CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp14A2-B : CodonNum = 410

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	N6335N	syn	aaC	aaT	14918	14918	1	19267-19269
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410del	N6335del	del	AAC	---	61	61	1	19267-19269
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410S	N6335S	nonsyn	aAc	aGc	53	53	1	19267-19269
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410K	N6335K	nonsyn	aaC	aaA	9	7	0.777778	19267-19269
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410K	N6335K	nonsyn	aaC	aaG	9	2	0.222222	19267-19269
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410D	N6335D	nonsyn	Aac	Gac	8	7	0.875	19267-19269
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410D	N6335D	nonsyn	AaC	GaT	8	1	0.125	19267-19269
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410I	N6335I	nonsyn	aAc	aTc	5	5	1	19267-19269
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410Y	N6335Y	nonsyn	Aac	Tac	2	2	1	19267-19269
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410del2	N6335del2	del	AAc	--c	2	2	1	19267-19269
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410C	N6335C	nonsyn	AAc	TGc	2	2	1	19267-19269
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410H	N6335H	nonsyn	Aac	Cac	2	2	1	19267-19269
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410del1	N6335del1	del	aaC	aa-	1	1	1	19267-19269
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410Q	N6335Q	nonsyn	AaC	CaG	1	1	1	19267-19269
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410X	N6335X	nonsyn	AaC	TaA	1	1	1	19267-19269

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	14918	14918	All	0.002853
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	3484	3484	B.1.1.7	0.003119
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	2786	2786	AY.25	0.016757
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	2627	2627	AY.4	0.004089
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	900	900	B.1.2	0.007925
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	593	593	AY.43	0.002627
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	450	450	B.1.617.2	0.001694
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	267	267	L.3	0.946809
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	216	216	B.1.177	0.002844
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	157	157	B.1	0.001438
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	151	151	B.1.429	0.003553
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	137	137	AY.44	0.000834
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	132	132	AY.103	0.00082
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	127	127	B.1.177.86	0.023298
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	110	110	B.1.1	0.001996
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	109	109	B.1.525	0.012335
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	86	86	AY.5	0.001776
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	81	81	P.1	0.001276
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	80	80	B.1.258	0.005324
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	73	73	B.1.526	0.001716
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	71	71	B.1.1.171	0.261029
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	68	68	AY.4.2	0.001475
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	67	67	B.1.177.25	1
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	67	67	B.1.221	0.004759
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	67	67	B.1.596	0.005838
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	62	62	AY.39	0.001532
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	62	62	B.1.1.519	0.002462
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410del	AAC	---	61	61	All	0.000012
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	54	54	AY.3	0.000537
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410S	aAc	aGc	53	53	All	0.00001
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	42	42	B.1.1.44	0.101205
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	41	41	AY.102	0.001087
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	41	41	AY.27	0.002654
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	39	39	AY.47	0.001213
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	37	37	B.1.258.17	0.003847
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	35	35	B.1.160	0.001092
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	34	34	B.1.36	0.004961
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	32	32	AY.26	0.000906
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	30	30	AY.98.1	0.001453
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	30	30	B.1.1.63	0.011574
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	29	29	B.1.340	0.124464
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	29	29	B.1.351	0.000862
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	26	26	AY.3.1	0.002217
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410S	aAc	aGc	26	26	AY.4	0.00004
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	26	26	AY.54	0.002479
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	25	25	AY.23	0.001744
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	25	25	B.1.1.467	0.480769
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	25	25	B.1.466	0.581395
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	24	24	AY.100	0.001104
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410del	AAC	---	24	24	B.1.1.7	0.000021
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	23	23	AY.75	0.001289
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	21	21	AY.20	0.000816
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	21	21	B.1.1.176	0.009227
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	21	21	B.1.234	0.002771
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	20	20	AY.99.2	0.001843
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	19	19	B.1.36.8	0.019
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	18	18	AY.33	0.001202
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	16	16	AY.42	0.000644
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	16	16	AY.61	0.001676
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	16	16	AY.9.1	0.00134
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	16	16	B.1.427	0.000808
