CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp13 : CodonNum = 64

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp1364Y64YY5388YsyntaCtaT76077607116426-16428
ORF1ab/nsp1364Y64HY5388HnonsynTacCac101101116426-16428
ORF1ab/nsp1364Y64CY5388CnonsyntActGc6464116426-16428
ORF1ab/nsp1364Y64delY5388deldelTAC---5757116426-16428
ORF1ab/nsp1364Y64NY5388NnonsynTacAac88116426-16428
ORF1ab/nsp1364Y64FY5388FnonsyntActTc870.87516426-16428
ORF1ab/nsp1364Y64FY5388FnonsyntACtTT810.12516426-16428
ORF1ab/nsp1364Y64XY5388XnonsyntaCtaA66116426-16428
ORF1ab/nsp1364Y64del1Y5388del1deltaCta-650.83333316426-16428
ORF1ab/nsp1364Y64DY5388DnonsynTacGac650.83333316426-16428
ORF1ab/nsp1364Y64SY5388SnonsyntActCc630.516426-16428
ORF1ab/nsp1364Y64SY5388SnonsynTAcAGc620.33333316426-16428
ORF1ab/nsp1364Y64SY5388SnonsyntACtCA610.16666716426-16428
ORF1ab/nsp1364Y64DY5388DnonsynTaCGaT610.16666716426-16428
ORF1ab/nsp1364Y64del1Y5388del1delTac-ac610.16666716426-16428
ORF1ab/nsp1364Y64LY5388LnonsyntACtTA530.616426-16428
ORF1ab/nsp1364Y64LY5388LnonsynTAcCTc520.416426-16428
ORF1ab/nsp1364Y64VY5388VnonsynTAcGTc430.7516426-16428
ORF1ab/nsp1364Y64VY5388VnonsynTACGTT410.2516426-16428
ORF1ab/nsp1364Y64IY5388InonsynTAcATc22116426-16428
ORF1ab/nsp1364Y64RY5388RnonsynTAcCGc22116426-16428
ORF1ab/nsp1364Y64QY5388QnonsynTaCCaA11116426-16428
ORF1ab/nsp1364Y64del2Y5388del2deltACt--11116426-16428

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT76077607All0.001455
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT15051505AY.40.002342
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT11251125B.1.1.70.001007
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT873873B.1.5680.97
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT506506B.1.5820.248283
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT317317AY.260.008974
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT236236B.1.617.20.000889
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT198198AY.440.001205
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT181181AZ.50.635088
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT173173B.10.001585
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT145145C.37.10.379581
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT140140B.1.2580.009317
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT102102P.10.001607
ORF1ab/nsp1364Y64HTacCac101101All0.000019
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT9393AY.250.000559
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT9292AY.30.000915
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT9191B.1.20.000801
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT9191B.1.3510.002705
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT9090AY.430.000399
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT7575AY.1030.000466
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT7272AD.20.015765
ORF1ab/nsp1364Y64CtActGc6464All0.000012
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT6161AY.1020.001617
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT5959B.1.2120.983333
ORF1ab/nsp1364Y64delTAC---5757All0.000011
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT5252B.1.3110.014278
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT5151AY.420.002052
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT5050B.1.2340.006597
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT4242B.1.5361
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT3838B.1.5260.000893
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT3737B.1.1770.000487
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT3636B.1.4090.028125
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT3333AY.620.014379
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT3333AY.750.001849
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT3333R.10.00297
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT3131B.1.10.000562
ORF1ab/nsp1364Y64delTAC---3131B.1.1.70.000028
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT3030B.1.1.5190.001191
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT3030B.1.4290.000706
ORF1ab/nsp1364Y64HTacCac2929B.1.1.70.000026
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT2727AY.46.60.00195
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT2626AY.4.20.000564
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT2626AY.50.000537
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT2323B.1.360.003356
ORF1ab/nsp1364Y64HTacCac2323B.1.617.20.000087
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT2121AY.390.000519
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT2121AY.4.50.002257
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT2121B.1.6370.001535
ORF1ab/nsp1364Y64CtActGc2020B.1.1770.000263
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT1818C.370.002089
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT1616AY.240.006897
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT1515AY.200.000583
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT1515AY.290.000237
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT1414P.1.120.006776
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT1313AY.340.001261
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT1212A.2.50.005988
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT1212B.1.2430.000835
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT1212B.1.4270.000606
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT1212P.1.140.000574
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT1212P.20.00224
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT1111B.1.1600.000343
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT1111B.1.177.40.002322
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT1010AY.1000.00046
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT1010B.1.6120.026525
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT1010B.6.60.008889
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT99AY.1190.000318
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT99B.1.2410.007305
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT99B.1.36.360.005418
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT99B.1.5960.000784
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT88A.40.102564
ORF1ab/nsp1364Y64NTacAac88All0.000002
ORF1ab/nsp1364Y64FtActTc78All0.000001
ORF1ab/nsp1364Y64FtACtTT18All0
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT88AY.9.20.000294
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT88B.1.1.2140.000444
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT88B.1.1.280.00249
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT88B.1.1.630.003086
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT88B.1.2210.000568
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT88Q.30.00116
ORF1ab/nsp1364Y64FtActTc670.333333
ORF1ab/nsp1364Y64FtACtTT170.055556
ORF1ab/nsp1364Y64HTacCac77AY.40.000011
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT77AY.940.003099
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT77B.1.177.810.001325
ORF1ab/nsp1364Y64CtActGc77B.1.2580.000466
