CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp13 : CodonNum = 201

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp13201E201EE5525EsyngaAgaG188188116837-16839
ORF1ab/nsp13201E201KE5525KnonsynGaaAaa5353116837-16839
ORF1ab/nsp13201E201GE5525GnonsyngAagGa4949116837-16839
ORF1ab/nsp13201E201delE5525deldelGAA---4747116837-16839
ORF1ab/nsp13201E201XE5525XnonsynGaaTaa2626116837-16839
ORF1ab/nsp13201E201del1E5525del1delgAag-a24120.516837-16839
ORF1ab/nsp13201E201del1E5525del1delGaa-aa24110.45833316837-16839
ORF1ab/nsp13201E201del1E5525del1delGAa-Ga2410.041666716837-16839
ORF1ab/nsp13201E201DE5525DnonsyngaAgaC22140.63636416837-16839
ORF1ab/nsp13201E201DE5525DnonsyngaAgaT2280.36363616837-16839
ORF1ab/nsp13201E201AE5525AnonsyngAagCa20170.8516837-16839
ORF1ab/nsp13201E201AE5525AnonsyngAAgCT2010.0516837-16839
ORF1ab/nsp13201E201AE5525AnonsyngAAgCC2010.0516837-16839
ORF1ab/nsp13201E201AE5525AnonsyngAAgCG2010.0516837-16839
ORF1ab/nsp13201E201QE5525QnonsynGaaCaa13110.84615416837-16839
ORF1ab/nsp13201E201QE5525QnonsynGaACaG1320.15384616837-16839
ORF1ab/nsp13201E201TE5525TnonsynGAaACa66116837-16839
ORF1ab/nsp13201E201del2E5525del2delgAAg--55116837-16839
ORF1ab/nsp13201E201YE5525YnonsynGaATaC33116837-16839
ORF1ab/nsp13201E201HE5525HnonsynGaACaC22116837-16839
ORF1ab/nsp13201E201FE5525FnonsynGAATTC22116837-16839
ORF1ab/nsp13201E201SE5525SnonsynGAAAGT22116837-16839
ORF1ab/nsp13201E201VE5525VnonsyngAAgTC210.516837-16839
ORF1ab/nsp13201E201VE5525VnonsyngAagTa210.516837-16839
ORF1ab/nsp13201E201PE5525PnonsynGAACCG210.516837-16839
ORF1ab/nsp13201E201PE5525PnonsynGAACCC210.516837-16839
ORF1ab/nsp13201E201LE5525LnonsynGAaTTa11116837-16839

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp13201E201EgaAgaG188188All0.000036
ORF1ab/nsp13201E201KGaaAaa5353All0.00001
ORF1ab/nsp13201E201GgAagGa4949All0.000009
ORF1ab/nsp13201E201delGAA---4747All0.000009
ORF1ab/nsp13201E201EgaAgaG4545B.1.4980.918367
ORF1ab/nsp13201E201XGaaTaa2626All0.000005
ORF1ab/nsp13201E201EgaAgaG2525B.1.1600.00078
ORF1ab/nsp13201E201del1gAag-a1224All0.000002
ORF1ab/nsp13201E201del1Gaa-aa1124All0.000002
ORF1ab/nsp13201E201del1GAa-Ga124All0
ORF1ab/nsp13201E201DgaAgaC1422All0.000003
ORF1ab/nsp13201E201DgaAgaT822All0.000002
ORF1ab/nsp13201E201EgaAgaG2222AY.40.000034
ORF1ab/nsp13201E201AgAagCa1720All0.000003
ORF1ab/nsp13201E201AgAAgCT120All0
ORF1ab/nsp13201E201AgAAgCG120All0
ORF1ab/nsp13201E201AgAAgCC120All0
ORF1ab/nsp13201E201delGAA---1414B.1.1.70.000013
ORF1ab/nsp13201E201QGaaCaa1113All0.000002
ORF1ab/nsp13201E201QGaACaG213All0
ORF1ab/nsp13201E201XGaaTaa1111B.1.1.70.00001
ORF1ab/nsp13201E201EgaAgaG1111B.1.617.20.000041
