CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp13 : CodonNum = 63

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp1363L63LL5387LsynctTctG229212500.54537516423-16425
ORF1ab/nsp1363L63LL5387LsynctTctA22929440.41186716423-16425
ORF1ab/nsp1363L63LL5387LsynctTctC2292980.042757416423-16425
ORF1ab/nsp1363L63delL5387deldelCTT---5959116423-16425
ORF1ab/nsp1363L63PL5387PnonsyncTtcCt26240.92307716423-16425
ORF1ab/nsp1363L63IL5387InonsynCttAtt26240.92307716423-16425
ORF1ab/nsp1363L63PL5387PnonsyncTTcCC2610.038461516423-16425
ORF1ab/nsp1363L63IL5387InonsynCtTAtC2610.038461516423-16425
ORF1ab/nsp1363L63PL5387PnonsyncTTcCA2610.038461516423-16425
ORF1ab/nsp1363L63IL5387InonsynCtTAtA2610.038461516423-16425
ORF1ab/nsp1363L63FL5387FnonsynCttTtt22190.86363616423-16425
ORF1ab/nsp1363L63FL5387FnonsynCtTTtC2230.13636416423-16425
ORF1ab/nsp1363L63del1L5387del1delcTtc-t1180.72727316423-16425
ORF1ab/nsp1363L63del1L5387del1delCtt-tt1120.18181816423-16425
ORF1ab/nsp1363L63del1L5387del1delCtT-tN1110.090909116423-16425
ORF1ab/nsp1363L63HL5387HnonsyncTtcAt850.62516423-16425
ORF1ab/nsp1363L63HL5387HnonsyncTTcAC830.37516423-16425
ORF1ab/nsp1363L63VL5387VnonsynCttGtt77116423-16425
ORF1ab/nsp1363L63RL5387RnonsyncTtcGt44116423-16425
ORF1ab/nsp1363L63TL5387TnonsynCTtACt420.516423-16425
ORF1ab/nsp1363L63YL5387YnonsynCTtTAt420.516423-16425
ORF1ab/nsp1363L63YL5387YnonsynCTTTAC420.516423-16425
ORF1ab/nsp1363L63TL5387TnonsynCTTACA420.516423-16425
ORF1ab/nsp1363L63del2L5387del2delCTt--t210.516423-16425
ORF1ab/nsp1363L63del2L5387del2delcTTc--210.516423-16425
ORF1ab/nsp1363L63NL5387NnonsynCTTAAC11116423-16425

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp1363L63LctTctG12502292All0.000239
ORF1ab/nsp1363L63LctTctA9442292All0.000181
ORF1ab/nsp1363L63LctTctC982292All0.000019
ORF1ab/nsp1363L63LctTctA885885AY.4.20.019194
ORF1ab/nsp1363L63LctTctG707707B.1.5760.640979
ORF1ab/nsp1363L63LctTctG415415B.1.5740.892473
ORF1ab/nsp1363L63LctTctG5667B.10.000513
ORF1ab/nsp1363L63LctTctA867B.10.000073
ORF1ab/nsp1363L63LctTctC367B.10.000027
ORF1ab/nsp1363L63delCTT---5959All0.000011
ORF1ab/nsp1363L63LctTctG5555B.1.3630.714286
ORF1ab/nsp1363L63LctTctA3132AY.40.000048
ORF1ab/nsp1363L63LctTctC132AY.40.000002
ORF1ab/nsp1363L63delCTT---3131B.1.1.70.000028
ORF1ab/nsp1363L63ICttAtt2426All0.000005
ORF1ab/nsp1363L63PcTtcCt2426All0.000005
ORF1ab/nsp1363L63ICtTAtC126All0
ORF1ab/nsp1363L63ICtTAtA126All0
ORF1ab/nsp1363L63PcTTcCA126All0
ORF1ab/nsp1363L63PcTTcCC126All0
ORF1ab/nsp1363L63FCttTtt1922All0.000004
ORF1ab/nsp1363L63FCtTTtC322All0.000001
ORF1ab/nsp1363L63LctTctC1920B.1.1.70.000017
ORF1ab/nsp1363L63LctTctG120B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp1363L63LctTctA1920B.1.617.20.000072
ORF1ab/nsp1363L63LctTctC120B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp1363L63LctTctC1717B.1.1.5190.000675
ORF1ab/nsp1363L63del1cTtc-t811All0.000002
ORF1ab/nsp1363L63del1Ctt-tt211All0
ORF1ab/nsp1363L63del1CtT-tN111All0
ORF1ab/nsp1363L63LctTctC1010AY.120.10.00321
ORF1ab/nsp1363L63HcTtcAt58All0.000001
ORF1ab/nsp1363L63HcTTcAC38All0.000001
ORF1ab/nsp1363L63LctTctC48B.1.20.000035
ORF1ab/nsp1363L63LctTctG48B.1.20.000035
ORF1ab/nsp1363L63VCttGtt77All0.000001
ORF1ab/nsp1363L63HcTtcAt460.222222