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT77B.1.4510.057377
ORF1ab/nsp1364Y64XtaCtaA66All0.000001
ORF1ab/nsp1364Y64DTacGac56All0.000001
ORF1ab/nsp1364Y64del1taCta-56All0.000001
ORF1ab/nsp1364Y64StActCc36All0.000001
ORF1ab/nsp1364Y64STAcAGc26All0
ORF1ab/nsp1364Y64StACtCA16All0
ORF1ab/nsp1364Y64DTaCGaT16All0
ORF1ab/nsp1364Y64del1Tac-ac16All0
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT66AY.360.000889
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT66AY.380.002996
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT66AY.540.000572
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT66AY.610.000629
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT66B.1.1.3510.01676
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT66B.1.1.740.025862
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT66B.1.177.570.001686
ORF1ab/nsp1364Y64CtActGc66B.1.20.000053
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT66B.1.5610.002382
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT66B.1.5750.00182
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT66B.1.6210.000531
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT66B.1.9.50.034091
ORF1ab/nsp1364Y64LtACtTA35All0.000001
ORF1ab/nsp1364Y64LTAcCTc25All0
ORF1ab/nsp1364Y64HTacCac55AY.1030.000031
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT55AY.230.000349
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT55AY.330.000334
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT55AY.450.000608
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT55AY.98.10.000242
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT55B.1.1.2220.00102
ORF1ab/nsp1364Y64CtActGc55B.1.1.70.000004
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT55B.1.177.730.002831
ORF1ab/nsp1364Y64HTacCac55B.1.20.000044
ORF1ab/nsp1364Y64CtActGc55B.1.2430.000348
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT55B.1.3490.003574
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT55B.1.5950.001305
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT55P.30.007974
ORF1ab/nsp1364Y64VTAcGTc340.166667
ORF1ab/nsp1364Y64DTacGac340.166667
ORF1ab/nsp1364Y64STAcAGc240.111111
ORF1ab/nsp1364Y64StActCc140.055556
ORF1ab/nsp1364Y64DTaCGaT140.055556
ORF1ab/nsp1364Y64VTACGTT140.055556
ORF1ab/nsp1364Y64StACtCA140.055556
ORF1ab/nsp1364Y64VTAcGTc34All0.000001
ORF1ab/nsp1364Y64VTACGTT14All0
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT44AY.1050.002572
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT44AY.270.000259
ORF1ab/nsp1364Y64HTacCac44AY.30.00004
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT44AY.3.10.000341
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT44AY.46.40.000658
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT44AY.470.000124
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT44AY.680.001095
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT44AY.780.006163
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT44AY.850.001709
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT44AY.860.00332
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT44AY.920.001149
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT44AY.99.20.000369
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT44B.1.1.3150.033898
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT44B.1.177.560.00267
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT44B.1.177.70.000659
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT44B.1.3960.002823
ORF1ab/nsp1364Y64HTacCac44B.1.438.10.000429
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT44B.1.4700.005618
ORF1ab/nsp1364Y64HTacCac44C.370.000464
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT44Q.40.001819
ORF1ab/nsp1364Y64XtaCtaA330.166667
ORF1ab/nsp1364Y64LTAcCTc230.111111
ORF1ab/nsp1364Y64LtACtTA130.055556
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT33AY.1070.001398
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT33AY.1100.000338
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT33AY.1110.000549
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT33AY.1160.00086
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT33AY.300.001187
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT33AY.4.2.10.000447
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT33AY.560.004815
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT33AY.980.000237
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT33B0.000383
ORF1ab/nsp1364Y64delTAC---33B.1.10.000054
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT33B.1.1.3180.000905
ORF1ab/nsp1364Y64CtActGc33B.1.1.3350.038961
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT33B.1.1.4480.006098
ORF1ab/nsp1364Y64del1taCta-23B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp1364Y64del1Tac-ac13B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp1364Y64delTAC---33B.1.1770.00004
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT33B.1.177.760.007481
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT33B.1.2400.000647
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT33B.1.36.160.004274
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT33B.1.36.190.027778
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT33B.1.36.220.003623
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT33B.1.4250.008982
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT33B.1.5240.004219
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT33B.3.10.004975
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT33D.20.000225
ORF1ab/nsp1364Y64CtActGc33P.10.000047
ORF1ab/nsp1364Y64HTacCac220.111111
ORF1ab/nsp1364Y64ITAcATc220.111111
ORF1ab/nsp1364Y64RTAcCGc220.111111
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT220.111111
ORF1ab/nsp1364Y64delTAC---220.111111
ORF1ab/nsp1364Y64CtActGc220.111111
ORF1ab/nsp1364Y64NTacAac220.111111
ORF1ab/nsp1364Y64ITAcATc22All0
ORF1ab/nsp1364Y64RTAcCGc22All0
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT22AY.1130.000285
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT22AY.1170.000169
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT22AY.120.000632
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT22AY.130.000322
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT22AY.140.000176
ORF1ab/nsp1364Y64HTacCac22AY.250.000012
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT22AY.320.001065
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT22AY.39.10.000079
ORF1ab/nsp1364Y64delTAC---22AY.4.50.000215
ORF1ab/nsp1364Y64delTAC---22AY.430.000009
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT22AY.460.000208
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT22AY.46.10.002053
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT22AY.550.001835
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT22AY.590.001059
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT22AY.60.000082
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT22AY.720.002721
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT22AY.770.002255
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT22AY.90.000135
ORF1ab/nsp1364Y64YtaCtaT22AY.9.10.000167
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