CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp13 : CodonNum = 204

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp13204D204YD5528YnonsynGacTac13021302116846-16848
ORF1ab/nsp13204D204DD5528DsyngaCgaT563563116846-16848
ORF1ab/nsp13204D204ED5528EnonsyngaCgaA1901890.99473716846-16848
ORF1ab/nsp13204D204ED5528EnonsyngaCgaG19010.0052631616846-16848
ORF1ab/nsp13204D204delD5528deldelGAC---5858116846-16848
ORF1ab/nsp13204D204TD5528TnonsynGACACT41400.9756116846-16848
ORF1ab/nsp13204D204TD5528TnonsynGACACG4110.024390216846-16848
ORF1ab/nsp13204D204HD5528HnonsynGacCac2323116846-16848
ORF1ab/nsp13204D204GD5528GnonsyngAcgGc1515116846-16848
ORF1ab/nsp13204D204ND5528NnonsynGacAac1010116846-16848
ORF1ab/nsp13204D204VD5528VnonsyngAcgTc650.83333316846-16848
ORF1ab/nsp13204D204VD5528VnonsyngACgTG610.16666716846-16848
ORF1ab/nsp13204D204del1D5528del1delGac-ac320.66666716846-16848
ORF1ab/nsp13204D204del1D5528del1delgaCga-310.33333316846-16848
ORF1ab/nsp13204D204LD5528LnonsynGACTTG22116846-16848
ORF1ab/nsp13204D204WD5528WnonsynGACTGG22116846-16848

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac13021302All0.000249
ORF1ab/nsp13204D204DgaCgaT563563All0.000108
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac292292B.1.1491
ORF1ab/nsp13204D204EgaCgaA189190All0.000036
ORF1ab/nsp13204D204EgaCgaG1190All0
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac172172AY.40.000268
ORF1ab/nsp13204D204EgaCgaA152152AY.290.002398
ORF1ab/nsp13204D204DgaCgaT144144P.1.70.045977
ORF1ab/nsp13204D204DgaCgaT121121AY.40.000188
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac102102B.1.617.20.000384
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac8686AY.4.50.009244
ORF1ab/nsp13204D204delGAC---5858All0.000011
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac5454B.1.1.70.000048
ORF1ab/nsp13204D204DgaCgaT5050B.1.1.70.000045
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac4646B.10.000421
ORF1ab/nsp13204D204DgaCgaT4242B.1.36.210.090713
ORF1ab/nsp13204D204TGACACT4041All0.000008
ORF1ab/nsp13204D204TGACACG141All0
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac3838AY.1000.001748
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac3232AY.250.000192
ORF1ab/nsp13204D204DgaCgaT3131B.1.10.000562
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac2929B.1.2980.061311
ORF1ab/nsp13204D204DgaCgaT2929C.370.003366
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac2626B.1.5260.000611
ORF1ab/nsp13204D204HGacCac2323All0.000004
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac2222AY.440.000134
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac2121AY.1050.013505
ORF1ab/nsp13204D204TGACACT2121P.20.003919
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac1919AY.430.000084
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac1919B.1.20.000167
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac1919B.1.2430.001322
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac1616AY.1030.000099
ORF1ab/nsp13204D204GgAcgGc1515All0.000003
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac1515AY.50.00031
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac1515AY.610.001572
ORF1ab/nsp13204D204delGAC---1515B.1.1.70.000013
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac1414AY.1020.000371
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac1313P.10.000205
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac1212AY.130.001932
ORF1ab/nsp13204D204DgaCgaT1212AY.250.000072
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac1212B.1.4290.000282
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac1212B.1.4821
ORF1ab/nsp13204D204EgaCgaA1111B.1.1390.008065
ORF1ab/nsp13204D204NGacAac1010All0.000002
ORF1ab/nsp13204D204DgaCgaT1010AY.430.000044
ORF1ab/nsp13204D204HGacCac1010B.1.1.70.000009
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac99A.2.50.004491
ORF1ab/nsp13204D204DgaCgaT99B.1.2650.011436
ORF1ab/nsp13204D204HGacCac99B.1.5250.001018
ORF1ab/nsp13204D204DgaCgaT99B.1.617.20.000034
ORF1ab/nsp13204D204TGACACT99P.10.000142
ORF1ab/nsp13204D204DgaCgaT99P.10.000142
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac88AY.30.00008
ORF1ab/nsp13204D204DgaCgaT88B.10.000073
