CoV-GLUE | Mutations | Mutation
Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):
ORF | CodonNum | Mut | ORF1abMut | MutType | RefCodon | MutCodon | AACount | CodonCount | CodonProp | Genome Position |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | M5557I | nonsyn | atG | atT | 6049 | 5891 | 0.97388 | 16933-16935 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | M5557I | nonsyn | atG | atA | 6049 | 139 | 0.022979 | 16933-16935 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | M5557I | nonsyn | atG | atC | 6049 | 19 | 0.00314102 | 16933-16935 |
Details of the mutation M233I within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):
ORF | CodonNum | Mut | RefCodon | MutCodon | CodonCount | AACount | Lineage | LineageCodonProp |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 5891 | 6049 | All | 0.001127 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atA | 139 | 6049 | All | 0.000027 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atC | 19 | 6049 | All | 0.000004 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 954 | 954 | AY.47 | 0.029674 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 751 | 764 | AY.4 | 0.001169 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atA | 13 | 764 | AY.4 | 0.00002 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 535 | 542 | B.1.617.2 | 0.002014 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atA | 4 | 542 | B.1.617.2 | 0.000015 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atC | 3 | 542 | B.1.617.2 | 0.000011 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 395 | 396 | B.1.2 | 0.003478 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atA | 1 | 396 | B.1.2 | 0.000009 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 282 | 283 | AY.44 | 0.001716 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atC | 1 | 283 | AY.44 | 0.000006 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 258 | 258 | B.1.221 | 0.018326 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 239 | 240 | AY.43 | 0.001059 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atA | 1 | 240 | AY.43 | 0.000004 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 206 | 212 | AY.25 | 0.001239 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atA | 6 | 212 | AY.25 | 0.000036 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 170 | 180 | B.1.1.7 | 0.000152 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atA | 6 | 180 | B.1.1.7 | 0.000005 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atC | 4 | 180 | B.1.1.7 | 0.000004 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 148 | 149 | B.1 | 0.001356 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atA | 1 | 149 | B.1 | 0.000009 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 144 | 144 | AY.93 | 0.039323 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 108 | 108 | AY.116 | 0.030972 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 105 | 105 | B.1.199 | 0.433884 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 57 | 98 | AY.29 | 0.000899 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atA | 41 | 98 | AY.29 | 0.000647 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 95 | 95 | B.1.530 | 0.678571 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 63 | 65 | AY.3 | 0.000627 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atA | 2 | 65 | AY.3 | 0.00002 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 56 | 59 | AY.42 | 0.002253 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atA | 3 | 59 | AY.42 | 0.000121 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 52 | 55 | AY.103 | 0.000323 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atA | 3 | 55 | AY.103 | 0.000019 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 53 | 54 | AY.20 | 0.00206 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atA | 1 | 54 | AY.20 | 0.000039 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 53 | 54 | AY.39 | 0.00131 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atA | 1 | 54 | AY.39 | 0.000025 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 52 | 53 | AY.102 | 0.001379 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atA | 1 | 53 | AY.102 | 0.000027 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 48 | 49 | B.1.177 | 0.000632 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atC | 1 | 49 | B.1.177 | 0.000013 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 48 | 48 | B.1.36 | 0.007003 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 39 | 39 | B.1.1.519 | 0.001549 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 32 | 32 | B.1.1 | 0.000581 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 32 | 32 | B.1.1.226 | 0.186047 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 28 | 30 | AY.120 | 0.001041 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atC | 2 | 30 | AY.120 | 0.000074 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 29 | 30 | AY.98.1 | 0.001404 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atA | 1 | 30 | AY.98.1 | 0.000048 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 27 | 27 | AY.4.2.1 | 0.004023 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 27 | 27 | AY.5 | 0.000558 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 14 | 25 | B.1.621 | 0.001239 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atA | 11 | 25 | B.1.621 | 0.000974 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 17 | 23 | AY.26 | 0.000481 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atA | 6 | 23 | AY.26 | 0.00017 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 22 | 22 | B.1.637 | 0.001608 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 19 | 20 | B.1.1.318 | 0.005733 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atA | 1 | 20 | B.1.1.318 | 0.000302 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 19 | 19 | AY.4.2 | 0.000412 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 19 | 19 | B.1.429 | 0.000447 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 19 | 19 | P.1 | 0.000299 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 17 | 17 | B.1.239 | 0.020757 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 14 | 16 | AY.119 | 0.000494 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atA | 2 | 16 | AY.119 | 0.000071 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 16 | 16 | AY.4.1 | 0.011799 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 15 | 15 | AY.118 | 0.00094 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 15 | 15 | B.1.177.15 | 0.009464 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 12 | 12 | B.1.210 | 0.025586 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 12 | 12 | B.1.351 | 0.000357 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atA | 9 | 12 | B.1.367 | 0.007132 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 3 | 12 | B.1.367 | 0.002377 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 10 | 11 | AY.100 | 0.00046 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atA | 1 | 11 | AY.100 | 0.000046 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 10 | 11 | B.1.526 | 0.000235 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atA | 1 | 11 | B.1.526 | 0.000024 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 10 | 10 | AY.117 | 0.000845 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 9 | 10 | AY.19 | 0.010262 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atC | 1 | 10 | AY.19 | 0.00114 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 10 | 10 | AY.33 | 0.000668 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 9 | 10 | AY.4.5 | 0.000967 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atC | 1 | 10 | AY.4.5 | 0.000107 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 10 | 10 | B.1.1.47 | 0.053476 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 10 | 10 | B.1.214.3 | 0.071429 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 10 | 10 | B.1.252 | 0.066225 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 10 | 10 | P.1.10 | 0.002695 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 9 | 9 | AY.46.5 | 0.001786 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 9 | 9 | AY.9.2 | 0.000331 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 9 | 9 | B.1.385 | 0.095745 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 9 | 9 | B.1.564 | 0.003833 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 9 | 9 | B.1.631 | 0.030303 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 9 | 9 | N.6 | 0.06383 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 8 | 8 | AY.45 | 0.000973 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 6 | 8 | B.1.36.29 | 0.003104 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atA | 2 | 8 | B.1.36.29 | 0.001035 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 7 | 7 | AY.13 | 0.001127 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 6 | 7 | AY.46 | 0.000624 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atA | 1 | 7 | AY.46 | 0.000104 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 7 | 7 | B.1.1.214 | 0.000388 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 6 | 7 | B.1.160 | 0.000187 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atC | 1 | 7 | B.1.160 | 0.000031 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 6 | 7 | B.1.234 | 0.000792 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atC | 1 | 7 | B.1.234 | 0.000132 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 7 | 7 | B.1.428 | 0.007143 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 7 | 7 | B.1.596 | 0.00061 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 6 | 6 | B.1.1.128 | 0.042553 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atA | 5 | 6 | B.1.425 | 0.01497 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 6 | B.1.425 | 0.002994 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 6 | 6 | B.1.630 | 0.031414 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 5 | 5 | AY.12 | 0.00158 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 5 | 5 | AY.39.1 | 0.000198 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 4 | 5 | AY.46.6 | 0.000289 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atA | 1 | 5 | AY.46.6 | 0.000072 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 5 | 5 | AY.61 | 0.000524 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 5 | 5 | AY.66 | 0.005348 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 5 | 5 | AY.7.1 | 0.000564 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 5 | 5 | AY.99.2 | 0.000461 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atA | 5 | 5 | B.1.1.312 | 0.00956 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 5 | 5 | B.1.160.33 | 0.022124 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 5 | 5 | B.1.274 | 0.059524 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 5 | 5 | B.1.36.38 | 0.00821 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 5 | 5 | B.1.427 | 0.000252 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 5 | 5 | R.1 | 0.00045 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 3 | 4 | A.2.5 | 0.001497 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atA | 1 | 4 | A.2.5 | 0.000499 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 4 | 4 | AY.105 | 0.002572 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 4 | 4 | AY.114 | 0.000924 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 4 | 4 | AY.23 | 0.000279 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 4 | 4 | AY.51 | 0.003636 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 4 | 4 | AY.65 | 0.002132 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 4 | 4 | AY.77 | 0.00451 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 4 | 4 | B.1.1.241 | 0.008282 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 4 | 4 | B.1.1.33 | 0.001684 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 4 | 4 | B.1.1.70 | 0.001364 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 4 | 4 | B.1.214.2 | 0.002398 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 4 | 4 | B.1.232 | 0.002149 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 4 | 4 | B.1.240 | 0.000862 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 4 | 