CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp13 : CodonNum = 260

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	D5584Y	nonsyn	Gat	Tat	66390	66389	0.999985	17014-17016
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	D5584Y	nonsyn	GaT	TaC	66390	1	0.0000150625	17014-17016
ORF1ab/nsp13	260	D260D	D5584D	syn	gaT	gaC	404	404	1	17014-17016
ORF1ab/nsp13	260	D260N	D5584N	nonsyn	Gat	Aat	332	332	1	17014-17016
ORF1ab/nsp13	260	D260G	D5584G	nonsyn	gAt	gGt	106	106	1	17014-17016
ORF1ab/nsp13	260	D260H	D5584H	nonsyn	Gat	Cat	90	90	1	17014-17016
ORF1ab/nsp13	260	D260E	D5584E	nonsyn	gaT	gaG	33	20	0.606061	17014-17016
ORF1ab/nsp13	260	D260E	D5584E	nonsyn	gaT	gaA	33	13	0.393939	17014-17016
ORF1ab/nsp13	260	D260del	D5584del	del	GAT	---	32	32	1	17014-17016
ORF1ab/nsp13	260	D260A	D5584A	nonsyn	gAt	gCt	28	28	1	17014-17016
ORF1ab/nsp13	260	D260V	D5584V	nonsyn	gAt	gTt	12	12	1	17014-17016
ORF1ab/nsp13	260	D260del1	D5584del1	del	Gat	-at	5	4	0.8	17014-17016
ORF1ab/nsp13	260	D260del1	D5584del1	del	gaT	ga-	5	1	0.2	17014-17016
ORF1ab/nsp13	260	D260I	D5584I	nonsyn	GAT	ATC	2	2	1	17014-17016
ORF1ab/nsp13	260	D260R	D5584R	nonsyn	GAt	CGt	1	1	1	17014-17016
ORF1ab/nsp13	260	D260S	D5584S	nonsyn	GAt	AGt	1	1	1	17014-17016

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	66389	66390	All	0.012698
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	GaT	TaC	1	66390	All	0
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	41934	41934	B.1.429	0.986659
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	19604	19604	B.1.427	0.989951
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1364	1365	B.1	0.012494
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	GaT	TaC	1	1365	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	501	501	B.1.1.70	0.170873
ORF1ab/nsp13	260	D260D	gaT	gaC	404	404	All	0.000077
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	403	403	AY.37	0.12737
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	393	393	AY.4	0.000612
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	377	377	A.28	0.997354
ORF1ab/nsp13	260	D260N	Gat	Aat	332	332	All	0.000063
ORF1ab/nsp13	260	D260N	Gat	Aat	257	257	B.1.351.2	0.077761
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	187	187	B.1.1	0.003392
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	123	123	B.1.1.7	0.00011
ORF1ab/nsp13	260	D260G	gAt	gGt	106	106	All	0.00002
ORF1ab/nsp13	260	D260D	gaT	gaC	91	91	B.1.1.7	0.000081
ORF1ab/nsp13	260	D260H	Gat	Cat	90	90	All	0.000017
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	83	83	B.1.429.1	1
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	81	81	AY.44	0.000493
ORF1ab/nsp13	260	D260D	gaT	gaC	75	75	AY.107	0.034949
ORF1ab/nsp13	260	D260H	Gat	Cat	69	69	AY.4	0.000107
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	62	62	B.1.595	0.01618
ORF1ab/nsp13	260	D260D	gaT	gaC	57	57	B.1.2	0.000502
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	56	56	B.1.617.2	0.000211
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	49	49	B.1.1.432	0.062025
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	49	49	B.1.2	0.000431
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	47	47	AY.43	0.000208
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	42	42	B.1.1.220	0.078067
ORF1ab/nsp13	260	D260N	Gat	Aat	41	41	AY.26	0.001161
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	36	36	B.1.311	0.009885
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	36	36	B.1.94	0.972973
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	35	35	AY.25	0.000211
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	34	34	B.1.1.416	0.030769
ORF1ab/nsp13	260	D260E	gaT	gaG	20	33	All	0.000004
ORF1ab/nsp13	260	D260E	gaT	gaA	13	33	All	0.000002
ORF1ab/nsp13	260	D260del	GAT	---	32	32	All	0.000006
ORF1ab/nsp13	260	D260A	gAt	gCt	28	28	All	0.000005
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	28	28	AY.9.1	0.002344
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	27	27	AY.57	0.017717
