CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp14A2-B : CodonNum = 490

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490E	E6415E	syn	gaG	gaA	1748	1748	1	19507-19509
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490D	E6415D	nonsyn	gaG	gaT	1398	1396	0.998569	19507-19509
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490D	E6415D	nonsyn	gaG	gaC	1398	2	0.00143062	19507-19509
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	E6415del	del	GAG	---	738	738	1	19507-19509
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490G	E6415G	nonsyn	gAg	gGg	209	145	0.69378	19507-19509
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490G	E6415G	nonsyn	gAG	gGT	209	64	0.30622	19507-19509
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490A	E6415A	nonsyn	gAg	gCg	27	27	1	19507-19509
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490K	E6415K	nonsyn	Gag	Aag	15	13	0.866667	19507-19509
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490X	E6415X	nonsyn	Gag	Tag	15	13	0.866667	19507-19509
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490K	E6415K	nonsyn	GaG	AaA	15	2	0.133333	19507-19509
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490X	E6415X	nonsyn	GaG	TaA	15	2	0.133333	19507-19509
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490V	E6415V	nonsyn	gAg	gTg	7	6	0.857143	19507-19509
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490V	E6415V	nonsyn	gAG	gTT	7	1	0.142857	19507-19509
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del2	E6415del2	del	gAG	g--	6	3	0.5	19507-19509
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del2	E6415del2	del	GAG	--N	6	2	0.333333	19507-19509
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del2	E6415del2	del	GAg	--g	6	1	0.166667	19507-19509
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490Q	E6415Q	nonsyn	Gag	Cag	3	2	0.666667	19507-19509
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490Q	E6415Q	nonsyn	GaG	CaA	3	1	0.333333	19507-19509
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del1	E6415del1	del	Gag	-ag	3	1	0.333333	19507-19509
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del1	E6415del1	del	gAg	g-g	3	1	0.333333	19507-19509
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del1	E6415del1	del	gAG	gG-	3	1	0.333333	19507-19509
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490C	E6415C	nonsyn	GAG	TGC	2	2	1	19507-19509
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490Y	E6415Y	nonsyn	GaG	TaT	2	2	1	19507-19509
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490M	E6415M	nonsyn	GAg	ATg	1	1	1	19507-19509
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490R	E6415R	nonsyn	GAg	AGg	1	1	1	19507-19509
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490L	E6415L	nonsyn	GAg	CTg	1	1	1	19507-19509

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490E	gaG	gaA	1748	1748	All	0.000334
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490D	gaG	gaT	1396	1398	All	0.000267
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490D	gaG	gaC	2	1398	All	0
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490D	gaG	gaT	875	875	AY.42	0.035201
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	738	738	All	0.000141
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490E	gaG	gaA	647	647	B.1.1.10	0.721293
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490E	gaG	gaA	524	524	L.1	0.998095
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490E	gaG	gaA	231	231	L.3	0.819149
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490G	gAg	gGg	145	209	All	0.000028
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490G	gAG	gGT	64	209	All	0.000012
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	151	151	AY.43	0.000669
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490D	gaG	gaT	121	121	AY.4	0.000188
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490D	gaG	gaT	113	113	B.1.1.7	0.000101
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490E	gaG	gaA	83	83	L.2	0.943182
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	76	76	B.1.2	0.000669
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490D	gaG	gaT	73	73	AY.44	0.000444
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490G	gAg	gGg	70	73	B.1.1.7	0.000063
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490G	gAG	gGT	3	73	B.1.1.7	0.000003
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490E	gaG	gaA	69	69	B.1.1.7	0.000062
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490D	gaG	gaT	59	59	B.1.525	0.006676
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490G	gAg	gGg	46	46	AY.4	0.000072
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	46	46	B.1.617.2	0.000173
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	43	43	B.1.1.7	0.000038
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	36	36	AY.25	0.000217
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490E	gaG	gaA	32	32	AY.103	0.000199
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490E	gaG	gaA	31	31	AY.4	0.000048
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490A	gAg	gCg	27	27	All	0.000005
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	26	26	B.1	0.000238
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490D	gaG	gaT	25	25	B.1.617.2	0.000094
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490G	gAG	gGT	23	23	B.1.617.2	0.000087
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	20	20	AY.44	0.000122
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490D	gaG	gaT	19	19	AY.3	0.000189
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490D	gaG	gaT	18	18	AY.25	0.000108
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	18	18	AY.3	0.000179
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	18	18	AY.34.1	0.009179
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490X	Gag	Tag	13	15	All	0.000002
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490K	Gag	Aag	13	15	All	0.000002
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490K	GaG	AaA	2	15	All	0
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490X	GaG	TaA	2	15	All	0
