CoV-GLUE | Mutations | Mutation
Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):
ORF | CodonNum | Mut | ORF1abMut | MutType | RefCodon | MutCodon | AACount | CodonCount | CodonProp | Genome Position |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207D | D5531D | syn | gaT | gaC | 3302 | 3302 | 1 | 16855-16857 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207G | D5531G | nonsyn | gAt | gGt | 269 | 269 | 1 | 16855-16857 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207Y | D5531Y | nonsyn | Gat | Tat | 185 | 184 | 0.994595 | 16855-16857 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207Y | D5531Y | nonsyn | GaT | TaC | 185 | 1 | 0.00540541 | 16855-16857 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207del | D5531del | del | GAT | --- | 76 | 76 | 1 | 16855-16857 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207E | D5531E | nonsyn | gaT | gaA | 72 | 58 | 0.805556 | 16855-16857 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207E | D5531E | nonsyn | gaT | gaG | 72 | 14 | 0.194444 | 16855-16857 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207N | D5531N | nonsyn | Gat | Aat | 26 | 25 | 0.961538 | 16855-16857 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207N | D5531N | nonsyn | GaT | AaC | 26 | 1 | 0.0384615 | 16855-16857 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207H | D5531H | nonsyn | Gat | Cat | 11 | 11 | 1 | 16855-16857 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207A | D5531A | nonsyn | gAt | gCt | 8 | 7 | 0.875 | 16855-16857 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207A | D5531A | nonsyn | gAT | gCC | 8 | 1 | 0.125 | 16855-16857 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207C | D5531C | nonsyn | GAt | TGt | 7 | 7 | 1 | 16855-16857 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207V | D5531V | nonsyn | gAt | gTt | 3 | 3 | 1 | 16855-16857 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207del1 | D5531del1 | del | Gat | -at | 2 | 2 | 1 | 16855-16857 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207del2 | D5531del2 | del | GAt | --t | 1 | 1 | 1 | 16855-16857 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207L | D5531L | nonsyn | GAT | TTA | 1 | 1 | 1 | 16855-16857 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207Q | D5531Q | nonsyn | GaT | CaG | 1 | 1 | 1 | 16855-16857 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207S | D5531S | nonsyn | GAt | AGt | 1 | 1 | 1 | 16855-16857 |
Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):
ORF | CodonNum | Mut | RefCodon | MutCodon | CodonCount | AACount | Lineage | LineageCodonProp |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207D | gaT | gaC | 3302 | 3302 | All | 0.000632 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207D | gaT | gaC | 1943 | 1943 | A.2.5 | 0.969561 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207D | gaT | gaC | 629 | 629 | A.2.5.2 | 0.988994 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207G | gAt | gGt | 269 | 269 | All | 0.000051 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207D | gaT | gaC | 207 | 207 | A.2.5.1 | 0.995192 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207Y | Gat | Tat | 184 | 185 | All | 0.000035 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207Y | GaT | TaC | 1 | 185 | All | 0 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207D | gaT | gaC | 117 | 117 | B.1.177.65 | 0.077844 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207D | gaT | gaC | 96 | 96 | A.2.5.3 | 0.989691 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207G | gAt | gGt | 86 | 86 | B.1.1.7 | 0.000077 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207del | GAT | --- | 76 | 76 | All | 0.000015 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207E | gaT | gaA | 58 | 72 | All | 0.000011 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207E | gaT | gaG | 14 | 72 | All | 0.000003 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207D | gaT | gaC | 61 | 61 | B.1.1.7 | 0.000055 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207Y | Gat | Tat | 49 | 49 | B.1.1.7 | 0.000044 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207D | gaT | gaC | 47 | 47 | AY.44 | 0.000286 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207G | gAt | gGt | 37 | 37 | AY.25 | 0.000223 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207D | gaT | gaC | 33 | 33 | B.1.258 | 0.002196 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207D | gaT | gaC | 28 | 28 | AY.4 | 0.000044 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207N | Gat | Aat | 25 | 26 | All | 0.000005 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207N | GaT | AaC | 1 | 26 | All | 0 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207Y | Gat | Tat | 26 | 26 | B.1.637 | 0.0019 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207D | gaT | gaC | 25 | 25 | AY.43 | 0.000111 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207del | GAT | --- | 21 | 21 | B.1.1.7 | 0.000019 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207Y | Gat | Tat | 16 | 16 | AY.4 | 0.000025 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207G | gAt | gGt | 14 | 14 | AY.4 | 0.000022 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207H | Gat | Cat | 11 | 11 | All | 0.000002 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207Y | Gat | Tat | 11 | 11 | B.1 | 0.000101 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207G | gAt | gGt | 11 | 11 | B.1.617.2 | 0.000041 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207E | gaT | gaA | 10 | 10 | AY.88 | 0.008842 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207Y | Gat | Tat | 10 | 10 | B.1.617.2 | 0.000038 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207G | gAt | gGt | 9 | 9 | AY.103 | 0.000056 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207Y | Gat | Tat | 9 | 9 | AY.43 | 0.00004 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207D | gaT | gaC | 9 | 9 | B.1.177 | 0.000119 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207A | gAt | gCt | 7 | 8 | All | 0.000001 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207A | gAT | gCC | 1 | 8 | All | 0 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207G | gAt | gGt | 8 | 8 | AY.43 | 0.000035 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207Y | Gat | Tat | 8 | 8 | B.1.1 | 0.000145 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207E | gaT | gaA | 5 | 8 | B.1.1.7 | 0.000004 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207E | gaT | gaG | 3 | 8 | B.1.1.7 | 0.000003 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207D | gaT | gaC | 8 | 8 | B.1.617.2 | 0.00003 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207C | GAt | TGt | 7 | 7 | All | 0.000001 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207E | gaT | gaA | 7 | 7 | AY.26 | 0.000198 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207G | gAt | gGt | 7 | 7 | B.1.2 | 0.000062 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207E | gaT | gaG | 5 | 7 | B.1.2 | 0.000044 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207E | gaT | gaA | 2 | 7 | B.1.2 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207G | gAt | gGt | 7 | 7 | P.1 | 0.00011 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207del | GAT | --- | 6 | 6 | 0.333333 | |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207N | Gat | Aat | 6 | 6 | AY.102 | 0.000159 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207D | gaT | gaC | 6 | 6 | B.1.1 | 0.000109 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207G | gAt | gGt | 6 | 6 | B.1.177 | 0.000079 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207del | GAT | --- | 5 | 5 | AY.25 | 0.00003 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207G | gAt | gGt | 5 | 5 | AY.3 | 0.00005 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207G | gAt | gGt | 5 | 5 | AY.39 | 0.000124 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207del | GAT | --- | 5 | 5 | AY.4 | 0.000008 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207D | gaT | gaC | 5 | 5 | B.1 | 0.000046 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207E | gaT | gaA | 5 | 5 | B.1 | 0.000046 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207D | gaT | gaC | 5 | 5 | B.1.1.63 | 0.001929 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207Y | Gat | Tat | 4 | 4 | AY.103 | 0.000025 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207D | gaT | gaC | 4 | 4 | AY.26 | 0.000113 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207E | gaT | gaA | 4 | 4 | AY.4 | 0.000006 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207G | gAt | gGt | 4 | 4 | AY.44 | 0.000024 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207G | gAt | gGt | 4 | 4 | B.1 | 0.000037 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207G | gAt | gGt | 4 | 4 | B.1.1 | 0.000073 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207D | gaT | gaC | 4 | 4 | B.1.1.519 | 0.000159 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207D | gaT | gaC | 4 | 4 | B.1.239 | 0.004884 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207E | gaT | gaA | 4 | 4 | B.1.36.21 | 0.008639 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207G | gAt | gGt | 4 | 4 | B.1.381 | 0.03125 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207D | gaT | gaC | 4 | 4 | B.1.466.2 | 0.001565 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207N | Gat | Aat | 4 | 4 | B.1.617.2 | 0.000015 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207V | gAt | gTt | 3 | 3 | All | 0.000001 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207D | gaT | gaC | 3 | 3 | AY.103 | 0.000019 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207D | gaT | gaC | 3 | 3 | AY.14 | 0.000264 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207D | gaT | gaC | 3 | 3 | AY.25 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207C | GAt | TGt | 3 | 3 | AY.25 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207Y | Gat | Tat | 3 | 3 | AY.29 | 0.000047 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207D | gaT | gaC | 3 | 3 | AY.3 | 0.00003 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207N | Gat | Aat | 3 | 3 | AY.47 | 0.000093 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207del | GAT | --- | 3 | 3 | B.1 | 0.000027 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207A | gAt | gCt | 3 | 3 | B.1.1.7 | 0.000003 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207Y | Gat | Tat | 3 | 3 | B.1.177 | 0.00004 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207D | gaT | gaC | 3 | 3 | B.1.2 | 0.000026 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207D | gaT | gaC | 3 | 3 | B.1.234 | 0.000396 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207D | gaT | gaC | 3 | 3 | B.1.243 | 0.000209 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207G | gAt | gGt | 3 | 3 | B.1.351 | 0.000089 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207G | gAt | gGt | 3 | 3 | B.1.36.29 | 0.001552 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207del | GAT | --- | 3 | 3 | B.1.427 | 0.000151 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207E | gaT | gaA | 3 | 3 | B.1.609 | 0.001438 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207del | GAT | --- | 3 | 3 | B.1.617.2 | 0.000011 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207D | gaT | gaC | 3 | 3 | B.1.618 | 0.012097 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207Y | Gat | Tat | 2 | 2 | 0.111111 | |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207H | Gat | Cat | 2 | 2 | 0.111111 | |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207G | gAt | gGt | 2 | 2 | A.5 | 0.003846 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207del1 | Gat | -at | 2 | 2 | All | 0 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207D | gaT | gaC | 2 | 2 | AY.100 | 0.000092 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207Y | Gat | Tat | 2 | 2 | AY.102 | 0.000053 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207G | gAt | gGt | 2 | 2 | AY.102 | 0.000053 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207E | gaT | gaA | 2 | 2 | AY.103 | 0.000012 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207del | GAT | --- | 2 | 2 | AY.108 | 0.002205 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207D | gaT | gaC | 2 | 2 | AY.119 | 0.000071 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207D | gaT | gaC | 2 | 2 | AY.120 | 0.000074 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207Y | Gat | Tat | 2 | 2 | AY.25 | 0.000012 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207G | gAt | gGt | 2 | 2 | AY.29 | 0.000032 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207D | gaT | gaC | 2 | 2 | AY.29 | 0.000032 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207Y | Gat | Tat | 2 | 2 | AY.3.1 | 0.000171 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207del | GAT | --- | 2 | 2 | AY.43 | 0.000009 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207H | Gat | Cat | 2 | 2 | AY.43 | 0.000009 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207G | gAt | gGt | 2 | 2 | AY.47 | 0.000062 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207E | gaT | gaA | 2 | 2 | AY.5 | 0.000041 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207del | GAT | --- | 2 | 2 | AY.67 | 0.000929 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207Y | Gat | Tat | 2 | 2 | AY.70 | 0.000417 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207G | gAt | gGt | 2 | 2 | AY.75 | 0.000112 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207G | gAt | gGt | 2 | 2 | AZ.3 | 0.00304 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207N | Gat | Aat | 2 | 2 | B.1 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207G | gAt | gGt | 2 | 2 | B.1.1.207 | 0.002364 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207G | gAt | gGt | 2 | 2 | B.1.1.214 | 0.000111 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207G | gAt | gGt | 2 | 2 | B.1.1.294 | 0.002532 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207E | gaT | gaG | 2 | 2 | B.1.1.355 | 0.030769 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207V | gAt | gTt | 2 | 2 | B.1.1.7 | 0.000002 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207A | gAt | gCt | 2 | 2 | B.1.160.31 | 0.016129 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207del | GAT | --- | 2 | 2 | B.1.2 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.2 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207D | gaT | gaC | 2 | 2 | B.1.221 | 0.000142 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207E | gaT | gaA | 2 | 2 | B.1.240 | 0.000431 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207G | gAt | gGt | 2 | 2 | B.1.289 | 0.005319 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207del | GAT | --- | 2 | 2 | B.1.429 | 0.000047 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207E | gaT | gaA | 2 | 2 | B.1.617.1 | 0.000258 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207E | gaT | gaA | 2 | 2 | B.1.617.2 | 0.000008 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207D | gaT | gaC | 2 | 2 | B.4 | 0.004415 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207Y | Gat | Tat | 2 | 2 | D.2 | 0.00015 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207D | gaT | gaC | 2 | 2 | P.1.15 | 0.000465 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207Y | Gat | Tat | 2 | 2 | Q.3 | 0.00029 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207D | gaT | gaC | 1 | 1 | A | 0.000387 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207D | gaT | gaC | 1 | 1 | A.1 | 0.000282 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207D | gaT | gaC | 1 | 1 | A.2.4 | 0.003367 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207N | Gat | Aat | 1 | 1 | A.5 | 0.001923 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207del2 | GAt | --t | 1 | 1 | All | 0 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207L | GAT | TTA | 1 | 1 | All | 0 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207S | GAt | AGt | 1 | 1 | All | 0 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207Q | GaT | CaG | 1 | 1 | All | 0 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.102 | 0.000027 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.106 | 0.000335 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.111 | 0.000183 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.116 | 0.000287 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.118 | 0.000063 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.119 | 0.000035 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207del | GAT | --- | 1 | 1 | AY.120 | 0.000037 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207del | GAT | --- | 1 | 1 | AY.19 | 0.00114 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.20 | 0.000039 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.23 | 0.00007 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.23 | 0.00007 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.26 | 0.000028 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.27 | 0.000065 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.28 | 0.00189 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.3 | 0.00001 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207C | GAt | TGt | 1 | 1 | AY.3 | 0.00001 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207del | GAT | --- | 1 | 1 | AY.3 | 0.00001 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.33 | 0.000067 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.34.1 | 0.00051 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207L | GAT | TTA | 1 | 1 | AY.37 | 0.000316 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.39 | 0.000025 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207C | GAt | TGt | 1 | 1 | AY.39.1 | 0.00004 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.39.2 | 0.001541 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.4 | 0.000002 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207C | GAt | TGt | 1 | 1 | AY.4 | 0.000002 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207Q | GaT | CaG | 1 | 1 | AY.4 | 0.000002 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207N | Gat | Aat | 1 | 1 | AY.4 | 0.000002 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207del | GAT | --- | 1 | 1 | AY.4.2 | 0.000022 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207E | gaT | gaA | 1 | 1 | AY.4.2 | 0.000022 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207del | GAT | --- | 1 | 1 | AY.4.5 | 0.000107 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207E | gaT | gaA | 1 | 1 | AY.43 | 0.000004 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207del | GAT | --- | 1 | 1 | AY.44 | 0.000006 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.46.2 | 0.000635 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.46.3 | 0.000934 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207N | Gat | Aat | 1 | 1 | AY.46.4 | 0.000165 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.46.6 | 0.000072 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.5 | 0.000021 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.5 | 0.000021 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207N | GaT | AaC | 1 | 1 | AY.5.3 | 0.000337 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.5.4 | 0.000277 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.55 | 0.000917 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.6 | 0.000041 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.61 | 0.000105 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207del | GAT | --- | 1 | 1 | AY.68 | 0.000274 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.7.1 | 0.000113 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207del | GAT | --- | 1 | 1 | AY.72 | 0.001361 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.74 | 0.000116 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207del | GAT | --- | 1 | 1 | AY.75 | 0.000056 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207Y | GaT | TaC | 1 | 1 | AY.75 | 0.000056 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.75 | 0.000056 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207del | GAT | --- | 1 | 1 | AY.78 | 0.001541 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.84 | 0.000437 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207N | Gat | Aat | 1 | 1 | AY.84 | 0.000437 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.88 | 0.000884 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207del | GAT | --- | 1 | 1 | AY.9 | 0.000068 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.9.1 | 0.000084 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.92 | 0.000287 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.94 | 0.000443 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.98 | 0.000079 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.99 | 0.001049 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207G | gAt | gGt | 1 | 1 | B | 0.000128 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207D | gaT | gaC | 1 | 1 | B | 0.000128 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B | 0.000128 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207C | GAt | TGt | 1 | 1 | B.1 | 0.000009 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207V | gAt | gTt | 1 | 1 | B.1 | 0.000009 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207A | gAt | gCt | 1 | 1 | B.1.1 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207E | gaT | gaG | 1 | 1 | B.1.1 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207del | GAT | --- | 1 | 1 | B.1.1 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.1 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207del1 | Gat | -at | 1 | 1 | B.1.1 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.186 | 0.003436 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.214 | 0.000055 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.216 | 0.00089 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.217 | 0.003636 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.1.1.222 | 0.000204 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207A | gAT | gCC | 1 | 1 | B.1.1.232 | 0.001815 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.1.1.265 | 0.003155 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207E | gaT | gaA | 1 | 1 | B.1.1.277 | 0.000759 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.1.317 | 0.000412 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.317 | 0.000412 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.318 | 0.000302 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.351 | 0.002793 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.366 | 0.015873 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207del | GAT | --- | 1 | 1 | B.1.1.420 | 0.001006 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207del | GAT | --- | 1 | 1 | B.1.1.448 | 0.002033 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.1.482 | 0.023256 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207N | Gat | Aat | 1 | 1 | B.1.1.7 | 0.000001 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207del2 | GAt | --t | 1 | 1 | B.1.1.7 | 0.000001 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.128 | 0.000635 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207N | Gat | Aat | 1 | 1 | B.1.146 | 0.004237 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.1.157 | 0.002985 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.160 | 0.000031 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.1.160.33 | 0.004425 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.160.8 | 0.001289 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207del | GAT | --- | 1 | 1 | B.1.160.8 | 0.001289 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207N | Gat | Aat | 1 | 1 | B.1.177 | 0.000013 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207E | gaT | gaG | 1 | 1 | B.1.177 | 0.000013 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.177.12 | 0.000152 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.177.56 | 0.000668 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.177.57 | 0.000281 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.177.81 | 0.000189 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207del | GAT | --- | 1 | 1 | B.1.177.83 | 0.001481 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.177.86 | 0.000183 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.177.86 | 0.000183 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207del | GAT | --- | 1 | 1 | B.1.177.9 | 0.001332 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.214.2 | 0.0006 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207E | gaT | gaG | 1 | 1 | B.1.214.2 | 0.0006 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.221 | 0.000071 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207E | gaT | gaA | 1 | 1 | B.1.243 | 0.00007 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.258 | 0.000067 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207E | gaT | gaA | 1 | 1 | B.1.258.7 | 0.001912 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207N | Gat | Aat | 1 | 1 | B.1.320 | 0.001245 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.324 | 0.001605 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.1.351 | 0.00003 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207del | GAT | --- | 1 | 1 | B.1.36.29 | 0.000517 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207N | Gat | Aat | 1 | 1 | B.1.36.31 | 0.001751 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.1.36.38 | 0.001642 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207N | Gat | Aat | 1 | 1 | B.1.396 | 0.000706 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.404 | 0.001302 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207S | GAt | AGt | 1 | 1 | B.1.427 | 0.00005 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.438.1 | 0.000107 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207A | gAt | gCt | 1 | 1 | B.1.462 | 0.007246 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.466.2 | 0.000391 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207E | gaT | gaG | 1 | 1 | B.1.466.2 | 0.000391 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.473 | 0.019231 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207E | gaT | gaA | 1 | 1 | B.1.509 | 0.000866 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.1.525 | 0.000113 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.1.526 | 0.000024 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.526 | 0.000024 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.1.561 | 0.000397 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207E | gaT | gaA | 1 | 1 | B.1.564.1 | 0.001577 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.580 | 0.004065 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.621 | 0.000089 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.1.623 | 0.000536 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.1.637 | 0.000073 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.3 | 0.000831 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.4.6 | 0.016667 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.52 | 0.010101 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207G | gAt | gGt | 1 | 1 | C.11 | 0.010638 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207del | GAT | --- | 1 | 1 | C.17 | 0.055556 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207Y | Gat | Tat | 1 | 1 | C.36.3 | 0.000567 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207D | gaT | gaC | 1 | 1 | C.37 | 0.000116 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207H | Gat | Cat | 1 | 1 | D.2 | 0.000075 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207del1 | Gat | -at | 1 | 1 | D.2 | 0.000075 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207Y | Gat | Tat | 1 | 1 | P.1 | 0.000016 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207G | gAt | gGt | 1 | 1 | P.1.12 | 0.000484 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207G | gAt | gGt | 1 | 1 | P.1.15 | 0.000232 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207del | GAT | --- | 1 | 1 | Q.2 | 0.000613 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207Y | Gat | Tat | 1 | 1 | R.1 | 0.00009 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207E | gaT | gaA | 1 | 1 | R.1 | 0.00009 |
ORF1ab/nsp13 | 207 | D207D | gaT | gaC | 1 | 1 | R.1 | 0.00009 |
CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk
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