CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp13 : CodonNum = 277

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp13277Y277CY5601CnonsyntAttGt5675660.99823617065-17067
ORF1ab/nsp13277Y277CY5601CnonsyntATtGC56710.0017636717065-17067
ORF1ab/nsp13277Y277YY5601YsyntaTtaC432432117065-17067
ORF1ab/nsp13277Y277HY5601HnonsynTatCat2011950.97014917065-17067
ORF1ab/nsp13277Y277HY5601HnonsynTaTCaC20160.029850717065-17067
ORF1ab/nsp13277Y277FY5601FnonsyntAttTt80720.917065-17067
ORF1ab/nsp13277Y277FY5601FnonsyntATtTC8080.117065-17067
ORF1ab/nsp13277Y277NY5601NnonsynTatAat68630.92647117065-17067
ORF1ab/nsp13277Y277NY5601NnonsynTaTAaC6850.073529417065-17067
ORF1ab/nsp13277Y277delY5601deldelTAT---2020117065-17067
ORF1ab/nsp13277Y277IY5601InonsynTAtATt1160.54545517065-17067
ORF1ab/nsp13277Y277IY5601InonsynTATATC1150.45454517065-17067
ORF1ab/nsp13277Y277XY5601XnonsyntaTtaA530.617065-17067
ORF1ab/nsp13277Y277XY5601XnonsyntaTtaG520.417065-17067
ORF1ab/nsp13277Y277del1Y5601del1delTat-at420.517065-17067
ORF1ab/nsp13277Y277del1Y5601del1deltAtt-t420.517065-17067
ORF1ab/nsp13277Y277DY5601DnonsynTatGat33117065-17067
ORF1ab/nsp13277Y277RY5601RnonsynTATCGC310.33333317065-17067
ORF1ab/nsp13277Y277RY5601RnonsynTATCGG310.33333317065-17067
ORF1ab/nsp13277Y277RY5601RnonsynTAtCGt310.33333317065-17067
ORF1ab/nsp13277Y277QY5601QnonsynTaTCaG11117065-17067
ORF1ab/nsp13277Y277WY5601WnonsyntATtGG11117065-17067
ORF1ab/nsp13277Y277VY5601VnonsynTATGTG11117065-17067

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp13277Y277CtAttGt566567All0.000108
ORF1ab/nsp13277Y277CtATtGC1567All0
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC432432All0.000083
ORF1ab/nsp13277Y277CtAttGt215215B.1.6180.866935
ORF1ab/nsp13277Y277HTatCat195201All0.000037
ORF1ab/nsp13277Y277HTaTCaC6201All0.000001
ORF1ab/nsp13277Y277CtAttGt141141B.1.1.70.000126
ORF1ab/nsp13277Y277FtAttTt7280All0.000014
ORF1ab/nsp13277Y277FtATtTC880All0.000002
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC7171AY.40.000111
ORF1ab/nsp13277Y277NTatAat6368All0.000012
ORF1ab/nsp13277Y277NTaTAaC568All0.000001
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC5454B.1.1.70.000048
ORF1ab/nsp13277Y277HTatCat3838AY.40.000059
ORF1ab/nsp13277Y277CtAttGt3333AY.40.000051
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC3333B.1.1.500.022403
ORF1ab/nsp13277Y277CtAttGt3131B.1.4800.077114
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC3030B.1.1.5190.001191
ORF1ab/nsp13277Y277FtAttTt2626B.1.617.20.000098
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC2323B.1.2410.018669
ORF1ab/nsp13277Y277NTatAat2121B.1.10.000381
ORF1ab/nsp13277Y277delTAT---2020All0.000004
ORF1ab/nsp13277Y277HTatCat2020AZ.10.017346
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC2020B.1.617.20.000075
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC1717AY.250.000102
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC1717AY.460.001769
ORF1ab/nsp13277Y277CtAttGt1717B.1.617.20.000064
ORF1ab/nsp13277Y277FtAttTt816B.1.1.280.00249
ORF1ab/nsp13277Y277FtATtTC816B.1.1.280.00249
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC1616P.10.000252
ORF1ab/nsp13277Y277CtAttGt1515B.1.5820.00736
ORF1ab/nsp13277Y277HTatCat1414B.1.1.70.000013
ORF1ab/nsp13277Y277HTatCat1313B.1.20.000114
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC1313B.1.5250.001471
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC1212B.1.20.000106
ORF1ab/nsp13277Y277ITAtATt611All0.000001
ORF1ab/nsp13277Y277ITATATC511All0.000001
ORF1ab/nsp13277Y277FtAttTt1111AY.350.002564
ORF1ab/nsp13277Y277HTatCat1111B.1.1.2220.002244
ORF1ab/nsp13277Y277HTatCat1111B.1.1770.000145
ORF1ab/nsp13277Y277CtAttGt1111B.1.1770.000145
ORF1ab/nsp13277Y277CtAttGt1111B.1.20.000097
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC1010A.2.50.00499
