CoV-GLUE | Mutations | Mutation
Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):
ORF | CodonNum | Mut | ORF1abMut | MutType | RefCodon | MutCodon | AACount | CodonCount | CodonProp | Genome Position |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | M6078I | nonsyn | atG | atT | 2975 | 2844 | 0.955966 | 18496-18498 |
Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):
ORF | CodonNum | Mut | RefCodon | MutCodon | CodonCount | AACount | Lineage | LineageCodonProp |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 2844 | 2975 | All | 0.000544 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 873 | 887 | B.1.1.7 | 0.000782 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 251 | 253 | B.1.1 | 0.004553 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 188 | 229 | AY.4 | 0.000293 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 125 | 142 | AY.43 | 0.000554 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 135 | 136 | P.1 | 0.002127 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 92 | 103 | B.1.617.2 | 0.000346 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 98 | 100 | B.1.177 | 0.00129 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 67 | 71 | AY.25 | 0.000403 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 61 | 61 | AY.3 | 0.000607 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 56 | 56 | AY.26 | 0.001585 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 43 | 50 | AY.103 | 0.000267 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 41 | 43 | AY.44 | 0.00025 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 33 | 34 | AY.39 | 0.000815 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 33 | 33 | B.1 | 0.000302 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 30 | 30 | AY.4.4 | 0.012275 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 29 | 29 | AY.120 | 0.001078 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 27 | 27 | AY.46 | 0.00281 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 27 | 27 | B.1.160.19 | 0.964286 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 18 | 18 | AY.102 | 0.000477 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 17 | 18 | B.1.351 | 0.000505 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 18 | 18 | Q.1 | 0.002274 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 16 | 16 | AY.3.1 | 0.001364 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 16 | 16 | B.1.1.519 | 0.000635 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 16 | 16 | B.1.160 | 0.000499 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 15 | 15 | AY.39.1 | 0.000594 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 15 | 15 | B.1.36.10 | 0.07177 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 14 | 14 | B.1.36.8 | 0.014 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 14 | 14 | P.1.1 | 0.004447 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 14 | 14 | Q.8 | 0.002309 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 13 | 13 | P.1.6 | 0.025292 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 12 | 12 | AY.100 | 0.000552 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 12 | 12 | B.1.1.70 | 0.004093 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 11 | 11 | AY.14 | 0.000968 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 10 | 11 | B | 0.001278 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 11 | 11 | B.1.1.63 | 0.004244 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 10 | 10 | B.1.397 | 0.048544 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 10 | 10 | B.1.427 | 0.000505 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 10 | 10 | N.6 | 0.070922 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 8 | 9 | AY.34 | 0.000776 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 9 | 9 | AY.47 | 0.00028 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 8 | 9 | AY.54 | 0.000763 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 9 | 9 | B.1.177.58 | 0.011984 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 8 | 9 | B.1.617.1 | 0.001032 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 9 | 9 | B.1.621 | 0.000797 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 8 | 8 | AY.46.4 | 0.001316 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 8 | 8 | AY.48 | 0.003721 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 8 | 8 | AY.6 | 0.000329 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 8 | 8 | B.1.2 | 0.00007 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 7 | 7 | AY.7.2 | 0.003915 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 7 | 7 | AY.92 | 0.002011 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 7 | 7 | B.1.1.216 | 0.006233 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 7 | 7 | B.1.1.220 | 0.013011 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 7 | 7 | B.1.1.229 | 0.04023 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 5 | 6 | AY.5 | 0.000103 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 6 | 6 | B.1.1.317 | 0.00247 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 3 | 6 | B.1.258 | 0.0002 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 6 | 6 | B.1.280 | 0.042857 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 6 | 6 | B.1.526 | 0.000141 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 5 | 5 | AY.23 | 0.000349 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 5 | 5 | AY.29 | 0.000079 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 5 | 5 | AY.37 | 0.00158 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 5 | 5 | AY.9 | 0.000338 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 5 | 5 | B.1.153 | 0.09434 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 5 | 5 | B.1.36 | 0.00073 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 4 | 4 | AY.20 | 0.000155 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 3 | 4 | AY.4.2 | 0.000065 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 4 | 4 | AY.4.3 | 0.003367 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 4 | 4 | AY.42 | 0.000161 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 4 | 4 | AY.99.2 | 0.000369 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 4 | 4 | B.1.1.284 | 0.00043 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 4 | 4 | B.1.1.389 | 0.024242 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 4 | 4 | B.1.1.433 | 0.005698 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 4 | 4 | B.1.243 | 0.000278 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 4 | 4 | B.1.36.29 | 0.002069 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 4 | 4 | B.1.429 | 0.000094 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 4 | 4 | B.1.596 | 0.000349 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 3 | 4 | C.37 | 0.000348 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 3 | 3 | AY.119 | 0.000106 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 3 | 3 | AY.13 | 