CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp14A2-B : CodonNum = 490

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp14A2-B490E490EE6415EsyngaGgaA17481748119507-19509
ORF1ab/nsp14A2-B490E490DE6415DnonsyngaGgaT139813960.99856919507-19509
ORF1ab/nsp14A2-B490E490DE6415DnonsyngaGgaC139820.0014306219507-19509
ORF1ab/nsp14A2-B490E490delE6415deldelGAG---738738119507-19509
ORF1ab/nsp14A2-B490E490GE6415GnonsyngAggGg2091450.6937819507-19509
ORF1ab/nsp14A2-B490E490GE6415GnonsyngAGgGT209640.3062219507-19509
ORF1ab/nsp14A2-B490E490AE6415AnonsyngAggCg2727119507-19509
ORF1ab/nsp14A2-B490E490KE6415KnonsynGagAag15130.86666719507-19509
ORF1ab/nsp14A2-B490E490XE6415XnonsynGagTag15130.86666719507-19509
ORF1ab/nsp14A2-B490E490KE6415KnonsynGaGAaA1520.13333319507-19509
ORF1ab/nsp14A2-B490E490XE6415XnonsynGaGTaA1520.13333319507-19509
ORF1ab/nsp14A2-B490E490VE6415VnonsyngAggTg760.85714319507-19509
ORF1ab/nsp14A2-B490E490VE6415VnonsyngAGgTT710.14285719507-19509
ORF1ab/nsp14A2-B490E490del2E6415del2delgAGg--630.519507-19509
ORF1ab/nsp14A2-B490E490del2E6415del2delGAG--N620.33333319507-19509
ORF1ab/nsp14A2-B490E490del2E6415del2delGAg--g610.16666719507-19509
ORF1ab/nsp14A2-B490E490QE6415QnonsynGagCag320.66666719507-19509
ORF1ab/nsp14A2-B490E490QE6415QnonsynGaGCaA310.33333319507-19509
ORF1ab/nsp14A2-B490E490del1E6415del1delGag-ag310.33333319507-19509
ORF1ab/nsp14A2-B490E490del1E6415del1delgAgg-g310.33333319507-19509
ORF1ab/nsp14A2-B490E490del1E6415del1delgAGgG-310.33333319507-19509
ORF1ab/nsp14A2-B490E490CE6415CnonsynGAGTGC22119507-19509
ORF1ab/nsp14A2-B490E490YE6415YnonsynGaGTaT22119507-19509
ORF1ab/nsp14A2-B490E490ME6415MnonsynGAgATg11119507-19509
ORF1ab/nsp14A2-B490E490RE6415RnonsynGAgAGg11119507-19509
ORF1ab/nsp14A2-B490E490LE6415LnonsynGAgCTg11119507-19509

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp14A2-B490E490EgaGgaA17481748All0.000334
ORF1ab/nsp14A2-B490E490DgaGgaT13961398All0.000267
ORF1ab/nsp14A2-B490E490DgaGgaC21398All0
ORF1ab/nsp14A2-B490E490DgaGgaT875875AY.420.035201
ORF1ab/nsp14A2-B490E490delGAG---738738All0.000141
ORF1ab/nsp14A2-B490E490EgaGgaA647647B.1.1.100.721293
ORF1ab/nsp14A2-B490E490EgaGgaA524524L.10.998095
ORF1ab/nsp14A2-B490E490EgaGgaA231231L.30.819149
ORF1ab/nsp14A2-B490E490GgAggGg145209All0.000028
ORF1ab/nsp14A2-B490E490GgAGgGT64209All0.000012
ORF1ab/nsp14A2-B490E490delGAG---151151AY.430.000669
ORF1ab/nsp14A2-B490E490DgaGgaT121121AY.40.000188
ORF1ab/nsp14A2-B490E490DgaGgaT113113B.1.1.70.000101
ORF1ab/nsp14A2-B490E490EgaGgaA8383L.20.943182
