CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp14A2-B : CodonNum = 314

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314H	H6239H	syn	caC	caT	9720	9720	1	18979-18981
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314Y	H6239Y	nonsyn	Cac	Tac	1558	1551	0.995507	18979-18981
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314Y	H6239Y	nonsyn	CaC	TaT	1558	7	0.00449294	18979-18981
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314Q	H6239Q	nonsyn	caC	caG	66	37	0.560606	18979-18981
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314Q	H6239Q	nonsyn	caC	caA	66	29	0.439394	18979-18981
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314del	H6239del	del	CAC	---	30	30	1	18979-18981
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314R	H6239R	nonsyn	cAc	cGc	25	25	1	18979-18981
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314N	H6239N	nonsyn	Cac	Aac	20	20	1	18979-18981
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314P	H6239P	nonsyn	cAc	cCc	18	17	0.944444	18979-18981
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314P	H6239P	nonsyn	cAC	cCA	18	1	0.0555556	18979-18981
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314L	H6239L	nonsyn	cAc	cTc	11	8	0.727273	18979-18981
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314L	H6239L	nonsyn	cAC	cTT	11	3	0.272727	18979-18981
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314del1	H6239del1	del	caC	ca-	6	3	0.5	18979-18981
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314del1	H6239del1	del	Cac	-ac	6	2	0.333333	18979-18981
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314del1	H6239del1	del	cAc	c-c	6	1	0.166667	18979-18981
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314D	H6239D	nonsyn	Cac	Gac	2	2	1	18979-18981
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314del2	H6239del2	del	CAc	--c	1	1	1	18979-18981
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314I	H6239I	nonsyn	CAc	ATc	1	1	1	18979-18981