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490E	gaG	gaA	14	14	L.4	0.7
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490E	gaG	gaA	13	13	B.1.1	0.000236
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	13	13	B.1.526	0.000306
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	12	12	AY.39	0.000297
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490D	gaG	gaT	12	12	AY.75	0.000672
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	12	12	B.1.1	0.000218
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	12	12	B.1.351	0.000357
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	10	10	AY.103	0.000062
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490E	gaG	gaA	10	10	AY.44	0.000061
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	10	10	AY.9.2	0.000367
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490E	gaG	gaA	10	10	B.1	0.000092
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490A	gAg	gCg	10	10	B.1.1.7	0.000009
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	9	9	AY.75	0.000504
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490G	gAG	gGT	9	9	B.1	0.000082
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	8	8	AY.102	0.000212
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	8	8	AY.52	0.006515
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	8	8	AY.98.1	0.000387
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490E	gaG	gaA	8	8	B.1.177.73	0.00453
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490G	gAg	gGg	8	8	B.1.221	0.000568
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	8	8	B.1.596	0.000697
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490V	gAg	gTg	6	7	All	0.000001
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490V	gAG	gTT	1	7	All	0
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490E	gaG	gaA	7	7	AY.39.1	0.000277
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	7	7	AY.4	0.000011
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	7	7	B.1.429	0.000165
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490E	gaG	gaA	7	7	B.1.617.2	0.000026
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	6	6		0.333333
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del2	gAG	g--	3	6	All	0.000001
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del2	GAG	--N	2	6	All	0
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del2	GAg	--g	1	6	All	0
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490G	gAg	gGg	6	6	AY.103	0.000037
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	6	6	AY.118	0.000376
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	6	6	AY.42	0.000241
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	6	6	B.1.177	0.000079
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	6	6	B.1.243	0.000418
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490D	gaG	gaT	6	6	B.1.258	0.000399
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	5	5	AY.119	0.000177
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490G	gAg	gGg	3	5	AY.43	0.000013
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490G	gAG	gGT	2	5	AY.43	0.000009
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490E	gaG	gaA	5	5	AY.81	0.00996
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490D	gaG	gaT	5	5	B.1.36.29	0.002587
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490E	gaG	gaA	5	5	B.1.628	0.001762
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490E	gaG	gaA	5	5	P.1	0.000079
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490D	gaG	gaT	4	4	AY.103	0.000025
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	4	4	AY.11	0.005355
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	4	4	AY.110	0.000451
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	4	4	AY.23	0.000279
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	4	4	AY.3.1	0.000341
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	4	4	AY.33	0.000267
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490E	gaG	gaA	4	4	AY.42	0.000161
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	4	4	AY.65	0.002132
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490E	gaG	gaA	4	4	B	0.000511
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490E	gaG	gaA	4	4	B.1.1.348	0.003185
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490A	gAg	gCg	4	4	B.1.2	0.000035
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	4	4	B.1.36	0.000584
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490E	gaG	gaA	4	4	B.1.526	0.000094
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	4	4	B.1.617.1	0.000516
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490D	gaG	gaT	4	4	P.1	0.000063
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490Q	Gag	Cag	2	3	All	0
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del1	Gag	-ag	1	3	All	0
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490Q	GaG	CaA	1	3	All	0
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del1	gAg	g-g	1	3	All	0
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del1	gAG	gG-	1	3	All	0
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	3	3	AY.100	0.000138
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490V	gAg	gTg	3	3	AY.43	0.000013
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490D	gaG	gaT	2	3	AY.43	0.000009
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490D	gaG	gaC	1	3	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490D	gaG	gaT	3	3	AY.47	0.000093
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	3	3	AY.5.4	0.00083
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490G	gAG	gGT	3	3	AY.65	0.001599
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490D	gaG	gaT	3	3	AY.9	0.000203
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490D	gaG	gaT	3	3	AY.9.1	0.000251
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490G	gAG	gGT	2	3	AY.9.2	0.000073
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490G	gAg	gGg	1	3	AY.9.2	0.000037
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490D	gaG	gaT	2	3	B.1.1	0.000036
