CoV-GLUEGenomeCountriesLineagesMutationsInsertionsDeletionsUpdated:

CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp13 : CodonNum = 277

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp13277Y277CY5601CnonsyntAttGt5675660.99823617065-17067
ORF1ab/nsp13277Y277CY5601CnonsyntATtGC56710.0017636717065-17067
ORF1ab/nsp13277Y277YY5601YsyntaTtaC432432117065-17067
ORF1ab/nsp13277Y277HY5601HnonsynTatCat2011950.97014917065-17067
ORF1ab/nsp13277Y277HY5601HnonsynTaTCaC20160.029850717065-17067
ORF1ab/nsp13277Y277FY5601FnonsyntAttTt80720.917065-17067
ORF1ab/nsp13277Y277FY5601FnonsyntATtTC8080.117065-17067
ORF1ab/nsp13277Y277NY5601NnonsynTatAat68630.92647117065-17067
ORF1ab/nsp13277Y277NY5601NnonsynTaTAaC6850.073529417065-17067
ORF1ab/nsp13277Y277delY5601deldelTAT---2020117065-17067
ORF1ab/nsp13277Y277IY5601InonsynTAtATt1160.54545517065-17067
ORF1ab/nsp13277Y277IY5601InonsynTATATC1150.45454517065-17067
ORF1ab/nsp13277Y277XY5601XnonsyntaTtaA530.617065-17067
ORF1ab/nsp13277Y277XY5601XnonsyntaTtaG520.417065-17067
ORF1ab/nsp13277Y277del1Y5601del1delTat-at420.517065-17067
ORF1ab/nsp13277Y277del1Y5601del1deltAtt-t420.517065-17067
ORF1ab/nsp13277Y277DY5601DnonsynTatGat33117065-17067
ORF1ab/nsp13277Y277RY5601RnonsynTATCGC310.33333317065-17067
ORF1ab/nsp13277Y277RY5601RnonsynTATCGG310.33333317065-17067
ORF1ab/nsp13277Y277RY5601RnonsynTAtCGt310.33333317065-17067
ORF1ab/nsp13277Y277QY5601QnonsynTaTCaG11117065-17067
ORF1ab/nsp13277Y277WY5601WnonsyntATtGG11117065-17067
ORF1ab/nsp13277Y277VY5601VnonsynTATGTG11117065-17067

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp13277Y277CtAttGt566567All0.000108
ORF1ab/nsp13277Y277CtATtGC1567All0
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC432432All0.000083
ORF1ab/nsp13277Y277CtAttGt215215B.1.6180.866935
ORF1ab/nsp13277Y277HTatCat195201All0.000037
ORF1ab/nsp13277Y277HTaTCaC6201All0.000001
ORF1ab/nsp13277Y277CtAttGt141141B.1.1.70.000126
ORF1ab/nsp13277Y277FtAttTt7280All0.000014
ORF1ab/nsp13277Y277FtATtTC880All0.000002
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC7171AY.40.000111
ORF1ab/nsp13277Y277NTatAat6368All0.000012
ORF1ab/nsp13277Y277NTaTAaC568All0.000001
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC5454B.1.1.70.000048
ORF1ab/nsp13277Y277HTatCat3838AY.40.000059
ORF1ab/nsp13277Y277CtAttGt3333AY.40.000051
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC3333B.1.1.500.022403
ORF1ab/nsp13277Y277CtAttGt3131B.1.4800.077114
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC3030B.1.1.5190.001191
ORF1ab/nsp13277Y277FtAttTt2626B.1.617.20.000098
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC2323B.1.2410.018669
ORF1ab/nsp13277Y277NTatAat2121B.1.10.000381
ORF1ab/nsp13277Y277delTAT---2020All0.000004
ORF1ab/nsp13277Y277HTatCat2020AZ.10.017346
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC2020B.1.617.20.000075
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC1717AY.250.000102
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC1717AY.460.001769
ORF1ab/nsp13277Y277CtAttGt1717B.1.617.20.000064
ORF1ab/nsp13277Y277FtAttTt816B.1.1.280.00249
ORF1ab/nsp13277Y277FtATtTC816B.1.1.280.00249
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC1616P.10.000252
ORF1ab/nsp13277Y277CtAttGt1515B.1.5820.00736
ORF1ab/nsp13277Y277HTatCat1414B.1.1.70.000013
ORF1ab/nsp13277Y277HTatCat1313B.1.20.000114
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC1313B.1.5250.001471
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC1212B.1.20.000106
ORF1ab/nsp13277Y277ITAtATt611All0.000001
ORF1ab/nsp13277Y277ITATATC511All0.000001
ORF1ab/nsp13277Y277FtAttTt1111AY.350.002564
ORF1ab/nsp13277Y277HTatCat1111B.1.1.2220.002244
ORF1ab/nsp13277Y277HTatCat1111B.1.1770.000145
ORF1ab/nsp13277Y277CtAttGt1111B.1.1770.000145
ORF1ab/nsp13277Y277CtAttGt1111B.1.20.000097
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC1010A.2.50.00499