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac88B.1.10.000145
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac88B.1.1770.000105
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac77AY.1060.002344
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac77B.1.1600.000218
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac77R.10.00063
ORF1ab/nsp13204D204VgAcgTc56All0.000001
ORF1ab/nsp13204D204VgACgTG16All0
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac66AY.1200.000223
ORF1ab/nsp13204D204DgaCgaT66AY.230.000418
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac66AY.290.000095
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac66B.1.1.5190.000238
ORF1ab/nsp13204D204DgaCgaT66B.1.36.220.007246
ORF1ab/nsp13204D204EgaCgaA66B.1.5260.000141
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac66C.36.30.003403
ORF1ab/nsp13204D204delGAC---440.222222
ORF1ab/nsp13204D204GgAcgGc44AY.140.000352
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac44AY.260.000113
ORF1ab/nsp13204D204delGAC---44AY.40.000006
ORF1ab/nsp13204D204DgaCgaT44AY.4.20.000087
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac44B0.000511
ORF1ab/nsp13204D204TGACACT44B.1.10.000073
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac44B.1.177.210.000306
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac44B.1.3600.050633
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac44B.1.617.10.000516
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac44B.1.6210.000354
ORF1ab/nsp13204D204DgaCgaT44N.50.007067
ORF1ab/nsp13204D204del1Gac-ac23All0
ORF1ab/nsp13204D204del1gaCga-13All0
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac33AY.100.00159
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac33AY.1180.000188
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac33AY.200.000117
ORF1ab/nsp13204D204DgaCgaT33AY.260.000085
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac33AY.460.000312
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac33AY.99.20.000276
ORF1ab/nsp13204D204delGAC---33B.10.000027
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac33B.1.1.2220.000612
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac33B.1.1.3180.000905
ORF1ab/nsp13204D204EgaCgaA33B.1.1.70.000003
ORF1ab/nsp13204D204DgaCgaT33B.1.177.810.000568
ORF1ab/nsp13204D204DgaCgaT33B.1.20.000026
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac33B.1.3510.000089
ORF1ab/nsp13204D204delGAC---33B.1.617.20.000011
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac33B.400.001093
ORF1ab/nsp13204D204TGACACT33N.90.017857
ORF1ab/nsp13204D204LGACTTG220.111111
ORF1ab/nsp13204D204NGacAac220.111111
ORF1ab/nsp13204D204WGACTGG220.111111
ORF1ab/nsp13204D204DgaCgaT22A.2.50.000998
ORF1ab/nsp13204D204LGACTTG22All0
ORF1ab/nsp13204D204WGACTGG22All0
ORF1ab/nsp13204D204DgaCgaT22AY.1030.000012
ORF1ab/nsp13204D204EgaCgaA22AY.1030.000012
ORF1ab/nsp13204D204delGAC---22AY.1080.002205
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac22AY.1110.000366
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac22AY.1190.000071
ORF1ab/nsp13204D204DgaCgaT22AY.200.000078
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac22AY.230.000139
ORF1ab/nsp13204D204DgaCgaT22AY.30.00002
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac22AY.3.10.000171
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac22AY.320.001065
ORF1ab/nsp13204D204DgaCgaT22AY.330.000134
ORF1ab/nsp13204D204GgAcgGc22AY.40.000003
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac22AY.450.000243
ORF1ab/nsp13204D204EgaCgaA22AY.530.000575
ORF1ab/nsp13204D204delGAC---22AY.670.000929
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac22AY.700.000417
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac22AY.750.000112
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac22AY.75.10.000361
ORF1ab/nsp13204D204DgaCgaT22AY.98.10.000097
ORF1ab/nsp13204D204delGAC---22B.1.10.000036
ORF1ab/nsp13204D204TGACACT22B.1.1.280.000622
ORF1ab/nsp13204D204DgaCgaT22B.1.1.330.000842
ORF1ab/nsp13204D204DgaCgaT22B.1.1.3480.001592
ORF1ab/nsp13204D204DgaCgaT22B.1.1.3720.001377
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac22B.1.1.3850.008929
