CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp13 : CodonNum = 232

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp13232V232VV5556VsyngtAgtG228422380.9798616930-16932
ORF1ab/nsp13232V232VV5556VsyngtAgtT2284430.018826616930-16932
ORF1ab/nsp13232V232VV5556VsyngtAgtC228430.0013134916930-16932
ORF1ab/nsp13232V232IV5556InonsynGtaAta376376116930-16932
ORF1ab/nsp13232V232EV5556EnonsyngTagAa3939116930-16932
ORF1ab/nsp13232V232LV5556LnonsynGtaCta23160.69565216930-16932
ORF1ab/nsp13232V232LV5556LnonsynGtaTta2360.2608716930-16932
ORF1ab/nsp13232V232LV5556LnonsynGtATtG2310.043478316930-16932
ORF1ab/nsp13232V232delV5556deldelGTA---1919116930-16932
ORF1ab/nsp13232V232AV5556AnonsyngTagCa1090.916930-16932
ORF1ab/nsp13232V232AV5556AnonsyngTAgCG1010.116930-16932
ORF1ab/nsp13232V232PV5556PnonsynGTaCCa66116930-16932
ORF1ab/nsp13232V232del1V5556del1delGta-ta530.616930-16932
ORF1ab/nsp13232V232del1V5556del1delgtAgt-520.416930-16932
ORF1ab/nsp13232V232KV5556KnonsynGTaAAa44116930-16932
ORF1ab/nsp13232V232SV5556SnonsynGTaTCa430.7516930-16932
ORF1ab/nsp13232V232SV5556SnonsynGTATCG410.2516930-16932
ORF1ab/nsp13232V232TV5556TnonsynGTaACa320.66666716930-16932
ORF1ab/nsp13232V232del2V5556del2delGTA--T310.33333316930-16932
ORF1ab/nsp13232V232del2V5556del2delgTAg--310.33333316930-16932
ORF1ab/nsp13232V232del2V5556del2delGTa--a310.33333316930-16932
ORF1ab/nsp13232V232TV5556TnonsynGTAACG310.33333316930-16932
ORF1ab/nsp13232V232FV5556FnonsynGtATtT11116930-16932
ORF1ab/nsp13232V232MV5556MnonsynGtAAtG11116930-16932

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp13232V232VgtAgtG22382284All0.000428
ORF1ab/nsp13232V232VgtAgtT432284All0.000008
ORF1ab/nsp13232V232VgtAgtC32284All0.000001
ORF1ab/nsp13232V232VgtAgtG19031905B.1.1.1760.836116
ORF1ab/nsp13232V232VgtAgtT21905B.1.1.1760.000879
ORF1ab/nsp13232V232IGtaAta376376All0.000072
ORF1ab/nsp13232V232IGtaAta160160AY.460.016653
ORF1ab/nsp13232V232VgtAgtG109116B.1.1.70.000098
ORF1ab/nsp13232V232VgtAgtT6116B.1.1.70.000005
ORF1ab/nsp13232V232VgtAgtC1116B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp13232V232VgtAgtG9999B.1.1770.001304
ORF1ab/nsp13232V232IGtaAta7878AY.680.021352
ORF1ab/nsp13232V232IGtaAta4848P.1.170.007764
ORF1ab/nsp13232V232EgTagAa3939All0.000007
ORF1ab/nsp13232V232IGtaAta3131B.1.6210.002744
ORF1ab/nsp13232V232VgtAgtG1424B.1.617.20.000053
ORF1ab/nsp13232V232VgtAgtT1024B.1.617.20.000038
ORF1ab/nsp13232V232LGtaCta1623All0.000003
ORF1ab/nsp13232V232LGtaTta623All0.000001
ORF1ab/nsp13232V232LGtATtG123All0
ORF1ab/nsp13232V232delGTA---1919All0.000004
