CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp14A2-B : CodonNum = 153

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	M6078I	nonsyn	atG	atT	2975	2844	0.955966	18496-18498
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	M6078I	nonsyn	atG	atA	2975	116	0.0389916	18496-18498
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	M6078I	nonsyn	atG	atC	2975	15	0.00504202	18496-18498
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153V	M6078V	nonsyn	Atg	Gtg	91	91	1	18496-18498
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153T	M6078T	nonsyn	aTg	aCg	38	36	0.947368	18496-18498
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153T	M6078T	nonsyn	aTG	aCT	38	2	0.0526316	18496-18498
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153del	M6078del	del	ATG	---	21	21	1	18496-18498
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153R	M6078R	nonsyn	aTg	aGg	4	4	1	18496-18498
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153L	M6078L	nonsyn	Atg	Ctg	4	3	0.75	18496-18498
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153L	M6078L	nonsyn	Atg	Ttg	4	1	0.25	18496-18498
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153K	M6078K	nonsyn	aTg	aAg	2	2	1	18496-18498
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153del1	M6078del1	del	AtG	-tC	1	1	1	18496-18498
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153del2	M6078del2	del	aTG	a--	1	1	1	18496-18498
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153A	M6078A	nonsyn	ATG	GCT	1	1	1	18496-18498

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	2844	2975	All	0.000544
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atA	116	2975	All	0.000022
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atC	15	2975	All	0.000003
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	873	887	B.1.1.7	0.000782
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atA	11	887	B.1.1.7	0.00001
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atC	3	887	B.1.1.7	0.000003
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	251	253	B.1.1	0.004553
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atA	2	253	B.1.1	0.000036
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	188	229	AY.4	0.000293
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atA	38	229	AY.4	0.000059
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atC	3	229	AY.4	0.000005
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	125	142	AY.43	0.000554
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atA	15	142	AY.43	0.000066
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atC	2	142	AY.43	0.000009
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	135	136	P.1	0.002127
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atA	1	136	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	92	103	B.1.617.2	0.000346
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atA	10	103	B.1.617.2	0.000038
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atC	1	103	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	98	100	B.1.177	0.00129
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atA	2	100	B.1.177	0.000026
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153V	Atg	Gtg	91	91	All	0.000017
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	67	71	AY.25	0.000403
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atA	4	71	AY.25	0.000024
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	61	61	AY.3	0.000607
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	56	56	AY.26	0.001585
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	43	50	AY.103	0.000267
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atA	7	50	AY.103	0.000043
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	41	43	AY.44	0.00025
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atA	2	43	AY.44	0.000012
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153T	aTg	aCg	36	38	All	0.000007
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153T	aTG	aCT	2	38	All	0
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	33	34	AY.39	0.000815
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atA	1	34	AY.39	0.000025
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	33	33	B.1	0.000302
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	30	30	AY.4.4	0.012275
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	29	29	AY.120	0.001078
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	27	27	AY.46	0.00281
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	27	27	B.1.160.19	0.964286
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153V	Atg	Gtg	27	27	P.1.17	0.004368
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153del	ATG	---	21	21	All	0.000004
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153T	aTg	aCg	19	20	B.1.1.7	0.000017
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153T	aTG	aCT	1	20	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	18	18	AY.102	0.000477
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	17	18	B.1.351	0.000505
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atC	1	18	B.1.351	0.00003
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	18	18	Q.1	0.002274
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	16	16	AY.3.1	0.001364
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	16	16	B.1.1.519	0.000635
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	16	16	B.1.160	0.000499
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	15	15	AY.39.1	0.000594
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	15	15	B.1.36.10	0.07177
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	14	14	B.1.36.8	0.014
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	14	14	P.1.1	0.004447
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	14	14	Q.8	0.002309
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	13	13	P.1.6	0.025292
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	12	12	AY.100	0.000552
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153del	ATG	---	12	12	B.1.1.7	0.000011
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	12	12	B.1.1.70	0.004093
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	11	11	AY.14	0.000968
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	10	11	B	0.001278
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atA	1	11	B	0.000128
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	11	11	B.1.1.63	0.004244
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153V	Atg	Gtg	10	10	AY.4	0.000016
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	10	10	B.1.397	0.048544
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	10	10	B.1.427	0.000505
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	10	10	N.6	0.070922
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	8	9	AY.34	0.000776
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atA	1	9	AY.34	0.000097
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	9	9	AY.47	0.00028
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	8	9	AY.54	0.000763
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atA	1	9	AY.54	0.000095
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	9	9	B.1.177.58	0.011984
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	8	9	B.1.617.1	0.001032
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atA	1	9	B.1.617.1	0.000129
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	9	9	B.1.621	0.000797
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	8	8	AY.46.4	0.001316
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	8	8	AY.48	0.003721
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	8	8	AY.6	0.000329
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	8	8	B.1.2	0.00007