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	16	16	B.1.428	0.016327
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	15	15	AY.107	0.00699
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	15	15	AY.55	0.013761
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	15	15	B.1.438.1	0.001609
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	15	15	C.37	0.001741
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	14	14	AY.30	0.00554
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	14	14	AY.59	0.007415
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	13	13	B.1.279	0.006677
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	12	12	B.1.1.222	0.002448
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	12	12	B.1.391	0.013529
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	12	12	B.1.595	0.003132
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	12	12	B.1.619.1	0.007697
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	12	12	B.1.620	0.011353
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	11	11	AY.29	0.000174
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	11	11	B.1.177.32	0.014845
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410del	AAC	---	11	11	B.1.2	0.000097
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	11	11	B.1.621	0.000974
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	10	10	AY.119	0.000353
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	10	10	AY.46.2	0.006353
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	10	10	B.1.1.10	0.011148
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	10	10	B.1.1.157	0.009132
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	10	10	B.1.1.214	0.000555
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	10	10	B.1.1.294	0.012658
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	10	10	B.1.1.70	0.003411
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	10	10	B.1.177.44	0.005189
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410K	aaC	aaA	7	9	All	0.000001
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410K	aaC	aaG	2	9	All	0
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	9	9	AY.120	0.000335
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	9	9	B.1.177.77	0.006536
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	9	9	B.1.243	0.000626
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	9	9	B.1.499.1	1
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	9	9	B.1.575	0.002731
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	9	9	B.1.617.1	0.001161
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	9	9	D.2	0.000675
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	9	9	P.1.14	0.00043
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	9	9	Q.8	0.001484
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410D	Aac	Gac	7	8	All	0.000001
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410D	AaC	GaT	1	8	All	0
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	8	8	AY.34	0.000776
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	8	8	AY.4.5	0.00086
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	8	8	AY.6	0.000329
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	8	8	AY.9.2	0.000294
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	8	8	B.1.597	0.037037
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	8	8	P.1.7	0.002554
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	7	7	AY.2	0.002493
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410S	aAc	aGc	7	7	AY.25	0.000042
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	7	7	B.1.1.210	0.04
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	7	7	B.1.126	0.008929
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	7	7	B.1.36.35	0.018229
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	7	7	B.1.369	0.001997
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	7	7	B.1.466.1	0.05036
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	7	7	B.1.565	0.005673
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	7	7	B.1.609	0.003356
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	7	7	B.1.637	0.000512
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	7	7	Q.3	0.001015
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	6	6	AY.117	0.000507
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	6	6	AY.45	0.00073
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	6	6	AY.75.1	0.001082
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	6	6	AY.79	0.007264
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	6	6	B	0.000767
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	6	6	B.1.1.1	0.00196
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	6	6	B.1.110.3	0.00431
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	6	6	B.1.160.30	0.017857
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	6	6	B.1.177.69	0.008902
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	6	6	B.1.177.7	0.000989
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	6	6	B.1.177.81	0.001136
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	6	6	Q.1	0.000758
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410I	aAc	aTc	5	5	All	0.000001
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	5	5	AY.118	0.000313
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	5	5	AY.38	0.002496
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	5	5	AY.39.1	0.000198
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	5	5	AY.4.4	0.002046
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	5	5	AY.46	0.00052
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	5	5	AY.58	0.004537
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	5	5	AY.69	0.000933
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	5	5	B.1.1.311	0.001791
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	5	5	B.1.1.318	0.001509
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	5	5	B.1.1.54	0.015106
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	5	5	B.1.177.17	0.004105
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	5	5	B.1.177.60	0.001092
ORF1ab/nsp14A2-B	410	N410N	aaC	aaT	5	5	B.1.36.17	0.00247
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CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.