ORF1ab/nsp13201E201KGaaAaa99B.10.000082
ORF1ab/nsp13201E201EgaAgaG99B.1.1.5190.000357
ORF1ab/nsp13201E201EgaAgaG99B.1.1.70.000008
ORF1ab/nsp13201E201del1Gaa-aa89B.1.1.70.000007
ORF1ab/nsp13201E201del1gAag-a19B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp13201E201EgaAgaG88B.10.000073
ORF1ab/nsp13201E201EgaAgaG88B.1.1770.000105
ORF1ab/nsp13201E201XGaaTaa88B.1.5250.000905
ORF1ab/nsp13201E201EgaAgaG88C.370.000929
ORF1ab/nsp13201E201TGAaACa66All0.000001
ORF1ab/nsp13201E201EgaAgaG66AY.1020.000159
ORF1ab/nsp13201E201GgAagGa66AY.3.10.000512
ORF1ab/nsp13201E201EgaAgaG66AY.3.10.000512
ORF1ab/nsp13201E201GgAagGa66B.1.1.70.000005
ORF1ab/nsp13201E201KGaaAaa66D.20.00045
ORF1ab/nsp13201E201del2gAAg--55All0.000001
ORF1ab/nsp13201E201EgaAgaG55AY.250.00003
ORF1ab/nsp13201E201AgAagCa35B.10.000027
ORF1ab/nsp13201E201AgAAgCG15B.10.000009
ORF1ab/nsp13201E201AgAAgCC15B.10.000009
ORF1ab/nsp13201E201EgaAgaG55B.1.20.000044
ORF1ab/nsp13201E201KGaaAaa55B.1.617.20.000019
ORF1ab/nsp13201E201GgAagGa44AY.40.000006
ORF1ab/nsp13201E201GgAagGa44AY.470.000124
ORF1ab/nsp13201E201XGaaTaa44B.10.000037
ORF1ab/nsp13201E201KGaaAaa44B.1.10.000073
ORF1ab/nsp13201E201KGaaAaa44B.1.1.70.000004
ORF1ab/nsp13201E201DgaAgaT24B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp13201E201DgaAgaC24B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp13201E201EgaAgaG44B.1.5170.001708
ORF1ab/nsp13201E201YGaATaC33All0.000001
ORF1ab/nsp13201E201delGAA---33AY.40.000005
ORF1ab/nsp13201E201QGaaCaa33AY.430.000013
ORF1ab/nsp13201E201DgaAgaC23AY.440.000012
ORF1ab/nsp13201E201DgaAgaT13AY.440.000006
ORF1ab/nsp13201E201delGAA---33B.10.000027
ORF1ab/nsp13201E201del1gAag-a33B.1.10.000054
ORF1ab/nsp13201E201AgAagCa33B.1.20.000026
ORF1ab/nsp13201E201AgAagCa33B.1.617.20.000011
ORF1ab/nsp13201E201AgAagCa220.111111
ORF1ab/nsp13201E201DgaAgaC220.111111
ORF1ab/nsp13201E201delGAA---220.111111
ORF1ab/nsp13201E201SGAAAGT220.111111
ORF1ab/nsp13201E201VgAAgTC12A.2.40.003367
ORF1ab/nsp13201E201VgAagTa12A.2.40.003367
ORF1ab/nsp13201E201HGaACaC22All0
ORF1ab/nsp13201E201SGAAAGT22All0
ORF1ab/nsp13201E201FGAATTC22All0
ORF1ab/nsp13201E201VgAAgTC12All0
ORF1ab/nsp13201E201VgAagTa12All0
ORF1ab/nsp13201E201PGAACCC12All0
ORF1ab/nsp13201E201PGAACCG12All0
ORF1ab/nsp13201E201GgAagGa22AY.1130.000285
ORF1ab/nsp13201E201QGaaCaa22AY.390.000049
ORF1ab/nsp13201E201KGaaAaa22AY.40.000003
ORF1ab/nsp13201E201TGAaACa22AY.430.000009
ORF1ab/nsp13201E201GgAagGa22AY.440.000012
ORF1ab/nsp13201E201DgaAgaT22AY.50.000041
ORF1ab/nsp13201E201DgaAgaC22B.10.000018
ORF1ab/nsp13201E201PGAACCC12B.10.000009
ORF1ab/nsp13201E201PGAACCG12B.10.000009