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314H	caC	caT	9720	9720	All	0.001859
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314H	caC	caT	2254	2254	B.1.36.18	0.947059
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314H	caC	caT	1833	1833	AY.43	0.008121
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314H	caC	caT	1718	1718	B.1.1.7	0.001538
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314Y	Cac	Tac	1551	1558	All	0.000297
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314Y	CaC	TaT	7	1558	All	0.000001
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314H	caC	caT	1182	1182	B.1.234	0.155957
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314Y	Cac	Tac	464	464	AY.25	0.002791
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314Y	Cac	Tac	324	325	B.1.1.7	0.00029
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314Y	CaC	TaT	1	325	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314H	caC	caT	323	323	AY.4	0.000503
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314H	caC	caT	221	221	B.1.2	0.001946
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314H	caC	caT	168	168	AY.44	0.001023
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314H	caC	caT	165	165	AY.29	0.002603
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314H	caC	caT	135	135	B.1	0.001237
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314Y	Cac	Tac	133	133	AY.4	0.000207
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314H	caC	caT	113	113	AY.103	0.000702
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314H	caC	caT	107	107	B.1.351	0.003181
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314H	caC	caT	94	94	B.1.617.2	0.000354
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314H	caC	caT	86	86	AY.25	0.000517
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314H	caC	caT	86	86	AY.42	0.00346
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314H	caC	caT	84	84	P.1	0.001323
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314H	caC	caT	78	78	B.1.177	0.001027
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314H	caC	caT	75	75	B.1.1.222	0.0153
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314H	caC	caT	73	73	B.1.1	0.001324
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314Q	caC	caG	37	66	All	0.000007
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314Q	caC	caA	29	66	All	0.000006
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314Y	Cac	Tac	62	65	AY.103	0.000385
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314Y	CaC	TaT	3	65	AY.103	0.000019
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314Y	Cac	Tac	56	56	B.1.617.2	0.000211
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314Y	Cac	Tac	42	42	AY.43	0.000186
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314H	caC	caT	41	41	AY.3	0.000408
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314H	caC	caT	40	40	B.1.221	0.002841
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314Y	Cac	Tac	35	35	AY.44	0.000213
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314Y	Cac	Tac	35	35	AY.47	0.001089
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314Y	Cac	Tac	33	33	AY.3	0.000328
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314del	CAC	---	30	30	All	0.000006
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314Y	Cac	Tac	30	30	AY.120	0.001115
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314Q	caC	caA	17	30	B.1.1.7	0.000015
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314Q	caC	caG	13	30	B.1.1.7	0.000012
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314H	caC	caT	29	29	AY.3.1	0.002473
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314H	caC	caT	28	28	B.1.177.4	0.00591
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314Y	Cac	Tac	26	26	B.1.2	0.000229
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314R	cAc	cGc	25	25	All	0.000005
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314H	caC	caT	25	25	B.1.526	0.000588
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314H	caC	caT	24	24	AY.102	0.000636
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314Y	Cac	Tac	21	21	AY.3.1	0.00179
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314N	Cac	Aac	20	20	All	0.000004
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314P	cAc	cCc	17	18	All	0.000003
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314P	cAC	cCA	1	18	All	0
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314Y	Cac	Tac	18	18	AY.39	0.000445
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314H	caC	caT	18	18	AY.9.2	0.000661
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314H	caC	caT	17	17	AY.26	0.000481
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314H	caC	caT	17	17	B.1.243	0.001183
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314H	caC	caT	16	16	AY.39	0.000395
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314Y	Cac	Tac	16	16	AY.6	0.000658
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314H	caC	caT	16	16	B.1.1.434	0.005577
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314H	caC	caT	16	16	N.5	0.028269
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314H	caC	caT	15	15	AY.46	0.001561
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314H	caC	caT	15	15	B.1.427	0.000757
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314H	caC	caT	15	15	B.1.429	0.000353
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314H	caC	caT	14	14	B.1.160	0.000437
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314H	caC	caT	14	14	B.1.177.43	0.020679
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314H	caC	caT	14	14	B.1.596	0.00122
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314Q	caC	caA	7	12	B.1	0.000064
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314Q	caC	caG	5	12	B.1	0.000046
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314H	caC	caT	12	12	B.1.1.519	0.000477
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314Y	Cac	Tac	12	12	P.1	0.000189
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314L	cAc	cTc	8	11	All	0.000002
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314L	cAC	cTT	3	11	All	0.000001
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314H	caC	caT	11	11	AM.4	0.039286
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314del	CAC	---	11	11	B.1.1.7	0.00001
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314H	caC	caT	11	11	B.1.177.81	0.002083
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314H	caC	caT	11	11	C.37	0.001277
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314H	caC	caT	10	10	AY.119	0.000353
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314H	caC	caT	10	10	AY.46.6	0.000722
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314Y	Cac	Tac	10	10	B.1	0.000092
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314H	caC	caT	10	10	B.1.258	0.000665
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314H	caC	caT	10	10	Q.4	0.004548
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314Y	Cac	Tac	10	10	U.2	0.087719
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314H	caC	caT	9	9	AE.5	0.166667
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314Y	Cac	Tac	9	9	B.1.1.519	0.000357
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314Y	Cac	Tac	9	9	B.1.298	0.019027
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314H	caC	caT	9	9	B.1.525	0.001018
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314H	caC	caT	9	9	R.1	0.00081
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314H	caC	caT	8	8	AY.38	0.003994
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314H	caC	caT	8	8	AY.47	0.000249
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314H	caC	caT	8	8	B.1.36.29	0.004139
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314H	caC	caT	8	8	B.1.361	0.010309
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314H	caC	caT	8	8	P.1.14	0.000382
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314H	caC	caT	7	7	AY.118	0.000439
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314Y	Cac	Tac	7	7	AY.119	0.000247
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314H	caC	caT	7	7	AY.20	0.000272
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314H	caC	caT	7	7	AY.33	0.000467
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314H	caC	caT	7	7	AY.4.2	0.000152
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314H	caC	caT	7	7	B.1.1.214	0.000388
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314Y	Cac	Tac	7	7	B.1.177	0.000092
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314H	caC	caT	7	7	B.1.621	0.00062
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314H	caC	caT	7	7	B.1.637	0.000512
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314H	caC	caT	7	7	P.2	0.001306
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314del1	caC	ca-	3	6	All	0.000001
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314del1	Cac	-ac	2	6	All	0
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314del1	cAc	c-c	1	6	All	0
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314Y	Cac	Tac	6	6	AY.42	0.000241
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314Y	Cac	Tac	6	6	AY.69	0.00112
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314H	caC	caT	6	6	AY.7.1	0.000676
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314H	caC	caT	6	6	B.1.1.284	0.000644
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314H	caC	caT	6	6	B.1.1.525	0.032787
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314P	cAc	cCc	6	6	B.1.177	0.000079
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314H	caC	caT	6	6	B.1.177.21	0.000459
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314H	caC	caT	6	6	B.1.177.86	0.001101
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314H	caC	caT	6	6	B.1.258.17	0.000624
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314Y	Cac	Tac	6	6	B.1.526	0.000141
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314Y	Cac	Tac	6	6	B.1.595	0.001566
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314H	caC	caT	6	6	B.1.617.1	0.000774
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314H	caC	caT	6	6	P.1.7	0.001916
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314H	caC	caT	5	5	AY.120	0.000186
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314R	cAc	cGc	5	5	AY.3	0.00005
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314H	caC	caT	5	5	AY.5	0.000103
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314Y	Cac	Tac	5	5	AY.50	0.003997
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314Y	Cac	Tac	5	5	AY.9.2	0.000184
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314H	caC	caT	5	5	AY.99.2	0.000461
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314Y	Cac	Tac	5	5	B.1.1	0.000091
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314Y	Cac	Tac	5	5	B.1.1.214	0.000277
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314H	caC	caT	5	5	B.1.1.63	0.001929
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314H	caC	caT	5	5	B.1.177.6	0.004883
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314H	caC	caT	5	5	B.1.240	0.001078
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314Y	Cac	Tac	5	5	B.1.243	0.000348
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314H	caC	caT	5	5	B.1.595	0.001305
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314H	caC	caT	5	5	B.1.609	0.002397
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314H	caC	caT	5	5	P.1.12	0.00242
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314L	cAC	cTT	2	4		0.111111
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314L	cAc	cTc	2	4		0.111111
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314Y	Cac	Tac	4	4	AY.101	0.001962
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314H	caC	caT	4	4	AY.117	0.000338
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314Y	Cac	Tac	4	4	AY.14	0.000352
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314Y	Cac	Tac	4	4	AY.29	0.000063
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314R	cAc	cGc	4	4	AY.37	0.001264
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314N	Cac	Aac	4	4	AY.4	0.000006
ORF1ab/nsp14A2-B	314	H314Y	Cac	Tac	4	4	AY.4.2	0.000087
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CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

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