CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp14A2-B : CodonNum = 260

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260CY6185CnonsyntAttGt510510118817-18819
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260HY6185HnonsynTatCat203203118817-18819
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260YY6185YsyntaTtaC161161118817-18819
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260delY6185deldelTAT---7070118817-18819
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260NY6185NnonsynTatAat4242118817-18819
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260FY6185FnonsyntAttTt99118817-18819
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260SY6185SnonsyntAttCt66118817-18819
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260del1Y6185del1deltaTta-530.618817-18819
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260del1Y6185del1delTat-at520.418817-18819
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260DY6185DnonsynTatGat33118817-18819
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260del2Y6185del2delTAt--t210.518817-18819
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260del2Y6185del2delTATC--210.518817-18819
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260XY6185XnonsyntaTtaG11118817-18819
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260IY6185InonsynTATATA11118817-18819

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260CtAttGt510510All0.000098
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260HTatCat203203All0.000039
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260YtaTtaC161161All0.000031
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260HTatCat108108AY.40.000168
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260CtAttGt8787B.1.1.70.000078
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260CtAttGt7878B.10.000714
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260CtAttGt7474AY.40.000115
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260delTAT---7070All0.000013
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260CtAttGt4848AY.1030.000298
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260NTatAat4242All0.000008
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260CtAttGt3737B.1.1681
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260YtaTtaC3434B.1.1770.000448
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260delTAT---3232B.1.1.70.000029
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260YtaTtaC2828B.1.1.70.000025
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260CtAttGt2222B.1.1600.000686
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260YtaTtaC2121B.1.617.20.000079
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260YtaTtaC1919AY.40.00003
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260HTatCat1515B.1.1.5190.000596
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260CtAttGt1313P.10.000205
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260CtAttGt1212AY.30.000119
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260CtAttGt1212AY.430.000053
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260CtAttGt1212B.1.1.5190.000477
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260YtaTtaC1111AY.50.000227
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260NTatAat1111B.1.4290.000259
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260HTatCat1010AY.440.000061
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260HTatCat1010B.1.20.000088
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260CtAttGt1010B.1.4270.000505
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260FtAttTt99All0.000002
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260CtAttGt88AY.39.10.000317
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260CtAttGt88C.370.000929
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260HTatCat77AY.390.000173
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260YtaTtaC77B.10.000064
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260CtAttGt77B.1.20.000062
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260StAttCt66All0.000001
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260HTatCat66AY.9.20.00022
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260HTatCat66B.1.1.70.000005
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260CtAttGt66B.1.2210.000426
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260HTatCat66B.1.617.20.000023
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260del1taTta-35All0.000001
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260del1Tat-at25All0
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260NTatAat55AY.290.000079
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260delTAT---55AY.40.000008
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260HTatCat55AY.4.50.000537
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260CtAttGt55AY.98.10.000242
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260delTAT---55B.1.1770.000066
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260CtAttGt55B.1.617.20.000019
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260FtAttTt55P.10.000079
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260YtaTtaC44AY.1030.000025
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260delTAT---44AY.430.000018
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260YtaTtaC44AY.440.000024
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260HTatCat44AY.90.00027
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260CtAttGt44B.1.10.000073
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260YtaTtaC44B.1.20.000035
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260CtAttGt44B.1.4290.000094
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260NTatAat44B.1.617.20.000015
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260YtaTtaC44P.10.000063
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260DTatGat33All0.000001
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260HTatCat33AY.1030.000019
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260CtAttGt33AY.260.000085
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260YtaTtaC33AY.340.000291
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260CtAttGt33AY.440.000018
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260CtAttGt33AY.50.000062
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260delTAT---33B.1.10.000054
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260CtAttGt33B.1.1.1570.00274
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260NTatAat33B.1.1770.00004
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260NTatAat33B.1.4270.000151
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260CtAttGt33Q.80.000495
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260delTAT---220.111111
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260HTatCat220.111111
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260del2TATC--12All0
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260del2TAt--t12All0
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260CtAttGt22AY.1020.000053
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260NTatAat22AY.1020.000053
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260HTatCat22AY.1050.001286
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260CtAttGt22AY.1200.000074
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260CtAttGt22AY.250.000012
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260CtAttGt22AY.330.000134
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260HTatCat22AY.370.000632
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260YtaTtaC22AY.390.000049
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260CtAttGt22AY.4.20.000043
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260delTAT---22AY.4.50.000215
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260CtAttGt22AY.450.000243
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260YtaTtaC22AY.510.001818
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260CtAttGt22AY.610.00021
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260delTAT---22AY.90.000135