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	26	26	AY.20	0.00101
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	26	26	B.1.1.214	0.001442
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	26	26	B.1.596	0.002266
ORF1ab/nsp13	260	D260G	gAt	gGt	24	24	AY.5	0.000496
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	21	21	AY.75.1	0.003787
ORF1ab/nsp13	260	D260G	gAt	gGt	21	21	B.1.2	0.000185
ORF1ab/nsp13	260	D260D	gaT	gaC	20	20	B.1.617.2	0.000075
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	19	19	AY.39	0.00047
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	19	19	AY.85	0.008116
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	19	19	B.1.239	0.023199
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	19	19	B.1.367	0.015055
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	18	18	AY.102	0.000477
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	18	18	B.1.177	0.000237
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	17	17	B.1.160	0.00053
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	17	17	P.1	0.000268
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	16	16	AY.120	0.000595
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	16	16	B.1.1.519	0.000635
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	16	16	B.1.243	0.001113
ORF1ab/nsp13	260	D260D	gaT	gaC	15	15	AY.4	0.000023
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	15	15	B	0.001917
ORF1ab/nsp13	260	D260D	gaT	gaC	15	15	B.1.591	0.159574
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	14	14	B.1.336	0.034146
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	13	13	A	0.005031
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	13	13	B.1.575.1	0.031707
ORF1ab/nsp13	260	D260V	gAt	gTt	12	12	All	0.000002
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	12	12	AY.103	0.000075
ORF1ab/nsp13	260	D260G	gAt	gGt	11	11	AY.103	0.000068
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	11	11	AY.3	0.000109
ORF1ab/nsp13	260	D260A	gAt	gCt	11	11	AY.69	0.002053
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	11	11	B.1.618	0.044355
ORF1ab/nsp13	260	D260D	gaT	gaC	10	10	AY.5	0.000206
ORF1ab/nsp13	260	D260D	gaT	gaC	10	10	AY.7.1	0.001127
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	10	10	B.1.234	0.001319
ORF1ab/nsp13	260	D260E	gaT	gaA	9	9	AY.39	0.000222
ORF1ab/nsp13	260	D260D	gaT	gaC	9	9	AY.43	0.00004
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	9	9	AY.47	0.00028
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	9	9	AY.98.1	0.000436
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	9	9	B.1.258	0.000599
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	8	8	A.2.5	0.003992
ORF1ab/nsp13	260	D260G	gAt	gGt	8	8	AY.43	0.000035
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	8	8	AY.46	0.000833
ORF1ab/nsp13	260	D260H	Gat	Cat	8	8	B.1.1.7	0.000007
ORF1ab/nsp13	260	D260del	GAT	---	8	8	B.1.1.7	0.000007
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	8	8	B.1.157	0.023881
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	8	8	B.1.561	0.003176
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	8	8	B.1.609	0.003835
ORF1ab/nsp13	260	D260E	gaT	gaG	8	8	N.5	0.014134
ORF1ab/nsp13	260	D260D	gaT	gaC	7	7	AY.3	0.00007
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	7	7	AY.4.2	0.000152
ORF1ab/nsp13	260	D260D	gaT	gaC	7	7	AY.44	0.000043
ORF1ab/nsp13	260	D260N	Gat	Aat	7	7	AY.54	0.000667
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	7	7	B.1.1.192	0.016166
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	7	7	B.1.1.316	0.006475
ORF1ab/nsp13	260	D260G	gAt	gGt	7	7	B.1.1.7	0.000006
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	7	7	B.1.36	0.001021
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	7	7	B.1.621.1	0.003541
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	7	7	B.11	0.035897
ORF1ab/nsp13	260	D260D	gaT	gaC	6	6	AY.102	0.000159