ORF1ab/nsp1363L63HcTTcAC260.111111
ORF1ab/nsp1363L63PcTtcCt66B.1.1.70.000005
ORF1ab/nsp1363L63FCttTtt240.111111
ORF1ab/nsp1363L63YCTtTAt240.111111
ORF1ab/nsp1363L63YCTTTAC240.111111
ORF1ab/nsp1363L63FCtTTtC240.111111
ORF1ab/nsp1363L63RcTtcGt44All0.000001
ORF1ab/nsp1363L63TCTtACt24All0
ORF1ab/nsp1363L63YCTTTAC24All0
ORF1ab/nsp1363L63TCTTACA24All0
ORF1ab/nsp1363L63YCTtTAt24All0
ORF1ab/nsp1363L63LctTctC44B.1.6200.003784
ORF1ab/nsp1363L63ICttAtt33AY.440.000018
ORF1ab/nsp1363L63LctTctC33AY.50.000062
ORF1ab/nsp1363L63FCttTtt33B.10.000027
ORF1ab/nsp1363L63delCTT---33B.1.10.000054
ORF1ab/nsp1363L63VCttGtt33B.1.1.5190.000119
ORF1ab/nsp1363L63FCttTtt33B.1.1.70.000003
ORF1ab/nsp1363L63LctTctC33B.1.1770.00004
ORF1ab/nsp1363L63delCTT---33B.1.1770.00004
ORF1ab/nsp1363L63LctTctG33B.1.2580.0002
ORF1ab/nsp1363L63LctTctG33B.1.5960.000261
ORF1ab/nsp1363L63delCTT---33B.1.617.20.000011
ORF1ab/nsp1363L63LctTctC33P.1.150.000697
ORF1ab/nsp1363L63LctTctC220.111111
ORF1ab/nsp1363L63delCTT---220.111111
ORF1ab/nsp1363L63RcTtcGt220.111111
ORF1ab/nsp1363L63del2CTt--t12All0
ORF1ab/nsp1363L63del2cTTc--12All0
ORF1ab/nsp1363L63LctTctC22AY.430.000009
ORF1ab/nsp1363L63delCTT---22AY.430.000009
ORF1ab/nsp1363L63ICttAtt22AY.680.000547
ORF1ab/nsp1363L63TCTtACt12AY.990.001049
ORF1ab/nsp1363L63ICttAtt12AY.990.001049
ORF1ab/nsp1363L63PcTtcCt12AY.990.001049
ORF1ab/nsp1363L63PcTTcCA12AY.990.001049
ORF1ab/nsp1363L63ICtTAtA12AY.990.001049
ORF1ab/nsp1363L63TCTTACA12AY.990.001049
ORF1ab/nsp1363L63ICttAtt22B.10.000018
ORF1ab/nsp1363L63del1cTtc-t22B.10.000018
ORF1ab/nsp1363L63FCttTtt22B.1.10.000036
ORF1ab/nsp1363L63PcTtcCt22B.1.10.000036
ORF1ab/nsp1363L63ICttAtt22B.1.1.1410.004024
ORF1ab/nsp1363L63RcTtcGt22B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp1363L63ICttAtt22B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp1363L63PcTtcCt22B.1.20.000018
ORF1ab/nsp1363L63LctTctC22B.1.2060.001631
ORF1ab/nsp1363L63LctTctC12B.1.2400.000216
ORF1ab/nsp1363L63LctTctG12B.1.2400.000216
ORF1ab/nsp1363L63LctTctC22B.1.360.000292
ORF1ab/nsp1363L63ICttAtt22B.1.4290.000047
ORF1ab/nsp1363L63LctTctC22B.1.466.10.014388
ORF1ab/nsp1363L63FCttTtt22B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp1363L63del1cTtc-t22P.1.140.000096
ORF1ab/nsp1363L63LctTctC22Q.10.000253
ORF1ab/nsp1363L63ICttAtt110.055556
ORF1ab/nsp1363L63TCTtACt110.055556
ORF1ab/nsp1363L63VCttGtt110.055556
ORF1ab/nsp1363L63PcTtcCt110.055556
ORF1ab/nsp1363L63PcTtcCt11AD.20.000219
ORF1ab/nsp1363L63NCTTAAC11All0
ORF1ab/nsp1363L63del1Ctt-tt11AU.10.001266
ORF1ab/nsp1363L63HcTTcAC11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp1363L63FCtTTtC11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp1363L63ICttAtt11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp1363L63LctTctC11AY.1050.000643
ORF1ab/nsp1363L63LctTctC11AY.1070.000466
ORF1ab/nsp1363L63delCTT---11AY.1110.000183
ORF1ab/nsp1363L63del2CTt--t11AY.1130.000142
ORF1ab/nsp1363L63PcTtcCt11AY.116.10.000311
ORF1ab/nsp1363L63LctTctC11AY.1190.000035
ORF1ab/nsp1363L63PcTtcCt11AY.250.000006
ORF1ab/nsp1363L63LctTctC11AY.250.000006
ORF1ab/nsp1363L63del1Ctt-tt11AY.250.000006
ORF1ab/nsp1363L63LctTctC11AY.290.000016
ORF1ab/nsp1363L63delCTT---11AY.330.000067
ORF1ab/nsp1363L63ICttAtt11AY.40.000002
