CoV-GLUEGenomeCountriesLineagesMutationsInsertionsDeletionsUpdated:

CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp13 : Mut = V397V

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp13397V397VV5721VsyngtGgtT25768254620.98812517425-17427
ORF1ab/nsp13397V397VV5721VsyngtGgtA257682800.010866217425-17427
ORF1ab/nsp13397V397VV5721VsyngtGgtC25768260.00100917425-17427

Details of the mutation V397V within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT2546225768All0.00487
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtA28025768All0.000054
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtC2625768All0.000005
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT1815918174AY.40.028263
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtA1518174AY.40.000023
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT22042219B.1.1.70.001973
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtA132219B.1.1.70.000012
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtC22219B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT812831B.1.617.20.003058
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtA18831B.1.617.20.000068
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtC1831B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT620620B.1.3620.955316
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT444444B.1.1.250.252416
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT287289B.1.20.002527
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtC1289B.1.20.000009
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtA1289B.1.20.000009
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT212212B.1.362.21
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT183184AY.1000.008419
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtA1184AY.1000.000046
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT175180AY.430.000775
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtA5180AY.430.000022
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT146151AY.470.004541
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtA5151AY.470.000156
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT141148B.1.1770.001857
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtA7148B.1.1770.000092
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT118142AY.440.000718
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtA23142AY.440.00014
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtC1142AY.440.000006
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT120123B.10.001099
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtA2123B.10.000018
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtC1123B.10.000009
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT104105AY.420.004184
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtC1105AY.420.00004
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT100100B.1.6210.008852
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT9999P.10.00156
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT7878B.6.60.069333
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT6876AY.250.000409
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtA776AY.250.000042
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtC176AY.250.000006
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT7575B.1.351.20.022693
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT5773AY.260.001614
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtA1673AY.260.000453
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT6570AY.30.000647
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtA570AY.30.00005
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT6666B.1.3510.001962
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtA5555AY.39.10.002179
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT5555B.1.3960.038814
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT5050B.1.1.580.268817
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT4547B.1.10.000816
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtA247B.1.10.000036
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT3840AY.390.000939
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtA240AY.390.000049
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT3436B.1.1.5190.00135
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtA236B.1.1.5190.000079
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT3234AY.1190.00113
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtC234AY.1190.000071
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT2433AY.1020.000636
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtA933AY.1020.000239
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT3333B.1.1600.001029
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT3132AY.1030.000192
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtA132AY.1030.000006
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT2829AY.1180.001754
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtA129AY.1180.000063
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT2828AY.410.00823
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtA1428AY.50.000289
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT1428AY.50.000289
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT2427B.1.5960.002091
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtA327B.1.5960.000261
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtA2326B.1.2580.001531
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT326B.1.2580.0002
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT2222AJ.11
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT2021B.1.1.3170.008234
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtC121B.1.1.3170.000412
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT1919B.1.177.210.001453
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT1717AY.7.10.001916
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT1617B.1.1.2140.000887
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtA117B.1.1.2140.000055
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtA1516AY.70.00294
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT116AY.70.000196
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT1616Q.80.002639
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT1515B.1.36.290.00776
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT1515B.1.362.11
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT1515B.1.4290.000353
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT1314AY.610.001362
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtA114AY.610.000105
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT1414B.1.258.40.048276
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtC1013AY.1060.003349
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT313AY.1060.001005
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT1212AY.1200.000446
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT1011AY.290.000158
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtC111AY.290.000016
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT1111AY.330.000735
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT1111AY.98.10.000533
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT1010AY.230.000697
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT810B.1.2210.000568
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtA210B.1.2210.000142
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT1010B.1.360.001459
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT99AY.340.000873
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT99B.1.3490.006433
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT99B.1.36.210.019438
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT78AY.4.20.000152
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtA18AY.4.20.000022
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT88AY.460.000833
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT88AY.910.005844
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT88B.1.5250.000905
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT88R.10.00072
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT47AY.200.000155
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtA37AY.200.000117
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT77AY.530.002013
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT57AY.740.000578
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtA27AY.740.000231
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT67B.1.177.570.001686
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtA17B.1.177.570.000281
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT67B.1.2650.007624
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtA17B.1.2650.001271
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT77B.1.4000.003003
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT77B.1.5260.000165
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT56AY.1210.000677
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtA16AY.1210.000135
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT66AY.5.30.002024
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT66AY.590.003178
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT56AY.750.00028
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtA16AY.750.000056
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT66AY.990.006296
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT66B.1.1.1870.053097
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtA66B.1.110.30.00431
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT66B.1.5750.00182
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT55AY.9.20.000184
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT55AY.99.20.000461
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT55AZ.20.004105
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT55B.1.1.370.000964
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT55B.1.1.500.003394
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT55C.160.005302
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT55P.20.000933
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT44A.10.001127
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT44A.23.10.002817
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT44AY.1080.00441
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT44AY.1110.000733
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT44AY.140.000352
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT44AY.220.008368
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT44AY.270.000259
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT44AY.46.50.000794
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtA24AY.46.60.000144
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT24AY.46.60.000144
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT44AY.9.10.000335