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC1010AY.1000.00046
ORF1ab/nsp13277Y277HTatCat1010AY.1030.000062
ORF1ab/nsp13277Y277NTaTAaC510B.1.1.280.001556
ORF1ab/nsp13277Y277ITATATC510B.1.1.280.001556
ORF1ab/nsp13277Y277NTatAat510B.1.1.280.001556
ORF1ab/nsp13277Y277ITAtATt510B.1.1.280.001556
ORF1ab/nsp13277Y277CtAttGt1010B.1.2580.000665
ORF1ab/nsp13277Y277HTaTCaC510B.550.014749
ORF1ab/nsp13277Y277HTatCat510B.550.014749
ORF1ab/nsp13277Y277HTatCat99AY.440.000055
ORF1ab/nsp13277Y277CtAttGt99AY.610.000943
ORF1ab/nsp13277Y277HTatCat99B.10.000082
ORF1ab/nsp13277Y277FtAttTt99B.10.000082
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC99B.1.1.280.002801
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC99B.1.4530.029126
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC88AY.440.000049
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC77AY.1030.000043
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC77AY.140.000616
ORF1ab/nsp13277Y277CtAttGt66B.10.000055
ORF1ab/nsp13277Y277NTatAat66B.1.1.2940.007595
ORF1ab/nsp13277Y277CtAttGt66B.1.80.011834
ORF1ab/nsp13277Y277XtaTtaA35All0.000001
ORF1ab/nsp13277Y277XtaTtaG25All0
ORF1ab/nsp13277Y277CtAttGt55AY.260.000142
ORF1ab/nsp13277Y277HTatCat55AY.270.000324
ORF1ab/nsp13277Y277HTatCat55B.1.1.2140.000277
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC55B.1.2430.000348
ORF1ab/nsp13277Y277HTatCat55B.1.3110.001373
ORF1ab/nsp13277Y277HTatCat55B.1.617.20.000019
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC55B.550.014749
ORF1ab/nsp13277Y277del1Tat-at24All0
ORF1ab/nsp13277Y277del1tAtt-t24All0
ORF1ab/nsp13277Y277CtAttGt44AY.250.000024
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC44AY.430.000018
ORF1ab/nsp13277Y277RTAtCGt130.055556
ORF1ab/nsp13277Y277RTATCGG130.055556
ORF1ab/nsp13277Y277RTATCGC130.055556
ORF1ab/nsp13277Y277DTatGat33All0.000001
ORF1ab/nsp13277Y277RTAtCGt13All0
ORF1ab/nsp13277Y277RTATCGC13All0
ORF1ab/nsp13277Y277RTATCGG13All0
ORF1ab/nsp13277Y277HTatCat33AY.250.000018
ORF1ab/nsp13277Y277NTatAat33AY.430.000013
ORF1ab/nsp13277Y277HTatCat33AY.460.000312
ORF1ab/nsp13277Y277HTatCat33AY.530.000863
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC33B.10.000027
ORF1ab/nsp13277Y277CtAttGt33B.1.1.3170.001235
ORF1ab/nsp13277Y277NTatAat33B.1.1.70.000003
ORF1ab/nsp13277Y277delTAT---33B.1.1.70.000003
ORF1ab/nsp13277Y277NTatAat33B.1.1770.00004
ORF1ab/nsp13277Y277CtAttGt33B.1.3510.000089
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC33C.370.000348
ORF1ab/nsp13277Y277CtATtGC120.055556
ORF1ab/nsp13277Y277HTatCat120.055556
ORF1ab/nsp13277Y277CtAttGt120.055556
ORF1ab/nsp13277Y277HTaTCaC120.055556
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC22A.23.10.001408
ORF1ab/nsp13277Y277FtAttTt22AY.1030.000012
ORF1ab/nsp13277Y277CtAttGt22AY.1210.000271
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC22AY.290.000032
ORF1ab/nsp13277Y277delTAT---22AY.430.000009
ORF1ab/nsp13277Y277XtaTtaA22AY.430.000009
ORF1ab/nsp13277Y277FtAttTt22AY.480.00093
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC22AY.750.000112
ORF1ab/nsp13277Y277HTatCat22AY.90.000135
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC22AY.9.20.000073
ORF1ab/nsp13277Y277delTAT---22AY.990.002099
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC22AY.99.20.000184
ORF1ab/nsp13277Y277FtAttTt22B0.000256
ORF1ab/nsp13277Y277DTatGat22B.10.000018
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC22B.1.10.000036
ORF1ab/nsp13277Y277CtAttGt22B.1.1.280.000622
ORF1ab/nsp13277Y277CtAttGt22B.1.1.2840.000215
ORF1ab/nsp13277Y277NTatAat22B.1.1.3170.000823
ORF1ab/nsp13277Y277CtAttGt22B.1.177.80.001505
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC22B.1.2580.000133
ORF1ab/nsp13277Y277HTatCat22B.1.3200.002491
ORF1ab/nsp13277Y277HTatCat22B.1.3960.001411
ORF1ab/nsp13277Y277CtAttGt22B.1.4000.000858