ORF1ab/nsp14A2-B490E490delGAG---7676B.1.20.000669
ORF1ab/nsp14A2-B490E490DgaGgaT7373AY.440.000444
ORF1ab/nsp14A2-B490E490GgAggGg7073B.1.1.70.000063
ORF1ab/nsp14A2-B490E490GgAGgGT373B.1.1.70.000003
ORF1ab/nsp14A2-B490E490EgaGgaA6969B.1.1.70.000062
ORF1ab/nsp14A2-B490E490DgaGgaT5959B.1.5250.006676
ORF1ab/nsp14A2-B490E490GgAggGg4646AY.40.000072
ORF1ab/nsp14A2-B490E490delGAG---4646B.1.617.20.000173
ORF1ab/nsp14A2-B490E490delGAG---4343B.1.1.70.000038
ORF1ab/nsp14A2-B490E490delGAG---3636AY.250.000217
ORF1ab/nsp14A2-B490E490EgaGgaA3232AY.1030.000199
ORF1ab/nsp14A2-B490E490EgaGgaA3131AY.40.000048
ORF1ab/nsp14A2-B490E490AgAggCg2727All0.000005
ORF1ab/nsp14A2-B490E490delGAG---2626B.10.000238
ORF1ab/nsp14A2-B490E490DgaGgaT2525B.1.617.20.000094
ORF1ab/nsp14A2-B490E490GgAGgGT2323B.1.617.20.000087
ORF1ab/nsp14A2-B490E490delGAG---2020AY.440.000122
ORF1ab/nsp14A2-B490E490DgaGgaT1919AY.30.000189
ORF1ab/nsp14A2-B490E490DgaGgaT1818AY.250.000108
ORF1ab/nsp14A2-B490E490delGAG---1818AY.30.000179
ORF1ab/nsp14A2-B490E490delGAG---1818AY.34.10.009179
ORF1ab/nsp14A2-B490E490XGagTag1315All0.000002
ORF1ab/nsp14A2-B490E490KGagAag1315All0.000002
ORF1ab/nsp14A2-B490E490KGaGAaA215All0
ORF1ab/nsp14A2-B490E490XGaGTaA215All0
ORF1ab/nsp14A2-B490E490EgaGgaA1414L.40.7
ORF1ab/nsp14A2-B490E490EgaGgaA1313B.1.10.000236
ORF1ab/nsp14A2-B490E490delGAG---1313B.1.5260.000306
ORF1ab/nsp14A2-B490E490delGAG---1212AY.390.000297
ORF1ab/nsp14A2-B490E490DgaGgaT1212AY.750.000672
ORF1ab/nsp14A2-B490E490delGAG---1212B.1.10.000218
ORF1ab/nsp14A2-B490E490delGAG---1212B.1.3510.000357
ORF1ab/nsp14A2-B490E490delGAG---1010AY.1030.000062
ORF1ab/nsp14A2-B490E490EgaGgaA1010AY.440.000061
ORF1ab/nsp14A2-B490E490delGAG---1010AY.9.20.000367
ORF1ab/nsp14A2-B490E490EgaGgaA1010B.10.000092
ORF1ab/nsp14A2-B490E490AgAggCg1010B.1.1.70.000009
ORF1ab/nsp14A2-B490E490delGAG---99AY.750.000504
ORF1ab/nsp14A2-B490E490GgAGgGT99B.10.000082
ORF1ab/nsp14A2-B490E490delGAG---88AY.1020.000212
ORF1ab/nsp14A2-B490E490delGAG---88AY.520.006515
ORF1ab/nsp14A2-B490E490delGAG---88AY.98.10.000387
ORF1ab/nsp14A2-B490E490EgaGgaA88B.1.177.730.00453
ORF1ab/nsp14A2-B490E490GgAggGg88B.1.2210.000568
ORF1ab/nsp14A2-B490E490delGAG---88B.1.5960.000697
ORF1ab/nsp14A2-B490E490VgAggTg67All0.000001
ORF1ab/nsp14A2-B490E490VgAGgTT17All0
ORF1ab/nsp14A2-B490E490EgaGgaA77AY.39.10.000277
ORF1ab/nsp14A2-B490E490delGAG---77AY.40.000011
ORF1ab/nsp14A2-B490E490delGAG---77B.1.4290.000165
ORF1ab/nsp14A2-B490E490EgaGgaA77B.1.617.20.000026
ORF1ab/nsp14A2-B490E490delGAG---660.333333
