CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp14A2-B : CodonNum = 290

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290F	V6215F	nonsyn	Gtt	Ttt	2441	2440	0.99959	18907-18909
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290F	V6215F	nonsyn	GtT	TtC	2441	1	0.000409668	18907-18909
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290I	V6215I	nonsyn	Gtt	Att	408	408	1	18907-18909
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290V	V6215V	syn	gtT	gtC	271	242	0.892989	18907-18909
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290V	V6215V	syn	gtT	gtA	271	18	0.0664207	18907-18909
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290V	V6215V	syn	gtT	gtG	271	11	0.0405904	18907-18909
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290del	V6215del	del	GTT	---	42	42	1	18907-18909
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290A	V6215A	nonsyn	gTt	gCt	10	8	0.8	18907-18909
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290A	V6215A	nonsyn	gTT	gCC	10	1	0.1	18907-18909
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290A	V6215A	nonsyn	gTT	gCA	10	1	0.1	18907-18909
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290G	V6215G	nonsyn	gTt	gGt	8	6	0.75	18907-18909
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290G	V6215G	nonsyn	gTT	gGC	8	1	0.125	18907-18909
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290G	V6215G	nonsyn	gTT	gGA	8	1	0.125	18907-18909
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290del1	V6215del1	del	Gtt	-tt	6	4	0.666667	18907-18909
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290del1	V6215del1	del	gTt	g-t	6	2	0.333333	18907-18909
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290C	V6215C	nonsyn	GTt	TGt	5	4	0.8	18907-18909
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290C	V6215C	nonsyn	GTT	TGC	5	1	0.2	18907-18909
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290L	V6215L	nonsyn	Gtt	Ctt	4	3	0.75	18907-18909
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290L	V6215L	nonsyn	GtT	TtA	4	1	0.25	18907-18909
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290S	V6215S	nonsyn	GTT	TCA	3	1	0.333333	18907-18909
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290S	V6215S	nonsyn	GTT	TCC	3	1	0.333333	18907-18909
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290S	V6215S	nonsyn	GTt	TCt	3	1	0.333333	18907-18909
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290D	V6215D	nonsyn	gTt	gAt	2	2	1	18907-18909
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290X	V6215X	nonsyn	GTT	TGA	1	1	1	18907-18909
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290M	V6215M	nonsyn	GtT	AtG	1	1	1	18907-18909

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290F	Gtt	Ttt	2440	2441	All	0.000467
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290F	GtT	TtC	1	2441	All	0
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290F	Gtt	Ttt	579	579	AY.4	0.000901
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290I	Gtt	Att	408	408	All	0.000078
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290F	Gtt	Ttt	307	307	B.1.1.7	0.000275
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290V	gtT	gtC	242	271	All	0.000046
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290V	gtT	gtA	18	271	All	0.000003
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290V	gtT	gtG	11	271	All	0.000002
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290I	Gtt	Att	252	252	AY.25	0.001516
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290F	Gtt	Ttt	213	213	B.1.617.2	0.000802
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290F	Gtt	Ttt	151	151	AY.43	0.000669
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290F	Gtt	Ttt	147	147	AY.25	0.000884
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290F	Gtt	Ttt	95	95	AY.47	0.002955
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290V	gtT	gtC	88	94	AY.4	0.000137
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290V	gtT	gtA	4	94	AY.4	0.000006
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290V	gtT	gtG	2	94	AY.4	0.000003
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290F	Gtt	Ttt	64	64	AY.3	0.000637
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290F	Gtt	Ttt	51	51	AY.44	0.00031
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290F	Gtt	Ttt	47	47	AY.103	0.000292
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290del	GTT	---	42	42	All	0.000008
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290F	Gtt	Ttt	42	42	AY.39	0.001038
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290F	Gtt	Ttt	38	38	B.1.243	0.002644
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290F	Gtt	Ttt	37	37	B.1.1	0.000671
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290V	gtT	gtC	27	37	B.1.1.7	0.000024
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290V	gtT	gtG	7	37	B.1.1.7	0.000006
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290V	gtT	gtA	3	37	B.1.1.7	0.000003
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290F	Gtt	Ttt	34	34	AY.4.2	0.000737
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290F	Gtt	Ttt	31	31	B.1.524	0.043601
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290V	gtT	gtC	26	27	B.1.1	0.000472
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290V	gtT	gtA	1	27	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290I	Gtt	Att	24	24	B.1.1.7	0.000021
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290V	gtT	gtC	23	23	B.1.177	0.000303
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290F	Gtt	Ttt	21	21	AY.26	0.000595
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290F	Gtt	Ttt	21	21	B.1.2	0.000185
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290del	GTT	---	20	20	B.1.1.7	0.000018
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290F	Gtt	Ttt	17	17	AY.46.6	0.001228
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290F	Gtt	Ttt	15	15	AY.113	0.002136
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290F	Gtt	Ttt	15	15	AY.120	0.000558
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290F	Gtt	Ttt	15	15	AY.33	0.001002
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290F	Gtt	Ttt	15	15	AY.5	0.00031
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290F	Gtt	Ttt	15	15	P.1	0.000236
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290F	Gtt	Ttt	14	14	B.1	0.000128
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290F	Gtt	Ttt	14	14	B.1.429	0.000329
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290F	Gtt	Ttt	13	13	AY.102	0.000345
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290I	Gtt	Att	13	13	AY.4	0.00002
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290F	Gtt	Ttt	13	13	AY.50	0.010392
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290F	Gtt	Ttt	13	13	B.1.1.249	0.928571
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290F	Gtt	Ttt	12	12	AY.119	0.000424
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290V	gtT	gtC	12	12	C.29	0.75
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290F	Gtt	Ttt	12	12	C.37	0.001393
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290A	gTt	gCt	8	10	All	0.000002
