102	0.000027
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168V	Att	Gtt	1	1	AY.102	0.000027
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168V	Att	Gtt	1	1	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168F	Att	Ttt	1	1	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168T	aTt	aCt	1	1	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168del	ATT	---	1	1	AY.107	0.000466
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168del	ATT	---	1	1	AY.113	0.000142
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168L	Att	Ctt	1	1	AY.118	0.000063
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168del	ATT	---	1	1	AY.120	0.000037
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168V	Att	Gtt	1	1	AY.19	0.00114
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168F	Att	Ttt	1	1	AY.20	0.000039
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168V	Att	Gtt	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168S	aTt	aGt	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168del	ATT	---	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168I	atT	atC	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168I	atT	atA	1	1	AY.26	0.000028
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168S	aTt	aGt	1	1	AY.29	0.000016
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168M	atT	atG	1	1	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168del	ATT	---	1	1	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168T	aTt	aCt	1	1	AY.3.1	0.000085
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168L	Att	Ctt	1	1	AY.33	0.000067
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168I	atT	atC	1	1	AY.33	0.000067
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168I	atT	atA	1	1	AY.38	0.000499
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168I	atT	atC	1	1	AY.39	0.000025
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168M	atT	atG	1	1	AY.4	0.000002
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168del	ATT	---	1	1	AY.4	0.000002
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168F	Att	Ttt	1	1	AY.4	0.000002
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168T	aTt	aCt	1	1	AY.4.2	0.000022
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168N	aTt	aAt	1	1	AY.4.3	0.000842
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168V	Att	Gtt	1	1	AY.42	0.00004
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168S	aTt	aGt	1	1	AY.42	0.00004
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168L	Att	Ctt	1	1	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168del	ATT	---	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168F	Att	Ttt	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168I	atT	atC	1	1	AY.45	0.000122
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168V	Att	Gtt	1	1	AY.46.4	0.000165
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168M	atT	atG	1	1	AY.5	0.000021
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168del	ATT	---	1	1	AY.54	0.000095
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168G	ATt	GGt	1	1	AY.59	0.00053
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168V	Att	Gtt	1	1	AY.59	0.00053
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168S	aTt	aGt	1	1	AY.59	0.00053
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168F	Att	Ttt	1	1	AY.7.1	0.000113
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168T	aTt	aCt	1	1	AY.71	0.000475
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168V	Att	Gtt	1	1	AY.74	0.000116
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168del	ATT	---	1	1	AY.84	0.000437
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168del	ATT	---	1	1	AY.85	0.000427
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168I	atT	atC	1	1	AY.9	0.000068
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168S	aTt	aGt	1	1	AY.9.2	0.000037
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168S	aTt	aGt	1	1	AY.95	0.000761
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168del	ATT	---	1	1	AY.99	0.001049
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168V	Att	Gtt	1	1	AY.99.1	0.001553
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168V	Att	Gtt	1	1	B	0.000128
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168del	ATT	---	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168S	aTt	aGt	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168N	aTt	aAt	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168S	aTt	aGt	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168A	ATT	GCC	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168L	Att	Ctt	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168del	ATT	---	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168V	Att	Gtt	1	1	B.1.1.1	0.000327
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168T	aTt	aCt	1	1	B.1.1.10	0.001115
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168del	ATT	---	1	1	B.1.1.170	0.001247
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168del	ATT	---	1	1	B.1.1.207	0.001182
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168T	aTt	aCt	1	1	B.1.1.218	0.007692
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168del	ATT	---	1	1	B.1.1.231	0.003096
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168V	Att	Gtt	1	1	B.1.1.318	0.000302
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168I	atT	atC	1	1	B.1.1.369	0.000446
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168F	Att	Ttt	1	1	B.1.1.37	0.000193
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168I	atT	atC	1	1	B.1.1.370	0.012658
