CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp13 : CodonNum = 541

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp13541Y541CY5865CnonsyntAttGt415141500.99975917857-17859
ORF1ab/nsp13541Y541CY5865CnonsyntATtGC415110.00024090617857-17859
ORF1ab/nsp13541Y541YY5865YsyntaTtaC505505117857-17859
ORF1ab/nsp13541Y541delY5865deldelTAT---2020117857-17859
ORF1ab/nsp13541Y541NY5865NnonsynTatAat1515117857-17859
ORF1ab/nsp13541Y541HY5865HnonsynTatCat1313117857-17859
ORF1ab/nsp13541Y541del1Y5865del1delTat-at530.617857-17859
ORF1ab/nsp13541Y541del1Y5865del1deltaTta-510.217857-17859
ORF1ab/nsp13541Y541del1Y5865del1delTaTCa-510.217857-17859
ORF1ab/nsp13541Y541FY5865FnonsyntAttTt44117857-17859
ORF1ab/nsp13541Y541XY5865XnonsyntaTtaA420.517857-17859
ORF1ab/nsp13541Y541XY5865XnonsyntaTtaG420.517857-17859
ORF1ab/nsp13541Y541IY5865InonsynTAtATt22117857-17859
ORF1ab/nsp13541Y541GY5865GnonsynTATGGA11117857-17859
ORF1ab/nsp13541Y541SY5865SnonsyntAttCt11117857-17859

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp13541Y541CtAttGt41504151All0.000794
ORF1ab/nsp13541Y541CtATtGC14151All0
ORF1ab/nsp13541Y541CtAttGt34373437A.10.968715
ORF1ab/nsp13541Y541YtaTtaC505505All0.000097
ORF1ab/nsp13541Y541CtAttGt181181B.1.617.20.000682
ORF1ab/nsp13541Y541CtAttGt151152AY.440.000919
ORF1ab/nsp13541Y541CtATtGC1152AY.440.000006
ORF1ab/nsp13541Y541YtaTtaC119119B.1.1.70.000107
ORF1ab/nsp13541Y541YtaTtaC5353AY.40.000082
ORF1ab/nsp13541Y541YtaTtaC5151A0.019737
ORF1ab/nsp13541Y541CtAttGt4343AY.290.000678
ORF1ab/nsp13541Y541CtAttGt4040B.1.1.70.000036
ORF1ab/nsp13541Y541YtaTtaC3535B.1.2430.002435
ORF1ab/nsp13541Y541CtAttGt3333AY.430.000146
ORF1ab/nsp13541Y541YtaTtaC3131B.1.20.000273
ORF1ab/nsp13541Y541YtaTtaC2929B0.003707
ORF1ab/nsp13541Y541CtAttGt2626A0.010062
ORF1ab/nsp13541Y541YtaTtaC2626P.10.00041
ORF1ab/nsp13541Y541CtAttGt2424AY.50.000496
ORF1ab/nsp13541Y541YtaTtaC2121AY.440.000128
ORF1ab/nsp13541Y541delTAT---2020All0.000004
ORF1ab/nsp13541Y541CtAttGt1818B.10.000165
ORF1ab/nsp13541Y541CtAttGt1616AY.30.000159
ORF1ab/nsp13541Y541NTatAat1515All0.000003
ORF1ab/nsp13541Y541CtAttGt1515AY.40.000023
ORF1ab/nsp13541Y541YtaTtaC1414AY.250.000084
ORF1ab/nsp13541Y541CtAttGt1414B.1.177.750.014568
ORF1ab/nsp13541Y541HTatCat1313All0.000002
ORF1ab/nsp13541Y541CtAttGt1313AY.250.000078
ORF1ab/nsp13541Y541YtaTtaC1212B.1.177.210.000918
ORF1ab/nsp13541Y541CtAttGt1111B.1.20.000097
