CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp15A1-B : CodonNum = 145

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	E6597E	syn	gaA	gaG	6663	6663	1	20053-20055
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145del	E6597del	del	GAA	---	129	129	1	20053-20055
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145D	E6597D	nonsyn	gaA	gaC	112	65	0.580357	20053-20055
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145D	E6597D	nonsyn	gaA	gaT	112	47	0.419643	20053-20055
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145K	E6597K	nonsyn	Gaa	Aaa	54	53	0.981481	20053-20055
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145K	E6597K	nonsyn	GaA	AaG	54	1	0.0185185	20053-20055
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145G	E6597G	nonsyn	gAa	gGa	31	31	1	20053-20055
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145A	E6597A	nonsyn	gAa	gCa	24	24	1	20053-20055
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145X	E6597X	nonsyn	Gaa	Taa	20	19	0.95	20053-20055
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145X	E6597X	nonsyn	GaA	TaG	20	1	0.05	20053-20055
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145V	E6597V	nonsyn	gAa	gTa	12	9	0.75	20053-20055
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145V	E6597V	nonsyn	gAA	gTT	12	2	0.166667	20053-20055
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145V	E6597V	nonsyn	gAA	gTC	12	1	0.0833333	20053-20055
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145Q	E6597Q	nonsyn	Gaa	Caa	6	6	1	20053-20055
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145L	E6597L	nonsyn	GAa	TTa	2	2	1	20053-20055
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145T	E6597T	nonsyn	GAA	ACC	2	2	1	20053-20055
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145del1	E6597del1	del	GAA	-NN	2	1	0.5	20053-20055
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145del1	E6597del1	del	Gaa	-aa	2	1	0.5	20053-20055
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145N	E6597N	nonsyn	GaA	AaC	1	1	1	20053-20055
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145Y	E6597Y	nonsyn	GaA	TaC	1	1	1	20053-20055
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145del2	E6597del2	del	gAA	g--	1	1	1	20053-20055
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145P	E6597P	nonsyn	GAa	CCa	1	1	1	20053-20055

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	6663	6663	All	0.001274
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	881	881	B.1.1.7	0.000789
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	586	586	B.1.617.2	0.002207
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	527	527	AY.4	0.00082
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	508	508	AY.25	0.003056
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	298	298	AY.103	0.00185
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	246	246	AY.43	0.00109
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	234	234	P.1	0.003686
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	223	223	B.1	0.002043
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	207	207	B.1.241	0.168019
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	207	207	P.1.8	0.990431
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	195	195	R.1	0.017552
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	186	186	B.1.1.519	0.007386
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	176	176	AY.20	0.00684
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	153	153	B.1.609	0.073346
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	137	137	B.1.427	0.006918
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145del	GAA	---	129	129	All	0.000025
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145D	gaA	gaC	65	112	All	0.000012
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145D	gaA	gaT	47	112	All	0.000009
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	101	101	B.1.2	0.000889
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	99	99	B.1.1.291	0.073497
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	90	90	B.1.351	0.002675
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	82	82	AY.44	0.000499
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	58	58	AY.5	0.001198
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145K	Gaa	Aaa	53	54	All	0.00001
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145K	GaA	AaG	1	54	All	0
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	53	53	AY.3	0.000527
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	48	48	AY.29	0.000757
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	48	48	AY.98.1	0.002325
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	48	48	B.1.1	0.000871
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	48	48	B.1.526	0.001128
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	48	48	P.1.14	0.002294
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	42	42	AY.102	0.001114
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145del	GAA	---	40	40	B.1.1.7	0.000036
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	37	37	B.1.1.372	0.025482
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	36	36	B.1.258	0.002396
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	34	34	B.1.177	0.000448
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145G	gAa	gGa	31	31	All	0.000006
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	31	31	C.37	0.003598
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	30	30	B.1.429	0.000706
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	27	27	AY.46.5	0.005357
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	26	26	B.1.628	0.009161
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145A	gAa	gCa	24	24	All	0.000005
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	24	24	AY.9.2	0.000882
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	24	24	P.1.7	0.007663
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145D	gaA	gaC	13	23	AY.4	0.00002
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145D	gaA	gaT	10	23	AY.4	0.000016
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	23	23	AY.9	0.001555
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145K	Gaa	Aaa	23	23	B.1.1.7	0.000021