ORF1ab/nsp13	260	D260A	gAt	gCt	6	6	AY.25	0.000036
ORF1ab/nsp13	260	D260D	gaT	gaC	6	6	AY.26	0.00017
ORF1ab/nsp13	260	D260D	gaT	gaC	6	6	AY.29	0.000095
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	6	6	AY.39.1	0.000238
ORF1ab/nsp13	260	D260N	Gat	Aat	6	6	AY.4	0.000009
ORF1ab/nsp13	260	D260D	gaT	gaC	6	6	B.1.177	0.000079
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	6	6	B.1.177.73	0.003398
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	6	6	B.1.221	0.000426
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	6	6	B.1.526	0.000141
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	6	6	B.1.617.1	0.000774
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	6	6	B.1.623	0.003219
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	6	6	R.1	0.00054
ORF1ab/nsp13	260	D260del1	Gat	-at	4	5	All	0.000001
ORF1ab/nsp13	260	D260del1	gaT	ga-	1	5	All	0
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	5	5	AY.119	0.000177
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	5	5	AY.23	0.000349
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	5	5	AY.26	0.000142
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	5	5	AY.5	0.000103
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	5	5	AY.75	0.00028
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	5	5	B.1.1.335	0.064935
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	5	5	B.1.1.507	0.043478
ORF1ab/nsp13	260	D260V	gAt	gTt	5	5	B.1.1.7	0.000004
ORF1ab/nsp13	260	D260D	gaT	gaC	5	5	B.1.258	0.000333
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	5	5	B.1.375	0.004098
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	5	5	B.1.441	0.048077
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	4	4	A.2.5.2	0.006289
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	4	4	AY.107	0.001864
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	4	4	AY.117	0.000338
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	4	4	AY.33	0.000267
ORF1ab/nsp13	260	D260G	gAt	gGt	4	4	AY.4	0.000006
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	4	4	AY.59	0.002119
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	4	4	AY.6	0.000165
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	4	4	B.1.1.302	0.008299
ORF1ab/nsp13	260	D260D	gaT	gaC	4	4	B.1.1.347	0.072727
ORF1ab/nsp13	260	D260G	gAt	gGt	4	4	B.1.1.519	0.000159
ORF1ab/nsp13	260	D260N	Gat	Aat	4	4	B.1.1.7	0.000004
ORF1ab/nsp13	260	D260G	gAt	gGt	4	4	B.1.234	0.000528
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	4	4	B.1.324	0.006421
ORF1ab/nsp13	260	D260N	Gat	Aat	4	4	B.1.351	0.000119
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	4	4	B.1.411	0.014815
ORF1ab/nsp13	260	D260A	gAt	gCt	4	4	B.1.617.2	0.000015
ORF1ab/nsp13	260	D260E	gaT	gaG	4	4	B.1.617.2	0.000015
ORF1ab/nsp13	260	D260del	GAT	---	4	4	B.1.617.2	0.000015
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	3	3	AY.100	0.000138
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	3	3	AY.12	0.000948
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	3	3	AY.34	0.000291
ORF1ab/nsp13	260	D260D	gaT	gaC	3	3	AY.47	0.000093
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	3	3	AY.61	0.000314
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	3	3	AY.98	0.000237
ORF1ab/nsp13	260	D260D	gaT	gaC	3	3	AY.98.1	0.000145
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	3	3	AZ.2	0.002463
ORF1ab/nsp13	260	D260D	gaT	gaC	3	3	B.1	0.000027
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	3	3	B.1.1.222	0.000612
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	3	3	B.1.1.269	0.00406
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	3	3	B.1.1.306	0.001315
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	3	3	B.1.1.318	0.000905
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	3	3	B.1.1.33	0.001263
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	3	3	B.1.1.517	0.020408
ORF1ab/nsp13	260	D260N	Gat	Aat	3	3	B.1.160	0.000094
ORF1ab/nsp13	260	D260G	gAt	gGt	3	3	B.1.177.81	0.000568
