CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp13 : CodonNum = 252

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp13252L252LL5576LsynttAttG7976080.76286116990-16992
ORF1ab/nsp13252L252LL5576LsynTtaCta7971880.23588516990-16992
ORF1ab/nsp13252L252LL5576LsynTtACtG79710.0012547116990-16992
ORF1ab/nsp13252L252VL5576VnonsynTtaGta2929116990-16992
ORF1ab/nsp13252L252delL5576deldelTTA---2020116990-16992
ORF1ab/nsp13252L252IL5576InonsynTtaAta15140.93333316990-16992
ORF1ab/nsp13252L252IL5576InonsynTtAAtT1510.066666716990-16992
ORF1ab/nsp13252L252SL5576SnonsyntTatCa970.77777816990-16992
ORF1ab/nsp13252L252SL5576SnonsyntTAtCT910.11111116990-16992
ORF1ab/nsp13252L252SL5576SnonsyntTAtCG910.11111116990-16992
ORF1ab/nsp13252L252FL5576FnonsynttAttT420.516990-16992
ORF1ab/nsp13252L252XL5576XnonsyntTatGa420.516990-16992
ORF1ab/nsp13252L252FL5576FnonsynttAttC420.516990-16992
ORF1ab/nsp13252L252XL5576XnonsyntTatAa420.516990-16992
ORF1ab/nsp13252L252TL5576TnonsynTTaACa320.66666716990-16992
ORF1ab/nsp13252L252TL5576TnonsynTTAACG310.33333316990-16992
ORF1ab/nsp13252L252PL5576PnonsynTTaCCa22116990-16992
ORF1ab/nsp13252L252QL5576QnonsynTTACAG22116990-16992
ORF1ab/nsp13252L252RL5576RnonsynTTaAGa210.516990-16992
ORF1ab/nsp13252L252RL5576RnonsynTTAAGG210.516990-16992
ORF1ab/nsp13252L252ML5576MnonsynTtAAtG11116990-16992
ORF1ab/nsp13252L252WL5576WnonsyntTAtGG11116990-16992

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp13252L252LttAttG608797All0.000116
ORF1ab/nsp13252L252LTtaCta188797All0.000036
ORF1ab/nsp13252L252LTtACtG1797All0
ORF1ab/nsp13252L252LttAttG139139AY.260.003935
ORF1ab/nsp13252L252LttAttG8586B.1.2580.005656
ORF1ab/nsp13252L252LTtaCta186B.1.2580.000067
ORF1ab/nsp13252L252LttAttG4073B.1.1.70.000036
ORF1ab/nsp13252L252LTtaCta3373B.1.1.70.00003
ORF1ab/nsp13252L252LttAttG7171B.1.3630.922078
ORF1ab/nsp13252L252LttAttG2344B.1.1600.000717
ORF1ab/nsp13252L252LTtaCta2144B.1.1600.000655
ORF1ab/nsp13252L252LTtaCta4242B.1.1.250.023877
ORF1ab/nsp13252L252LTtaCta2541AY.1030.000155
ORF1ab/nsp13252L252LttAttG1641AY.1030.000099
ORF1ab/nsp13252L252LttAttG2330AY.40.000036
ORF1ab/nsp13252L252LTtaCta730AY.40.000011
ORF1ab/nsp13252L252VTtaGta2929All0.000006
ORF1ab/nsp13252L252LttAttG2225B.10.000202
ORF1ab/nsp13252L252LTtaCta325B.10.000027
ORF1ab/nsp13252L252LttAttG1923AY.250.000114
ORF1ab/nsp13252L252LTtaCta423AY.250.000024
ORF1ab/nsp13252L252LttAttG2122AY.1020.000557
ORF1ab/nsp13252L252LTtaCta122AY.1020.000027
ORF1ab/nsp13252L252delTTA---2020All0.000004
ORF1ab/nsp13252L252LttAttG1719B.1.617.20.000064
ORF1ab/nsp13252L252LTtaCta219B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp13252L252LTtaCta916AY.30.00009
ORF1ab/nsp13252L252LttAttG716AY.30.00007
ORF1ab/nsp13252L252ITtaAta1415All0.000003
ORF1ab/nsp13252L252ITtAAtT115All0
ORF1ab/nsp13252L252LttAttG814B.1.20.00007
ORF1ab/nsp13252L252LTtaCta614B.1.20.000053
ORF1ab/nsp13252L252LttAttG813AY.430.000035
ORF1ab/nsp13252L252LTtaCta413AY.430.000018
ORF1ab/nsp13252L252LTtACtG113AY.430.000004
