CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp14A2-B : Mut = M49I

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	M5974I	nonsyn	atG	atT	7495	7295	0.973316	18184-18186
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	M5974I	nonsyn	atG	atA	7495	146	0.0194797	18184-18186
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	M5974I	nonsyn	atG	atC	7495	54	0.0072048	18184-18186

Details of the mutation M49I within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	7295	7495	All	0.001395
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atA	146	7495	All	0.000028
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atC	54	7495	All	0.00001
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	2946	2979	B.1.1.7	0.002637
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atC	20	2979	B.1.1.7	0.000018
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atA	13	2979	B.1.1.7	0.000012
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	947	947	B.1.177.82	0.452029
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	905	905	B.1.258.14	0.887255
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	237	237	B.1.177.75	0.246618
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	200	205	B.1.617.2	0.000753
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atA	5	205	B.1.617.2	0.000019
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	138	153	B.1.177	0.001817
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atC	14	153	B.1.177	0.000184
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atA	1	153	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	133	145	AY.4	0.000207
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atA	8	145	AY.4	0.000012
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atC	4	145	AY.4	0.000006
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	143	143	B.1.1.39	0.072885
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	90	90	AY.60	0.084428
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	84	86	AY.44	0.000511
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atA	1	86	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atC	1	86	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	56	81	AY.43	0.000248
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atA	25	81	AY.43	0.000111
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	69	77	B.1	0.000632
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atC	4	77	B.1	0.000037
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atA	4	77	B.1	0.000037
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	62	62	B.1.357	0.590476
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	56	59	B.1.1	0.001016
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atC	2	59	B.1.1	0.000036
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atA	1	59	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	50	50	B.1.177.83	0.074074
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	49	49	B.1.258	0.003261
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	43	43	A.2.5	0.021457
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	41	42	AY.39	0.001013
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atA	1	42	AY.39	0.000025
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	40	41	P.1	0.00063
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atA	1	41	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	34	39	AY.3	0.000338
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atA	3	39	AY.3	0.00003
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atC	2	39	AY.3	0.00002
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	35	35	AY.102	0.000928
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	30	35	AY.103	0.000186
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atA	5	35	AY.103	0.000031
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	34	35	B.1.429	0.0008
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atA	1	35	B.1.429	0.000024
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	24	33	B.1.2	0.000211
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atA	8	33	B.1.2	0.00007
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atC	1	33	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	28	31	AY.25	0.000168
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atA	2	31	AY.25	0.000012
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atC	1	31	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	30	30	B.1.1.222	0.00612
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	29	29	AY.33	0.001937
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	25	26	AY.26	0.000708
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atA	1	26	AY.26	0.000028
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	24	26	B.1.427	0.001212
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atA	2	26	B.1.427	0.000101
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	25	25	B.1.306	0.142857
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atA	24	24	AY.83	0.041379
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	23	23	AY.120	0.000855
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	22	22	B.1.1.97	0.647059
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	20	20	AY.5	0.000413
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	19	19	B.1.1.277	0.014416
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	17	18	AY.9.1	0.001423
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atA	1	18	AY.9.1	0.000084
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	18	18	B.1.565	0.014587
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atA	17	17	B.1.1.50	0.011541
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	16	16	AY.34	0.001551
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	15	15	B.1.177.7	0.002473
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	13	13	AY.61	0.001362
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	13	13	B.1.160	0.000405
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	12	12	AY.29	0.000189
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	12	12	AY.6	0.000494
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	11	12	B.1.351	0.000327
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atC	1	12	B.1.351	0.00003
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	11	11	AY.20	0.000428
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	10	10	AY.42	0.000402
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	10	10	B.1.1.519	0.000397
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	8	9	AY.19	0.009122
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atC	1	9	AY.19	0.00114
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	9	9	AY.63	0.003482
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	9	9	B.1.621	0.000797
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	8	8	AY.5.3	0.002699
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	8	8	B.1.149	0.027397
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	8	8	B.1.177.21	0.000612
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	8	8	B.1.525	0.000905
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	4	7	AY.119	0.000141
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atA	3	7	AY.119	0.000106
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	7	7	AY.27	0.000453
