CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp14A2-B : CodonNum = 204

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DE6129DnonsyngaGgaT1423880720.56693418649-18651
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DE6129DnonsyngaGgaC1423861660.43306618649-18651
ORF1ab/nsp14A2-B204E204EE6129EsyngaGgaA10701070118649-18651
ORF1ab/nsp14A2-B204E204GE6129GnonsyngAggGg103980.95145618649-18651
ORF1ab/nsp14A2-B204E204GE6129GnonsyngAGgGA10320.019417518649-18651
ORF1ab/nsp14A2-B204E204GE6129GnonsyngAGgGT10320.019417518649-18651
ORF1ab/nsp14A2-B204E204GE6129GnonsyngAGgGC10310.0097087418649-18651
ORF1ab/nsp14A2-B204E204delE6129deldelGAG---9999118649-18651
ORF1ab/nsp14A2-B204E204VE6129VnonsyngAggTg6060118649-18651
ORF1ab/nsp14A2-B204E204KE6129KnonsynGagAag5555118649-18651
ORF1ab/nsp14A2-B204E204AE6129AnonsyngAggCg43420.97674418649-18651
ORF1ab/nsp14A2-B204E204AE6129AnonsyngAGgCT4310.023255818649-18651
ORF1ab/nsp14A2-B204E204QE6129QnonsynGagCag4141118649-18651
ORF1ab/nsp14A2-B204E204XE6129XnonsynGagTag36310.86111118649-18651
ORF1ab/nsp14A2-B204E204XE6129XnonsynGaGTaA3630.083333318649-18651
ORF1ab/nsp14A2-B204E204XE6129XnonsynGAGTGA3620.055555618649-18651
ORF1ab/nsp14A2-B204E204del2E6129del2delgAGg--530.618649-18651
ORF1ab/nsp14A2-B204E204del1E6129del1delgaGga-530.618649-18651
ORF1ab/nsp14A2-B204E204del2E6129del2delGAg--g520.418649-18651
ORF1ab/nsp14A2-B204E204del1E6129del1delGag-ag520.418649-18651
ORF1ab/nsp14A2-B204E204YE6129YnonsynGaGTaT22118649-18651
ORF1ab/nsp14A2-B204E204WE6129WnonsynGAgTGg22118649-18651
ORF1ab/nsp14A2-B204E204NE6129NnonsynGaGAaC22118649-18651
ORF1ab/nsp14A2-B204E204CE6129CnonsynGAGTGT22118649-18651
ORF1ab/nsp14A2-B204E204PE6129PnonsynGAgCCg11118649-18651
ORF1ab/nsp14A2-B204E204HE6129HnonsynGaGCaC11118649-18651

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaT807214238All0.001544
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaC616614238All0.001179
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaC60586058AY.740.70059
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaT29412946B.1.1.70.002633
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaC52946B.1.1.70.000004
ORF1ab/nsp14A2-B204E204EgaGgaA10701070All0.000205
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaT824826AY.40.001282
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaC2826AY.40.000003
ORF1ab/nsp14A2-B204E204EgaGgaA698698B.1.1.70.000625
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaT416416B.1.2790.213662
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaT404404B.1.177.210.030894
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaT396396A.23.10.278873
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaT263278B.1.617.20.00099
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaC15278B.1.617.20.000056
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaT175175AY.430.000775
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaT169169AY.1030.001049
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaT141142AY.470.004386
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaC1142AY.470.000031
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaT133133AY.330.008881
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaT119119B.1.20.001048
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaT113113B.1.5410.5
ORF1ab/nsp14A2-B204E204GgAggGg98103All0.000019
ORF1ab/nsp14A2-B204E204GgAGgGA2103All0
ORF1ab/nsp14A2-B204E204GgAGgGT2103All0
ORF1ab/nsp14A2-B204E204GgAGgGC1103All0
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaT100100B.1.1770.001317
ORF1ab/nsp14A2-B204E204delGAG---9999All0.000019
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaT9698AY.440.000584
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaC298AY.440.000012
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaT9293AY.250.000553
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaC193AY.250.000006
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaT8484B.1.3690.023959
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaT7879B.10.000714
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaC179B.10.000009
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaT7474AY.4.50.007954
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaT7171AY.50.001466
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaT6970B.1.10.001252
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaC170B.1.10.000018
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaT6969B.1.243.21
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaT6565P.10.001024
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaT6363B.1.3510.001873
ORF1ab/nsp14A2-B204E204VgAggTg6060All0.000011
ORF1ab/nsp14A2-B204E204KGagAag5555All0.000011
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaT5050AY.980.00395
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaC3749AY.210.070209
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaT1249AY.210.02277
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaT4747B.1.1.5190.001866
ORF1ab/nsp14A2-B204E204delGAG---4747B.1.1.70.000042
ORF1ab/nsp14A2-B204E204AgAggCg4243All0.000008
ORF1ab/nsp14A2-B204E204AgAGgCT143All0
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaT4242AY.30.000418
ORF1ab/nsp14A2-B204E204QGagCag4141All0.000008
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaT4040B.1.5990.145985
ORF1ab/nsp14A2-B204E204EgaGgaA3939AY.30.000388
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaT3737AY.390.000914
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaT3737B.1.1.1890.055976
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaT3737B.1.1.4320.046835
ORF1ab/nsp14A2-B204E204VgAggTg3737B.1.1.70.000033
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaT3737B.1.3110.010159
ORF1ab/nsp14A2-B204E204XGagTag3136All0.000006
ORF1ab/nsp14A2-B204E204XGaGTaA336All0.000001
ORF1ab/nsp14A2-B204E204XGAGTGA236All0
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaT3131AY.4.20.000672
ORF1ab/nsp14A2-B204E204EgaGgaA3131AY.430.000137
ORF1ab/nsp14A2-B204E204QGagCag3131B.1.20.000273
ORF1ab/nsp14A2-B204E204KGagAag3030AY.440.000183
