CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp14A2-B : CodonNum = 169

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	M6094I	nonsyn	atG	atT	2362	2256	0.955123	18544-18546
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	M6094I	nonsyn	atG	atA	2362	97	0.0410669	18544-18546
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	M6094I	nonsyn	atG	atC	2362	9	0.00381033	18544-18546
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169T	M6094T	nonsyn	aTg	aCg	2097	2096	0.999523	18544-18546
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169T	M6094T	nonsyn	aTG	aCA	2097	1	0.000476872	18544-18546
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169V	M6094V	nonsyn	Atg	Gtg	81	81	1	18544-18546
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169del	M6094del	del	ATG	---	20	20	1	18544-18546
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169R	M6094R	nonsyn	aTg	aGg	9	9	1	18544-18546
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169L	M6094L	nonsyn	Atg	Ttg	8	4	0.5	18544-18546
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169L	M6094L	nonsyn	Atg	Ctg	8	2	0.25	18544-18546
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169L	M6094L	nonsyn	AtG	TtA	8	2	0.25	18544-18546
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169del2	M6094del2	del	aTG	a--	2	2	1	18544-18546
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169del1	M6094del1	del	atG	at-	2	2	1	18544-18546
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169N	M6094N	nonsyn	aTG	aAT	1	1	1	18544-18546
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169K	M6094K	nonsyn	aTg	aAg	1	1	1	18544-18546

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	2256	2362	All	0.000431
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atA	97	2362	All	0.000019
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atC	9	2362	All	0.000002
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169T	aTg	aCg	2096	2097	All	0.000401
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169T	aTG	aCA	1	2097	All	0
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169T	aTg	aCg	1748	1749	AY.4	0.002721
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169T	aTG	aCA	1	1749	AY.4	0.000002
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	568	570	B.1.1.7	0.000508
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atA	2	570	B.1.1.7	0.000002
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	459	459	C.36	0.418033
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	259	262	AY.4	0.000403
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atA	3	262	AY.4	0.000005
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169T	aTg	aCg	172	172	B.1.1.7	0.000154
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	141	141	AY.43	0.000625
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	82	95	B.1.2	0.000722
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atA	12	95	B.1.2	0.000106
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atC	1	95	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169V	Atg	Gtg	81	81	All	0.000015
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	68	68	B.1.617.2	0.000256
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	44	53	AY.103	0.000273
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atA	9	53	AY.103	0.000056
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169T	aTg	aCg	51	51	B.1.2	0.000449
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169T	aTg	aCg	46	46	B.1.617.2	0.000173
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	45	45	B.1.243.2	0.652174
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	44	45	P.1	0.000693
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atA	1	45	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	40	41	AY.44	0.000243
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atA	1	41	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	33	33	B.1.1.519	0.00131
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atA	32	33	R.1	0.00288
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	1	33	R.1	0.00009
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	32	32	B.1.160	0.000998
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	31	31	AY.3	0.000308
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	27	27	B.1	0.000247
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	20	23	AY.25	0.00012
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atC	2	23	AY.25	0.000012
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atA	1	23	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169V	Atg	Gtg	21	21	B.1	0.000192
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169del	ATG	---	20	20	All	0.000004
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	20	20	AY.9.2	0.000735
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169T	aTg	aCg	18	18	AY.42	0.000724
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	18	18	B.1.1	0.000327
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	17	17	AY.102	0.000451
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	16	16	AY.42	0.000644
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atA	16	16	B.1.404	0.020833
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	16	16	B.1.526	0.000376
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169T	aTg	aCg	13	13	AY.44	0.000079
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	12	12	B.1.617.1	0.001548
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169V	Atg	Gtg	11	11	B.1.243	0.000765
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169T	aTg	aCg	10	10	B.1.258	0.000665
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169R	aTg	aGg	9	9	All	0.000002
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	7	9	AY.29	0.00011
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atC	2	9	AY.29	0.000032
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	9	9	AY.75	0.000504
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169L	Atg	Ttg	4	8	All	0.000001
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169L	Atg	Ctg	2	8	All	0
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169L	AtG	TtA	2	8	All	0
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	8	8	AY.75.1	0.001442
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169del	ATG	---	8	8	B.1.1.7	0.000007
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	8	8	B.1.429	0.000188
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169V	Atg	Gtg	7	7	AY.118	0.000439
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	7	7	AY.14	0.000616
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	7	7	AY.39	0.000173
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169V	Atg	Gtg	7	7	B.1.1.7	0.000006
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	5	7	B.1.177	0.000066
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atA	1	7	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atC	1	7	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	7	7	B.1.177.57	0.001967
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169V	Atg	Gtg	6	6	AY.4	0.000009
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	6	6	B	0.000767
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	5	6	B.1.1.316	0.004625
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atA	1	6	B.1.1.316	0.000925
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	6	6	C.17	0.333333
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169V	Atg	Gtg	5	5	AY.14	0.00044