ORF1ab/nsp13252L252LttAttG1313AY.460.001353
ORF1ab/nsp13252L252LttAttG1313B.1.5260.000306
ORF1ab/nsp13252L252LTtaCta1111AY.330.000735
ORF1ab/nsp13252L252StTatCa79All0.000001
ORF1ab/nsp13252L252StTAtCG19All0
ORF1ab/nsp13252L252StTAtCT19All0
ORF1ab/nsp13252L252ITtaAta99AY.140.000792
ORF1ab/nsp13252L252LttAttG57AY.200.000194
ORF1ab/nsp13252L252LTtaCta27AY.200.000078
ORF1ab/nsp13252L252delTTA---66B.1.1.70.000005
ORF1ab/nsp13252L252VTtaGta66B.1.4270.000303
ORF1ab/nsp13252L252LttAttG45B.1.10.000073
ORF1ab/nsp13252L252LTtaCta15B.1.10.000018
ORF1ab/nsp13252L252delTTA---440.222222
ORF1ab/nsp13252L252StTatCa340.166667
ORF1ab/nsp13252L252StTAtCG140.055556
ORF1ab/nsp13252L252XtTatGa24All0
ORF1ab/nsp13252L252FttAttT24All0
ORF1ab/nsp13252L252XtTatAa24All0
ORF1ab/nsp13252L252FttAttC24All0
ORF1ab/nsp13252L252LTtaCta44AY.1080.00441
ORF1ab/nsp13252L252LttAttG44AY.740.000463
ORF1ab/nsp13252L252LttAttG44B.1.1.3110.001433
ORF1ab/nsp13252L252LttAttG44B.1.5900.018182
ORF1ab/nsp13252L252TTTaACa23All0
ORF1ab/nsp13252L252TTTAACG13All0
ORF1ab/nsp13252L252VTtaGta33AY.1180.000188
ORF1ab/nsp13252L252LttAttG33AY.290.000047
ORF1ab/nsp13252L252VTtaGta33AY.40.000005
ORF1ab/nsp13252L252LttAttG33AY.4.2.10.000447
ORF1ab/nsp13252L252LttAttG33AY.440.000018
ORF1ab/nsp13252L252LttAttG33AY.470.000093
ORF1ab/nsp13252L252LttAttG33B.1.1.3970.006757
ORF1ab/nsp13252L252ITtaAta33B.1.1.70.000003
ORF1ab/nsp13252L252VTtaGta33B.1.1.70.000003
ORF1ab/nsp13252L252VTtaGta33P.10.000047
ORF1ab/nsp13252L252RTTAAGG120.055556
ORF1ab/nsp13252L252TTTAACG120.055556
ORF1ab/nsp13252L252TTTaACa120.055556
ORF1ab/nsp13252L252RTTaAGa120.055556
ORF1ab/nsp13252L252QTTACAG22All0
ORF1ab/nsp13252L252PTTaCCa22All0
ORF1ab/nsp13252L252RTTAAGG12All0
ORF1ab/nsp13252L252RTTaAGa12All0
ORF1ab/nsp13252L252VTtaGta22AY.1170.000169
ORF1ab/nsp13252L252LttAttG22AY.1200.000074
ORF1ab/nsp13252L252LttAttG22AY.300.000791
ORF1ab/nsp13252L252LttAttG22AY.390.000049
ORF1ab/nsp13252L252LTtaCta12AY.420.00004
ORF1ab/nsp13252L252LttAttG12AY.420.00004
ORF1ab/nsp13252L252LttAttG22AY.450.000243
ORF1ab/nsp13252L252LttAttG22AY.540.000191
ORF1ab/nsp13252L252delTTA---22AY.670.000929
ORF1ab/nsp13252L252LttAttG22AY.690.000373
ORF1ab/nsp13252L252LttAttG22AY.98.10.000097
ORF1ab/nsp13252L252LttAttG22B.1.1.2220.000408
ORF1ab/nsp13252L252LttAttG12B.1.1.5190.00004
ORF1ab/nsp13252L252LTtaCta12B.1.1.5190.00004
ORF1ab/nsp13252L252LTtaCta22B.1.177.860.000367
ORF1ab/nsp13252L252VTtaGta22B.1.20.000018
ORF1ab/nsp13252L252LttAttG22R.10.00018
ORF1ab/nsp13252L252XtTatGa110.055556
ORF1ab/nsp13252L252LttAttG110.055556
ORF1ab/nsp13252L252ITtaAta110.055556
ORF1ab/nsp13252L252WtTAtGG110.055556
ORF1ab/nsp13252L252MTtAAtG110.055556
ORF1ab/nsp13252L252WtTAtGG11All0
ORF1ab/nsp13252L252MTtAAtG11All0
ORF1ab/nsp13252L252LTtaCta11AY.1000.000046
ORF1ab/nsp13252L252VTtaGta11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp13252L252delTTA---11AY.1080.001103
ORF1ab/nsp13252L252LttAttG11AY.1130.000142