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	3	3	B.1.351	0.000089
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	3	3	B.1.36.1	0.003421
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	3	3	B.1.369	0.000856
ORF1ab/nsp13	260	D260D	gaT	gaC	3	3	B.1.526	0.000071
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	3	3	B.1.551	0.003871
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	3	3	P.2	0.00056
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	3	3	Q.8	0.000495
ORF1ab/nsp13	260	D260I	GAT	ATC	2	2		0.111111
ORF1ab/nsp13	260	D260del1	Gat	-at	2	2		0.111111
ORF1ab/nsp13	260	D260del	GAT	---	2	2		0.111111
ORF1ab/nsp13	260	D260V	gAt	gTt	2	2		0.111111
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	2	2	A.1	0.000564
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	2	2	A.2	0.001324
ORF1ab/nsp13	260	D260D	gaT	gaC	2	2	A.23.1	0.001408
ORF1ab/nsp13	260	D260I	GAT	ATC	2	2	All	0
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	2	2	AP.1	0.003003
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	2	2	AY.105	0.001286
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	2	2	AY.13	0.000322
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	2	2	AY.16	0.000759
ORF1ab/nsp13	260	D260G	gAt	gGt	2	2	AY.20	0.000078
ORF1ab/nsp13	260	D260D	gaT	gaC	2	2	AY.23	0.000139
ORF1ab/nsp13	260	D260D	gaT	gaC	2	2	AY.25	0.000012
ORF1ab/nsp13	260	D260N	Gat	Aat	2	2	AY.25	0.000012
ORF1ab/nsp13	260	D260G	gAt	gGt	2	2	AY.25	0.000012
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	2	2	AY.36	0.000296
ORF1ab/nsp13	260	D260D	gaT	gaC	2	2	AY.39	0.000049
ORF1ab/nsp13	260	D260E	gaT	gaA	1	2	AY.4	0.000002
ORF1ab/nsp13	260	D260E	gaT	gaG	1	2	AY.4	0.000002
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	2	2	AY.4.5	0.000215
ORF1ab/nsp13	260	D260del	GAT	---	2	2	AY.43	0.000009
ORF1ab/nsp13	260	D260A	gAt	gCt	2	2	AY.44	0.000012
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	2	2	AY.45	0.000243
ORF1ab/nsp13	260	D260H	Gat	Cat	2	2	AY.5	0.000041
ORF1ab/nsp13	260	D260del	GAT	---	2	2	AY.67	0.000929
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	2	2	AY.7.2	0.001119
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	2	2	AY.77	0.002255
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	2	2	AY.90	0.001369
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	2	2	AY.99.2	0.000184
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	2	2	AZ.3	0.00304
ORF1ab/nsp13	260	D260G	gAt	gGt	2	2	B.1	0.000018
ORF1ab/nsp13	260	D260H	Gat	Cat	2	2	B.1	0.000018
ORF1ab/nsp13	260	D260D	gaT	gaC	2	2	B.1.1	0.000036
ORF1ab/nsp13	260	D260G	gAt	gGt	2	2	B.1.1	0.000036
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	2	2	B.1.1.170	0.002494
ORF1ab/nsp13	260	D260G	gAt	gGt	2	2	B.1.1.222	0.000408
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	2	2	B.1.1.229	0.011494
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	2	2	B.1.1.301	0.002358
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	2	2	B.1.1.348	0.001592
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	2	2	B.1.1.37	0.000386
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	2	2	B.1.126	0.002551
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	2	2	B.1.177.65	0.001331
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	2	2	B.1.177.7	0.00033
ORF1ab/nsp13	260	D260del1	Gat	-at	1	2	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp13	260	D260del1	gaT	ga-	1	2	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp13	260	D260A	gAt	gCt	2	2	B.1.243	0.000139
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	2	2	B.1.281	0.043478
ORF1ab/nsp13	260	D260D	gaT	gaC	2	2	B.1.36	0.000292
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	2	2	B.1.36.29	0.001035
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	2	2	B.1.400	0.000858
ORF1ab/nsp13	260	D260del	GAT	---	2	2	B.1.429	0.000047
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	2	2	B.1.438.1	0.000215
ORF1ab/nsp13	260	D260D	gaT	gaC	2	2	B.1.443	0.009346