ORF1ab/nsp13232V232EgTagAa1919AY.850.008116
ORF1ab/nsp13232V232VgtAgtG1616AY.1000.000736
ORF1ab/nsp13232V232VgtAgtG1616AY.990.016789
ORF1ab/nsp13232V232VgtAgtG1111AY.1180.000689
ORF1ab/nsp13232V232VgtAgtG911AY.40.000014
ORF1ab/nsp13232V232VgtAgtT211AY.40.000003
ORF1ab/nsp13232V232AgTagCa910All0.000002
ORF1ab/nsp13232V232AgTAgCG110All0
ORF1ab/nsp13232V232VgtAgtG77AS.10.066667
ORF1ab/nsp13232V232IGtaAta77B.1.20.000062
ORF1ab/nsp13232V232PGTaCCa66All0.000001
ORF1ab/nsp13232V232EgTagAa66AY.300.002374
ORF1ab/nsp13232V232VgtAgtG46B.10.000037
ORF1ab/nsp13232V232VgtAgtT26B.10.000018
ORF1ab/nsp13232V232IGtaAta66B.1.1.70.000005
ORF1ab/nsp13232V232LGtaCta66B.1.1.70.000005
ORF1ab/nsp13232V232del1Gta-ta35All0.000001
ORF1ab/nsp13232V232del1gtAgt-25All0
ORF1ab/nsp13232V232VgtAgtG55AY.250.00003
ORF1ab/nsp13232V232VgtAgtG55AY.430.000022
ORF1ab/nsp13232V232delGTA---55B.1.1.70.000004
ORF1ab/nsp13232V232delGTA---440.222222
ORF1ab/nsp13232V232KGTaAAa44All0.000001
ORF1ab/nsp13232V232SGTaTCa34All0.000001
ORF1ab/nsp13232V232SGTATCG14All0
ORF1ab/nsp13232V232EgTagAa44AY.40.000006
ORF1ab/nsp13232V232IGtaAta44AY.420.000161
ORF1ab/nsp13232V232KGTaAAa44AY.850.001709
ORF1ab/nsp13232V232VgtAgtG44B.1.10.000073
ORF1ab/nsp13232V232VgtAgtT230.111111
ORF1ab/nsp13232V232VgtAgtG130.055556
ORF1ab/nsp13232V232TGTaACa23All0
ORF1ab/nsp13232V232del2GTa--a13All0
ORF1ab/nsp13232V232TGTAACG13All0
ORF1ab/nsp13232V232del2gTAg--13All0
ORF1ab/nsp13232V232del2GTA--T13All0
ORF1ab/nsp13232V232VgtAgtG23AY.1030.000012
ORF1ab/nsp13232V232VgtAgtT13AY.1030.000006
ORF1ab/nsp13232V232IGtaAta33AY.200.000117
ORF1ab/nsp13232V232IGtaAta33AY.40.000005
ORF1ab/nsp13232V232IGtaAta33AY.430.000013
ORF1ab/nsp13232V232VgtAgtG23AY.440.000012
ORF1ab/nsp13232V232VgtAgtT13AY.440.000006
ORF1ab/nsp13232V232VgtAgtT33B.1.4270.000151
ORF1ab/nsp13232V232IGtaAta33B.1.617.20.000011
ORF1ab/nsp13232V232LGtaCta33P.10.000047
ORF1ab/nsp13232V232IGtaAta33P.10.000047
ORF1ab/nsp13232V232del1Gta-ta220.111111
ORF1ab/nsp13232V232AgTagCa120.055556
ORF1ab/nsp13232V232LGtATtG120.055556
ORF1ab/nsp13232V232SGTATCG120.055556
ORF1ab/nsp13232V232AgTAgCG120.055556
ORF1ab/nsp13232V232TGTAACG120.055556
ORF1ab/nsp13232V232LGtaTta120.055556
ORF1ab/nsp13232V232SGTaTCa120.055556
ORF1ab/nsp13232V232TGTaACa120.055556
ORF1ab/nsp13232V232PGTaCCa22AY.1010.000981
ORF1ab/nsp13232V232AgTagCa22AY.1010.000981
ORF1ab/nsp13232V232VgtAgtT12AY.1190.000035
ORF1ab/nsp13232V232VgtAgtG12AY.1190.000035
ORF1ab/nsp13232V232VgtAgtG22AY.30.00002
ORF1ab/nsp13232V232IGtaAta22AY.30.00002
ORF1ab/nsp13232V232VgtAgtT22AY.390.000049