0.000483 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 3 | 3 | AY.69 | 0.00056 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 2 | 3 | AY.75 | 0.000112 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 3 | 3 | B.1.1.28 | 0.000934 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 3 | 3 | B.1.1.280 | 0.009259 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 3 | 3 | B.1.160.15 | 0.014851 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 3 | 3 | B.1.177.40 | 0.015464 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 3 | 3 | B.1.234 | 0.000396 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 3 | 3 | B.1.565 | 0.002431 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 1 | 3 | D.2 | 0.000075 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 3 | 3 | P.1.15 | 0.000697 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 3 | 3 | Q.4 | 0.001364 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 2 | 2 | A.2.3 | 0.009479 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 2 | 2 | AY.113 | 0.000285 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 2 | 2 | AY.117 | 0.000169 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 2 | 2 | AY.121 | 0.000271 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 2 | 2 | AY.2 | 0.000712 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 2 | 2 | AY.38 | 0.000999 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 1 | 2 | AY.55 | 0.000917 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 2 | 2 | AY.58 | 0.001815 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 2 | 2 | AY.61 | 0.00021 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 2 | 2 | AY.9.1 | 0.000167 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 1 | 2 | AY.9.2 | 0.000037 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 1 | 2 | AY.95 | 0.000761 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 2 | 2 | AY.98 | 0.000158 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 2 | 2 | B.1.1.222 | 0.000408 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 2 | 2 | B.1.1.269 | 0.002706 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 2 | 2 | B.1.1.306 | 0.000877 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 1 | 2 | B.1.1.318 | 0.000302 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 2 | 2 | B.1.1.33 | 0.000842 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 2 | 2 | B.1.1.372 | 0.001377 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 2 | 2 | B.1.1.434 | 0.000697 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 2 | 2 | B.1.177.12 | 0.000303 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 2 | 2 | B.1.241 | 0.001623 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 2 | 2 | B.1.279 | 0.001027 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 2 | 2 | B.1.438.1 | 0.000215 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 2 | 2 | B.1.627 | 0.00404 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 2 | 2 | B.1.91 | 0.004149 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 2 | 2 | P.1.2 | 0.002312 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 2 | 2 | P.2 | 0.000373 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 1 | 1 | A.1 | 0.000282 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 1 | 1 | AE.8 | 0.000489 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 1 | 1 | AY.106 | 0.000335 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 1 | 1 | AY.23.1 | 0.000417 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 1 | 1 | AY.35 | 0.000233 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 1 | 1 | AY.36 | 0.000148 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 1 | 1 | AY.40 | 0.000964 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 1 | 1 | AY.45 | 0.000122 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 1 | 1 | AY.46.1 | 0.001027 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 1 | 1 | AY.59 | 0.00053 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 1 | 1 | AY.63 | 0.000387 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 1 | 1 | AY.7.1 | 0.000113 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 1 | 1 | AY.70 | 0.000209 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 1 | 1 | AY.74 | 0.000116 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 1 | 1 | AY.88 | 0.000884 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 1 | 1 | AY.89 | 0.004902 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.1.1 | 0.000327 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.1.157 | 0.000913 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.1.303 | 0.002762 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.1.305 | 0.003861 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.1.363 | 0.005988 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.1.37 | 0.000193 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.1.398 | 0.003226 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.1.409 | 0.002833 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.1.464 | 0.001473 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.1.47 | 0.005348 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.111 | 0.001175 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.177.7 | 0.000165 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.177.73 | 0.000566 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.221 | 0.000071 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.221.1 | 0.002907 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.36.17 | 0.000494 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.369 | 0.000285 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.389 | 0.001002 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.404 | 0.001302 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.466.2 | 0.000391 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.470 | 0.001404 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.474 | 0.001901 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.509 | 0.000866 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.525 | 0.000113 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.575 | 0.000303 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.581 | 0.009434 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.582 | 0.000491 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.595 | 0.000261 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.609 | 0.000479 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 1 | 1 | B.28 | 0.003279 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 1 | 1 | C.1.2 | 0.004255 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 1 | 1 | P.1.7 | 0.000319 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 1 | 1 | P.7 | 0.004367 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 1 | 1 | R.1 | 0.00009 |
ORF1ab/nsp14A2-B | 153 | M153I | atG | atT | 1 | 1 | Z.1 | 0.00289 |
CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk
|