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC1010AY.1000.00046
ORF1ab/nsp13277Y277HTatCat1010AY.1030.000062
ORF1ab/nsp13277Y277NTaTAaC510B.1.1.280.001556
ORF1ab/nsp13277Y277ITATATC510B.1.1.280.001556
ORF1ab/nsp13277Y277NTatAat510B.1.1.280.001556
ORF1ab/nsp13277Y277ITAtATt510B.1.1.280.001556
ORF1ab/nsp13277Y277CtAttGt1010B.1.2580.000665
ORF1ab/nsp13277Y277HTaTCaC510B.550.014749
ORF1ab/nsp13277Y277HTatCat510B.550.014749
ORF1ab/nsp13277Y277HTatCat99AY.440.000055
ORF1ab/nsp13277Y277CtAttGt99AY.610.000943
ORF1ab/nsp13277Y277HTatCat99B.10.000082
ORF1ab/nsp13277Y277FtAttTt99B.10.000082
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC99B.1.1.280.002801
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC99B.1.4530.029126
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC88AY.440.000049
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC77AY.1030.000043
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC77AY.140.000616
ORF1ab/nsp13277Y277CtAttGt66B.10.000055
ORF1ab/nsp13277Y277NTatAat66B.1.1.2940.007595
ORF1ab/nsp13277Y277CtAttGt66B.1.80.011834
ORF1ab/nsp13277Y277XtaTtaA35All0.000001
ORF1ab/nsp13277Y277XtaTtaG25All0
ORF1ab/nsp13277Y277CtAttGt55AY.260.000142
ORF1ab/nsp13277Y277HTatCat55AY.270.000324
ORF1ab/nsp13277Y277HTatCat55B.1.1.2140.000277
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC55B.1.2430.000348
ORF1ab/nsp13277Y277HTatCat55B.1.3110.001373
ORF1ab/nsp13277Y277HTatCat55B.1.617.20.000019
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC55B.550.014749
ORF1ab/nsp13277Y277del1Tat-at24All0
ORF1ab/nsp13277Y277del1tAtt-t24All0
ORF1ab/nsp13277Y277CtAttGt44AY.250.000024
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC44AY.430.000018
ORF1ab/nsp13277Y277RTAtCGt130.055556
ORF1ab/nsp13277Y277RTATCGG130.055556
ORF1ab/nsp13277Y277RTATCGC130.055556
ORF1ab/nsp13277Y277DTatGat33All0.000001
ORF1ab/nsp13277Y277RTAtCGt13All0
ORF1ab/nsp13277Y277RTATCGC13All0
ORF1ab/nsp13277Y277RTATCGG13All0
ORF1ab/nsp13277Y277HTatCat33AY.250.000018
ORF1ab/nsp13277Y277NTatAat33AY.430.000013
ORF1ab/nsp13277Y277HTatCat33AY.460.000312
ORF1ab/nsp13277Y277HTatCat33AY.530.000863
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC33B.10.000027
ORF1ab/nsp13277Y277CtAttGt33B.1.1.3170.001235
ORF1ab/nsp13277Y277NTatAat33B.1.1.70.000003
ORF1ab/nsp13277Y277delTAT---33B.1.1.70.000003
ORF1ab/nsp13277Y277NTatAat33B.1.1770.00004
ORF1ab/nsp13277Y277CtAttGt33B.1.3510.000089
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC33C.370.000348
ORF1ab/nsp13277Y277CtATtGC120.055556
ORF1ab/nsp13277Y277HTatCat120.055556
ORF1ab/nsp13277Y277CtAttGt120.055556
ORF1ab/nsp13277Y277HTaTCaC120.055556
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC22A.23.10.001408
ORF1ab/nsp13277Y277FtAttTt22AY.1030.000012
ORF1ab/nsp13277Y277CtAttGt22AY.1210.000271
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC22AY.290.000032
ORF1ab/nsp13277Y277delTAT---22AY.430.000009
ORF1ab/nsp13277Y277XtaTtaA22AY.430.000009
ORF1ab/nsp13277Y277FtAttTt22AY.480.00093
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC22AY.750.000112
ORF1ab/nsp13277Y277HTatCat22AY.90.000135
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC22AY.9.20.000073
ORF1ab/nsp13277Y277delTAT---22AY.990.002099
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC22AY.99.20.000184
ORF1ab/nsp13277Y277FtAttTt22B0.000256
ORF1ab/nsp13277Y277DTatGat22B.10.000018
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC22B.1.10.000036
ORF1ab/nsp13277Y277CtAttGt22B.1.1.280.000622
ORF1ab/nsp13277Y277CtAttGt22B.1.1.2840.000215
ORF1ab/nsp13277Y277NTatAat22B.1.1.3170.000823
ORF1ab/nsp13277Y277CtAttGt22B.1.177.80.001505
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC22B.1.2580.000133
ORF1ab/nsp13277Y277HTatCat22B.1.3200.002491
ORF1ab/nsp13277Y277HTatCat22B.1.3960.001411
ORF1ab/nsp13277Y277CtAttGt22B.1.4000.000858
ORF1ab/nsp13277Y277NTatAat22B.1.4290.000047