ORF1ab/nsp13252L252LTtaCta11AY.140.000088
ORF1ab/nsp13252L252LttAttG11AY.230.00007
ORF1ab/nsp13252L252ITtaAta11AY.250.000006
ORF1ab/nsp13252L252XtTatGa11AY.250.000006
ORF1ab/nsp13252L252VTtaGta11AY.30.00001
ORF1ab/nsp13252L252LttAttG11AY.3.10.000085
ORF1ab/nsp13252L252LTtaCta11AY.340.000097
ORF1ab/nsp13252L252StTatCa11AY.350.000233
ORF1ab/nsp13252L252LttAttG11AY.360.000148
ORF1ab/nsp13252L252LTtaCta11AY.39.10.00004
ORF1ab/nsp13252L252LttAttG11AY.4.20.000022
ORF1ab/nsp13252L252PTTaCCa11AY.420.00004
ORF1ab/nsp13252L252StTatCa11AY.420.00004
ORF1ab/nsp13252L252TTTaACa11AY.430.000004
ORF1ab/nsp13252L252QTTACAG11AY.440.000006
ORF1ab/nsp13252L252VTtaGta11AY.440.000006
ORF1ab/nsp13252L252delTTA---11AY.440.000006
ORF1ab/nsp13252L252VTtaGta11AY.470.000031
ORF1ab/nsp13252L252LttAttG11AY.50.000021
ORF1ab/nsp13252L252LttAttG11AY.60.000041
ORF1ab/nsp13252L252LttAttG11AY.610.000105
ORF1ab/nsp13252L252LTtaCta11AY.650.000533
ORF1ab/nsp13252L252delTTA---11AY.720.001361
ORF1ab/nsp13252L252StTAtCT11AY.750.000056
ORF1ab/nsp13252L252LttAttG11AY.75.10.00018
ORF1ab/nsp13252L252LTtaCta11AY.910.00073
ORF1ab/nsp13252L252VTtaGta11AY.98.10.000048
ORF1ab/nsp13252L252delTTA---11AY.990.001049
ORF1ab/nsp13252L252XtTatAa11B.10.000009
ORF1ab/nsp13252L252VTtaGta11B.10.000009
ORF1ab/nsp13252L252XtTatAa11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp13252L252VTtaGta11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp13252L252LttAttG11B.1.1.2160.00089
ORF1ab/nsp13252L252LttAttG11B.1.1.4330.001425
ORF1ab/nsp13252L252LttAttG11B.1.1150.021739
ORF1ab/nsp13252L252LttAttG11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp13252L252StTatCa11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp13252L252FttAttT11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp13252L252LttAttG11B.1.177.770.000726
ORF1ab/nsp13252L252LttAttG11B.1.214.20.0006
ORF1ab/nsp13252L252ITtAAtT11B.1.2420.018868
ORF1ab/nsp13252L252LttAttG11B.1.2430.00007
ORF1ab/nsp13252L252FttAttC11B.1.2580.000067
ORF1ab/nsp13252L252LttAttG11B.1.360.000146
ORF1ab/nsp13252L252delTTA---11B.1.36.180.00042
ORF1ab/nsp13252L252LttAttG11B.1.36.290.000517
ORF1ab/nsp13252L252LttAttG11B.1.3800.006623
ORF1ab/nsp13252L252LTtaCta11B.1.4220.000812
ORF1ab/nsp13252L252delTTA---11B.1.4270.00005
ORF1ab/nsp13252L252LttAttG11B.1.4290.000024
ORF1ab/nsp13252L252FttAttT11B.1.4730.019231
ORF1ab/nsp13252L252LttAttG11B.1.5880.00091
ORF1ab/nsp13252L252LttAttG11B.1.5960.000087
ORF1ab/nsp13252L252delTTA---11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp13252L252FttAttC11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp13252L252PTTaCCa11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp13252L252LttAttG11B.1.6210.000089
ORF1ab/nsp13252L252LttAttG11B.1.6370.000073
ORF1ab/nsp13252L252LTtaCta11B.6.60.000889
ORF1ab/nsp13252L252QTTACAG11C.170.055556
ORF1ab/nsp13252L252StTatCa11C.36.30.000567
ORF1ab/nsp13252L252LttAttG11P.10.000016
ORF1ab/nsp13252L252LttAttG11P.1.150.000232
ORF1ab/nsp13252L252delTTA---11Q.80.000165