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	2	2	B.1.466.2	0.000782
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	2	2	B.1.564	0.000852
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	2	2	B.1.580	0.00813
ORF1ab/nsp13	260	D260G	gAt	gGt	2	2	B.1.596	0.000174
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	2	2	B.1.637	0.000146
ORF1ab/nsp13	260	D260D	gaT	gaC	2	2	B.6.6	0.001778
ORF1ab/nsp13	260	D260E	gaT	gaG	2	2	C.16	0.002121
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	2	2	C.37	0.000232
ORF1ab/nsp13	260	D260D	gaT	gaC	2	2	C.37	0.000232
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	2	2	D.2	0.00015
ORF1ab/nsp13	260	D260G	gAt	gGt	2	2	P.1	0.000032
ORF1ab/nsp13	260	D260H	Gat	Cat	2	2	P.1	0.000032
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	2	2	P.1.15	0.000465
ORF1ab/nsp13	260	D260D	gaT	gaC	1	1	A	0.000387
ORF1ab/nsp13	260	D260E	gaT	gaG	1	1	A.2	0.000662
ORF1ab/nsp13	260	D260H	Gat	Cat	1	1	A.2.3	0.004739
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	A.23.1	0.000704
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	AD.2	0.000219
ORF1ab/nsp13	260	D260S	GAt	AGt	1	1	All	0
ORF1ab/nsp13	260	D260R	GAt	CGt	1	1	All	0
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	AY.10	0.00053
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	AY.101	0.00049
ORF1ab/nsp13	260	D260E	gaT	gaG	1	1	AY.102	0.000027
ORF1ab/nsp13	260	D260N	Gat	Aat	1	1	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp13	260	D260D	gaT	gaC	1	1	AY.105	0.000643
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	AY.106	0.000335
ORF1ab/nsp13	260	D260del	GAT	---	1	1	AY.108	0.001103
ORF1ab/nsp13	260	D260D	gaT	gaC	1	1	AY.109	0.00074
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	AY.109	0.00074
ORF1ab/nsp13	260	D260D	gaT	gaC	1	1	AY.110	0.000113
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	AY.111	0.000183
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	AY.114	0.000231
ORF1ab/nsp13	260	D260D	gaT	gaC	1	1	AY.117	0.000085
ORF1ab/nsp13	260	D260del	GAT	---	1	1	AY.118	0.000063
ORF1ab/nsp13	260	D260D	gaT	gaC	1	1	AY.118	0.000063
ORF1ab/nsp13	260	D260D	gaT	gaC	1	1	AY.119	0.000035
ORF1ab/nsp13	260	D260A	gAt	gCt	1	1	AY.120	0.000037
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	AY.14	0.000088
ORF1ab/nsp13	260	D260D	gaT	gaC	1	1	AY.20	0.000039
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	AY.24	0.000431
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	AY.27	0.000065
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	AY.28	0.00189
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	AY.29	0.000016
ORF1ab/nsp13	260	D260del	GAT	---	1	1	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	AY.34.1	0.00051
ORF1ab/nsp13	260	D260D	gaT	gaC	1	1	AY.35	0.000233
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	AY.35	0.000233
ORF1ab/nsp13	260	D260H	Gat	Cat	1	1	AY.39	0.000025
ORF1ab/nsp13	260	D260D	gaT	gaC	1	1	AY.4.5	0.000107
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	AY.42	0.00004
ORF1ab/nsp13	260	D260D	gaT	gaC	1	1	AY.42	0.00004
ORF1ab/nsp13	260	D260E	gaT	gaG	1	1	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp13	260	D260S	GAt	AGt	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp13	260	D260del	GAT	---	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp13	260	D260E	gaT	gaG	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp13	260	D260E	gaT	gaG	1	1	AY.46.2	0.000635
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	AY.46.6	0.000072
ORF1ab/nsp13	260	D260G	gAt	gGt	1	1	AY.46.6	0.000072
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	AY.60	0.000938
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	AY.65	0.000533
ORF1ab/nsp13	260	D260H	Gat	Cat	1	1	AY.7.1	0.000113
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	AY.71	0.000475
ORF1ab/nsp13	260	D260E	gaT	gaA	1	1	AY.73	0.000665
ORF1ab/nsp13	260	D260del	GAT	---	1	1	AY.75	0.000056
ORF1ab/nsp13	260	D260G	gAt	gGt	1	1	AY.75	0.000056