ORF1ab/nsp13232V232IGtaAta22AY.390.000049
ORF1ab/nsp13232V232LGtaCta12AY.440.000006
ORF1ab/nsp13232V232LGtaTta12AY.440.000006
ORF1ab/nsp13232V232VgtAgtT12AY.50.000021
ORF1ab/nsp13232V232VgtAgtG12AY.50.000021
ORF1ab/nsp13232V232VgtAgtG22AY.780.003082
ORF1ab/nsp13232V232AgTagCa22B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp13232V232EgTagAa22B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp13232V232VgtAgtT22B.1.20.000018
ORF1ab/nsp13232V232del1Gta-ta12B.1.20.000009
ORF1ab/nsp13232V232del1gtAgt-12B.1.20.000009
ORF1ab/nsp13232V232IGtaAta22B.1.2580.000133
ORF1ab/nsp13232V232VgtAgtC12B.1.5260.000024
ORF1ab/nsp13232V232VgtAgtG12B.1.5260.000024
ORF1ab/nsp13232V232delGTA---22B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp13232V232PGTaCCa22P.10.000032
ORF1ab/nsp13232V232VgtAgtG22P.10.000032
ORF1ab/nsp13232V232AgTagCa22P.10.000032
ORF1ab/nsp13232V232VgtAgtG22P.1.10.000635
ORF1ab/nsp13232V232VgtAgtG22Q.80.00033
ORF1ab/nsp13232V232MGtAAtG110.055556
ORF1ab/nsp13232V232IGtaAta110.055556
ORF1ab/nsp13232V232MGtAAtG11All0
ORF1ab/nsp13232V232FGtATtT11All0
ORF1ab/nsp13232V232LGtaCta11AY.1010.00049
ORF1ab/nsp13232V232IGtaAta11AY.1020.000027
ORF1ab/nsp13232V232VgtAgtT11AY.1020.000027
ORF1ab/nsp13232V232LGtaCta11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp13232V232IGtaAta11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp13232V232delGTA---11AY.1080.001103
ORF1ab/nsp13232V232VgtAgtG11AY.1140.000231
ORF1ab/nsp13232V232VgtAgtG11AY.1200.000037
ORF1ab/nsp13232V232IGtaAta11AY.160.00038
ORF1ab/nsp13232V232VgtAgtT11AY.230.00007
ORF1ab/nsp13232V232VgtAgtG11AY.290.000016
ORF1ab/nsp13232V232IGtaAta11AY.34.10.00051
ORF1ab/nsp13232V232VgtAgtG11AY.360.000148
ORF1ab/nsp13232V232delGTA---11AY.40.000002
ORF1ab/nsp13232V232delGTA---11AY.430.000004
ORF1ab/nsp13232V232EgTagAa11AY.430.000004
ORF1ab/nsp13232V232FGtATtT11AY.440.000006
ORF1ab/nsp13232V232del2GTA--T11AY.440.000006
ORF1ab/nsp13232V232VgtAgtG11AY.450.000122
ORF1ab/nsp13232V232VgtAgtG11AY.460.000104
ORF1ab/nsp13232V232IGtaAta11AY.46.60.000072
ORF1ab/nsp13232V232VgtAgtT11AY.470.000031
ORF1ab/nsp13232V232EgTagAa11AY.590.00053
ORF1ab/nsp13232V232VgtAgtG11AY.640.000595
ORF1ab/nsp13232V232IGtaAta11AY.650.000533
ORF1ab/nsp13232V232delGTA---11AY.670.000464
ORF1ab/nsp13232V232VgtAgtT11AY.680.000274
ORF1ab/nsp13232V232IGtaAta11AY.690.000187
ORF1ab/nsp13232V232delGTA---11AY.720.001361
ORF1ab/nsp13232V232TGTaACa11AY.750.000056
ORF1ab/nsp13232V232IGtaAta11AY.850.000427
ORF1ab/nsp13232V232LGtaCta11AY.850.000427
ORF1ab/nsp13232V232LGtaTta11AY.960.002075
