CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp15A1-B : CodonNum = 129

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VG6581VnonsyngGtgTt24312431120005-20007
ORF1ab/nsp15A1-B129G129SG6581SnonsynGgtAgt283283120005-20007
ORF1ab/nsp15A1-B129G129GG6581GsynggTggC1941810.9329920005-20007
ORF1ab/nsp15A1-B129G129GG6581GsynggTggG19490.046391820005-20007
ORF1ab/nsp15A1-B129G129GG6581GsynggTggA19440.020618620005-20007
ORF1ab/nsp15A1-B129G129DG6581DnonsyngGtgAt1661630.98192820005-20007
ORF1ab/nsp15A1-B129G129DG6581DnonsyngGTgAC16630.018072320005-20007
ORF1ab/nsp15A1-B129G129delG6581deldelGGT---147147120005-20007
ORF1ab/nsp15A1-B129G129CG6581CnonsynGgtTgt9898120005-20007
ORF1ab/nsp15A1-B129G129AG6581AnonsyngGtgCt18170.94444420005-20007
ORF1ab/nsp15A1-B129G129AG6581AnonsyngGTgCA1810.055555620005-20007
ORF1ab/nsp15A1-B129G129del1G6581del1delGgt-gt730.42857120005-20007
ORF1ab/nsp15A1-B129G129del1G6581del1delggTgg-720.28571420005-20007
ORF1ab/nsp15A1-B129G129del1G6581del1delGGT-NN710.14285720005-20007
ORF1ab/nsp15A1-B129G129del1G6581del1delGgT-gN710.14285720005-20007
ORF1ab/nsp15A1-B129G129RG6581RnonsynGgtCgt540.820005-20007
ORF1ab/nsp15A1-B129G129RG6581RnonsynGgTAgA510.220005-20007
ORF1ab/nsp15A1-B129G129NG6581NnonsynGGtAAt33120005-20007
ORF1ab/nsp15A1-B129G129del2G6581del2delGGT--N11120005-20007
ORF1ab/nsp15A1-B129G129HG6581HnonsynGGTCAC11120005-20007

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt24312431All0.000465
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt596596AY.250.003585
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt504504AY.40.000784
ORF1ab/nsp15A1-B129G129SGgtAgt283283All0.000054
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt227227B.1.1.70.000203
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt197197B.1.617.20.000742
ORF1ab/nsp15A1-B129G129GggTggC181194All0.000035
ORF1ab/nsp15A1-B129G129GggTggG9194All0.000002
ORF1ab/nsp15A1-B129G129GggTggA4194All0.000001
ORF1ab/nsp15A1-B129G129DgGtgAt163166All0.000031
ORF1ab/nsp15A1-B129G129DgGTgAC3166All0.000001
ORF1ab/nsp15A1-B129G129delGGT---147147All0.000028
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt112112AY.1030.000695
ORF1ab/nsp15A1-B129G129CGgtTgt9898All0.000019
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt9898AY.290.001546
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt9898AY.430.000434
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt6464AY.1050.041158
ORF1ab/nsp15A1-B129G129SGgtAgt5959B.1.3320.206294
ORF1ab/nsp15A1-B129G129CGgtTgt5454B.1.2430.003758
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt5050AY.30.000497
ORF1ab/nsp15A1-B129G129SGgtAgt4848B.1.1770.000632
ORF1ab/nsp15A1-B129G129GggTggC4646AY.250.000277
ORF1ab/nsp15A1-B129G129delGGT---4444B.1.1.70.000039
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt4242AY.1020.001114
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt4040B.1.10.000726
ORF1ab/nsp15A1-B129G129GggTggC2930AY.430.000128
ORF1ab/nsp15A1-B129G129GggTggG130AY.430.000004
ORF1ab/nsp15A1-B129G129SGgtAgt3030B.1.1600.000936
ORF1ab/nsp15A1-B129G129delGGT---3030B.1.20.000264
ORF1ab/nsp15A1-B129G129DgGtgAt2929AY.40.000045
ORF1ab/nsp15A1-B129G129SGgtAgt2525B.1.20.00022
ORF1ab/nsp15A1-B129G129SGgtAgt2222B.1.1.70.00002
ORF1ab/nsp15A1-B129G129GggTggC1922B.1.1.70.000017
ORF1ab/nsp15A1-B129G129GggTggG222B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp15A1-B129G129GggTggA122B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt1919B.1.5750.005765
ORF1ab/nsp15A1-B129G129AgGtgCt1718All0.000003
ORF1ab/nsp15A1-B129G129AgGTgCA118All0
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt1818AY.3.10.001535
ORF1ab/nsp15A1-B129G129SGgtAgt1818AY.40.000028
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt1818AY.440.00011