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	AY.84	0.000437
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	AY.9.2	0.000037
ORF1ab/nsp13	260	D260E	gaT	gaA	1	1	AY.9.2	0.000037
ORF1ab/nsp13	260	D260H	Gat	Cat	1	1	AY.9.2	0.000037
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	AY.95	0.000761
ORF1ab/nsp13	260	D260D	gaT	gaC	1	1	AY.98	0.000079
ORF1ab/nsp13	260	D260N	Gat	Aat	1	1	AY.98.1	0.000048
ORF1ab/nsp13	260	D260A	gAt	gCt	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp13	260	D260del1	Gat	-at	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp13	260	D260V	gAt	gTt	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp13	260	D260N	Gat	Aat	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	B.1.1.1	0.000327
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	B.1.1.189	0.001513
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	B.1.1.196	0.005714
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	B.1.1.207	0.001182
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	B.1.1.216	0.00089
ORF1ab/nsp13	260	D260D	gaT	gaC	1	1	B.1.1.220	0.001859
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	B.1.1.225	0.007194
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	B.1.1.27	0.00565
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	B.1.1.277	0.000759
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	B.1.1.28	0.000311
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	B.1.1.317	0.000412
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	B.1.1.375	0.011905
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	B.1.1.409	0.002833
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	B.1.1.464	0.001473
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	B.1.1.514	0.038462
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	B.1.1.89	0.006061
ORF1ab/nsp13	260	D260D	gaT	gaC	1	1	B.1.108	0.005814
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	B.1.119	0.010526
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	B.1.13	0.002375
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	B.1.147	0.000756
ORF1ab/nsp13	260	D260D	gaT	gaC	1	1	B.1.160	0.000031
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	B.1.160.10	0.008065
ORF1ab/nsp13	260	D260G	gAt	gGt	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp13	260	D260del	GAT	---	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	B.1.177.12	0.000152
ORF1ab/nsp13	260	D260del	GAT	---	1	1	B.1.177.15	0.000631
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	B.1.177.21	0.000076
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	B.1.177.35	0.000691
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	B.1.177.53	0.002392
ORF1ab/nsp13	260	D260D	gaT	gaC	1	1	B.1.177.60	0.000218
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	B.1.177.60	0.000218
ORF1ab/nsp13	260	D260D	gaT	gaC	1	1	B.1.177.65	0.000665
ORF1ab/nsp13	260	D260V	gAt	gTt	1	1	B.1.177.7	0.000165
ORF1ab/nsp13	260	D260del	GAT	---	1	1	B.1.177.7	0.000165
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	B.1.177.75	0.001041
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	B.1.179	0.003759
ORF1ab/nsp13	260	D260A	gAt	gCt	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp13	260	D260D	gaT	gaC	1	1	B.1.206	0.000816
ORF1ab/nsp13	260	D260V	gAt	gTt	1	1	B.1.223	0.002778
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	B.1.237	0.004975
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	B.1.240	0.000216
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	B.1.242	0.018868
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	B.1.252	0.006623
ORF1ab/nsp13	260	D260N	Gat	Aat	1	1	B.1.258	0.000067
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	B.1.258.17	0.000104
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	B.1.258.3	0.001675
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	B.1.280	0.007143
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	B.1.289	0.00266