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	5	5	AY.3.1	0.000426
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169T	aTg	aCg	5	5	AY.43	0.000022
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	5	5	AY.5	0.000103
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	5	5	AY.57	0.003281
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	5	5	AY.6	0.000206
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169T	aTg	aCg	5	5	B.1.1.396	0.227273
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atA	5	5	B.1.160.26	0.012107
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	5	5	B.1.258	0.000333
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	3	5	B.1.36.29	0.001552
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atA	2	5	B.1.36.29	0.001035
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169V	Atg	Gtg	5	5	B.1.525	0.000566
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	4	5	B.1.621	0.000354
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atA	1	5	B.1.621	0.000089
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	5	5	P.2	0.000933
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169L	Atg	Ttg	2	4		0.111111
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169L	AtG	TtA	2	4		0.111111
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	4	4	AY.87	0.003331
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	4	4	B.1.177.85	0.021739
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	4	4	B.1.279	0.002054
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	4	4	B.1.36	0.000584
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	4	4	B.1.628	0.001409
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	4	4	C.37	0.000464
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	4	4	C.39	0.075472
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	3	3	AY.119	0.000106
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	3	3	AY.12	0.000948
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	3	3	AY.120	0.000112
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atA	2	3	AY.26	0.000057
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	1	3	AY.26	0.000028
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	3	3	AY.45	0.000365
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	3	3	AY.47	0.000093
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atA	3	3	AY.69	0.00056
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	3	3	B.1.243	0.000209
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	3	3	B.1.595	0.000783
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169V	Atg	Gtg	3	3	B.1.599	0.010949
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atA	2	2		0.111111
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169del1	atG	at-	2	2	All	0
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169del2	aTG	a--	2	2	All	0
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169V	Atg	Gtg	2	2	AY.103	0.000012
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169T	aTg	aCg	2	2	AY.103	0.000012
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	2	2	AY.20	0.000078
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	2	2	AY.27	0.000129
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169T	aTg	aCg	2	2	AY.3	0.00002
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169T	aTg	aCg	2	2	AY.30	0.000791
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	2	2	AY.39.1	0.000079
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	2	2	AY.41	0.000588
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169L	Atg	Ttg	2	2	AY.43	0.000009
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169V	Atg	Gtg	2	2	AY.43	0.000009
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atA	1	2	AY.61	0.000105
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	1	2	AY.61	0.000105
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	2	2	AY.7.1	0.000225
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	2	2	AY.73	0.001331
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	2	2	AY.74	0.000231
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	2	2	AY.84	0.000875
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	2	2	AY.98.1	0.000097
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169T	aTg	aCg	2	2	B.1.1	0.000036
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	2	2	B.1.1.28	0.000622
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atC	2	2	B.1.1.306	0.000877
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169R	aTg	aGg	2	2	B.1.1.352	0.0625
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	2	2	B.1.1.354	0.008772
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	2	2	B.1.177.86	0.000367
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	2	2	B.1.214.2	0.001199
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	2	2	B.1.239	0.002442
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	2	2	B.1.346	0.002621
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atA	1	2	B.1.351	0.00003
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	1	2	B.1.351	0.00003
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169V	Atg	Gtg	2	2	B.1.429	0.000047
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	2	2	B.1.466.2	0.000782
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	2	2	B.1.470	0.002809
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169V	Atg	Gtg	2	2	B.1.517	0.000854
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169del	ATG	---	2	2	B.1.617.2	0.000008
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	2	2	P.1.17	0.000324
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atA	1	2	Q.8	0.000165
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	1	2	Q.8	0.000165
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	1	1	A.2.2	0.001689
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	1	1	A.2.5	0.000499
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	1	1	AA.2	0.007692
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169N	aTG	aAT	1	1	All	0
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169K	aTg	aAg	1	1	All	0
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169T	aTg	aCg	1	1	AY.100	0.000046
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	1	1	AY.100	0.000046
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169T	aTg	aCg	1	1	AY.102	0.000027
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	1	1	AY.105	0.000643
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	1	1	AY.106	0.000335
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169del	ATG	---	1	1	AY.111	0.000183
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	1	1	AY.116	0.000287
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169del	ATG	---	1	1	AY.120	0.000037
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	1	1	AY.121	0.000135
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	1	1	AY.15	0.002222
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169T	aTg	aCg	1	1	AY.16	0.00038
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atC	1	1	AY.19	0.00114
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169V	Atg	Gtg	1	1	AY.20	0.000039
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169R	aTg	aGg	1	1	AY.20	0.000039
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169T	aTg	aCg	1	1	AY.22	0.002092
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	1	1	AY.22	0.002092
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169T	aTg	aCg	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169V	Atg	Gtg	1	1	AY.29	0.000016