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290A	gTT	gCA	1	10	All	0
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290A	gTT	gCC	1	10	All	0
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290I	Gtt	Att	10	10	AY.120	0.000372
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290I	Gtt	Att	10	10	AY.44	0.000061
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290F	Gtt	Ttt	10	10	B.1.630	0.052356
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290F	Gtt	Ttt	9	9	AY.120.2	0.011568
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290V	gtT	gtC	8	9	AY.43	0.000035
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290V	gtT	gtG	1	9	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290F	Gtt	Ttt	9	9	AY.69	0.00168
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290F	Gtt	Ttt	9	9	B.1.1.189	0.013616
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290F	Gtt	Ttt	9	9	B.1.1.519	0.000357
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290I	Gtt	Att	9	9	B.1.177.54	0.005458
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290F	Gtt	Ttt	9	9	B.1.351	0.000268
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290V	gtT	gtC	7	9	B.1.617.2	0.000026
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290V	gtT	gtA	1	9	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290V	gtT	gtG	1	9	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290G	gTt	gGt	6	8	All	0.000001
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290G	gTT	gGA	1	8	All	0
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290G	gTT	gGC	1	8	All	0
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290F	Gtt	Ttt	8	8	AY.20	0.000311
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290F	Gtt	Ttt	7	7	AY.105	0.004502
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290F	Gtt	Ttt	7	7	AY.23	0.000488
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290F	Gtt	Ttt	7	7	AY.39.1	0.000277
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290I	Gtt	Att	7	7	AY.41	0.002058
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290F	Gtt	Ttt	7	7	B.1.1.170	0.008728
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290I	Gtt	Att	7	7	B.1.177	0.000092
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290G	gTt	gGt	4	6		0.222222
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290G	gTT	gGC	1	6		0.055556
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290G	gTT	gGA	1	6		0.055556
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290del1	Gtt	-tt	4	6	All	0.000001
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290del1	gTt	g-t	2	6	All	0
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290F	Gtt	Ttt	6	6	AY.42	0.000241
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290V	gtT	gtC	6	6	AY.47	0.000187
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290F	Gtt	Ttt	6	6	AY.61	0.000629
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290F	Gtt	Ttt	6	6	AY.99.2	0.000553
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290F	Gtt	Ttt	6	6	B.1.1.214	0.000333
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290F	Gtt	Ttt	6	6	B.1.177	0.000079
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290I	Gtt	Att	6	6	B.1.617.2	0.000023
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290F	Gtt	Ttt	6	6	P.1.14	0.000287
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290F	Gtt	Ttt	5	5	A.30	0.714286
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290C	GTt	TGt	4	5	All	0.000001
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290C	GTT	TGC	1	5	All	0
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290F	Gtt	Ttt	5	5	AY.107	0.00233
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290I	Gtt	Att	5	5	AY.118	0.000313
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290del	GTT	---	5	5	AY.25	0.00003
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290I	Gtt	Att	5	5	AY.26	0.000142
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290F	Gtt	Ttt	5	5	AY.5.4	0.001384
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290F	Gtt	Ttt	5	5	AY.9.2	0.000184
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290F	Gtt	Ttt	5	5	AY.98	0.000395
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290I	Gtt	Att	5	5	B.1	0.000046
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290V	gtT	gtC	3	5	B.1	0.000027
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290V	gtT	gtA	2	5	B.1	0.000018
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290F	Gtt	Ttt	5	5	B.1.1.39	0.002548
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290F	Gtt	Ttt	5	5	B.1.416.1	0.007812
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290F	Gtt	Ttt	5	5	B.1.526	0.000118
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290F	Gtt	Ttt	5	5	B.1.619.1	0.003207
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290F	Gtt	Ttt	5	5	B.1.628	0.001762
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290F	Gtt	Ttt	5	5	B.39	0.011655
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290V	gtT	gtC	5	5	Q.4	0.002274
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290F	Gtt	Ttt	3	4		0.166667
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290C	GTt	TGt	3	4		0.166667
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290F	GtT	TtC	1	4		0.055556
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290C	GTT	TGC	1	4		0.055556
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290L	Gtt	Ctt	3	4	All	0.000001
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290L	GtT	TtA	1	4	All	0
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290F	Gtt	Ttt	4	4	AY.120.2.1	0.001993
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290I	Gtt	Att	4	4	AY.23	0.000279
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290F	Gtt	Ttt	4	4	AY.29	0.000063
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290A	gTt	gCt	4	4	AY.4	0.000006
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290F	Gtt	Ttt	4	4	AY.4.2.1	0.000596
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290del	GTT	---	4	4	AY.4.5	0.00043
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290F	Gtt	Ttt	4	4	AY.4.5	0.00043
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290F	Gtt	Ttt	4	4	AY.45	0.000487
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290F	Gtt	Ttt	4	4	AY.98.1	0.000194
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290V	gtT	gtC	4	4	B.1.1.519	0.000159
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290F	Gtt	Ttt	4	4	B.1.160	0.000125
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290F	Gtt	Ttt	4	4	B.1.232	0.002149
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290I	Gtt	Att	4	4	B.1.427	0.000202
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290F	Gtt	Ttt	4	4	B.1.427	0.000202
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290F	Gtt	Ttt	4	4	B.1.621	0.000354
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290V	gtT	gtC	4	4	B.1.623	0.002146
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290F	Gtt	Ttt	4	4	P.2	0.000747
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290A	gTt	gCt	1	3		0.055556
ORF1ab/nsp14A2-B	290	V290A	gTT	gCC	1	3		0.055556
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CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.