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC22B.1.4380.013072
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC22B.1.5170.000854
ORF1ab/nsp13277Y277HTatCat22B.1.5260.000047
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC22B.1.5640.000852
ORF1ab/nsp13277Y277CtAttGt22B.1.617.10.000258
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC22B.1.617.10.000258
ORF1ab/nsp13277Y277NTatAat22D.20.00015
ORF1ab/nsp13277Y277FtAttTt22P.10.000032
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC22P.1.170.000324
ORF1ab/nsp13277Y277HTatCat22P.1.70.000639
ORF1ab/nsp13277Y277QTaTCaG110.055556
ORF1ab/nsp13277Y277XtaTtaG110.055556
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC110.055556
ORF1ab/nsp13277Y277NTatAat110.055556
ORF1ab/nsp13277Y277WtATtGG110.055556
ORF1ab/nsp13277Y277CtAttGt11A0.000387
ORF1ab/nsp13277Y277WtATtGG11All0
ORF1ab/nsp13277Y277QTaTCaG11All0
ORF1ab/nsp13277Y277VTATGTG11All0
ORF1ab/nsp13277Y277CtAttGt11AY.100.00053
ORF1ab/nsp13277Y277FtAttTt11AY.1010.00049
ORF1ab/nsp13277Y277NTatAat11AY.1020.000027
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC11AY.1050.000643
ORF1ab/nsp13277Y277delTAT---11AY.1080.001103
ORF1ab/nsp13277Y277FtAttTt11AY.1080.001103
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC11AY.1110.000183
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC11AY.116.10.000311
ORF1ab/nsp13277Y277FtAttTt11AY.16.10.00047
ORF1ab/nsp13277Y277HTatCat11AY.200.000039
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC11AY.230.00007
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC11AY.260.000028
ORF1ab/nsp13277Y277FtAttTt11AY.260.000028
ORF1ab/nsp13277Y277CtAttGt11AY.290.000016
ORF1ab/nsp13277Y277delTAT---11AY.30.00001
ORF1ab/nsp13277Y277CtAttGt11AY.30.00001
ORF1ab/nsp13277Y277HTatCat11AY.3.10.000085
ORF1ab/nsp13277Y277CtAttGt11AY.300.000396
ORF1ab/nsp13277Y277HTatCat11AY.390.000025
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC11AY.4.2.10.000149
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC11AY.410.000294
ORF1ab/nsp13277Y277delTAT---11AY.440.000006
ORF1ab/nsp13277Y277CtAttGt11AY.440.000006
ORF1ab/nsp13277Y277CtAttGt11AY.450.000122
ORF1ab/nsp13277Y277NTatAat11AY.460.000104
ORF1ab/nsp13277Y277HTatCat11AY.46.20.000635
ORF1ab/nsp13277Y277NTatAat11AY.50.000021
ORF1ab/nsp13277Y277FtAttTt11AY.520.000814
ORF1ab/nsp13277Y277HTatCat11AY.60.000041
ORF1ab/nsp13277Y277delTAT---11AY.670.000464
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC11AY.670.000464
ORF1ab/nsp13277Y277CtAttGt11AY.710.000475
ORF1ab/nsp13277Y277delTAT---11AY.750.000056
ORF1ab/nsp13277Y277XtaTtaA11AY.840.000437
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC11AY.920.000287
ORF1ab/nsp13277Y277CtAttGt11AY.970.001701
ORF1ab/nsp13277Y277NTatAat11AY.980.000079
ORF1ab/nsp13277Y277CtAttGt11AZ.50.003509
ORF1ab/nsp13277Y277del1tAtt-t11B.10.000009
ORF1ab/nsp13277Y277delTAT---11B.10.000009
ORF1ab/nsp13277Y277FtAttTt11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp13277Y277VTATGTG11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp13277Y277del1Tat-at11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC11B.1.1.10.000327
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC11B.1.1.2140.000055
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC11B.1.1.2210.010101
ORF1ab/nsp13277Y277NTatAat11B.1.1.2410.00207
ORF1ab/nsp13277Y277CtAttGt11B.1.1.2540.011236
ORF1ab/nsp13277Y277CtAttGt11B.1.1.2940.001266
ORF1ab/nsp13277Y277CtAttGt11B.1.1.3260.001761
ORF1ab/nsp13277Y277FtAttTt11B.1.1.330.000421
ORF1ab/nsp13277Y277NTatAat11B.1.1.330.000421
ORF1ab/nsp13277Y277ITAtATt11B.1.1.330.000421
ORF1ab/nsp13277Y277NTatAat11B.1.1.3490.010309
ORF1ab/nsp13277Y277NTatAat11B.1.1.390.00051
ORF1ab/nsp13277Y277NTatAat11B.1.1.4240.045455
ORF1ab/nsp13277Y277NTatAat11B.1.1.5140.038462
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CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.