CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp13 : CodonNum = 250 & Codon = aTt

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp13	250	T250I	T5574I	nonsyn	aCt	aTt	3229	3211	0.994426	16984-16986

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	3211	3229	All	0.000614
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	1086	1086	B.1.1.7	0.000972
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	319	319	AY.4.2	0.006919
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	163	163	B.1.243	0.011342
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	154	154	B.1.1.63	0.059414
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	132	132	B.1.617.2	0.000497
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	122	122	AY.43	0.000541
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	106	106	AY.25	0.000638
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	103	103	B.1.177.82	0.049165
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	90	90	AY.4	0.00014
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	70	70	AY.103	0.000435
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	46	46	B.1	0.000421
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	44	44	B.1.2	0.000387
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	42	42	AY.44	0.000256
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	41	41	B.1.526	0.000964
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	17	33	AY.3	0.000169
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	33	33	AY.50	0.026379
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	30	30	B.1.177	0.000395
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	28	28	B.1.1.297	0.06264
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	27	27	AY.41	0.007937
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	25	25	B.1.1	0.000454
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	20	20	B.1.1.420	0.020121
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	20	20	P.1	0.000315
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	19	19	B.1.160	0.000593
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	18	18	AY.6	0.00074
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	16	16	AY.118	0.001002
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	15	15	B.1.1.291	0.011136
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	14	14	Q.8	0.002309
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	13	13	AY.74	0.001503
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	11	11	AD.2	0.002409
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	11	11	AY.54	0.001049
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	10	10	AY.100	0.00046
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	10	10	B.1.177.81	0.001893
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	10	10	C.37	0.001161
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	8	9	AY.106	0.002679
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	9	9	B.1.1.519	0.000357
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	8	8	AY.39	0.000198
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	8	8	B.1.637	0.000585
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	8	8	B.44	0.8
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	7	7	AY.26	0.000198
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	7	7	AY.99.2	0.000645
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	7	7	B.1.1.28	0.002179
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	7	7	B.1.177.83	0.01037
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	7	7	B.1.241	0.005682
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	7	7	B.1.438.1	0.000751
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	6	6	AY.102	0.000159
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	6	6	AY.20	0.000233
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	6	6	AY.9.2	0.00022
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	6	6	B.1.1.369	0.002677
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	6	6	B.1.1.378	0.043796
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	6	6	B.1.429	0.000141
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	5	5	AY.29	0.000079
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	5	5	AY.47	0.000156
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	5	5	AY.5	0.000103
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	5	5	AY.61	0.000524
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	5	5	B.1.221	0.000355
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	5	5	B.1.240	0.001078
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	5	5	B.1.497	0.001574
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	5	5	B.1.617.1	0.000645
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	5	5	B.55	0.014749
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	4	4	AY.113	0.00057
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	4	4	AY.120	0.000149
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	4	4	AY.23	0.000279
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	4	4	AY.92	0.001149
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	4	4	B.1.1.198	0.005874
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	4	4	B.1.1.207	0.004728
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	4	4	B.1.1.326	0.007042
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	4	4	B.1.177.33	0.006579
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	4	4	B.1.177.7	0.000659
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	4	4	B.1.582	0.001963
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	4	4	B.1.587	0.00759
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	3	3	AY.119	0.000106
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	3	3	AY.32	0.001597
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	3	3	AY.4.4	0.001227
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	3	3	AY.88	0.002653
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	3	3	B.1.127	0.006593
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	3	3	B.1.177.44	0.001557
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	3	3	B.1.311	0.000824
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	3	3	B.1.521	0.014925
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	3	3	B.1.525	0.000339
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	3	3	B.1.596	0.000261
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	1	2		0.055556
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	2	2	A.1	0.000564
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	2	2	AU.1	0.002532
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	2	2	AY.3.1	0.000171
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.1	0.000653
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.144	0.057143
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.241	0.004141
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.302	0.004149
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.317	0.000823
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.368	0.006173
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.50	0.001358
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	2	2	B.1.234	0.000264
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	2	2	B.1.258	0.000133
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	2	2	B.1.298	0.004228
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	2	2	B.1.427	0.000101
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	2	2	B.1.453	0.006472
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	2	2	B.1.564	0.000852
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	2	2	B.1.621	0.000177
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	2	2	B.18	0.086957
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	2	2	D.2	0.00015
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	2	2	P.1.12	0.000968
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	2	2	P.1.7	0.000639
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	2	2	Q.7	0.002222
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	1	1	A	0.000387
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	1	1	A.2.5	0.000499
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	1	1	AY.116	0.000287
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	1	1	AY.116.1	0.000311
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	1	1	AY.117	0.000085
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	1	1	AY.19	0.00114
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	1	1	AY.2	0.000356
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	1	1	AY.21	0.001898
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	1	1	AY.35	0.000233
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	1	1	AY.39.1	0.00004
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	1	1	AY.4.5	0.000107
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	1	1	AY.42	0.00004
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	1	1	AY.45	0.000122
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	1	1	AY.46	0.000104
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	1	1	AY.46.4	0.000165
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	1	1	AY.46.5	0.000198
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	1	1	AY.46.6	0.000072
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	1	1	AY.87	0.000833
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	1	1	AY.98.1	0.000048
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.161	0.003534
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.205	0.003717
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.216	0.00089
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.255	0.00303
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.306	0.000438
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.312	0.001912
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.318	0.000302
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.398	0.003226
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.487	0.005587
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.507	0.008696
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.70	0.000341
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	1	1	B.1.12	0.008
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.12	0.000152
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.27	0.009434
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.46	0.000918
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.5	0.001242
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.54	0.000606
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.60	0.000218
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.75	0.001041
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	1	1	B.1.36.24	0.006173
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	1	1	B.1.369	0.000285
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	1	1	B.1.396	0.000706
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	1	1	B.1.462	0.007246
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	1	1	B.1.517	0.000427
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	1	1	B.1.523	0.002451
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	1	1	B.1.527	0.003704
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	1	1	B.1.550	0.013699
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	1	1	B.1.561	0.000397
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	1	1	B.1.577	0.000687
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	1	1	B.1.597	0.00463
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	1	1	B.1.603	0.010638
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	1	1	B.1.609	0.000479
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	1	1	B.1.619.1	0.000641
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	1	1	B.1.636	0.006711
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	1	1	B.1.84	0.020833
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	1	1	B.31	0.003731
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	1	1	B.34	0.013699
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	1	1	B.39	0.002331
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	1	1	C.14	0.004329
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	1	1	C.36	0.000911
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	1	1	P.1.13	0.000898
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	1	1	P.1.14	0.000048
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	1	1	P.1.15	0.000232
ORF1ab/nsp13	250	T250I	aCt	aTt	1	1	Q.1	0.000126

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.