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt1818B.10.000165
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt1818B.1.1.1450.666667
ORF1ab/nsp15A1-B129G129DgGtgAt1818B.1.1.70.000016
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt1616B.1.20.000141
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt1616P.10.000252
ORF1ab/nsp15A1-B129G129SGgtAgt1515B.10.000137
ORF1ab/nsp15A1-B129G129DgGtgAt1515B.1.1.4200.015091
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt1313AY.1000.000598
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt1313AY.4.20.000282
ORF1ab/nsp15A1-B129G129GggTggC1313AY.99.20.001198
ORF1ab/nsp15A1-B129G129DgGtgAt1313B.1.617.20.000049
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt1111AY.390.000272
ORF1ab/nsp15A1-B129G129CGgtTgt99AY.40.000014
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt99AY.50.000186
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt99B.1.1770.000119
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt88AY.1130.001139
ORF1ab/nsp15A1-B129G129DgGtgAt88AY.430.000035
ORF1ab/nsp15A1-B129G129DgGtgAt88B.1.36.280.045977
ORF1ab/nsp15A1-B129G129del1Ggt-gt37All0.000001
ORF1ab/nsp15A1-B129G129del1ggTgg-27All0
ORF1ab/nsp15A1-B129G129del1GgT-gN17All0
ORF1ab/nsp15A1-B129G129del1GGT-NN17All0
ORF1ab/nsp15A1-B129G129SGgtAgt77AY.200.000272
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt77AY.260.000198
ORF1ab/nsp15A1-B129G129GggTggC77AY.40.000011
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt77AY.470.000218
ORF1ab/nsp15A1-B129G129delGGT---77B.1.617.20.000026
ORF1ab/nsp15A1-B129G129SGgtAgt66A.30.012579
ORF1ab/nsp15A1-B129G129DgGtgAt66AY.200.000233
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt66AY.4.2.10.000894
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt66AY.90.000406
ORF1ab/nsp15A1-B129G129AgGtgCt66B.1.1.3220.052632
ORF1ab/nsp15A1-B129G129DgGtgAt66B.1.1.5190.000238
ORF1ab/nsp15A1-B129G129delGGT---66B.1.3510.000178
ORF1ab/nsp15A1-B129G129RGgtCgt45All0.000001
ORF1ab/nsp15A1-B129G129RGgTAgA15All0
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt55AY.1210.000677
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt55AY.39.10.000198
ORF1ab/nsp15A1-B129G129SGgtAgt55AY.430.000022
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt55AY.46.20.003177
ORF1ab/nsp15A1-B129G129DgGtgAt55B.10.000046
ORF1ab/nsp15A1-B129G129CGgtTgt55B.10.000046
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt55B.1.360.00073
ORF1ab/nsp15A1-B129G129delGGT---55B.1.5260.000118
ORF1ab/nsp15A1-B129G129GggTggC55B.1.5260.000118
ORF1ab/nsp15A1-B129G129SGgtAgt55P.1.140.000239
ORF1ab/nsp15A1-B129G129delGGT---440.222222
ORF1ab/nsp15A1-B129G129DgGtgAt44AY.23.10.001669
ORF1ab/nsp15A1-B129G129AgGtgCt34AY.40.000005
ORF1ab/nsp15A1-B129G129AgGTgCA14AY.40.000002
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt44AY.420.000161
ORF1ab/nsp15A1-B129G129delGGT---44AY.430.000018
ORF1ab/nsp15A1-B129G129GggTggC44AY.440.000024
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt44AY.690.000747
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt44AY.980.000316
ORF1ab/nsp15A1-B129G129delGGT---44B.10.000037
ORF1ab/nsp15A1-B129G129SGgtAgt44B.1.10.000073
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt44B.1.1.3770.005525
ORF1ab/nsp15A1-B129G129GggTggC44B.1.1.4860.006309
ORF1ab/nsp15A1-B129G129CGgtTgt44B.1.1.70.000004
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt44B.1.4290.000094
ORF1ab/nsp15A1-B129G129SGgtAgt44B.1.617.20.000015
ORF1ab/nsp15A1-B129G129GggTggC44P.10.000063
ORF1ab/nsp15A1-B129G129SGgtAgt33A.2.5.30.030928
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt33A.290.015957
ORF1ab/nsp15A1-B129G129NGGtAAt33All0.000001
ORF1ab/nsp15A1-B129G129GggTggC33AY.1030.000019