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153V	Atg	Gtg	7	7	AY.43	0.000031
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	7	7	AY.7.2	0.003915
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	7	7	AY.92	0.002011
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	7	7	B.1.1.216	0.006233
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	7	7	B.1.1.220	0.013011
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	7	7	B.1.1.229	0.04023
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153V	Atg	Gtg	7	7	B.1.1.7	0.000006
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153V	Atg	Gtg	6	6	AY.25	0.000036
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	5	6	AY.5	0.000103
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atC	1	6	AY.5	0.000021
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	6	6	B.1.1.317	0.00247
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	3	6	B.1.258	0.0002
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atA	3	6	B.1.258	0.0002
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	6	6	B.1.280	0.042857
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	6	6	B.1.526	0.000141
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	5	5	AY.23	0.000349
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	5	5	AY.29	0.000079
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	5	5	AY.37	0.00158
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	5	5	AY.9	0.000338
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	5	5	B.1.153	0.09434
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	5	5	B.1.36	0.00073
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153R	aTg	aGg	4	4	All	0.000001
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153L	Atg	Ctg	3	4	All	0.000001
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153L	Atg	Ttg	1	4	All	0
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	4	4	AY.20	0.000155
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153V	Atg	Gtg	4	4	AY.26	0.000113
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153T	aTg	aCg	4	4	AY.4	0.000006
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	3	4	AY.4.2	0.000065
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atC	1	4	AY.4.2	0.000022
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	4	4	AY.4.3	0.003367
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	4	4	AY.42	0.000161
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	4	4	AY.99.2	0.000369
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	4	4	B.1.1.284	0.00043
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	4	4	B.1.1.389	0.024242
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	4	4	B.1.1.433	0.005698
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	4	4	B.1.243	0.000278
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	4	4	B.1.36.29	0.002069
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	4	4	B.1.429	0.000094
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	4	4	B.1.596	0.000349
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153V	Atg	Gtg	4	4	B.1.617.2	0.000015
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	3	4	C.37	0.000348
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atC	1	4	C.37	0.000116
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153V	Atg	Gtg	3	3	AY.103	0.000019
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	3	3	AY.119	0.000106
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	3	3	AY.13	0.000483
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	3	3	AY.69	0.00056
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	2	3	AY.75	0.000112
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atA	1	3	AY.75	0.000056
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	3	3	B.1.1.28	0.000934
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	3	3	B.1.1.280	0.009259
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	3	3	B.1.160.15	0.014851
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	3	3	B.1.177.40	0.015464
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	3	3	B.1.234	0.000396
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	3	3	B.1.565	0.002431
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153T	aTg	aCg	3	3	B.1.617.2	0.000011
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atA	1	3	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	1	3	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atC	1	3	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	3	3	P.1.15	0.000697
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	3	3	Q.4	0.001364
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	2	2	A.2.3	0.009479
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153K	aTg	aAg	2	2	All	0
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153V	Atg	Gtg	2	2	AY.100	0.000092
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	2	2	AY.113	0.000285
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	2	2	AY.117	0.000169
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	2	2	AY.121	0.000271
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	2	2	AY.2	0.000712
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153V	Atg	Gtg	2	2	AY.20	0.000078
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153V	Atg	Gtg	2	2	AY.3	0.00002
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atA	2	2	AY.33	0.000134
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153V	Atg	Gtg	2	2	AY.36	0.000296
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	2	2	AY.38	0.000999
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atA	1	2	AY.55	0.000917
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	1	2	AY.55	0.000917
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	2	2	AY.58	0.001815
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	2	2	AY.61	0.00021
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	2	2	AY.9.1	0.000167
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atA	1	2	AY.9.2	0.000037
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	1	2	AY.9.2	0.000037
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atA	1	2	AY.95	0.000761
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	1	2	AY.95	0.000761
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	2	2	AY.98	0.000158
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153T	aTg	aCg	2	2	B.1	0.000018
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153V	Atg	Gtg	2	2	B.1.1	0.000036
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	2	2	B.1.1.222	0.000408
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	2	2	B.1.1.269	0.002706
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	2	2	B.1.1.306	0.000877
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	1	2	B.1.1.318	0.000302
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atA	1	2	B.1.1.318	0.000302
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	2	2	B.1.1.33	0.000842
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	2	2	B.1.1.372	0.001377
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	2	2	B.1.1.434	0.000697
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153V	Atg	Gtg	2	2	B.1.177	0.000026
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153T	aTG	aCT	1	2	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153T	aTg	aCg	1	2	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	2	2	B.1.177.12	0.000303
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153T	aTg	aCg	2	2	B.1.2	0.000018
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	2	2	B.1.241	0.001623
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	2	2	B.1.279	0.001027
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atA	2	2	B.1.36.1	0.002281
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	2	2	B.1.438.1	0.000215