ORF1ab/nsp1363L63PcTtcCt11AY.40.000002
ORF1ab/nsp1363L63delCTT---11AY.40.000002
ORF1ab/nsp1363L63delCTT---11AY.4.50.000107
ORF1ab/nsp1363L63ICttAtt11AY.4.50.000107
ORF1ab/nsp1363L63FCttTtt11AY.430.000004
ORF1ab/nsp1363L63del2cTTc--11AY.440.000006
ORF1ab/nsp1363L63PcTTcCC11AY.440.000006
ORF1ab/nsp1363L63LctTctC11AY.440.000006
ORF1ab/nsp1363L63LctTctC11AY.470.000031
ORF1ab/nsp1363L63ICtTAtC11AY.480.000465
ORF1ab/nsp1363L63LctTctC11AY.590.00053
ORF1ab/nsp1363L63NCTTAAC11AY.670.000464
ORF1ab/nsp1363L63LctTctC11AY.75.10.00018
ORF1ab/nsp1363L63FCttTtt11AY.980.000079
ORF1ab/nsp1363L63LctTctA11AY.990.001049
ORF1ab/nsp1363L63HcTtcAt11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp1363L63LctTctG11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp1363L63PcTtcCt11B.1.1.10.000327
ORF1ab/nsp1363L63VCttGtt11B.1.1.2220.000204
ORF1ab/nsp1363L63LctTctC11B.1.1.270.00565
ORF1ab/nsp1363L63TCTTACA11B.1.1.3060.000438
ORF1ab/nsp1363L63PcTtcCt11B.1.1.3650.005587
ORF1ab/nsp1363L63LctTctC11B.1.1.370.000193
ORF1ab/nsp1363L63PcTtcCt11B.1.1.410.006329
ORF1ab/nsp1363L63ICttAtt11B.1.1.50.008333
ORF1ab/nsp1363L63del1CtT-tN11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp1363L63VCttGtt11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp1363L63delCTT---11B.1.1.700.000341
ORF1ab/nsp1363L63delCTT---11B.1.1600.000031
ORF1ab/nsp1363L63ICttAtt11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp1363L63FCttTtt11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp1363L63delCTT---11B.1.177.40.000211
ORF1ab/nsp1363L63delCTT---11B.1.177.620.001192
ORF1ab/nsp1363L63delCTT---11B.1.177.680.015152
ORF1ab/nsp1363L63delCTT---11B.1.177.70.000165
ORF1ab/nsp1363L63delCTT---11B.1.177.730.000566
ORF1ab/nsp1363L63delCTT---11B.1.177.830.001481
ORF1ab/nsp1363L63del1cTtc-t11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp1363L63ICttAtt11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp1363L63FCttTtt11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp1363L63ICttAtt11B.1.2210.000071
ORF1ab/nsp1363L63FCttTtt11B.1.2340.000132
ORF1ab/nsp1363L63FCttTtt11B.1.2430.00007
ORF1ab/nsp1363L63delCTT---11B.1.2580.000067
ORF1ab/nsp1363L63LctTctC11B.1.2680.010417
ORF1ab/nsp1363L63LctTctG11B.1.3490.000715
ORF1ab/nsp1363L63del1cTtc-t11B.1.4040.001302
ORF1ab/nsp1363L63delCTT---11B.1.416.10.001563
ORF1ab/nsp1363L63VCttGtt11B.1.4290.000024
ORF1ab/nsp1363L63FCttTtt11B.1.4800.002488
ORF1ab/nsp1363L63LctTctG11B.1.4990.00105
ORF1ab/nsp1363L63LctTctG11B.1.5110.034483
ORF1ab/nsp1363L63PcTtcCt11B.1.5680.001111
ORF1ab/nsp1363L63del1cTtc-t11B.1.617.10.000129
ORF1ab/nsp1363L63ICttAtt11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp1363L63PcTtcCt11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp1363L63del1cTtc-t11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp1363L63delCTT---11B.1.617.30.002985
ORF1ab/nsp1363L63PcTtcCt11B.1.6210.000089
ORF1ab/nsp1363L63LctTctC11B.1.6210.000089
ORF1ab/nsp1363L63PcTtcCt11B.400.000364
ORF1ab/nsp1363L63ICttAtt11B.60.00091
ORF1ab/nsp1363L63LctTctC11B.6.60.000889
ORF1ab/nsp1363L63LctTctC11C.370.000116
ORF1ab/nsp1363L63PcTtcCt11D.20.000075
ORF1ab/nsp1363L63LctTctG11D.20.000075
ORF1ab/nsp1363L63LctTctC11P.10.000016
ORF1ab/nsp1363L63LctTctC11P.20.000187