4 | B.1.546 | 0.014815 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 4 | 4 | B.1.568 | 0.004444 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 4 | 4 | B.1.595 | 0.001044 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 3 | 4 | B.1.617.1 | 0.000387 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atC | 1 | 4 | B.1.617.1 | 0.000129 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 3 | 3 | A | 0.001161 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 3 | 3 | AT.1 | 0.015385 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 3 | 3 | AY.106 | 0.001005 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 3 | 3 | AY.113 | 0.000427 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 3 | 3 | AY.24 | 0.001293 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 3 | 3 | AY.29.1 | 0.000662 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 3 | 3 | AY.32 | 0.001597 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 3 | 3 | AY.54 | 0.000286 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 3 | 3 | AY.75.1 | 0.000541 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 2 | 3 | AY.84 | 0.000875 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atC | 1 | 3 | AY.84 | 0.000437 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 3 | 3 | B.1.1.1 | 0.00098 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 3 | 3 | B.1.1.10 | 0.003344 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 3 | 3 | B.1.1.28 | 0.000934 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 3 | 3 | B.1.298 | 0.006342 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 3 | 3 | B.1.362 | 0.004622 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 2 | 3 | B.1.400 | 0.000858 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atC | 1 | 3 | B.1.400 | 0.000429 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 3 | 3 | B.1.438.1 | 0.000322 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 3 | 3 | B.1.466.2 | 0.001174 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 3 | 3 | B.1.525 | 0.000339 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 3 | 3 | B.1.551 | 0.003871 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 2 | 3 | P.2 | 0.000373 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atC | 1 | 3 | P.2 | 0.000187 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 2 | 2 | AY.10 | 0.00106 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 2 | 2 | AY.110 | 0.000225 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 2 | 2 | AY.121 | 0.000271 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 2 | 2 | AY.14 | 0.000176 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 2 | 2 | AY.21 | 0.003795 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 2 | 2 | AY.34.1 | 0.00102 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atA | 1 | 2 | AY.36 | 0.000148 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 2 | AY.36 | 0.000148 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 2 | 2 | AY.46.4 | 0.000329 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 2 | 2 | AY.5.3 | 0.000675 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 2 | 2 | AY.52 | 0.001629 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 2 | 2 | AY.53 | 0.000575 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 2 | 2 | AY.6 | 0.000082 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 2 | 2 | AY.9 | 0.000135 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 2 | 2 | AY.9.1 | 0.000167 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 2 | 2 | AY.98 | 0.000158 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 2 | 2 | AY.99 | 0.002099 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 2 | 2 | AZ.1 | 0.001735 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 2 | 2 | AZ.2 | 0.001642 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 2 | 2 | B | 0.000256 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 2 | 2 | B.1.1.222 | 0.000408 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 2 | 2 | B.1.1.324 | 0.105263 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 2 | 2 | B.1.1.369 | 0.000892 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 2 | B.1.177.4 | 0.000211 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atA | 1 | 2 | B.1.177.4 | 0.000211 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 2 | 2 | B.1.177.44 | 0.001038 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 2 | 2 | B.1.177.86 | 0.000367 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 2 | 2 | B.1.258 | 0.000133 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 2 | 2 | B.1.258.17 | 0.000208 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 2 | 2 | B.1.334 | 0.036364 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 2 | 2 | B.1.351.2 | 0.000605 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 2 | 2 | B.1.416.1 | 0.003125 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 2 | 2 | B.1.426 | 0.002018 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 2 | 2 | B.1.517 | 0.000854 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 2 | 2 | B.1.561 | 0.000794 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 2 | 2 | B.1.576 | 0.001813 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 2 | 2 | B.1.597 | 0.009259 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 2 | 2 | B.1.609 | 0.000959 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atA | 2 | 2 | C.36.3 | 0.001134 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 2 | 2 | D.2 | 0.00015 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atA | 1 | 1 | 0.055556 | |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | A.27 | 0.001656 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | AU.3 | 0.00211 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | AY.1 | 0.000396 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | AY.101 | 0.00049 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | AY.104 | 0.001984 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | AY.109 | 0.00074 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | AY.120.2.1 | 0.000498 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | AY.16 | 0.00038 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | AY.22 | 0.002092 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | AY.27 | 0.000065 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | AY.30 | 0.000396 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | AY.34 | 0.000097 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atA | 1 | 1 | AY.35 | 0.000233 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | AY.38 | 0.000499 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | AY.41 | 0.000294 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | AY.46.1 | 0.001027 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | AY.55 | 0.000917 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | AY.64 | 0.000595 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | AY.73 | 0.000665 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atA | 1 | 1 | AY.75 | 0.000056 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | AY.78 | 0.001541 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | AY.83 | 0.001724 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | AY.85 | 0.000427 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atA | 1 | 1 | AY.90 | 0.000684 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | AY.91 | 0.00073 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | AY.92 | 0.000287 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | AY.95 | 0.000761 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | AY.96 | 0.002075 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.1.176 | 0.000439 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.1.200 | 0.007463 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.1.216 | 0.00089 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.1.228 | 0.003049 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.1.237 | 0.005405 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.1.25 | 0.000569 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.1.277 | 0.000759 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.1.303 | 0.002762 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.1.306 | 0.000438 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.1.316 | 0.000925 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.1.344 | 0.010753 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.1.348 | 0.000796 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.1.354 | 0.004386 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.1.37 | 0.000193 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.1.397 | 0.002252 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.1.409 | 0.002833 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.1.430 | 0.041667 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.1.487 | 0.005587 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.1.518 | 0.006329 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.1.521 | 0.005348 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.1.526 | 0.003546 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.1.63 | 0.000386 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.139 | 0.000733 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.157 | 0.002985 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.160.16 | 0.000929 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.177.18 | 0.00116 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.177.19 | 0.001431 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.177.38 | 0.010417 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.177.54 | 0.000606 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.177.66 | 0.041667 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.177.7 | 0.000165 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.177.83 | 0.001481 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.182 | 0.007246 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.188 | 0.016667 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.212 | 0.016667 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.235 | 0.002519 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.241 | 0.000812 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.243 | 0.00007 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.293 | 0.0125 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.336 | 0.002439 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.343 | 0.020833 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.36.1 | 0.00114 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.380 | 0.006623 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.382 | 0.008929 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.416 | 0.001269 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.422 | 0.000812 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.428.2 | 0.033333 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.453 | 0.003236 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.466 | 0.023256 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.470 | 0.001404 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.562 | 0.018519 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.577 | 0.000687 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.587 | 0.001898 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.588 | 0.00091 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.621.1 | 0.000506 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.628 | 0.000352 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | B.41 | 0.008 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | C.1 | 0.002392 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | C.17 | 0.055556 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | C.2 | 0.016129 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | C.30 | 0.001727 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | C.32 | 0.023256 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | P.1.7 | 0.000319 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | Q.1 | 0.000126 |
ORF1ab/nsp13 | 233 | M233I | atG | atT | 1 | 1 | Q.8 | 0.000165 |
CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk
|