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	7	7	AY.36	0.001037
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	6	7	AY.54	0.000572
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atA	1	7	AY.54	0.000095
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	6	7	AY.98	0.000474
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atA	1	7	AY.98	0.000079
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	6	7	B.1.1.306	0.00263
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atA	1	7	B.1.1.306	0.000438
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	6	6	A.2.5.3	0.061856
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	6	6	AY.4.2	0.00013
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	6	6	AY.75.1	0.001082
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	6	6	B.1.177.44	0.003114
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atA	6	6	C.14	0.025974
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	6	6	N.2	0.230769
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	3	5		0.166667
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atA	2	5		0.111111
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	5	5	AY.114	0.001156
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	5	5	AY.118	0.000313
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	5	5	AY.120.2.1	0.002491
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	5	5	AY.41	0.00147
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	5	5	AY.46	0.00052
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	5	5	AY.73	0.003327
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	5	5	B.1.1.28	0.001556
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	5	5	B.1.1.312	0.00956
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	5	5	B.1.1.33	0.002104
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	5	5	B.1.1.417	0.013514
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	5	5	B.1.1.516	0.333333
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	4	4	AY.3.1	0.000341
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	4	4	AY.4.5	0.00043
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	4	4	AY.46.6	0.000289
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	3	4	AY.47	0.000093
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atA	1	4	AY.47	0.000031
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	4	4	B.1.177.86	0.000734
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	4	4	B.1.221	0.000284
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	4	4	B.1.36	0.000584
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	4	4	B.1.509	0.003463
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	4	4	B.1.596	0.000349
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	4	4	N.8	0.125
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	4	4	P.1.10	0.001078
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	4	4	P.1.14	0.000191
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	4	4	P.1.15	0.000929
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	4	4	P.2	0.000747
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	3	3	AY.106	0.001005
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	3	3	AY.13	0.000483
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	3	3	AY.45	0.000365
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	2	3	AY.92	0.000575
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atA	1	3	AY.92	0.000287
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atC	3	3	B.1.1.289	0.00625
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	3	3	B.1.1.374	0.007126
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	3	3	B.1.240	0.000647
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	3	3	B.1.367	0.002377
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	3	3	B.1.564	0.001278
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	2	3	B.1.617.1	0.000258
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atA	1	3	B.1.617.1	0.000129
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	2	2	AY.10	0.00106
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	2	AY.100	0.000046
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atA	1	2	AY.100	0.000046
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	2	2	AY.113	0.000285
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	2	2	AY.117	0.000169
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	2	2	AY.32	0.001065
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	2	2	AY.38	0.000999
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	2	2	AY.4.4	0.000818
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	2	2	AY.46.5	0.000397
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	2	2	AY.52	0.001629
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	2	2	AY.65	0.001066
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	2	2	AY.68	0.000547
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	2	2	AY.75	0.000112
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	2	2	AY.8	0.001212
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	2	2	AY.87	0.001665
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	2	2	AY.9	0.000135
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	2	AY.9.2	0.000037
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atA	1	2	AY.9.2	0.000037
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	2	2	B.1.1.25	0.001137
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	2	2	B.1.1.46	0.008734
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	2	2	B.1.1.523	0.003125
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	2	2	B.1.177.40	0.010309
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	2	2	B.1.214.2	0.001199
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	2	2	B.1.218	0.010309
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	2	B.1.234	0.000132
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atA	1	2	B.1.234	0.000132
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	2	2	B.1.237	0.00995
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	2	2	B.1.243	0.000139
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	2	2	B.1.342	0.2
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	2	2	B.1.361	0.002577
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	2	2	B.1.363	0.025974
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	2	2	B.1.400	0.000858
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	2	2	B.1.422	0.001625
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	2	2	B.1.433	0.00639
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	2	2	B.1.448	0.005249
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	2	2	B.1.466.2	0.000782
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	2	2	B.1.474	0.003802
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	2	2	B.1.526	0.000047
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	2	2	B.1.561	0.000794
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	2	2	B.1.588	0.00182
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	2	2	B.1.595	0.000522
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	2	2	B.1.609	0.000959
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	2	2	B.1.621.1	0.001012
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	2	2	B.1.627	0.00404
