CoV-GLUEGenomeCountriesLineagesMutationsInsertionsDeletionsUpdated:

CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp14A2-B : Mut = F445del

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delF6370deldelTTC---15741574119372-19374

Details of the mutation F445del within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---15741574All0.000301
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---181181AY.430.000802
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---156156B.1.20.001374
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---146146B.1.617.20.00055
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---111111B.10.001017
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---104104B.1.1.70.000093
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---4949AY.440.000298
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---4848B.1.10.000871
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---4747AY.250.000283
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---4747AY.750.002633
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---3838AY.9.20.001396
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---3131AY.30.000308
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---2929AY.1030.00018
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---2727AY.390.000667
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---2626AY.520.021173
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---2424B.1.5960.002091
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---2121B.1.5260.000494
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---2020AY.1020.00053
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---1919B.1.3510.000565
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---1717AY.34.10.008669
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---1616B.1.617.10.002063
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---1515AY.650.007996
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---1515B.1.1770.000198
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---1313AY.1200.000483
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---1212B.1.4290.000282
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---1111AY.1190.000388
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---1010AY.1180.000626
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---1010AY.98.10.000484
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---1010B.1.2430.000696
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---99B.1.5760.00816
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---88AY.3.10.000682
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---88AY.400.007715
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---77AY.5.30.002362
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---77AY.5.40.001937
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---77AY.75.10.001262
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---660.333333
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---66AY.130.000966
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---66AY.40.000009
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---66AY.420.000241
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---66AY.550.005505
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---66B.1.2210.000426
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---66B.1.2650.007624
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---55AY.1010.002452
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---55AY.1100.000563
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---55AY.230.000349
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---55AY.590.002648
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---55B.1.1.370.000964
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---55B.1.5170.002135
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---44AY.1000.000184
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---44AY.110.005355
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---44AY.200.000155
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---44AY.260.000113
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---44AY.330.000267
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---44B.1.1.2180.030769
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---44B.1.1600.000125
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---44B.1.2600.013378
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---44B.1.360.000584
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---44B.1.5680.004444
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---33AY.1070.001398
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---33AY.16.10.00141
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---33AY.470.000093
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---33B.1.1.1740.010135
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---33B.1.1.4160.002715
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---33B.1.3490.002144
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---33P.1.150.000697
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---22AY.1050.001286
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---22AY.1060.00067
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---22AY.210.003795
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---22AY.300.000791
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---22AY.39.10.000079
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---22AY.46.60.000144
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---22AY.50.000041
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---22AY.670.000929
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---22AY.840.000875
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---22AY.850.000854
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---22AY.870.001665
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---22AY.9.10.000167
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---22AY.970.003401
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---22B0.000256
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---22B.1.1.2070.002364
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---22B.1.1.2770.001517
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---22B.1.1.3060.000877
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---22B.1.1.3200.036364
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---22B.1.1.4090.005666
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---22B.1.1.4340.000697
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---22B.1.1.5190.000079
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---22B.1.110.30.001437
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---22B.1.177.620.002384
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---22B.1.2340.000264
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---22B.1.3750.001639
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---22B.1.416.10.003125
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---22B.1.4270.000101
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---22B.1.5330.019231
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---22B.1.5750.000607
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---22B.1.5950.000522
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---22P.10.000032
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---22P.20.000373
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---11AD.20.000219
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---11AY.1080.001103
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---11AY.1130.000142
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---11AY.1140.000231
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---11AY.1160.000287
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---11AY.1170.000085
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---11AY.120.20.001285
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---11AY.1210.000135
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---11AY.160.00038
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---11AY.290.000016
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---11AY.29.10.000221
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---11AY.340.000097
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---11AY.4.50.000107
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---11AY.450.000122
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---11AY.460.000104
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---11AY.46.20.000635
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---11AY.530.000288
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---11AY.540.000095
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---11AY.560.001605
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---11AY.610.000105
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---11AY.640.000595
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---11AY.680.000274
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---11AY.7.20.000559
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---11AY.710.000475
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---11AY.770.001127
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---11AY.780.001541
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---11AY.940.000443
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---11AY.990.001049
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---11AY.99.20.000092
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---11AZ.30.00152
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---11B.1.1.1920.002309
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---11B.1.1.1940.00495
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---11B.1.1.2690.001353
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---11B.1.1.3050.003861
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---11B.1.1.3110.000358
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---11B.1.1.3480.000796
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---11B.1.1.4110.014706
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---11B.1.1.4480.002033
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---11B.1.1.460.004367
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---11B.1.1.700.000341
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---11B.1.177.160.000664
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---11B.1.177.190.001431
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---11B.1.177.480.003125
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---11B.1.177.500.004695
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---11B.1.177.560.000668
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---11B.1.177.630.002703
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---11B.1.177.680.015152
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---11B.1.177.690.001484
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---11B.1.177.730.000566
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---11B.1.177.750.001041
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---11B.1.221.10.002907
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---11B.1.2580.000067
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---11B.1.2840.013158
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---11B.1.2910.019231
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---11B.1.36.310.001751
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---11B.1.36.350.002604
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---11B.1.36.80.001
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---11B.1.3950.007042
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---11B.1.4090.000781
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---11B.1.4110.003704
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---11B.1.4250.002994
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---11B.1.4330.003195
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---11B.1.4390.005917
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---11B.1.4560.003268
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---11B.1.4710.002732
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---11B.1.5370.02
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---11B.1.5510.00129
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---11B.1.5820.000491
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---11B.1.6210.000089
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---11B.1.6230.000536
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---11B.1.6330.041667
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---11B.1.9.50.005682
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---11B.400.000364
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---11C.50.090909
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---11P.1.100.000269
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---11Q.10.000126
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---11R.10.00009
ORF1ab/nsp14A2-B445F445delTTC---11W.10.008696

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.