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169V	Atg	Gtg	1	1	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	1	1	AY.36	0.000148
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	1	1	AY.37	0.000316
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169T	aTg	aCg	1	1	AY.39	0.000025
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169del	ATG	---	1	1	AY.4	0.000002
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169del2	aTG	a--	1	1	AY.4.2	0.000022
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	1	1	AY.4.2	0.000022
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169T	aTg	aCg	1	1	AY.4.2	0.000022
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	1	1	AY.4.4	0.000409
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169del	ATG	---	1	1	AY.4.5	0.000107
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169R	aTg	aGg	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	1	1	AY.46	0.000104
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169T	aTg	aCg	1	1	AY.46	0.000104
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	1	1	AY.46.4	0.000165
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169del	ATG	---	1	1	AY.46.6	0.000072
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169T	aTg	aCg	1	1	AY.47	0.000031
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	1	1	AY.5.2	0.002463
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	1	1	AY.5.4	0.000277
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	1	1	AY.52	0.000814
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	1	1	AY.53	0.000288
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169V	Atg	Gtg	1	1	AY.61	0.000105
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	1	1	AY.9	0.000068
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	1	1	AY.9.1	0.000084
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	1	1	AY.94	0.000443
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169T	aTg	aCg	1	1	AY.98	0.000079
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169T	aTg	aCg	1	1	AY.98.1	0.000048
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169del	ATG	---	1	1	AY.99.1	0.001553
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169N	aTG	aAT	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169del1	atG	at-	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169K	aTg	aAg	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169V	Atg	Gtg	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	1	1	B.1.1.1	0.000327
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	1	1	B.1.1.198	0.001468
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	1	1	B.1.1.214	0.000055
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169R	aTg	aGg	1	1	B.1.1.222	0.000204
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169L	Atg	Ctg	1	1	B.1.1.25	0.000569
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	1	1	B.1.1.274	0.005051
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	1	1	B.1.1.277	0.000759
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	1	1	B.1.1.284	0.000107
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	1	1	B.1.1.317	0.000412
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	1	1	B.1.1.362	0.005618
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	1	1	B.1.1.369	0.000446
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	1	1	B.1.1.37	0.000193
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	1	1	B.1.1.432	0.001266
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169T	aTg	aCg	1	1	B.1.1.434	0.000349
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	1	1	B.1.1.434	0.000349
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	1	1	B.1.1.50	0.000679
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169T	aTg	aCg	1	1	B.1.1.61	0.008772
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	1	1	B.1.110.3	0.000718
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	1	1	B.1.127	0.002198
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169T	aTg	aCg	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	1	1	B.1.177.21	0.000076
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	1	1	B.1.177.32	0.00135
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	1	1	B.1.192	0.009259
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169R	aTg	aGg	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169del2	aTG	a--	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169del1	atG	at-	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169del	ATG	---	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169V	Atg	Gtg	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169V	Atg	Gtg	1	1	B.1.221	0.000071
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	1	1	B.1.234	0.000132
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169T	aTg	aCg	1	1	B.1.243	0.00007
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169T	aTg	aCg	1	1	B.1.258.16	0.001637
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	1	1	B.1.258.17	0.000104
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	1	1	B.1.265	0.001271
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	1	1	B.1.336	0.002439
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169T	aTg	aCg	1	1	B.1.36.36	0.000602
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	1	1	B.1.362	0.001541
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169L	Atg	Ctg	1	1	B.1.375	0.00082
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	1	1	B.1.416	0.001269
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	1	1	B.1.428	0.00102
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	1	1	B.1.525	0.000113
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169del	ATG	---	1	1	B.1.564	0.000426
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	1	1	B.1.575.1	0.002439
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169T	aTg	aCg	1	1	B.1.596	0.000087
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	1	1	B.1.596	0.000087
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169V	Atg	Gtg	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	1	1	B.1.617.3	0.002985
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169del	ATG	---	1	1	B.1.630	0.005236
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	1	1	B.1.630	0.005236
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169R	aTg	aGg	1	1	B.3.1	0.001658
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	1	1	B.4.5	0.011905
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	1	1	C.1	0.002392
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	1	1	C.16	0.00106
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169del	ATG	---	1	1	C.36	0.000911
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169T	aTg	aCg	1	1	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	1	1	P.1.10	0.000269
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169R	aTg	aGg	1	1	P.1.11	0.010204
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	1	1	P.1.12	0.000484
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	1	1	P.1.14	0.000048
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169R	aTg	aGg	1	1	P.1.14	0.000048
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	1	1	P.1.15	0.000232
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	1	1	Q.1	0.000126
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169T	aTg	aCg	1	1	Q.1	0.000126
ORF1ab/nsp14A2-B	169	M169I	atG	atT	1	1	Q.3	0.000145

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.