ORF1ab/nsp13232V232delGTA---11AY.990.001049
ORF1ab/nsp13232V232VgtAgtG11AY.99.10.001553
ORF1ab/nsp13232V232AgTagCa11B.10.000009
ORF1ab/nsp13232V232IGtaAta11B.10.000009
ORF1ab/nsp13232V232LGtaTta11B.10.000009
ORF1ab/nsp13232V232SGTaTCa11B.10.000009
ORF1ab/nsp13232V232EgTagAa11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp13232V232VgtAgtG11B.1.1.10.000327
ORF1ab/nsp13232V232VgtAgtG11B.1.1.100.001115
ORF1ab/nsp13232V232VgtAgtT11B.1.1.1640.005155
ORF1ab/nsp13232V232VgtAgtT11B.1.1.1920.002309
ORF1ab/nsp13232V232VgtAgtG11B.1.1.2160.00089
ORF1ab/nsp13232V232EgTagAa11B.1.1.2370.005405
ORF1ab/nsp13232V232IGtaAta11B.1.1.280.000311
ORF1ab/nsp13232V232VgtAgtG11B.1.1.3060.000438
ORF1ab/nsp13232V232IGtaAta11B.1.1.3180.000302
ORF1ab/nsp13232V232VgtAgtG11B.1.1.3690.000446
ORF1ab/nsp13232V232VgtAgtG11B.1.1.390.00051
ORF1ab/nsp13232V232VgtAgtG11B.1.1.4480.002033
ORF1ab/nsp13232V232VgtAgtG11B.1.1.4640.001473
ORF1ab/nsp13232V232IGtaAta11B.1.1.5190.00004
ORF1ab/nsp13232V232VgtAgtT11B.1.1.5230.001563
ORF1ab/nsp13232V232IGtaAta11B.1.1.540.003021
ORF1ab/nsp13232V232del2gTAg--11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp13232V232IGtaAta11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp13232V232IGtaAta11B.1.177.150.000631
ORF1ab/nsp13232V232VgtAgtG11B.1.177.40.000211
ORF1ab/nsp13232V232LGtaTta11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp13232V232del2GTa--a11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp13232V232delGTA---11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp13232V232SGTaTCa11B.1.2420.018868
ORF1ab/nsp13232V232IGtaAta11B.1.2650.001271
ORF1ab/nsp13232V232VgtAgtC11B.1.3320.003497
ORF1ab/nsp13232V232LGtaCta11B.1.3490.000715
ORF1ab/nsp13232V232VgtAgtG11B.1.351.20.000303
ORF1ab/nsp13232V232IGtaAta11B.1.36.160.001425
ORF1ab/nsp13232V232IGtaAta11B.1.4270.00005
ORF1ab/nsp13232V232delGTA---11B.1.4270.00005
ORF1ab/nsp13232V232EgTagAa11B.1.4290.000024
ORF1ab/nsp13232V232EgTagAa11B.1.466.20.000391
ORF1ab/nsp13232V232del1gtAgt-11B.1.5260.000024
ORF1ab/nsp13232V232LGtaCta11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp13232V232EgTagAa11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp13232V232VgtAgtT11C.370.000116
ORF1ab/nsp13232V232EgTagAa11D.20.000075
ORF1ab/nsp13232V232IGtaAta11P.1.120.000484
ORF1ab/nsp13232V232PGTaCCa11P.1.150.000232
ORF1ab/nsp13232V232PGTaCCa11P.20.000187
ORF1ab/nsp13232V232LGtaCta11P.20.000187
ORF1ab/nsp13232V232AgTagCa11P.20.000187
ORF1ab/nsp13232V232LGtaTta11Q.20.000613
ORF1ab/nsp13232V232IGtaAta11Q.80.000165