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145del	GAA	---	23	23	B.1.2	0.000203
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	22	22	AY.120	0.000818
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	22	22	AY.39	0.000544
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	21	21	AY.61	0.0022
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145X	Gaa	Taa	19	20	All	0.000004
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145X	GaA	TaG	1	20	All	0
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	19	19	AY.100	0.000874
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	19	19	AY.35	0.004428
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	19	19	AY.39.1	0.000753
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	19	19	AY.46	0.001978
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	17	17	AY.26	0.000481
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	14	14	AY.110	0.001578
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	14	14	B.1.243	0.000974
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	13	13	P.1.17	0.002103
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145V	gAa	gTa	9	12	All	0.000002
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145V	gAA	gTT	2	12	All	0
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145V	gAA	gTC	1	12	All	0
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	12	12	AY.47	0.000373
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	12	12	B.1.177.77	0.008715
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	12	12	P.1.15	0.002788
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145D	gaA	gaC	11	11	B.1.427	0.000555
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	10	10	AY.6	0.000411
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145G	gAa	gGa	10	10	B.1.1.7	0.000009
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	10	10	B.1.596	0.000871
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	9	9	AY.109	0.006657
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	9	9	AY.12	0.002845
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	9	9	AY.27	0.000582
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	9	9	AY.65	0.004797
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	9	9	AY.98	0.000711
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145D	gaA	gaC	5	9	B.1.1.7	0.000004
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145D	gaA	gaT	4	9	B.1.1.7	0.000004
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	9	9	B.1.177.4	0.0019
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	9	9	C.36	0.008197
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	9	9	C.36.3	0.005105
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	8	8	AY.119	0.000282
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145K	Gaa	Aaa	8	8	AY.16	0.003037
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	8	8	AY.16.1	0.003759
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	8	8	AY.23	0.000558
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	8	8	AY.4.2	0.000174
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145D	gaA	gaT	7	8	AY.43	0.000031
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145D	gaA	gaC	1	8	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	8	8	AY.75	0.000448
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	8	8	B.1.1.434	0.002788
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	8	8	B.1.565	0.006483
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	8	8	B.39	0.018648
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	8	8	P.1.4	0.007812
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145G	gAa	gGa	7	7	AY.103	0.000043
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	7	7	AY.33	0.000467
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	7	7	AY.7.1	0.000789
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145D	gaA	gaT	4	7	B.1	0.000037
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145D	gaA	gaC	3	7	B.1	0.000027
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145A	gAa	gCa	7	7	B.1.177	0.000092
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145D	gaA	gaT	7	7	B.1.234	0.000924
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	7	7	B.1.396	0.00494
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	7	7	B.1.621	0.00062
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	7	7	P.1.6	0.013619
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	7	7	Q.1	0.000884
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	6	6	A.2.5	0.002994
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145Q	Gaa	Caa	6	6	All	0.000001
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	6	6	AY.113	0.000854
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	6	6	AY.42	0.000241
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	6	6	AY.45	0.00073
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	6	6	AY.46.6	0.000433
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	6	6	AY.99.2	0.000553
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145A	gAa	gCa	6	6	B.1.1.7	0.000005
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	6	6	B.1.160	0.000187
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145K	Gaa	Aaa	6	6	B.1.177	0.000079
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	6	6	B.1.351.5	0.003597
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145del	GAA	---	6	6	B.1.617.2	0.000023
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145D	gaA	gaC	5	6	B.1.617.2	0.000019
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145D	gaA	gaT	1	6	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	6	6	Q.8	0.000989
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	5	5	AY.32	0.002662
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	5	5	AY.9.1	0.000419
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	5	5	B.1.1.222	0.00102
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	5	5	B.1.1.28	0.001556
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	5	5	B.1.110.3	0.003592
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	5	5	B.1.177.60	0.001092
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	5	5	B.1.239	0.006105
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145del	GAA	---	5	5	B.1.351	0.000149