ORF1ab/nsp13277Y277NTatAat22B.1.4290.000047
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC22B.1.4380.013072
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC22B.1.5170.000854
ORF1ab/nsp13277Y277HTatCat22B.1.5260.000047
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC22B.1.5640.000852
ORF1ab/nsp13277Y277CtAttGt22B.1.617.10.000258
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC22B.1.617.10.000258
ORF1ab/nsp13277Y277NTatAat22D.20.00015
ORF1ab/nsp13277Y277FtAttTt22P.10.000032
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC22P.1.170.000324
ORF1ab/nsp13277Y277HTatCat22P.1.70.000639
ORF1ab/nsp13277Y277QTaTCaG110.055556
ORF1ab/nsp13277Y277XtaTtaG110.055556
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC110.055556
ORF1ab/nsp13277Y277NTatAat110.055556
ORF1ab/nsp13277Y277WtATtGG110.055556
ORF1ab/nsp13277Y277CtAttGt11A0.000387
ORF1ab/nsp13277Y277WtATtGG11All0
ORF1ab/nsp13277Y277QTaTCaG11All0
ORF1ab/nsp13277Y277VTATGTG11All0
ORF1ab/nsp13277Y277CtAttGt11AY.100.00053
ORF1ab/nsp13277Y277FtAttTt11AY.1010.00049
ORF1ab/nsp13277Y277NTatAat11AY.1020.000027
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC11AY.1050.000643
ORF1ab/nsp13277Y277delTAT---11AY.1080.001103
ORF1ab/nsp13277Y277FtAttTt11AY.1080.001103
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC11AY.1110.000183
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC11AY.116.10.000311
ORF1ab/nsp13277Y277FtAttTt11AY.16.10.00047
ORF1ab/nsp13277Y277HTatCat11AY.200.000039
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC11AY.230.00007
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC11AY.260.000028
ORF1ab/nsp13277Y277FtAttTt11AY.260.000028
ORF1ab/nsp13277Y277CtAttGt11AY.290.000016
ORF1ab/nsp13277Y277delTAT---11AY.30.00001
ORF1ab/nsp13277Y277CtAttGt11AY.30.00001
ORF1ab/nsp13277Y277HTatCat11AY.3.10.000085
ORF1ab/nsp13277Y277CtAttGt11AY.300.000396
ORF1ab/nsp13277Y277HTatCat11AY.390.000025
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC11AY.4.2.10.000149
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC11AY.410.000294
ORF1ab/nsp13277Y277delTAT---11AY.440.000006
ORF1ab/nsp13277Y277CtAttGt11AY.440.000006
ORF1ab/nsp13277Y277CtAttGt11AY.450.000122
ORF1ab/nsp13277Y277NTatAat11AY.460.000104
ORF1ab/nsp13277Y277HTatCat11AY.46.20.000635
ORF1ab/nsp13277Y277NTatAat11AY.50.000021
ORF1ab/nsp13277Y277FtAttTt11AY.520.000814
ORF1ab/nsp13277Y277HTatCat11AY.60.000041
ORF1ab/nsp13277Y277delTAT---11AY.670.000464
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC11AY.670.000464
ORF1ab/nsp13277Y277CtAttGt11AY.710.000475
ORF1ab/nsp13277Y277delTAT---11AY.750.000056
ORF1ab/nsp13277Y277XtaTtaA11AY.840.000437
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC11AY.920.000287
ORF1ab/nsp13277Y277CtAttGt11AY.970.001701
ORF1ab/nsp13277Y277NTatAat11AY.980.000079
ORF1ab/nsp13277Y277CtAttGt11AZ.50.003509
ORF1ab/nsp13277Y277del1tAtt-t11B.10.000009
ORF1ab/nsp13277Y277delTAT---11B.10.000009
ORF1ab/nsp13277Y277FtAttTt11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp13277Y277VTATGTG11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp13277Y277del1Tat-at11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC11B.1.1.10.000327
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC11B.1.1.2140.000055
ORF1ab/nsp13277Y277YtaTtaC11B.1.1.2210.010101
ORF1ab/nsp13277Y277NTatAat11B.1.1.2410.00207
ORF1ab/nsp13277Y277CtAttGt11B.1.1.2540.011236
ORF1ab/nsp13277Y277CtAttGt11B.1.1.2940.001266
ORF1ab/nsp13277Y277CtAttGt11B.1.1.3260.001761
ORF1ab/nsp13277Y277FtAttTt11B.1.1.330.000421
ORF1ab/nsp13277Y277NTatAat11B.1.1.330.000421
ORF1ab/nsp13277Y277ITAtATt11B.1.1.330.000421
ORF1ab/nsp13277Y277NTatAat11B.1.1.3490.010309
ORF1ab/nsp13277Y277NTatAat11B.1.1.390.00051
ORF1ab/nsp13277Y277NTatAat11B.1.1.4240.045455
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