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490D	gaG	gaC	1	3	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	3	3	B.1.1.218	0.023077
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	3	3	B.1.1.416	0.002715
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490E	gaG	gaA	3	3	B.1.1.486	0.004732
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490D	gaG	gaT	3	3	B.1.160	0.000094
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490A	gAg	gCg	3	3	B.1.177	0.00004
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	3	3	B.1.265	0.003812
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490D	gaG	gaT	3	3	B.1.351	0.000089
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490D	gaG	gaT	3	3	B.1.429	0.000071
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490D	gaG	gaT	2	2		0.111111
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490E	gaG	gaA	2	2		0.111111
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490E	gaG	gaA	2	2	A.2.5	0.000998
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490E	gaG	gaA	2	2	A.21	0.00554
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490Y	GaG	TaT	2	2	All	0
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490C	GAG	TGC	2	2	All	0
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	2	2	AY.101	0.000981
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490D	gaG	gaT	2	2	AY.102	0.000053
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	2	2	AY.107	0.000932
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490D	gaG	gaT	2	2	AY.117	0.000169
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	2	2	AY.120	0.000074
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490E	gaG	gaA	2	2	AY.20	0.000078
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	2	2	AY.20	0.000078
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490G	gAg	gGg	1	2	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490G	gAG	gGT	1	2	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490G	gAg	gGg	2	2	AY.3	0.00002
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490D	gaG	gaT	2	2	AY.4.2	0.000043
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490G	gAG	gGT	2	2	AY.40	0.001929
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490K	GaG	AaA	1	2	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490K	Gag	Aag	1	2	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490K	Gag	Aag	2	2	AY.44	0.000012
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490G	gAG	gGT	2	2	AY.44	0.000012
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490D	gaG	gaT	2	2	AY.5.1	0.007519
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	2	2	AY.5.3	0.000675
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490G	gAG	gGT	2	2	AY.52	0.001629
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	2	2	AY.55	0.001835
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490G	gAG	gGT	2	2	AY.75	0.000112
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	2	2	AY.75.1	0.000361
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	2	2	AY.85	0.000854
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	2	2	AY.9.1	0.000167
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	2	2	AY.97	0.003401
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	2	2	AY.99.2	0.000184
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490Q	Gag	Cag	2	2	B.1	0.000018
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490X	GaG	TaA	1	2	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490X	Gag	Tag	1	2	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490X	Gag	Tag	2	2	B.1.1	0.000036
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	2	2	B.1.1.277	0.001517
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490X	GaG	TaA	1	2	B.1.1.434	0.000349
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490X	Gag	Tag	1	2	B.1.1.434	0.000349
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	2	2	B.1.1.46	0.008734
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	2	2	B.1.1.519	0.000079
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490C	GAG	TGC	2	2	B.1.1.7	0.000002
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del2	gAG	g--	2	2	B.1.1.7	0.000002
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	2	2	B.1.160	0.000062
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490E	gaG	gaA	2	2	B.1.177	0.000026
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490D	gaG	gaT	2	2	B.1.2	0.000018
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del2	GAG	--N	1	2	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del2	GAg	--g	1	2	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	2	2	B.1.221	0.000142
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	2	2	B.1.349	0.00143
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	2	2	B.1.517	0.000854
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490A	gAg	gCg	2	2	B.1.525	0.000226
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490D	gaG	gaT	2	2	B.1.526	0.000047
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	2	2	B.1.568	0.002222
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	2	2	B.1.595	0.000522
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490D	gaG	gaT	2	2	B.1.621.1	0.001012
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490X	Gag	Tag	2	2	B.61	0.011494
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	2	2	P.1	0.000032
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	2	2	P.1.15	0.000465
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490V	gAg	gTg	1	1		0.055556
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490X	Gag	Tag	1	1		0.055556
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490K	Gag	Aag	1	1	A.2.4	0.003367
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490A	gAg	gCg	1	1	A.2.5	0.000499
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490D	gaG	gaT	1	1	AE.8	0.000489
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490R	GAg	AGg	1	1	All	0
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490M	GAg	ATg	1	1	All	0
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490L	GAg	CTg	1	1	All	0
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490D	gaG	gaT	1	1	AY.1	0.000396