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	5	5	B.1.36	0.00073
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	5	5	B.1.362	0.007704
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	5	5	B.1.503	0.012438
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	5	5	B.1.561	0.001985
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145D	gaA	gaC	5	5	P.1.14	0.000239
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145del	GAA	---	4	4		0.222222
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	4	4	AY.114	0.000924
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	4	4	AY.117	0.000338
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	4	4	AY.120.1	0.001284
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	4	4	AY.14	0.000352
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145D	gaA	gaC	3	4	AY.3	0.00003
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145D	gaA	gaT	1	4	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145K	Gaa	Aaa	4	4	AY.4	0.000006
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	4	4	AY.4.5	0.00043
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145del	GAA	---	4	4	AY.43	0.000018
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145X	Gaa	Taa	4	4	B.1.1.7	0.000004
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	4	4	B.1.525	0.000453
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145del	GAA	---	4	4	B.1.526	0.000094
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	4	4	P.1.12	0.001936
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	4	4	P.2	0.000747
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	3	3	A.23.1	0.002113
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	3	3	AY.106	0.001005
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	3	3	AY.116	0.00086
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145A	gAa	gCa	3	3	AY.117	0.000254
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145del	GAA	---	3	3	AY.121	0.000406
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	3	3	AY.28	0.005671
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	3	3	AY.3.1	0.000256
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145G	gAa	gGa	3	3	AY.4	0.000005
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145K	Gaa	Aaa	3	3	AY.43	0.000013
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	3	3	AY.7	0.000588
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	3	3	AY.71	0.001425
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	3	3	AY.92	0.000862
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	3	3	AY.95	0.002283
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	3	3	AY.99	0.003148
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145K	Gaa	Aaa	2	3	B.1.1	0.000036
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145K	GaA	AaG	1	3	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	3	3	B.1.1.214	0.000166
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	3	3	B.1.1.269	0.00406
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	3	3	B.1.177.44	0.001557
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	3	3	B.1.232	0.001612
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	3	3	B.1.336	0.007317
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	3	3	B.1.381	0.023438
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	3	3	B.1.466.2	0.001174
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	3	3	B.1.497	0.000944
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	3	3	B.1.546	0.011111
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	3	3	B.1.564	0.001278
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	3	3	B.1.575	0.00091
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	3	3	B.1.605	0.017857
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	3	3	B.1.637	0.000219
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	3	3	B.6.6	0.002667
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145X	Gaa	Taa	3	3	D.2	0.000225
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	3	3	D.2	0.000225
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145D	gaA	gaT	3	3	P.1	0.000047
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145L	GAa	TTa	2	2		0.111111
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145L	GAa	TTa	2	2	All	0
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145T	GAA	ACC	2	2	All	0
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145del1	GAA	-NN	1	2	All	0
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145del1	Gaa	-aa	1	2	All	0
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145D	gaA	gaC	1	2	AY.119	0.000035
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145D	gaA	gaT	1	2	AY.119	0.000035
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145del	GAA	---	2	2	AY.120	0.000074
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145D	gaA	gaC	2	2	AY.120	0.000074
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	2	2	AY.121	0.000271
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145Q	Gaa	Caa	2	2	AY.14	0.000176
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	2	2	AY.16	0.000759
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	2	2	AY.19	0.002281
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	2	2	AY.24	0.000862
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	2	2	AY.29.1	0.000441
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145del	GAA	---	2	2	AY.3	0.00002
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145G	gAa	gGa	2	2	AY.3	0.00002
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	2	2	AY.34.1	0.00102
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	2	2	AY.36	0.000296
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145D	gaA	gaT	1	2	AY.39	0.000025
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145D	gaA	gaC	1	2	AY.39	0.000025
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145Q	Gaa	Caa	2	2	AY.43	0.000009
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145D	gaA	gaC	2	2	AY.46.6	0.000144
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	2	2	AY.54	0.000191
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	2	2	AY.55	0.001835
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	2	2	AY.67	0.000929
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	2	2	AY.73	0.001331