ORF1ab/nsp13541Y541CtAttGt99AY.1190.000318
ORF1ab/nsp13541Y541CtAttGt99AY.99.20.000829
ORF1ab/nsp13541Y541YtaTtaC99B.10.000082
ORF1ab/nsp13541Y541CtAttGt99B.1.1.5190.000357
ORF1ab/nsp13541Y541YtaTtaC99B.1.617.20.000034
ORF1ab/nsp13541Y541CtAttGt88AY.840.0035
ORF1ab/nsp13541Y541YtaTtaC77B.1.1.2140.000388
ORF1ab/nsp13541Y541CtAttGt77B.1.177.440.003633
ORF1ab/nsp13541Y541CtAttGt77B.1.351.20.002118
ORF1ab/nsp13541Y541CtAttGt77P.1.100.001886
ORF1ab/nsp13541Y541CtAttGt66AY.1030.000037
ORF1ab/nsp13541Y541YtaTtaC66B.1.10.000109
ORF1ab/nsp13541Y541YtaTtaC66B.1.2210.000426
ORF1ab/nsp13541Y541del1Tat-at35All0.000001
ORF1ab/nsp13541Y541del1taTta-15All0
ORF1ab/nsp13541Y541del1TaTCa-15All0
ORF1ab/nsp13541Y541YtaTtaC55AY.430.000022
ORF1ab/nsp13541Y541NTatAat55B.1.1.70.000004
ORF1ab/nsp13541Y541delTAT---55B.1.1.70.000004
ORF1ab/nsp13541Y541FtAttTt44All0.000001
ORF1ab/nsp13541Y541XtaTtaG24All0
ORF1ab/nsp13541Y541XtaTtaA24All0
ORF1ab/nsp13541Y541CtAttGt44AY.1020.000106
ORF1ab/nsp13541Y541YtaTtaC44AY.260.000113
ORF1ab/nsp13541Y541YtaTtaC44AY.30.00004
ORF1ab/nsp13541Y541CtAttGt44B.1.3110.001098
ORF1ab/nsp13541Y541YtaTtaC44B.1.5260.000094
ORF1ab/nsp13541Y541YtaTtaC44B.1.6090.001918
ORF1ab/nsp13541Y541YtaTtaC33AY.1020.00008
ORF1ab/nsp13541Y541YtaTtaC33AY.1030.000019
ORF1ab/nsp13541Y541CtAttGt33AY.260.000085
ORF1ab/nsp13541Y541CtAttGt33AY.330.0002
ORF1ab/nsp13541Y541HTatCat33B.1.1.70.000003
ORF1ab/nsp13541Y541del1Tat-at33B.1.1.70.000003
ORF1ab/nsp13541Y541YtaTtaC33B.1.1770.00004
ORF1ab/nsp13541Y541HTatCat33B.1.2210.000213
ORF1ab/nsp13541Y541YtaTtaC33B.1.4290.000071
ORF1ab/nsp13541Y541YtaTtaC33B.1.6280.001057
ORF1ab/nsp13541Y541CtAttGt33P.10.000047
ORF1ab/nsp13541Y541ITAtATt22All0
ORF1ab/nsp13541Y541delTAT---22AY.250.000012
ORF1ab/nsp13541Y541CtAttGt22AY.420.00008
ORF1ab/nsp13541Y541CtAttGt22AY.46.10.002053
ORF1ab/nsp13541Y541CtAttGt22AY.610.00021
ORF1ab/nsp13541Y541YtaTtaC22AY.7.10.000225
ORF1ab/nsp13541Y541NTatAat22AZ.20.001642
ORF1ab/nsp13541Y541CtAttGt22B.1.1.1760.000879
ORF1ab/nsp13541Y541CtAttGt22B.1.1.3680.006173
ORF1ab/nsp13541Y541YtaTtaC22B.1.177.260.013986
ORF1ab/nsp13541Y541HTatCat22B.1.20.000018
ORF1ab/nsp13541Y541CtAttGt22B.1.3690.00057
ORF1ab/nsp13541Y541YtaTtaC22B.1.4270.000101
ORF1ab/nsp13541Y541CtAttGt22B.1.4690.00722
ORF1ab/nsp13541Y541CtAttGt22B.1.6000.011696
ORF1ab/nsp13541Y541CtAttGt22B.1.617.10.000258