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260NTatAat22B.10.000018
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260CtAttGt22B.1.1.2070.002364
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260NTatAat22B.1.1.370.000386
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260HTatCat22B.1.1.610.017544
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260NTatAat22B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260FtAttTt22B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260delTAT---22B.1.177.690.002967
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260CtAttGt22B.1.2430.000139
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260YtaTtaC22B.1.2580.000133
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260CtAttGt22C.90.060606
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260NTatAat22P.10.000032
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260HTatCat22P.1.160.000748
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260YtaTtaC22P.20.000373
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260CtAttGt11A.290.005319
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260ITATATA11All0
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260XtaTtaG11All0
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260CtAttGt11AY.1000.000046
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260StAttCt11AY.1010.00049
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260del1taTta-11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260HTatCat11AY.1180.000063
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260NTatAat11AY.1190.000035
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260HTatCat11AY.120.10.000321
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260HTatCat11AY.130.000161
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260YtaTtaC11AY.16.10.00047
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260delTAT---11AY.190.00114
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260HTatCat11AY.23.10.000417
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260YtaTtaC11AY.240.000431
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260delTAT---11AY.250.000006
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260StAttCt11AY.250.000006
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260YtaTtaC11AY.260.000028
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260CtAttGt11AY.290.000016
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260YtaTtaC11AY.30.00001
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260HTatCat11AY.30.00001
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260NTatAat11AY.330.000067
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260YtaTtaC11AY.330.000067
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260CtAttGt11AY.390.000025
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260StAttCt11AY.390.000025
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260NTatAat11AY.40.000002
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260CtAttGt11AY.4.30.000842
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260YtaTtaC11AY.4.50.000107
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260XtaTtaG11AY.4.50.000107
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260HTatCat11AY.420.00004
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260YtaTtaC11AY.430.000004
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260del1taTta-11AY.440.000006
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260CtAttGt11AY.460.000104
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260CtAttGt11AY.470.000031
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260CtAttGt11AY.550.000917
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260CtAttGt11AY.60.000041
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260DTatGat11AY.60.000041
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260FtAttTt11AY.620.000436
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260DTatGat11AY.670.000464
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260CtAttGt11AY.750.000056
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260delTAT---11AY.750.000056
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260delTAT---11AY.810.001992
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260CtAttGt11AY.90.000068
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260CtAttGt11AY.980.000079
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260NTatAat11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260YtaTtaC11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260DTatGat11B.1.1.1940.00495
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260YtaTtaC11B.1.1.1980.001468
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260YtaTtaC11B.1.1.2220.000204
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260CtAttGt11B.1.1.2310.003096
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260delTAT---11B.1.1.2320.001815
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260CtAttGt11B.1.1.280.000311
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260delTAT---11B.1.1.3110.000358
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260NTatAat11B.1.1.3720.000689
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260del1Tat-at11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260ITATATA11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260delTAT---11B.1.1.700.000341
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260StAttCt11B.1.1.700.000341
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260HTatCat11B.1.1100.004525
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260delTAT---11B.1.1600.000031
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260CtAttGt11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260delTAT---11B.1.177.180.00116
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260CtAttGt11B.1.177.210.000076
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260delTAT---11B.1.177.40.000211
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260del1Tat-at11B.1.177.50.001242
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260YtaTtaC11B.1.177.60.000977
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260YtaTtaC11B.1.177.750.001041
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260HTatCat11B.1.177.80.000752
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260del1taTta-11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260delTAT---11B.1.221.10.002907
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260CtAttGt11B.1.2220.001692
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260StAttCt11B.1.3510.00003
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260CtAttGt11B.1.3510.00003
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260CtAttGt11B.1.36.100.004785
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260FtAttTt11B.1.3690.000285
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260CtAttGt11B.1.4040.001302
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260delTAT---11B.1.4090.000781
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260YtaTtaC11B.1.4700.001404
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260StAttCt11B.1.5680.001111
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260YtaTtaC11B.1.6090.000479
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260CtAttGt11B.1.6120.002653
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260delTAT---11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260CtAttGt11B.1.6280.000352
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260HTatCat11B.40.002208
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260del2TATC--11C.170.055556
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260CtAttGt11C.36.30.000567
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260del2TAt--t11D.20.000075
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260HTatCat11D.20.000075
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260HTatCat11P.10.000016
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260HTatCat11P.1.140.000048
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260HTatCat11P.20.000187
ORF1ab/nsp14A2-B260Y260NTatAat11P.30.001595