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT44B.1.1.2220.000816
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT44B.1.1.2630.006231
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT44B.1.177.120.000607
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT44B.1.617.10.000516
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtC24B.1.6370.000146
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT24B.1.6370.000146
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT33AY.160.001139
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT33AY.34.10.00153
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT33AY.450.000365
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT33AY.5.40.00083
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT33AY.560.004815
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT33AY.720.004082
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT33AY.980.000237
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT33B.1.1.1410.006036
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT33B.1.1.3110.001074
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtA23B.1.5950.000522
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT13B.1.5950.000261
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT33B.1.6200.002838
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT33C.370.000348
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT33C.390.056604
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT23P.1.140.000096
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtA13P.1.140.000048
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT33P.1.70.000958
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT22AY.10.000791
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT22AY.110.002677
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT22AY.1130.000285
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtA12AY.116.10.000311
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT12AY.116.10.000311
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT22AY.1170.000169
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT22AY.130.000322
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT22AY.280.003781
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT22AY.320.001065
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT22AY.4.2.10.000298
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT22AY.550.001835
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT22AY.75.10.000361
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtA12AY.90.000068
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT12AY.90.000068
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT22B.1.1.1530.002191
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT22B.1.1.280.000622
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT22B.1.1.2840.000215
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT22B.1.1.3180.000604
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT22B.1.1.330.000842
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT22B.1.1.4340.000697
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT22B.1.1.5260.007092
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT22B.1.160.220.013514
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT22B.1.177.70.00033
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT22B.1.2430.000139
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT22B.1.36.10.002281
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT22B.1.36.100.009569
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT22B.1.36.190.018519
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT22B.1.3670.001585
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT22B.1.3690.00057
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT22B.1.438.10.000215
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT22B.1.4700.002809
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT22B.1.5610.000794
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT22B.1.5650.001621
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtA12B.1.6230.000536
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT12B.1.6230.000536
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT22B.1.9.50.011364
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT22C.36.30.001134
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtC12D.20.000075
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT12D.20.000075
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT22Q.30.00029
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT22Q.40.00091
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT11A.180.05
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT11A.290.005319
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT11AY.100.00053
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT11AY.1050.000643
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT11AY.1070.000466
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT11AY.1090.00074
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT11AY.1140.000231
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT11AY.1160.000287
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT11AY.120.000316
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT11AY.120.10.000321
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT11AY.120.20.001285
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT11AY.120.2.10.000498
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT11AY.16.10.00047
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT11AY.190.00114
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT11AY.3.10.000085
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtA11AY.360.000148
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT11AY.370.000316
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtA11AY.380.000499
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtA11AY.4.40.000409
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT11AY.4.50.000107
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtA11AY.400.000964
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT11AY.46.10.001027
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT11AY.46.20.000635
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT11AY.46.40.000165
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtA11AY.500.000799
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT11AY.520.000814
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT11AY.60.000041
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT11AY.620.000436
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT11AY.650.000533
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT11AY.690.000187
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT11AY.730.000665
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT11AY.770.001127
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT11AY.820.001357
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT11AY.850.000427
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT11AY.880.000884
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT11AY.920.000287
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT11AY.960.002075
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT11B0.000128
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT11B.1.1.10.000327
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT11B.1.1.1740.003378
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT11B.1.1.2410.00207
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT11B.1.1.3000.010753
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT11B.1.1.3060.000438
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT11B.1.1.3480.000796
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT11B.1.1.3700.012658
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT11B.1.1.4320.001266
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT11B.1.1.4480.002033
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT11B.1.1.5170.006803
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT11B.1.1.630.000386
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT11B.1.1.700.000341
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtC11B.1.1.80.003584
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT11B.1.1620.005025
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT11B.1.177.600.000218
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT11B.1.177.790.002342
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT11B.1.177.810.000189
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT11B.1.220.001318
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT11B.1.2340.000132
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT11B.1.2390.001221
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT11B.1.2400.000216
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT11B.1.258.110.000396
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtA11B.1.258.30.001675
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT11B.1.3300.028571
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT11B.1.3560.001727
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT11B.1.36.220.001208
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT11B.1.36.310.001751
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT11B.1.36.80.001
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT11B.1.3660.004878
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT11B.1.3990.001934
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT11B.1.4160.001269
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT11B.1.4220.000812
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT11B.1.4280.00102
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT11B.1.4590.004082
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT11B.1.5040.03125
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT11B.1.5760.000907
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT11B.1.6000.005848
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT11B.1.621.10.000506
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT11B.1.6270.00202
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT11B.1.6280.000352
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT11B.1.780.008547
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT11B.40.002208
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT11B.400.000364
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT11C.10.002392
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtA11C.320.023256
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT11C.37.10.002618
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT11N.40.004255
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT11N.50.001767
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT11P.1.10.000318
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT11P.1.150.000232
ORF1ab/nsp13397V397VgtGgtT11P.30.001595

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.