ORF1ab/nsp13541Y541CtAttGt22B.1.6230.001073
ORF1ab/nsp13541Y541YtaTtaC22C.10.004785
ORF1ab/nsp13541Y541YtaTtaC22D.20.00015
ORF1ab/nsp13541Y541YtaTtaC22Q.10.000253
ORF1ab/nsp13541Y541FtAttTt11A.2.20.001689
ORF1ab/nsp13541Y541ITAtATt11A.2.40.003367
ORF1ab/nsp13541Y541FtAttTt11A.2.40.003367
ORF1ab/nsp13541Y541StAttCt11All0
ORF1ab/nsp13541Y541GTATGGA11All0
ORF1ab/nsp13541Y541YtaTtaC11AY.1000.000046
ORF1ab/nsp13541Y541delTAT---11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp13541Y541delTAT---11AY.116.10.000311
ORF1ab/nsp13541Y541CtAttGt11AY.1210.000135
ORF1ab/nsp13541Y541CtAttGt11AY.140.000088
ORF1ab/nsp13541Y541CtAttGt11AY.16.10.00047
ORF1ab/nsp13541Y541delTAT---11AY.190.00114
ORF1ab/nsp13541Y541YtaTtaC11AY.200.000039
ORF1ab/nsp13541Y541YtaTtaC11AY.230.00007
ORF1ab/nsp13541Y541CtAttGt11AY.230.00007
ORF1ab/nsp13541Y541YtaTtaC11AY.290.000016
ORF1ab/nsp13541Y541YtaTtaC11AY.29.10.000221
ORF1ab/nsp13541Y541CtAttGt11AY.29.10.000221
ORF1ab/nsp13541Y541CtAttGt11AY.340.000097
ORF1ab/nsp13541Y541YtaTtaC11AY.340.000097
ORF1ab/nsp13541Y541YtaTtaC11AY.34.10.00051
ORF1ab/nsp13541Y541YtaTtaC11AY.390.000025
ORF1ab/nsp13541Y541NTatAat11AY.40.000002
ORF1ab/nsp13541Y541delTAT---11AY.40.000002
ORF1ab/nsp13541Y541CtAttGt11AY.4.20.000022
ORF1ab/nsp13541Y541NTatAat11AY.420.00004
ORF1ab/nsp13541Y541delTAT---11AY.430.000004
ORF1ab/nsp13541Y541delTAT---11AY.440.000006
ORF1ab/nsp13541Y541del1taTta-11AY.440.000006
ORF1ab/nsp13541Y541HTatCat11AY.440.000006
ORF1ab/nsp13541Y541NTatAat11AY.440.000006
ORF1ab/nsp13541Y541CtAttGt11AY.450.000122
ORF1ab/nsp13541Y541CtAttGt11AY.460.000104
ORF1ab/nsp13541Y541delTAT---11AY.46.20.000635
ORF1ab/nsp13541Y541CtAttGt11AY.46.40.000165
ORF1ab/nsp13541Y541CtAttGt11AY.470.000031
ORF1ab/nsp13541Y541delTAT---11AY.470.000031
ORF1ab/nsp13541Y541NTatAat11AY.50.000021
ORF1ab/nsp13541Y541YtaTtaC11AY.50.000021
ORF1ab/nsp13541Y541YtaTtaC11AY.60.000041
ORF1ab/nsp13541Y541CtAttGt11AY.60.000041
ORF1ab/nsp13541Y541YtaTtaC11AY.710.000475
ORF1ab/nsp13541Y541CtAttGt11AY.720.001361
ORF1ab/nsp13541Y541HTatCat11AY.750.000056
ORF1ab/nsp13541Y541CtAttGt11AY.850.000427
ORF1ab/nsp13541Y541YtaTtaC11AY.90.000068
ORF1ab/nsp13541Y541CtAttGt11AY.90.000068
ORF1ab/nsp13541Y541delTAT---11AY.98.10.000048
ORF1ab/nsp13541Y541StAttCt11B.10.000009
ORF1ab/nsp13541Y541GTATGGA11B.10.000009
ORF1ab/nsp13541Y541HTatCat11B.10.000009