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	2	2	AY.84	0.000875
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	2	2	AY.85	0.000854
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145A	gAa	gCa	2	2	AY.99	0.002099
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145V	gAa	gTa	2	2	AY.99.2	0.000184
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	2	2	B	0.000256
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145del	GAA	---	2	2	B.1	0.000018
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145del	GAA	---	2	2	B.1.1	0.000036
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145D	gaA	gaT	1	2	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145D	gaA	gaC	1	2	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	2	2	B.1.1.25	0.001137
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	2	2	B.1.1.317	0.000823
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	2	2	B.1.1.420	0.002012
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	2	2	B.1.1.466	0.017391
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	2	2	B.1.1.523	0.003125
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145T	GAA	ACC	2	2	B.1.1.7	0.000002
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	2	2	B.1.111	0.00235
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	2	2	B.1.128	0.001271
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	2	2	B.1.13	0.004751
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	2	2	B.1.139	0.001466
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145D	gaA	gaT	1	2	B.1.160	0.000031
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145D	gaA	gaC	1	2	B.1.160	0.000031
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	2	2	B.1.177.7	0.00033
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	2	2	B.1.177.75	0.002081
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145D	gaA	gaC	2	2	B.1.2	0.000018
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	2	2	B.1.221	0.000142
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	2	2	B.1.240	0.000431
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145del	GAA	---	2	2	B.1.258	0.000133
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	2	2	B.1.258.17	0.000208
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	2	2	B.1.342	0.2
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	2	2	B.1.397	0.009709
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145del	GAA	---	2	2	B.1.429	0.000047
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	2	2	B.1.456	0.006536
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	2	2	B.1.478	0.023529
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	2	2	B.1.516	0.003914
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	2	2	B.1.560	0.009259
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	2	2	B.1.576	0.001813
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145del	GAA	---	2	2	B.1.596	0.000174
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	2	2	B.1.617.1	0.000258
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	2	2	B.1.618	0.008065
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	2	2	B.1.76	0.022727
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	2	2	B.1.9.5	0.011364
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145G	gAa	gGa	2	2	D.2	0.00015
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	2	2	P.1.1	0.000635
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	2	2	Q.3	0.00029
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145D	gaA	gaC	1	1		0.055556
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	A	0.000387
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	A.1	0.000282
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	A.2	0.000662
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145del2	gAA	g--	1	1	All	0
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145P	GAa	CCa	1	1	All	0
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145Y	GaA	TaC	1	1	All	0
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145N	GaA	AaC	1	1	All	0
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	AM.4	0.003571
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	AP.1	0.001502
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	AY.10	0.00053
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145del	GAA	---	1	1	AY.100	0.000046
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145del	GAA	---	1	1	AY.107	0.000466
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	AY.107	0.000466
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145del	GAA	---	1	1	AY.108	0.001103
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	AY.111	0.000183
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145V	gAA	gTC	1	1	AY.113	0.000142
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	AY.118	0.000063
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145del	GAA	---	1	1	AY.118	0.000063
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145K	Gaa	Aaa	1	1	AY.120	0.000037
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145G	gAa	gGa	1	1	AY.20	0.000039
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145D	gaA	gaC	1	1	AY.23	0.00007
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145K	Gaa	Aaa	1	1	AY.24	0.000431
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145K	Gaa	Aaa	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145del	GAA	---	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145A	gAa	gCa	1	1	AY.26	0.000028
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145A	gAa	gCa	1	1	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145X	Gaa	Taa	1	1	AY.34	0.000097
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	AY.34	0.000097
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	AY.37	0.000316
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145X	Gaa	Taa	1	1	AY.4	0.000002
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145Q	Gaa	Caa	1	1	AY.4	0.000002
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145A	gAa	gCa	1	1	AY.4	0.000002
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145V	gAa	gTa	1	1	AY.4	0.000002
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	AY.4.2.1	0.000149