ORF1ab/nsp14A2-B490E490del2gAGg--36All0.000001
ORF1ab/nsp14A2-B490E490del2GAG--N26All0
ORF1ab/nsp14A2-B490E490del2GAg--g16All0
ORF1ab/nsp14A2-B490E490GgAggGg66AY.1030.000037
ORF1ab/nsp14A2-B490E490delGAG---66AY.1180.000376
ORF1ab/nsp14A2-B490E490delGAG---66AY.420.000241
ORF1ab/nsp14A2-B490E490delGAG---66B.1.1770.000079
ORF1ab/nsp14A2-B490E490delGAG---66B.1.2430.000418
ORF1ab/nsp14A2-B490E490DgaGgaT66B.1.2580.000399
ORF1ab/nsp14A2-B490E490delGAG---55AY.1190.000177
ORF1ab/nsp14A2-B490E490GgAggGg35AY.430.000013
ORF1ab/nsp14A2-B490E490GgAGgGT25AY.430.000009
ORF1ab/nsp14A2-B490E490EgaGgaA55AY.810.00996
ORF1ab/nsp14A2-B490E490DgaGgaT55B.1.36.290.002587
ORF1ab/nsp14A2-B490E490EgaGgaA55B.1.6280.001762
ORF1ab/nsp14A2-B490E490EgaGgaA55P.10.000079
ORF1ab/nsp14A2-B490E490DgaGgaT44AY.1030.000025
ORF1ab/nsp14A2-B490E490delGAG---44AY.110.005355
ORF1ab/nsp14A2-B490E490delGAG---44AY.1100.000451
ORF1ab/nsp14A2-B490E490delGAG---44AY.230.000279
ORF1ab/nsp14A2-B490E490delGAG---44AY.3.10.000341
ORF1ab/nsp14A2-B490E490delGAG---44AY.330.000267
ORF1ab/nsp14A2-B490E490EgaGgaA44AY.420.000161
ORF1ab/nsp14A2-B490E490delGAG---44AY.650.002132
ORF1ab/nsp14A2-B490E490EgaGgaA44B0.000511
ORF1ab/nsp14A2-B490E490EgaGgaA44B.1.1.3480.003185
ORF1ab/nsp14A2-B490E490AgAggCg44B.1.20.000035
ORF1ab/nsp14A2-B490E490delGAG---44B.1.360.000584
ORF1ab/nsp14A2-B490E490EgaGgaA44B.1.5260.000094
ORF1ab/nsp14A2-B490E490delGAG---44B.1.617.10.000516
ORF1ab/nsp14A2-B490E490DgaGgaT44P.10.000063
ORF1ab/nsp14A2-B490E490QGagCag23All0
ORF1ab/nsp14A2-B490E490del1Gag-ag13All0
ORF1ab/nsp14A2-B490E490QGaGCaA13All0
ORF1ab/nsp14A2-B490E490del1gAgg-g13All0
ORF1ab/nsp14A2-B490E490del1gAGgG-13All0
ORF1ab/nsp14A2-B490E490delGAG---33AY.1000.000138
ORF1ab/nsp14A2-B490E490VgAggTg33AY.430.000013
ORF1ab/nsp14A2-B490E490DgaGgaT23AY.430.000009
ORF1ab/nsp14A2-B490E490DgaGgaC13AY.430.000004
ORF1ab/nsp14A2-B490E490DgaGgaT33AY.470.000093
ORF1ab/nsp14A2-B490E490delGAG---33AY.5.40.00083
ORF1ab/nsp14A2-B490E490GgAGgGT33AY.650.001599
ORF1ab/nsp14A2-B490E490DgaGgaT33AY.90.000203
ORF1ab/nsp14A2-B490E490DgaGgaT33AY.9.10.000251
ORF1ab/nsp14A2-B490E490GgAGgGT23AY.9.20.000073
ORF1ab/nsp14A2-B490E490GgAggGg13AY.9.20.000037
ORF1ab/nsp14A2-B490E490DgaGgaT23B.1.10.000036
ORF1ab/nsp14A2-B490E490DgaGgaC13B.1.10.000018
ORF1ab/nsp14A2-B490E490delGAG---33B.1.1.2180.023077
ORF1ab/nsp14A2-B490E490delGAG---33B.1.1.4160.002715
ORF1ab/nsp14A2-B490E490EgaGgaA33B.1.1.4860.004732
ORF1ab/nsp14A2-B490E490DgaGgaT33B.1.1600.000094