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt33AY.1170.000254
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt33AY.1180.000188
ORF1ab/nsp15A1-B129G129delGGT---33AY.1210.000406
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt33AY.230.000209
ORF1ab/nsp15A1-B129G129SGgtAgt33AY.250.000018
ORF1ab/nsp15A1-B129G129GggTggC33AY.290.000047
ORF1ab/nsp15A1-B129G129delGGT---33AY.30.00003
ORF1ab/nsp15A1-B129G129CGgtTgt33AY.430.000013
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt33AY.460.000312
ORF1ab/nsp15A1-B129G129DgGtgAt33AY.50.000062
ORF1ab/nsp15A1-B129G129SGgtAgt33AY.50.000062
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt33AY.540.000286
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt33AY.60.000123
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt33AY.610.000314
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt33AY.640.001786
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt33B0.000383
ORF1ab/nsp15A1-B129G129GggTggG23B.10.000018
ORF1ab/nsp15A1-B129G129GggTggC13B.10.000009
ORF1ab/nsp15A1-B129G129DgGTgAC23B.1.10.000036
ORF1ab/nsp15A1-B129G129DgGtgAt13B.1.10.000018
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt33B.1.1.250.001706
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt33B.1.1.280.000934
ORF1ab/nsp15A1-B129G129GggTggC33B.1.1.4340.001046
ORF1ab/nsp15A1-B129G129NGGtAAt33B.1.1.70.000003
ORF1ab/nsp15A1-B129G129GggTggC33B.1.20.000026
ORF1ab/nsp15A1-B129G129DgGtgAt33B.1.20.000026
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt33B.1.3510.000089
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt33B.1.5260.000071
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt33B.1.5950.000783
ORF1ab/nsp15A1-B129G129delGGT---33B.1.5960.000261
ORF1ab/nsp15A1-B129G129GggTggC33B.1.617.20.000011
ORF1ab/nsp15A1-B129G129GggTggC33B.1.6200.002838
ORF1ab/nsp15A1-B129G129DgGtgAt33B.1.621.10.001517
ORF1ab/nsp15A1-B129G129DgGtgAt33D.20.000225
ORF1ab/nsp15A1-B129G129SGgtAgt33P.10.000047
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt33P.1.140.000143
ORF1ab/nsp15A1-B129G129GggTggC33P.1.150.000697
ORF1ab/nsp15A1-B129G129DgGtgAt22AY.1000.000092
ORF1ab/nsp15A1-B129G129CGgtTgt22AY.1020.000053
ORF1ab/nsp15A1-B129G129DgGtgAt22AY.1030.000012
ORF1ab/nsp15A1-B129G129SGgtAgt22AY.1030.000012
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt22AY.1140.000462
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt22AY.1190.000071
ORF1ab/nsp15A1-B129G129delGGT---22AY.1200.000074
ORF1ab/nsp15A1-B129G129GggTggC22AY.1200.000074
ORF1ab/nsp15A1-B129G129CGgtTgt22AY.130.000322
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt22AY.140.000176
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt22AY.200.000078
ORF1ab/nsp15A1-B129G129GggTggG12AY.30.00001
ORF1ab/nsp15A1-B129G129GggTggC12AY.30.00001
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt22AY.330.000134
ORF1ab/nsp15A1-B129G129CGgtTgt22AY.390.000049
ORF1ab/nsp15A1-B129G129delGGT---22AY.440.000012
ORF1ab/nsp15A1-B129G129DgGtgAt22AY.440.000012
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt22AY.450.000243
ORF1ab/nsp15A1-B129G129DgGtgAt22AY.46.60.000144
ORF1ab/nsp15A1-B129G129RGgtCgt22AY.470.000062
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt22AY.520.001629
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt22AY.570.001312
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt22AY.75.10.000361
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt22AY.780.003082
ORF1ab/nsp15A1-B129G129VgGtgTt22AY.9.20.000073
ORF1ab/nsp15A1-B129G129AgGtgCt22B.10.000018
ORF1ab/nsp15A1-B129G129del1Ggt-gt12B.10.000009
ORF1ab/nsp15A1-B129G129del1ggTgg-12B.10.000009
ORF1ab/nsp15A1-B129G129delGGT---22B.1.10.000036
ORF1ab/nsp15A1-B129G129CGgtTgt22B.1.10.000036
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