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	2	2	B.1.88.1	0.009615
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	2	2	C.23	0.011628
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	2	2	L.3	0.007092
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	2	2	P.1.7	0.000639
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	2	2	Q.1	0.000253
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	2	2	Q.8	0.00033
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	A.1	0.000282
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	A.5	0.001923
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	AD.2	0.000219
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	AY.1	0.000396
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	AY.11	0.001339
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	AY.110	0.000113
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	AY.111	0.000183
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	AY.120.1	0.000321
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	AY.16	0.00038
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	AY.30	0.000396
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	AY.34.1	0.00051
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	AY.35	0.000233
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	AY.39.1	0.00004
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	AY.40	0.000964
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	AY.46.4	0.000165
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	AY.55	0.000917
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	AY.56	0.001605
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	AY.59	0.00053
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	AY.7.2	0.000559
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	AY.70	0.000209
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	AY.80	0.001129
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	AY.85	0.000427
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	AY.86	0.00083
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	AY.88	0.000884
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	AY.91.1	0.004065
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	AY.93	0.000273
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	AY.96	0.002075
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	AY.98.1	0.000048
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	AY.99	0.001049
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	AY.99.2	0.000092
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	B.1.1.1	0.000327
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	B.1.1.170	0.001247
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	B.1.1.191	0.004762
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	B.1.1.219	0.005
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	B.1.1.284	0.000107
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	B.1.1.294	0.001266
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atA	1	1	B.1.1.317	0.000412
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	B.1.1.348	0.000796
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	B.1.1.416	0.000905
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	B.1.1.448	0.002033
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	B.1.1.464	0.001473
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	B.1.1.525	0.005464
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	B.1.1.63	0.000386
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	B.1.151	0.011111
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	B.1.158	0.02381
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	B.1.160.17	0.001701
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	B.1.160.30	0.002976
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	B.1.177.15	0.000631
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	B.1.177.16	0.000664
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	B.1.177.23	0.003236
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	B.1.177.35	0.000691
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	B.1.177.4	0.000211
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	B.1.177.6	0.000977
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	B.1.177.73	0.000566
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	B.1.177.9	0.001332
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	B.1.247	0.014925
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	B.1.267	0.018519
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	B.1.281	0.021739
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	B.1.294	0.032258
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	B.1.311	0.000275
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	B.1.36.10	0.004785
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	B.1.36.29	0.000517
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	B.1.37	0.014706
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	B.1.385	0.010638
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	B.1.389	0.001002
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	B.1.398	0.002976
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	B.1.403	0.003268
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	B.1.428	0.00102
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	B.1.429.1	0.012048
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	B.1.504	0.03125
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	B.1.524	0.001406
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	B.1.543	0.01
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	B.1.548	0.035714
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	B.1.576	0.000907
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	B.1.582	0.000491
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	B.1.591	0.010638
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	B.1.623	0.000536
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	B.1.630	0.005236
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	B.1.631	0.003367
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	B.1.636	0.006711
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atA	1	1	B.1.637	0.000073
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	B.1.638	0.052632
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	B.47	0.020408
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	C.1	0.002392
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	C.16	0.00106
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	C.37	0.000116
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	N.5	0.001767
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	P.1.1	0.000318
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	P.1.12	0.000484
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	P.1.16	0.000374
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	P.1.2	0.001156
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	P.1.9	0.004808
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	P.3	0.001595
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	Q.2	0.000613
ORF1ab/nsp14A2-B	49	M49I	atG	atT	1	1	Q.4	0.000455

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.