CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp13 : Mut = C19C

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp1319C19CC5343CsyntgCtgT2121621216116291-16293

Details of the mutation C19C within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT2121621216All0.004058
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT83248324AY.40.012956
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT30283028P.1.70.966794
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT29792979B.1.1.70.002667
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT802802AY.420.032265
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT448448A.270.741722
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT330330B.1.617.30.985075
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT318318B.1.617.20.001197
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT305305B.1.10.005533
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT268268AY.1190.009463
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT243243AY.700.050667
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT243243B.1.20.00214
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT220220AY.260.006228
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT215215AY.290.003391
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT179179AY.250.001077
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT176176B.1.1.270.99435
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT168168B.1.36.280.965517
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT158158AY.30.001572
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT139139AY.990.145855
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT134134AY.1030.000832
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT134134B.1.1770.001764
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT124124P.10.001953
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT114114B.10.001044
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT111111AY.430.000492
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT109109B.1.4290.002565
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT107107AY.440.000651
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT8383B.1.1.2341
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT6969AY.1180.004323
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT6868B.1.177.810.012874
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT5353AY.230.003697
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT5353AY.99.20.004884
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT4848AY.750.002689
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT4848B.1.1.5190.001906
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT3737B.1.1.2160.032947
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT3535A0.013545
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT3232B.1.1600.000998
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT3232P.1.150.007435
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT2929B.1.3110.007963
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT2828B.1.6310.094276
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT2626B.1.5960.002266
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT2525AY.1010.012261
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT2525AY.390.000618
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT2525B.1.5260.000588
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT2424AY.50.000496
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT2222B.1.2210.001563
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT2020AY.470.000622
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT2020B.1.177.100.017559
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT2020B.1.3670.015848
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT2020B.1.617.10.002579
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT2020Q.80.003298
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT1919B.1.4270.000959
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT1919B.1.6090.009108
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT1818AY.330.001202
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT1818B0.002301
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT1818B.1.2340.002375
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT1818C.370.002089
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT1717AY.9.20.000624
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT1616AY.610.001676
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT1616B.1.360.002334
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT1515AY.130.002415
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT1515B.1.177.600.003277
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT1515B.1.3510.000446
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT1414AY.1000.000644
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT1414AY.1130.001993
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT1414AY.1200.000521
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT1414B.1.1.2220.002856
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT1313AY.360.001927
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT1313D.20.000976
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT1212AY.4.20.00026
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT1212B.1.1.3170.00494
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT1212B.1.177.120.00182
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT1111AY.1020.000292
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT1111AY.60.000452
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT1111B.1.6210.000974
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT1111P.20.002053
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT1010AY.200.000389
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT1010AY.460.001041
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT1010AY.46.50.001984
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT1010B.1.1.1760.004394
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT1010B.1.1.500.006789
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT1010B.1.177.770.007262
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT99AY.120.002845
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT99AY.4.50.000967
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT99B.1.1340.04918
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT99B.1.177.620.010727
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT99B.1.2580.000599
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT99P.1.160.003367
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT88AY.1060.002679
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT88B.1.1.280.00249
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT88B.1.2400.001725
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT88B.1.5250.000905
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT77AY.630.002708
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT77B.1.1.2770.005311
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT77C.160.007423
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT77R.10.00063
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT66AY.1160.001721
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT66AY.1170.000507
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT66AY.1210.000812
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT66B.1.1.2100.034286
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT66B.1.1.330.002525
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT66B.1.177.860.001101
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT66B.1.6370.000438
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT55AY.300.001979
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT55AY.450.000608
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT55AY.98.10.000242
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT55AY.99.10.007764
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT55B.1.1.3720.003444
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT55B.1.160.160.004647
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT55B.1.177.570.001405
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT55B.1.177.70.000824
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT55B.1.214.30.035714
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT55B.1.5820.002453
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT55B.1.5870.009488
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT55B.1.6200.00473
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT55P.1.140.000239
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT44AY.1100.000451
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT44AY.120.10.001284
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT44AY.240.001724
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT44AY.3.10.000341
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT44AY.350.000932
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT44AY.39.10.000158
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT44AY.46.60.000289
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT44B.1.1.1010.04
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT44B.1.1.2140.000222
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT44B.1.1.2630.006231
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT44B.1.1.3110.001433
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT44B.1.1.4340.001394
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT44B.1.2430.000278
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT44B.1.5900.018182
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT33A.2.50.001497
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT33A.290.015957
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT33AY.1110.000549
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT33AY.270.000194
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT33AY.29.10.000662
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT33AY.380.001498
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT33AY.46.40.000494
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT33AY.740.000347
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT33AY.770.003382
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT33AY.860.00249
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT33AY.980.000237
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT33B.1.1.10.00098
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT33B.1.1.1590.014019
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT33B.1.1.2070.003546
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT33B.1.1.2790.003363
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT33B.1.1.5250.016393
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT33B.1.1.700.001023
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT33B.1.177.320.004049
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT33B.1.177.440.001557
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT33B.1.214.20.001799
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT33B.1.258.170.000312
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT33B.1.3490.002144
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT33B.1.36.160.004274
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT33B.1.3830.027027
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT33B.1.466.20.001174
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT33B.1.4780.035294
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT33B.1.5750.00091
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT33B.1.621.10.001517
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT33C.360.002732
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT33P.1.10.000953
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT220.111111
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT22A.10.000564
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT22A.20.001324
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT22A.2.5.10.009615
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT22A.210.00554
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT22AY.1080.002205
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT22AY.340.000194
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT22AY.4.2.10.000298
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT22AY.410.000588
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT22AY.46.10.002053
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT22AY.46.20.001271
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT22AY.5.30.000675
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT22AY.590.001059
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT22AY.650.001066
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT22AY.690.000373
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT22AY.710.00095
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT22AY.75.10.000361
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT22AY.90.000135
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT22AY.920.000575
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT22AZ.20.001642
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT22B.1.1.3010.002358
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT22B.1.1.3060.000877
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT22B.1.1.3690.000892
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT22B.1.1.5280.009615
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT22B.1.1470.001512
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT22B.1.1570.00597
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT22B.1.177.730.001133
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT22B.1.177.790.004684
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT22B.1.258.40.006897
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT22B.1.3320.006993
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT22B.1.351.30.001753
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT22B.1.36.220.002415
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT22B.1.36.290.001035
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT22B.1.4090.001563
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT22B.1.438.10.000215
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT22B.1.4800.004975
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT22B.1.4970.00063
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT22B.1.5240.002813
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT22B.3.10.003317
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT22B.60.00182
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT22C.110.021277
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT22P.1.100.000539
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT22P.1.110.020408
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT11A.23.10.000704
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT11A.300.142857
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT11AD.20.000219
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT11AT.10.005128
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT11AU.10.001266
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT11AY.100.00053
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT11AY.1090.00074
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT11AY.116.10.000311
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT11AY.140.000088
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT11AY.160.00038
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT11AY.320.000532
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT11AY.34.10.00051
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT11AY.530.000288
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT11AY.540.000095
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT11AY.660.00107
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT11AY.70.000196
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT11AY.800.001129
ORF1ab/nsp1319C19CtgCtgT11AY.840.000437
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