CoV-GLUE | Mutations | Mutation
Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):
ORF | CodonNum | Mut | ORF1abMut | MutType | RefCodon | MutCodon | AACount | CodonCount | CodonProp | Genome Position |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | G5530V | nonsyn | gGt | gTt | 2717 | 2717 | 1 | 16852-16854 |
Details of the mutation G206V within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):
ORF | CodonNum | Mut | RefCodon | MutCodon | CodonCount | AACount | Lineage | LineageCodonProp |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 2717 | 2717 | All | 0.00052 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 516 | 516 | AY.4 | 0.000803 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 513 | 513 | B.1.1.7 | 0.000459 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 143 | 143 | B.1.1.528 | 0.6875 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 124 | 124 | B.1.617.2 | 0.000467 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 73 | 73 | AY.43 | 0.000323 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 73 | 73 | B.1.1.34 | 0.960526 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 66 | 66 | AY.20 | 0.002565 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 57 | 57 | B.1.160 | 0.001778 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 56 | 56 | C.35 | 0.043344 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 53 | 53 | AY.4.2 | 0.00115 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 51 | 51 | B.1.177 | 0.000672 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 50 | 50 | B.1 | 0.000458 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 45 | 45 | B.1.2 | 0.000396 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 42 | 42 | AY.103 | 0.000261 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 39 | 39 | B.1.1 | 0.000707 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 39 | 39 | B.1.126 | 0.049745 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 38 | 38 | P.1 | 0.000599 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 34 | 34 | B.1.177.21 | 0.0026 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 33 | 33 | AY.39 | 0.000815 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 33 | 33 | B.1.177.86 | 0.006054 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 30 | 30 | AY.102 | 0.000795 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 28 | 28 | B.1.1.382 | 1 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 28 | 28 | B.1.177.81 | 0.005301 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 27 | 27 | AY.25 | 0.000162 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 24 | 24 | AY.44 | 0.000146 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 24 | 24 | B.1.526 | 0.000564 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 21 | 21 | B.1.240 | 0.004527 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 19 | 19 | AY.29 | 0.0003 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 18 | 18 | AY.5 | 0.000372 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 18 | 18 | AY.52 | 0.014658 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 18 | 18 | B.1.258.17 | 0.001871 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 17 | 17 | B.1.258 | 0.001131 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 16 | 16 | B.1.351 | 0.000476 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 15 | 15 | AY.26 | 0.000425 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 15 | 15 | AY.3 | 0.000149 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 15 | 15 | B.1.243 | 0.001044 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 14 | 14 | B.1.1.519 | 0.000556 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 13 | 13 | AY.113 | 0.001851 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 12 | 12 | AY.9.2 | 0.000441 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 9 | 9 | AY.117 | 0.000761 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 8 | 8 | AY.99.2 | 0.000737 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 7 | 7 | B.1.1.216 | 0.006233 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 7 | 7 | B.1.427 | 0.000353 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 7 | 7 | B.1.618 | 0.028226 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 7 | 7 | P.2 | 0.001306 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 6 | 6 | AY.120 | 0.000223 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 6 | 6 | AY.35 | 0.001398 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 6 | 6 | AY.75.1 | 0.001082 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 6 | 6 | AY.9.1 | 0.000502 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 6 | 6 | B | 0.000767 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 6 | 6 | B.1.177.43 | 0.008863 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 6 | 6 | B.1.177.45 | 0.002287 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 6 | 6 | B.1.404 | 0.007812 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 6 | 6 | B.1.416 | 0.007614 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 6 | 6 | B.1.596 | 0.000523 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 5 | 5 | AY.30 | 0.001979 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 5 | 5 | AY.47 | 0.000156 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 5 | 5 | AY.61 | 0.000524 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 5 | 5 | B.1.429 | 0.000118 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 4 | 4 | AY.42 | 0.000161 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 4 | 4 | AY.75 | 0.000224 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 4 | 4 | B.1.1.214 | 0.000222 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 3 | 3 | AY.109 | 0.002219 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 3 | 3 | AY.111 | 0.000549 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 3 | 3 | AY.23 | 0.000209 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 3 | 3 | AY.3.1 | 0.000256 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 3 | 3 | AY.33 | 0.0002 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 3 | 3 | AY.4.3 | 0.002525 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 3 | 3 | AY.6 | 0.000123 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 3 | 3 | B.1.1.222 | 0.000612 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 3 | 3 | B.1.1.28 | 0.000934 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 3 | 3 | B.1.637 | 0.000219 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 3 | 3 | C.36.3 | 0.001702 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 2 | 2 | A | 0.000774 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 2 | 2 | A.11 | 0.117647 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 2 | 2 | A.21 | 0.00554 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 2 | 2 | AY.119 | 0.000071 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 2 | 2 | AY.34 | 0.000194 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 2 | 2 | AY.60 | 0.001876 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 2 | 2 | AY.9 | 0.000135 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 2 | 2 | AY.98.1 | 0.000097 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 2 | 2 | B.1.1.37 | 0.000386 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 2 | 2 | B.1.1.434 | 0.000697 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 2 | 2 | B.1.1.50 | 0.001358 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 2 | 2 | B.1.1.63 | 0.000772 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 2 | 2 | B.1.127 | 0.004396 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 2 | 2 | B.1.177.33 | 0.003289 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 2 | 2 | B.1.36 | 0.000292 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 2 | 2 | B.1.391 | 0.002255 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 2 | 2 | B.1.453 | 0.006472 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 2 | 2 | B.1.621 | 0.000177 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 2 | 2 | L.3 | 0.007092 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 2 | 2 | P.1.1 | 0.000635 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 2 | 2 | P.1.17 | 0.000324 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 2 | 2 | R.1 | 0.00018 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 1 | 1 | A.2.5 | 0.000499 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 1 | 1 | A.5 | 0.001923 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.116 | 0.000287 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.12 | 0.000316 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.120.2.1 | 0.000498 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.121 | 0.000135 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.14 | 0.000088 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.32 | 0.000532 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.34.1 | 0.00051 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.37 | 0.000316 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.38 | 0.000499 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.39.1 | 0.00004 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.4.4 | 0.000409 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.40 | 0.000964 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.41 | 0.000294 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.45 | 0.000122 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.46 | 0.000104 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.46.2 | 0.000635 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.46.4 | 0.000165 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.59 | 0.00053 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.62 | 0.000436 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.63 | 0.000387 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.69 | 0.000187 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.7.1 | 0.000113 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.78 | 0.001541 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.84 | 0.000437 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.91 | 0.00073 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.98 | 0.000079 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.99 | 0.001049 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.1.1 | 0.000327 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.1.285 | 0.006536 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.1.289 | 0.002083 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.1.306 | 0.000438 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.1.326 | 0.001761 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.1.448 | 0.002033 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.128 | 0.000635 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.177.36 | 0.016129 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.177.50 | 0.004695 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.177.75 | 0.001041 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.177.8 | 0.000752 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.181 | 0.019608 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.206 | 0.000816 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.219 | 0.009434 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.236 | 0.002053 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.319 | 0.003049 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.349 | 0.000715 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.465 | 0.003802 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.497 | 0.000315 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.596.1 | 0.009346 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.619.1 | 0.000641 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.40 | 0.000364 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 1 | 1 | P.1.14 | 0.000048 |
ORF1ab/nsp13 | 206 | G206V | gGt | gTt | 1 | 1 | P.1.7 | 0.000319 |
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CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk
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