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145X	Gaa	Taa	1	1	AY.4.5	0.000107
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	AY.40	0.000964
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145V	gAa	gTa	1	1	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145G	gAa	gGa	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145del	GAA	---	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145X	GaA	TaG	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145V	gAa	gTa	1	1	AY.45	0.000122
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	AY.46.4	0.000165
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145Q	Gaa	Caa	1	1	AY.46.6	0.000072
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	AY.49	0.003195
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145del	GAA	---	1	1	AY.5	0.000021
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145A	gAa	gCa	1	1	AY.5	0.000021
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	AY.53	0.000288
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145K	Gaa	Aaa	1	1	AY.54	0.000095
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	AY.56	0.001605
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	AY.57	0.000656
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	AY.59	0.00053
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145X	Gaa	Taa	1	1	AY.61	0.000105
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	AY.62	0.000436
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	AY.66	0.00107
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	AY.7.2	0.000559
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	AY.72	0.001361
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145D	gaA	gaT	1	1	AY.75	0.000056
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	AY.75.1	0.00018
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	AY.79	0.001211
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	AY.8	0.000606
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	AY.80	0.001129
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145del2	gAA	g--	1	1	AY.82	0.001357
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145del	GAA	---	1	1	AY.84	0.000437
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145D	gaA	gaC	1	1	AY.9	0.000068
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145del	GAA	---	1	1	AY.9.2	0.000037
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145G	gAa	gGa	1	1	AY.9.2	0.000037
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145X	Gaa	Taa	1	1	AY.9.2	0.000037
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	AY.90	0.000684
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	AY.93	0.000273
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	AY.96	0.002075
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145del	GAA	---	1	1	AY.99	0.001049
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145del	GAA	---	1	1	AZ.2	0.000821
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145D	gaA	gaT	1	1	AZ.3	0.00152
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145G	gAa	gGa	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145X	Gaa	Taa	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145V	gAA	gTT	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145A	gAa	gCa	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145X	Gaa	Taa	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	B.1.1.1	0.000327
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	B.1.1.121	0.002427
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	B.1.1.161	0.003534
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145del	GAA	---	1	1	B.1.1.174	0.003378
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	B.1.1.189	0.001513
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145del	GAA	---	1	1	B.1.1.207	0.001182
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145A	gAa	gCa	1	1	B.1.1.216	0.00089
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	B.1.1.216	0.00089
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	B.1.1.228	0.003049
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	B.1.1.237	0.005405
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	B.1.1.277	0.000759
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	B.1.1.279	0.001121
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	B.1.1.284	0.000107
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	B.1.1.301	0.001179
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	B.1.1.303	0.002762
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	B.1.1.306	0.000438
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	B.1.1.31	0.066667
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	B.1.1.316	0.000925
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	B.1.1.318	0.000302
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	B.1.1.322	0.008772
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	B.1.1.326	0.001761
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145D	gaA	gaC	1	1	B.1.1.348	0.000796
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	B.1.1.348	0.000796
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145del	GAA	---	1	1	B.1.1.351	0.002793
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145D	gaA	gaT	1	1	B.1.1.354	0.004386
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	B.1.1.368	0.003086
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145D	gaA	gaC	1	1	B.1.1.372	0.000689
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	B.1.1.374	0.002375
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	B.1.1.378	0.007299
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	B.1.1.389	0.006061
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	B.1.1.39	0.00051
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	B.1.1.403	0.025641
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	B.1.1.407	0.041667
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	B.1.1.409	0.002833
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	B.1.1.41	0.006329
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	B.1.1.44	0.00241
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	B.1.1.448	0.002033
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	B.1.1.464	0.001473