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490D	gaG	gaT	1	1	AY.100	0.000046
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del2	GAG	--N	1	1	AY.100	0.000046
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490G	gAG	gGT	1	1	AY.102	0.000027
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490A	gAg	gCg	1	1	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	1	1	AY.105	0.000643
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	1	1	AY.106	0.000335
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490G	gAG	gGT	1	1	AY.106	0.000335
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	1	1	AY.108	0.001103
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490G	gAg	gGg	1	1	AY.110	0.000113
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	1	1	AY.113	0.000142
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	1	1	AY.116	0.000287
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490E	gaG	gaA	1	1	AY.117	0.000085
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490D	gaG	gaT	1	1	AY.119	0.000035
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490G	gAG	gGT	1	1	AY.120	0.000037
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490E	gaG	gaA	1	1	AY.120	0.000037
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	1	1	AY.120.2	0.001285
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490X	Gag	Tag	1	1	AY.121	0.000135
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490D	gaG	gaT	1	1	AY.121	0.000135
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	1	1	AY.13	0.000161
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490G	gAG	gGT	1	1	AY.13	0.000161
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490D	gaG	gaT	1	1	AY.15	0.002222
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490G	gAG	gGT	1	1	AY.16.1	0.00047
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	1	1	AY.16.1	0.00047
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	1	1	AY.21	0.001898
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490Q	GaG	CaA	1	1	AY.23	0.00007
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del2	gAG	g--	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490A	gAg	gCg	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490E	gaG	gaA	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490K	Gag	Aag	1	1	AY.29	0.000016
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490K	Gag	Aag	1	1	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490E	gaG	gaA	1	1	AY.33	0.000067
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490D	gaG	gaT	1	1	AY.33	0.000067
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490K	Gag	Aag	1	1	AY.34.1	0.00051
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490D	gaG	gaT	1	1	AY.39	0.000025
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490D	gaG	gaT	1	1	AY.39.1	0.00004
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490K	Gag	Aag	1	1	AY.4	0.000002
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	1	1	AY.4.2	0.000022
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490G	gAg	gGg	1	1	AY.42	0.00004
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490E	gaG	gaA	1	1	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del1	gAG	gG-	1	1	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490Y	GaG	TaT	1	1	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del1	Gag	-ag	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	1	1	AY.46	0.000104
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	1	1	AY.46.2	0.000635
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490X	Gag	Tag	1	1	AY.46.6	0.000072
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490G	gAg	gGg	1	1	AY.46.6	0.000072
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	1	1	AY.46.6	0.000072
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490G	gAG	gGT	1	1	AY.5.3	0.000337
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	1	1	AY.53	0.000288
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	1	1	AY.54	0.000095
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490D	gaG	gaT	1	1	AY.55	0.000917
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	1	1	AY.59	0.00053
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490G	gAg	gGg	1	1	AY.59	0.00053
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490D	gaG	gaT	1	1	AY.6	0.000041
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	1	1	AY.62	0.000436
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490D	gaG	gaT	1	1	AY.65	0.000533
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	1	1	AY.67	0.000464
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del1	gAg	g-g	1	1	AY.67	0.000464
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490E	gaG	gaA	1	1	AY.68	0.000274
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	1	1	AY.7.2	0.000559
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490G	gAG	gGT	1	1	AY.75.1	0.00018
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	1	1	AY.78	0.001541
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490K	Gag	Aag	1	1	AY.79	0.001211
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490A	gAg	gCg	1	1	AY.79	0.001211
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490G	gAg	gGg	1	1	AY.84	0.000437
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	1	1	AY.94	0.000443
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	1	1	AY.99	0.001049
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490G	gAG	gGT	1	1	B	0.000128
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490V	gAg	gTg	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490D	gaG	gaT	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490M	GAg	ATg	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490A	gAg	gCg	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490Y	GaG	TaT	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490R	GAg	AGg	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490A	gAg	gCg	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490G	gAG	gGT	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490E	gaG	gaA	1	1	B.1.1.159	0.004673