ORF1ab/nsp14A2-B490E490AgAggCg33B.1.1770.00004
ORF1ab/nsp14A2-B490E490delGAG---33B.1.2650.003812
ORF1ab/nsp14A2-B490E490DgaGgaT33B.1.3510.000089
ORF1ab/nsp14A2-B490E490DgaGgaT33B.1.4290.000071
ORF1ab/nsp14A2-B490E490DgaGgaT220.111111
ORF1ab/nsp14A2-B490E490EgaGgaA220.111111
ORF1ab/nsp14A2-B490E490EgaGgaA22A.2.50.000998
ORF1ab/nsp14A2-B490E490EgaGgaA22A.210.00554
ORF1ab/nsp14A2-B490E490YGaGTaT22All0
ORF1ab/nsp14A2-B490E490CGAGTGC22All0
ORF1ab/nsp14A2-B490E490delGAG---22AY.1010.000981
ORF1ab/nsp14A2-B490E490DgaGgaT22AY.1020.000053
ORF1ab/nsp14A2-B490E490delGAG---22AY.1070.000932
ORF1ab/nsp14A2-B490E490DgaGgaT22AY.1170.000169
ORF1ab/nsp14A2-B490E490delGAG---22AY.1200.000074
ORF1ab/nsp14A2-B490E490EgaGgaA22AY.200.000078
ORF1ab/nsp14A2-B490E490delGAG---22AY.200.000078
ORF1ab/nsp14A2-B490E490GgAggGg12AY.250.000006
ORF1ab/nsp14A2-B490E490GgAGgGT12AY.250.000006
ORF1ab/nsp14A2-B490E490GgAggGg22AY.30.00002
ORF1ab/nsp14A2-B490E490DgaGgaT22AY.4.20.000043
ORF1ab/nsp14A2-B490E490GgAGgGT22AY.400.001929
ORF1ab/nsp14A2-B490E490KGaGAaA12AY.430.000004
ORF1ab/nsp14A2-B490E490KGagAag12AY.430.000004
ORF1ab/nsp14A2-B490E490KGagAag22AY.440.000012
ORF1ab/nsp14A2-B490E490GgAGgGT22AY.440.000012
ORF1ab/nsp14A2-B490E490DgaGgaT22AY.5.10.007519
ORF1ab/nsp14A2-B490E490delGAG---22AY.5.30.000675
ORF1ab/nsp14A2-B490E490GgAGgGT22AY.520.001629
ORF1ab/nsp14A2-B490E490delGAG---22AY.550.001835
ORF1ab/nsp14A2-B490E490GgAGgGT22AY.750.000112
ORF1ab/nsp14A2-B490E490delGAG---22AY.75.10.000361
ORF1ab/nsp14A2-B490E490delGAG---22AY.850.000854
ORF1ab/nsp14A2-B490E490delGAG---22AY.9.10.000167
ORF1ab/nsp14A2-B490E490delGAG---22AY.970.003401
ORF1ab/nsp14A2-B490E490delGAG---22AY.99.20.000184
ORF1ab/nsp14A2-B490E490QGagCag22B.10.000018
ORF1ab/nsp14A2-B490E490XGaGTaA12B.10.000009
ORF1ab/nsp14A2-B490E490XGagTag12B.10.000009
ORF1ab/nsp14A2-B490E490XGagTag22B.1.10.000036
ORF1ab/nsp14A2-B490E490delGAG---22B.1.1.2770.001517
ORF1ab/nsp14A2-B490E490XGaGTaA12B.1.1.4340.000349
ORF1ab/nsp14A2-B490E490XGagTag12B.1.1.4340.000349
ORF1ab/nsp14A2-B490E490delGAG---22B.1.1.460.008734
ORF1ab/nsp14A2-B490E490delGAG---22B.1.1.5190.000079
ORF1ab/nsp14A2-B490E490CGAGTGC22B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp14A2-B490E490del2gAGg--22B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp14A2-B490E490delGAG---22B.1.1600.000062
ORF1ab/nsp14A2-B490E490EgaGgaA22B.1.1770.000026
ORF1ab/nsp14A2-B490E490DgaGgaT22B.1.20.000018
ORF1ab/nsp14A2-B490E490del2GAG--N12B.1.20.000009
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