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac22B.1.1.390.001019
ORF1ab/nsp13204D204DgaCgaT22B.1.1.5190.000079
ORF1ab/nsp13204D204GgAcgGc22B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp13204D204EgaCgaA22B.1.1.710.012121
ORF1ab/nsp13204D204DgaCgaT22B.1.1600.000062
ORF1ab/nsp13204D204DgaCgaT22B.1.1770.000026
ORF1ab/nsp13204D204EgaCgaA22B.1.177.100.001756
ORF1ab/nsp13204D204delGAC---22B.1.20.000018
ORF1ab/nsp13204D204DgaCgaT22B.1.2210.000142
ORF1ab/nsp13204D204DgaCgaT22B.1.2400.000431
ORF1ab/nsp13204D204DgaCgaT22B.1.2430.000139
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac22B.1.3400.008584
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac22B.1.36.80.002
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac22B.1.390.007812
ORF1ab/nsp13204D204DgaCgaT22B.1.4110.007407
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac22B.1.416.10.003125
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac22B.1.4220.001625
ORF1ab/nsp13204D204delGAC---22B.1.4290.000047
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac22B.1.4970.00063
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac22B.1.5750.000607
ORF1ab/nsp13204D204DgaCgaT22B.1.5950.000522
ORF1ab/nsp13204D204DgaCgaT22B.1.6210.000177
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac22B.1.621.10.001012
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac22B.1.6370.000146
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac22B.1.9.40.01227
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac22C.370.000232
ORF1ab/nsp13204D204DgaCgaT22R.10.00018
ORF1ab/nsp13204D204NGacAac11A.10.000282
ORF1ab/nsp13204D204GgAcgGc11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac11AY.1080.001103
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac11AY.1100.000113
ORF1ab/nsp13204D204delGAC---11AY.1110.000183
ORF1ab/nsp13204D204DgaCgaT11AY.1140.000231
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac11AY.116.10.000311
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac11AY.1170.000085
ORF1ab/nsp13204D204DgaCgaT11AY.1190.000035
ORF1ab/nsp13204D204DgaCgaT11AY.1200.000037
ORF1ab/nsp13204D204delGAC---11AY.1200.000037
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac11AY.1210.000135
ORF1ab/nsp13204D204DgaCgaT11AY.140.000088
ORF1ab/nsp13204D204delGAC---11AY.190.00114
ORF1ab/nsp13204D204GgAcgGc11AY.230.00007
ORF1ab/nsp13204D204GgAcgGc11AY.250.000006
ORF1ab/nsp13204D204DgaCgaT11AY.290.000016
ORF1ab/nsp13204D204EgaCgaA11AY.29.10.000221
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac11AY.29.10.000221
ORF1ab/nsp13204D204DgaCgaT11AY.360.000148
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac11AY.390.000025
ORF1ab/nsp13204D204DgaCgaT11AY.390.000025
ORF1ab/nsp13204D204EgaCgaA11AY.40.000002
ORF1ab/nsp13204D204NGacAac11AY.40.000002
ORF1ab/nsp13204D204delGAC---11AY.4.20.000022
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac11AY.4.20.000022
ORF1ab/nsp13204D204delGAC---11AY.4.50.000107
ORF1ab/nsp13204D204delGAC---11AY.430.000004
ORF1ab/nsp13204D204delGAC---11AY.440.000006
ORF1ab/nsp13204D204EgaCgaA11AY.440.000006
ORF1ab/nsp13204D204DgaCgaT11AY.440.000006
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac11AY.480.000465
ORF1ab/nsp13204D204delGAC---11AY.520.000814
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac11AY.540.000095
ORF1ab/nsp13204D204DgaCgaT11AY.540.000095
ORF1ab/nsp13204D204DgaCgaT11AY.550.000917
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac11AY.60.000041
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac11AY.620.000436
ORF1ab/nsp13204D204delGAC---11AY.680.000274
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac11AY.70.000196
ORF1ab/nsp13204D204delGAC---11AY.720.001361
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac11AY.860.00083
ORF1ab/nsp13204D204delGAC---11AY.90.000068
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac11AY.9.20.000037
ORF1ab/nsp13204D204DgaCgaT11AY.970.001701
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac11AY.980.000079
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac11AY.990.001049
ORF1ab/nsp13204D204VgAcgTc11B0.000128
ORF1ab/nsp13204D204HGacCac11B.10.000009
ORF1ab/nsp13204D204NGacAac11B.10.000009