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145N	GaA	AaC	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145Y	GaA	TaC	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145V	gAa	gTa	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145del1	GAA	-NN	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145del	GAA	---	1	1	B.1.1.70	0.000341
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	B.1.1.72	0.030303
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145D	gaA	gaC	1	1	B.1.110	0.004525
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145D	gaA	gaC	1	1	B.1.126	0.001276
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145X	Gaa	Taa	1	1	B.1.160.14	0.002119
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	B.1.160.33	0.004425
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145D	gaA	gaT	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	B.1.177.17	0.000821
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145X	Gaa	Taa	1	1	B.1.177.44	0.000519
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	B.1.177.58	0.001332
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145G	gAa	gGa	1	1	B.1.177.62	0.001192
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	B.1.177.67	0.007634
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	B.1.177.87	0.000728
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	B.1.195	0.005025
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145X	Gaa	Taa	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	B.1.22	0.001318
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	B.1.234	0.000132
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	B.1.236	0.002053
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	B.1.237	0.004975
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	B.1.258.11	0.000396
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	B.1.273	0.012987
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	B.1.311	0.000275
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145G	gAa	gGa	1	1	B.1.351	0.00003
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145X	Gaa	Taa	1	1	B.1.351	0.00003
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	B.1.351.2	0.000303
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145D	gaA	gaC	1	1	B.1.36	0.000146
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	B.1.36.1	0.00114
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145del	GAA	---	1	1	B.1.36.1	0.00114
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.36.1	0.00114
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	B.1.36.10	0.004785
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	B.1.36.27	0.000763
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	B.1.36.8	0.001
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	B.1.361	0.001289
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	B.1.375	0.00082
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	B.1.378	0.006849
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	B.1.399	0.001934
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	B.1.400	0.000429
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145del	GAA	---	1	1	B.1.416.1	0.001563
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	B.1.422	0.000812
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145del	GAA	---	1	1	B.1.427	0.00005
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	B.1.428	0.00102
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	B.1.453	0.003236
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	B.1.470	0.001404
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	B.1.471	0.002732
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145V	gAA	gTT	1	1	B.1.497	0.000315
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145del	GAA	---	1	1	B.1.515	0.014493
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145del	GAA	---	1	1	B.1.517	0.000427
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	B.1.520	0.021739
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	B.1.524	0.001406
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145del	GAA	---	1	1	B.1.524	0.001406
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145D	gaA	gaT	1	1	B.1.530	0.007143
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	B.1.545	0.014493
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	B.1.558	0.004566
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145D	gaA	gaT	1	1	B.1.560	0.00463
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	B.1.568	0.001111
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145del	GAA	---	1	1	B.1.577	0.000687
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	B.1.602	0.006536
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	B.1.612	0.002653
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145del	GAA	---	1	1	B.1.617.1	0.000129
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145P	GAa	CCa	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145G	gAa	gGa	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145X	Gaa	Taa	1	1	B.1.619	0.000871
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145del	GAA	---	1	1	B.1.620	0.000946
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	B.1.636	0.006711
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145D	gaA	gaC	1	1	B.1.88.1	0.004808
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	B.23	0.002924
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145del1	Gaa	-aa	1	1	B.34	0.013699
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145V	gAa	gTa	1	1	B.6	0.00091
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145V	gAa	gTa	1	1	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	N.5	0.001767
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145K	Gaa	Aaa	1	1	P.1.1	0.000318
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145del	GAA	---	1	1	P.1.15	0.000232
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	P.1.16	0.000374
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	P.1.2	0.001156
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145E	gaA	gaG	1	1	P.3	0.001595
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145V	gAa	gTa	1	1	Q.8	0.000165
ORF1ab/nsp15A1-B	145	E145del	GAA	---	1	1	Q.8	0.000165

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.