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490E	gaG	gaA	1	1	B.1.1.161	0.003534
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	1	1	B.1.1.174	0.003378
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	1	1	B.1.1.192	0.002309
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	1	1	B.1.1.194	0.00495
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	1	1	B.1.1.207	0.001182
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490D	gaG	gaT	1	1	B.1.1.207	0.001182
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490D	gaG	gaT	1	1	B.1.1.214	0.000055
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490D	gaG	gaT	1	1	B.1.1.306	0.000438
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	1	1	B.1.1.306	0.000438
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	1	1	B.1.1.348	0.000796
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	1	1	B.1.1.37	0.000193
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	1	1	B.1.1.409	0.002833
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490E	gaG	gaA	1	1	B.1.1.409	0.002833
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	1	1	B.1.1.411	0.014706
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	1	1	B.1.1.434	0.000349
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490E	gaG	gaA	1	1	B.1.1.434	0.000349
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490D	gaG	gaT	1	1	B.1.1.519	0.00004
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490L	GAg	CTg	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490V	gAG	gTT	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490E	gaG	gaA	1	1	B.1.1.70	0.000341
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490X	Gag	Tag	1	1	B.1.115	0.021739
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490A	gAg	gCg	1	1	B.1.160	0.000031
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490E	gaG	gaA	1	1	B.1.160	0.000031
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490G	gAg	gGg	1	1	B.1.160.25	0.011111
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490D	gaG	gaT	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490X	Gag	Tag	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	1	1	B.1.177.18	0.00116
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490V	gAg	gTg	1	1	B.1.177.23	0.003236
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490E	gaG	gaA	1	1	B.1.177.4	0.000211
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	1	1	B.1.177.50	0.004695
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	1	1	B.1.177.51	0.004566
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	1	1	B.1.177.62	0.001192
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	1	1	B.1.177.68	0.015152
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490G	gAG	gGT	1	1	B.1.177.73	0.000566
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490K	GaG	AaA	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490A	gAg	gCg	1	1	B.1.221	0.000071
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490D	gaG	gaT	1	1	B.1.243	0.00007
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	1	1	B.1.258	0.000067
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490K	Gag	Aag	1	1	B.1.258.14	0.00098
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490D	gaG	gaT	1	1	B.1.260	0.003344
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	1	1	B.1.291	0.019231
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	1	1	B.1.36.31	0.001751
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	1	1	B.1.36.35	0.002604
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490G	gAG	gGT	1	1	B.1.36.8	0.001
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	1	1	B.1.395	0.007042
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	1	1	B.1.409	0.000781
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	1	1	B.1.416.1	0.001563
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490G	gAg	gGg	1	1	B.1.427	0.00005
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	1	1	B.1.427	0.00005
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490K	Gag	Aag	1	1	B.1.429	0.000024
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	1	1	B.1.439	0.005917
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490D	gaG	gaT	1	1	B.1.441	0.009615
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	1	1	B.1.471	0.002732
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490D	gaG	gaT	1	1	B.1.474	0.001901
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	1	1	B.1.551	0.00129
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	1	1	B.1.575	0.000303
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490G	gAG	gGT	1	1	B.1.576	0.000907
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	1	1	B.1.576	0.000907
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490X	Gag	Tag	1	1	B.1.582	0.000491
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490K	Gag	Aag	1	1	B.1.617.1	0.000129
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490G	gAG	gGT	1	1	B.1.617.1	0.000129
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490G	gAg	gGg	1	1	B.1.620	0.000946
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490E	gaG	gaA	1	1	B.1.636	0.006711
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490E	gaG	gaA	1	1	B.40	0.000364
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490X	Gag	Tag	1	1	B.6	0.00091
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	1	1	C.1.2	0.004255
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	1	1	C.37	0.000116
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490E	gaG	gaA	1	1	C.37	0.000116
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490D	gaG	gaT	1	1	C.37	0.000116
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	1	1	C.5	0.090909
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490K	Gag	Aag	1	1	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490E	gaG	gaA	1	1	P.1.9	0.004808
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490D	gaG	gaT	1	1	P.4	0.003802
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490E	gaG	gaA	1	1	P.6	0.003145
ORF1ab/nsp14A2-B	490	E490del	GAG	---	1	1	Q.1	0.000126

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.