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168L	Att	Ctt	1	1	B.1.1.378	0.007299
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168T	aTt	aCt	1	1	B.1.1.519	0.00004
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168I	atT	atA	1	1	B.1.1.526	0.003546
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168F	Att	Ttt	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168M	atT	atG	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168del	ATT	---	1	1	B.1.1.70	0.000341
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168T	aTt	aCt	1	1	B.1.1.89	0.006061
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168I	atT	atA	1	1	B.1.112	0.005181
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168T	aTt	aCt	1	1	B.1.13	0.002375
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168N	aTt	aAt	1	1	B.1.160	0.000031
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168I	atT	atA	1	1	B.1.160	0.000031
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168I	atT	atC	1	1	B.1.170	0.00431
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168I	atT	atC	1	1	B.1.173	0.026316
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168T	aTt	aCt	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168V	Att	Gtt	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168L	Att	Ctt	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168V	Att	Gtt	1	1	B.1.177.15	0.000631
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168I	atT	atA	1	1	B.1.177.73	0.000566
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168del	ATT	---	1	1	B.1.177.73	0.000566
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168V	Att	Gtt	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168T	aTt	aCt	1	1	B.1.223	0.002778
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168N	aTt	aAt	1	1	B.1.232	0.000537
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168V	Att	Gtt	1	1	B.1.243	0.00007
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168T	aTt	aCt	1	1	B.1.258.17	0.000104
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168S	aTt	aGt	1	1	B.1.351	0.00003
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168N	aTt	aAt	1	1	B.1.351	0.00003
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168V	Att	Gtt	1	1	B.1.351.2	0.000303
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168F	Att	Ttt	1	1	B.1.356	0.001727
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168I	atT	atA	1	1	B.1.356	0.001727
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168S	aTt	aGt	1	1	B.1.36	0.000146
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168V	Att	Gtt	1	1	B.1.36.1	0.00114
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168I	atT	atC	1	1	B.1.369	0.000285
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168L	Att	Ctt	1	1	B.1.409	0.000781
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168del	ATT	---	1	1	B.1.416.1	0.001563
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168del	ATT	---	1	1	B.1.427	0.00005
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168del	ATT	---	1	1	B.1.429	0.000024
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168M	atT	atG	1	1	B.1.462	0.007246
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168M	atT	atG	1	1	B.1.497	0.000315
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168M	atT	atG	1	1	B.1.499	0.00105
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168del	ATT	---	1	1	B.1.524	0.001406
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168I	atT	atC	1	1	B.1.561	0.000397
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168V	Att	Gtt	1	1	B.1.567	0.003333
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168I	atT	atC	1	1	B.1.576	0.000907
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168del	ATT	---	1	1	B.1.577	0.000687
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168del	ATT	---	1	1	B.1.585	0.027778
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168del	ATT	---	1	1	B.1.596	0.000087
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168del1	aTt	a-t	1	1	B.1.596	0.000087
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168del	ATT	---	1	1	B.1.617.1	0.000129
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168I	atT	atA	1	1	B.1.617.1	0.000129
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168del1	AtT	-tC	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168T	aTt	aCt	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168S	aTt	aGt	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168del	ATT	---	1	1	B.1.620	0.000946
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168T	aTt	aCt	1	1	B.1.621	0.000089
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168M	atT	atG	1	1	B.1.637	0.000073
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168I	atT	atC	1	1	B.1.91	0.002075
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168T	aTt	aCt	1	1	B.23	0.002924
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168L	Att	Ctt	1	1	B.40	0.000364
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168I	atT	atC	1	1	B.6	0.00091
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168S	aTt	aGt	1	1	C.16	0.00106
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168I	atT	atC	1	1	C.37	0.000116
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168I	atT	atA	1	1	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168Q	ATT	CAA	1	1	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168M	atT	atG	1	1	P.1.1	0.000318
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168I	atT	atC	1	1	Q.1	0.000126
ORF1ab/nsp15A1-B	168	I168V	Att	Gtt	1	1	R.1	0.00009

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.