ORF1ab/nsp13541Y541XtaTtaG11B.10.000009
ORF1ab/nsp13541Y541delTAT---11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp13541Y541YtaTtaC11B.1.1.2220.000204
ORF1ab/nsp13541Y541CtAttGt11B.1.1.2510.007937
ORF1ab/nsp13541Y541YtaTtaC11B.1.1.2770.000759
ORF1ab/nsp13541Y541CtAttGt11B.1.1.280.000311
ORF1ab/nsp13541Y541CtAttGt11B.1.1.2910.000742
ORF1ab/nsp13541Y541delTAT---11B.1.1.3110.000358
ORF1ab/nsp13541Y541NTatAat11B.1.1.390.00051
ORF1ab/nsp13541Y541CtAttGt11B.1.1340.005464
ORF1ab/nsp13541Y541YtaTtaC11B.1.1600.000031
ORF1ab/nsp13541Y541delTAT---11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp13541Y541HTatCat11B.1.177.160.000664
ORF1ab/nsp13541Y541YtaTtaC11B.1.177.350.000691
ORF1ab/nsp13541Y541CtAttGt11B.1.177.40.000211
ORF1ab/nsp13541Y541NTatAat11B.1.177.570.000281
ORF1ab/nsp13541Y541YtaTtaC11B.1.177.730.000566
ORF1ab/nsp13541Y541CtAttGt11B.1.177.810.000189
ORF1ab/nsp13541Y541FtAttTt11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp13541Y541ITAtATt11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp13541Y541NTatAat11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp13541Y541CtAttGt11B.1.2220.001692
ORF1ab/nsp13541Y541CtAttGt11B.1.2430.00007
ORF1ab/nsp13541Y541YtaTtaC11B.1.3340.018182
ORF1ab/nsp13541Y541YtaTtaC11B.1.3510.00003
ORF1ab/nsp13541Y541CtAttGt11B.1.3510.00003
ORF1ab/nsp13541Y541XtaTtaA11B.1.3690.000285
ORF1ab/nsp13541Y541YtaTtaC11B.1.3810.007812
ORF1ab/nsp13541Y541YtaTtaC11B.1.4010.008197
ORF1ab/nsp13541Y541CtAttGt11B.1.4290.000024
ORF1ab/nsp13541Y541YtaTtaC11B.1.4970.000315
ORF1ab/nsp13541Y541NTatAat11B.1.5150.014493
ORF1ab/nsp13541Y541CtAttGt11B.1.5180.011765
ORF1ab/nsp13541Y541XtaTtaA11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp13541Y541HTatCat11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp13541Y541del1TaTCa-11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp13541Y541CtAttGt11B.1.6210.000089
ORF1ab/nsp13541Y541CtAttGt11B.1.6370.000073
ORF1ab/nsp13541Y541YtaTtaC11B.390.002331
ORF1ab/nsp13541Y541YtaTtaC11B.60.00091
ORF1ab/nsp13541Y541delTAT---11C.170.055556
ORF1ab/nsp13541Y541YtaTtaC11C.370.000116
ORF1ab/nsp13541Y541FtAttTt11D.20.000075
ORF1ab/nsp13541Y541YtaTtaC11N.50.001767
ORF1ab/nsp13541Y541YtaTtaC11N.60.007092
ORF1ab/nsp13541Y541YtaTtaC11P.1.10.000318
ORF1ab/nsp13541Y541XtaTtaG11P.1.120.000484
ORF1ab/nsp13541Y541YtaTtaC11Q.80.000165
ORF1ab/nsp13541Y541CtAttGt11R.10.00009