ORF1ab/nsp14A2-B204E204EgaGgaA3030B.10.000275
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaT2727AY.1020.000716
ORF1ab/nsp14A2-B204E204EgaGgaA2727B.1.2580.001797
ORF1ab/nsp14A2-B204E204EgaGgaA2626B.1.177.810.004922
ORF1ab/nsp14A2-B204E204EgaGgaA2626B.150.45614
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaT2425AY.540.002288
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaC125AY.540.000095
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaT2525B.1.5250.002829
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaT2121AY.290.000331
ORF1ab/nsp14A2-B204E204EgaGgaA2121B.1.2370.104478
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaT1919B.1.1600.000593
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaT1919B.1.2580.001264
ORF1ab/nsp14A2-B204E204AgAggCg1818AY.40.000028
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaC1317AY.450.001582
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaT417AY.450.000487
ORF1ab/nsp14A2-B204E204EgaGgaA1717B.1.10.000308
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaT1717B.1.1.2980.014655
ORF1ab/nsp14A2-B204E204GgAggGg1616AY.40.000025
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaT1616AY.420.000644
ORF1ab/nsp14A2-B204E204GgAggGg1616B.1.1600.000499
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaT1616B.1.6370.001169
ORF1ab/nsp14A2-B204E204GgAggGg1515AY.390.000371
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaT1214B.1.4270.000606
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaC214B.1.4270.000101
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaT1414Q.10.001769
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaT1313AY.4.40.005319
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaT1313AY.46.60.000939
ORF1ab/nsp14A2-B204E204XGagTag1113B.10.000101
ORF1ab/nsp14A2-B204E204XGaGTaA113B.10.000009
ORF1ab/nsp14A2-B204E204XGAGTGA113B.10.000009
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaT1313B.1.1.3690.005801
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaT1313B.1.36.80.013
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaT1212C.36.30.006807
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaT1111AY.460.001145
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaT1111B.1.2210.000781
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaT1111P.1.140.000526
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaT1010B.1.1.2220.00204
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaT1010B.1.1.500.006789
ORF1ab/nsp14A2-B204E204EgaGgaA1010B.1.20.000088
ORF1ab/nsp14A2-B204E204EgaGgaA1010B.1.5260.000235
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaT99AY.230.000628
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaT89AY.350.001864
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaC19AY.350.000233
ORF1ab/nsp14A2-B204E204EgaGgaA99AY.440.000055
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaT99AZ.20.007389
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaT78AY.1130.000997
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaC18AY.1130.000142
ORF1ab/nsp14A2-B204E204KGagAag88AY.250.000048
ORF1ab/nsp14A2-B204E204EgaGgaA88AY.40.000012
ORF1ab/nsp14A2-B204E204EgaGgaA88AY.460.000833
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaC68AY.5.30.002024
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaT28AY.5.30.000675
ORF1ab/nsp14A2-B204E204delGAG---88B.1.1770.000105
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaT88B.1.2430.000557
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaT88B.1.36.290.004139
ORF1ab/nsp14A2-B204E204EgaGgaA88B.1.617.20.00003
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaT88B.1.6210.000708
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaT78D.20.000525
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaC18D.20.000075
ORF1ab/nsp14A2-B204E204EgaGgaA88P.1.140.000382
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaT88P.20.001493
ORF1ab/nsp14A2-B204E204GgAggGg77AY.30.00007
ORF1ab/nsp14A2-B204E204GgAggGg77AY.340.000679
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaT77AY.360.001037
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaT77AY.400.00675
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaT77AY.9.20.000257
ORF1ab/nsp14A2-B204E204VgAggTg77B.10.000064
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaT77B.1.1.280.002179
ORF1ab/nsp14A2-B204E204AgAggCg77B.1.1.70.000006
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaT77B.1.1.700.002387
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaT77B.1.360.001021
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaT77B.1.4220.005686
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaT66AY.260.00017
ORF1ab/nsp14A2-B204E204VgAggTg66AY.610.000629
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaT56AY.610.000524
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaC16AY.610.000105
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaT66AY.840.002625
ORF1ab/nsp14A2-B204E204XGagTag46B.1.10.000073
ORF1ab/nsp14A2-B204E204XGaGTaA16B.1.10.000018
ORF1ab/nsp14A2-B204E204XGAGTGA16B.1.10.000018
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaT66B.1.1.3480.004777
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaT66B.1.36.390.013304
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaT66B.1.5260.000141
ORF1ab/nsp14A2-B204E204del2gAGg--35All0.000001
ORF1ab/nsp14A2-B204E204del1gaGga-35All0.000001
ORF1ab/nsp14A2-B204E204del2GAg--g25All0
ORF1ab/nsp14A2-B204E204del1Gag-ag25All0
ORF1ab/nsp14A2-B204E204GgAggGg55AY.1020.000133
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaT35AY.1190.000106
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaC25AY.1190.000071
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaT55AY.200.000194
ORF1ab/nsp14A2-B204E204EgaGgaA55AY.230.000349
ORF1ab/nsp14A2-B204E204delGAG---55AY.40.000008
ORF1ab/nsp14A2-B204E204GgAggGg55B.1.1.70.000004
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaT55B.1.160.160.004647
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaT55B.1.177.510.022831
ORF1ab/nsp14A2-B204E204DgaGgaT55B.1.5960.000436
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