ORF1ab/nsp13204D204VgAcgTc11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp13204D204NGacAac11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac11B.1.1.10.000327
ORF1ab/nsp13204D204EgaCgaA11B.1.1.2140.000055
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac11B.1.1.2160.00089
ORF1ab/nsp13204D204TGACACG11B.1.1.2320.001815
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac11B.1.1.2370.005405
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac11B.1.1.2610.008621
ORF1ab/nsp13204D204DgaCgaT11B.1.1.2840.000107
ORF1ab/nsp13204D204TGACACT11B.1.1.330.000421
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac11B.1.1.370.000193
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac11B.1.1.3720.000689
ORF1ab/nsp13204D204DgaCgaT11B.1.1.4090.002833
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac11B.1.1.4320.001266
ORF1ab/nsp13204D204delGAC---11B.1.1.4480.002033
ORF1ab/nsp13204D204DgaCgaT11B.1.1.5070.008696
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac11B.1.1.5230.001563
ORF1ab/nsp13204D204NGacAac11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp13204D204VgACgTG11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac11B.1.160.160.000929
ORF1ab/nsp13204D204delGAC---11B.1.160.80.001289
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac11B.1.1700.00431
ORF1ab/nsp13204D204NGacAac11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp13204D204VgAcgTc11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp13204D204del1Gac-ac11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp13204D204GgAcgGc11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp13204D204EgaCgaA11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac11B.1.177.120.000152
ORF1ab/nsp13204D204delGAC---11B.1.177.170.000821
ORF1ab/nsp13204D204delGAC---11B.1.177.830.001481
ORF1ab/nsp13204D204delGAC---11B.1.177.90.001332
ORF1ab/nsp13204D204HGacCac11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp13204D204EgaCgaA11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac11B.1.2100.002132
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac11B.1.2210.000071
ORF1ab/nsp13204D204GgAcgGc11B.1.2580.000067
ORF1ab/nsp13204D204del1Gac-ac11B.1.2580.000067
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac11B.1.2580.000067
ORF1ab/nsp13204D204DgaCgaT11B.1.258.170.000104
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac11B.1.3110.000275
ORF1ab/nsp13204D204VgAcgTc11B.1.3510.00003
ORF1ab/nsp13204D204DgaCgaT11B.1.3510.00003
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac11B.1.36.10.00114
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac11B.1.36.290.000517
ORF1ab/nsp13204D204delGAC---11B.1.36.290.000517
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac11B.1.3830.009009
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac11B.1.3890.001002
ORF1ab/nsp13204D204NGacAac11B.1.3890.001002
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac11B.1.4270.00005
ORF1ab/nsp13204D204del1gaCga-11B.1.4270.00005
ORF1ab/nsp13204D204delGAC---11B.1.4270.00005
ORF1ab/nsp13204D204DgaCgaT11B.1.4290.000024
ORF1ab/nsp13204D204EgaCgaA11B.1.466.20.000391
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac11B.1.4670.04
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac11B.1.5030.002488
ORF1ab/nsp13204D204DgaCgaT11B.1.5260.000024
ORF1ab/nsp13204D204DgaCgaT11B.1.5750.000303
ORF1ab/nsp13204D204DgaCgaT11B.1.5870.001898
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac11B.1.5950.000261
ORF1ab/nsp13204D204EgaCgaA11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp13204D204GgAcgGc11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp13204D204VgAcgTc11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp13204D204HGacCac11B.1.6360.006711
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac11B.1.760.011364
ORF1ab/nsp13204D204delGAC---11C.170.055556
ORF1ab/nsp13204D204EgaCgaG11C.350.000774
ORF1ab/nsp13204D204HGacCac11D.20.000075
ORF1ab/nsp13204D204NGacAac11P.10.000016
ORF1ab/nsp13204D204DgaCgaT11P.1.140.000048
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac11P.1.140.000048
ORF1ab/nsp13204D204EgaCgaA11P.20.000187
ORF1ab/nsp13204D204YGacTac11Q.10.000126
ORF1ab/nsp13204D204DgaCgaT11Q.10.000126
ORF1ab/nsp13204D204GgAcgGc11R.10.00009