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153del	ATG	---	2	2	B.1.617.2	0.000008
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	2	2	B.1.627	0.00404
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	2	2	B.1.91	0.004149
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	2	2	P.1.2	0.002312
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	2	2	P.2	0.000373
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atA	1	1		0.055556
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	1	1	A.1	0.000282
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atA	1	1	A.22	0.066667
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	1	1	AE.8	0.000489
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153A	ATG	GCT	1	1	All	0
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153del2	aTG	a--	1	1	All	0
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153del1	AtG	-tC	1	1	All	0
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153T	aTg	aCg	1	1	AY.102	0.000027
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	1	1	AY.106	0.000335
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153R	aTg	aGg	1	1	AY.116	0.000287
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153del	ATG	---	1	1	AY.120	0.000037
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153R	aTg	aGg	1	1	AY.120.1	0.000321
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	1	1	AY.23.1	0.000417
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153del	ATG	---	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153V	Atg	Gtg	1	1	AY.29	0.000016
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	1	1	AY.35	0.000233
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	1	1	AY.36	0.000148
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153V	Atg	Gtg	1	1	AY.39.1	0.00004
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153del	ATG	---	1	1	AY.4.5	0.000107
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	1	1	AY.40	0.000964
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153V	Atg	Gtg	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	1	1	AY.45	0.000122
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	1	1	AY.46.1	0.001027
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atA	1	1	AY.46.2	0.000635
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153del	ATG	---	1	1	AY.46.6	0.000072
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	1	1	AY.59	0.00053
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153T	aTg	aCg	1	1	AY.6	0.000041
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	1	1	AY.63	0.000387
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	1	1	AY.7.1	0.000113
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	1	1	AY.70	0.000209
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	1	1	AY.74	0.000116
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153V	Atg	Gtg	1	1	AY.84	0.000437
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atC	1	1	AY.85	0.000427
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	1	1	AY.88	0.000884
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	1	1	AY.89	0.004902
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153del	ATG	---	1	1	AY.99.1	0.001553
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153V	Atg	Gtg	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.1.1	0.000327
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.1.157	0.000913
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153V	Atg	Gtg	1	1	B.1.1.159	0.004673
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atA	1	1	B.1.1.176	0.000439
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153R	aTg	aGg	1	1	B.1.1.25	0.000569
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153T	aTg	aCg	1	1	B.1.1.265	0.003155
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.1.303	0.002762
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.1.305	0.003861
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.1.363	0.005988
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.1.37	0.000193
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.1.398	0.003226
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.1.409	0.002833
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.1.464	0.001473
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.1.47	0.005348
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153V	Atg	Gtg	1	1	B.1.1.519	0.00004
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atA	1	1	B.1.1.56	0.017857
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153L	Atg	Ctg	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153K	aTg	aAg	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.111	0.001175
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153V	Atg	Gtg	1	1	B.1.160	0.000031
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153T	aTg	aCg	1	1	B.1.160	0.000031
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153L	Atg	Ctg	1	1	B.1.160	0.000031
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atA	1	1	B.1.177.41	0.0025
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.177.7	0.000165
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.177.73	0.000566
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153R	aTg	aGg	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153del1	AtG	-tC	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153del	ATG	---	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153L	Atg	Ttg	1	1	B.1.206	0.000816
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.221	0.000071
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.221.1	0.002907
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.36.17	0.000494
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.369	0.000285
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.389	0.001002
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.404	0.001302
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153K	aTg	aAg	1	1	B.1.459	0.004082
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.466.2	0.000391
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.470	0.001404
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.474	0.001901
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.509	0.000866
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.525	0.000113
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153L	Atg	Ctg	1	1	B.1.526	0.000024
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.575	0.000303
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.581	0.009434
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.582	0.000491
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153del	ATG	---	1	1	B.1.582	0.000491
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153del2	aTG	a--	1	1	B.1.590	0.004545
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.595	0.000261
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	1	1	B.1.609	0.000479
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153V	Atg	Gtg	1	1	B.1.617.1	0.000129
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153A	ATG	GCT	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153V	Atg	Gtg	1	1	B.1.637	0.000073
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	1	1	B.28	0.003279
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	1	1	C.1.2	0.004255
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153V	Atg	Gtg	1	1	C.37	0.000116
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153T	aTg	aCg	1	1	P.1.14	0.000048
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	1	1	P.1.7	0.000319
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	1	1	P.7	0.004367
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	1	1	R.1	0.00009
ORF1ab/nsp14A2-B	153	M153I	atG	atT	1	1	Z.1	0.00289

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.