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	B.1.320	0.001245
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	B.1.350	0.002933
ORF1ab/nsp13	260	D260D	gaT	gaC	1	1	B.1.351	0.00003
ORF1ab/nsp13	260	D260D	gaT	gaC	1	1	B.1.351.2	0.000303
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	B.1.354	0.043478
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	B.1.356	0.001727
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	B.1.36.24	0.006173
ORF1ab/nsp13	260	D260R	GAt	CGt	1	1	B.1.36.29	0.000517
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	B.1.380	0.006623
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	B.1.381	0.007812
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	B.1.396	0.000706
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	B.1.416	0.001269
ORF1ab/nsp13	260	D260del	GAT	---	1	1	B.1.427	0.00005
ORF1ab/nsp13	260	D260N	Gat	Aat	1	1	B.1.429	0.000024
ORF1ab/nsp13	260	D260H	Gat	Cat	1	1	B.1.429	0.000024
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	B.1.437	0.020833
ORF1ab/nsp13	260	D260D	gaT	gaC	1	1	B.1.438.1	0.000107
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	B.1.451	0.008197
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	B.1.471	0.002732
ORF1ab/nsp13	260	D260del	GAT	---	1	1	B.1.473	0.019231
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	B.1.497	0.000315
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	B.1.503	0.002488
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	B.1.509	0.000866
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	B.1.517	0.000427
ORF1ab/nsp13	260	D260V	gAt	gTt	1	1	B.1.520	0.021739
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	B.1.550	0.013699
ORF1ab/nsp13	260	D260N	Gat	Aat	1	1	B.1.560	0.00463
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	B.1.577	0.000687
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	B.1.590	0.004545
ORF1ab/nsp13	260	D260V	gAt	gTt	1	1	B.1.595	0.000261
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	B.1.6	0.017241
ORF1ab/nsp13	260	D260N	Gat	Aat	1	1	B.1.609	0.000479
ORF1ab/nsp13	260	D260G	gAt	gGt	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp13	260	D260N	Gat	Aat	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	B.1.621	0.000089
ORF1ab/nsp13	260	D260D	gaT	gaC	1	1	B.1.621	0.000089
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	B.1.627	0.00202
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	B.1.633	0.041667
ORF1ab/nsp13	260	D260D	gaT	gaC	1	1	B.1.637	0.000073
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	B.1.639	0.021739
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	B.1.78	0.008547
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	B.1.9	0.006173
ORF1ab/nsp13	260	D260H	Gat	Cat	1	1	B.1.9.4	0.006135
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	B.1.9.4	0.006135
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	B.3	0.000831
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	B.35	0.007812
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	B.4.1	0.018868
ORF1ab/nsp13	260	D260del	GAT	---	1	1	C.17	0.055556
ORF1ab/nsp13	260	D260D	gaT	gaC	1	1	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp13	260	D260G	gAt	gGt	1	1	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	K.1	0.02381
ORF1ab/nsp13	260	D260G	gAt	gGt	1	1	N.4	0.004255
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	N.5	0.001767
ORF1ab/nsp13	260	D260E	gaT	gaA	1	1	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	P.1.1	0.000318
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	P.1.17	0.000162
ORF1ab/nsp13	260	D260H	Gat	Cat	1	1	P.1.17	0.000162
ORF1ab/nsp13	260	D260D	gaT	gaC	1	1	P.2	0.000187
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	P.4	0.003802
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	Q.1	0.000126
ORF1ab/nsp13	260	D260Y	Gat	Tat	1	1	Q.3	0.000145
ORF1ab/nsp13	260	D260del	GAT	---	1	1	Q.8	0.000165

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.