ORF1ab/nsp13201E201QGaaCaa22B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp13201E201AgAAgCT12B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp13201E201AgAagCa12B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp13201E201del1gAag-a12B.1.1600.000031
ORF1ab/nsp13201E201del1Gaa-aa12B.1.1600.000031
ORF1ab/nsp13201E201delGAA---22B.1.1770.000026
ORF1ab/nsp13201E201delGAA---22B.1.20.000018
ORF1ab/nsp13201E201GgAagGa22B.1.20.000018
ORF1ab/nsp13201E201KGaaAaa22B.1.20.000018
ORF1ab/nsp13201E201DgaAgaT12B.1.20.000009
ORF1ab/nsp13201E201DgaAgaC12B.1.20.000009
ORF1ab/nsp13201E201EgaAgaG22B.1.4970.00063
ORF1ab/nsp13201E201delGAA---22B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp13201E201GgAagGa22B.1.6210.000177
ORF1ab/nsp13201E201GgAagGa22P.10.000032
ORF1ab/nsp13201E201GgAagGa22P.20.000373
ORF1ab/nsp13201E201FGAATTC11A.20.000662
ORF1ab/nsp13201E201KGaaAaa11A.20.000662
ORF1ab/nsp13201E201GgAagGa11A.2.40.003367
ORF1ab/nsp13201E201DgaAgaC11A.2.40.003367
ORF1ab/nsp13201E201YGaATaC11A.2.40.003367
ORF1ab/nsp13201E201FGAATTC11A.2.40.003367
ORF1ab/nsp13201E201LGAaTTa11A.2.40.003367
ORF1ab/nsp13201E201XGaaTaa11A.2.40.003367
ORF1ab/nsp13201E201del2gAAg--11A.270.001656
ORF1ab/nsp13201E201LGAaTTa11All0
ORF1ab/nsp13201E201del1gAag-a11AY.1000.000046
ORF1ab/nsp13201E201KGaaAaa11AY.1020.000027
ORF1ab/nsp13201E201del1GAa-Ga11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp13201E201EgaAgaG11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp13201E201delGAA---11AY.1080.001103
ORF1ab/nsp13201E201delGAA---11AY.1110.000183
ORF1ab/nsp13201E201KGaaAaa11AY.1130.000142
ORF1ab/nsp13201E201AgAagCa11AY.1130.000142
ORF1ab/nsp13201E201TGAaACa11AY.1130.000142
ORF1ab/nsp13201E201delGAA---11AY.1200.000037
ORF1ab/nsp13201E201KGaaAaa11AY.16.10.00047
ORF1ab/nsp13201E201delGAA---11AY.190.00114
ORF1ab/nsp13201E201KGaaAaa11AY.250.000006
ORF1ab/nsp13201E201GgAagGa11AY.250.000006
ORF1ab/nsp13201E201DgaAgaC11AY.250.000006
ORF1ab/nsp13201E201DgaAgaC11AY.30.00001
ORF1ab/nsp13201E201del1gAag-a11AY.30.00001
ORF1ab/nsp13201E201EgaAgaG11AY.30.00001
ORF1ab/nsp13201E201EgaAgaG11AY.330.000067
ORF1ab/nsp13201E201KGaaAaa11AY.390.000025
ORF1ab/nsp13201E201EgaAgaG11AY.390.000025
ORF1ab/nsp13201E201GgAagGa11AY.390.000025
ORF1ab/nsp13201E201DgaAgaC11AY.390.000025
ORF1ab/nsp13201E201KGaaAaa11AY.39.10.00004
ORF1ab/nsp13201E201QGaaCaa11AY.4.20.000022
ORF1ab/nsp13201E201delGAA---11AY.4.50.000107
ORF1ab/nsp13201E201delGAA---11AY.430.000004
ORF1ab/nsp13201E201YGaATaC11AY.430.000004
ORF1ab/nsp13201E201EgaAgaG11AY.440.000006
ORF1ab/nsp13201E201delGAA---11AY.440.000006
ORF1ab/nsp13201E201del1gAag-a11AY.440.000006
ORF1ab/nsp13201E201GgAagGa11AY.46.40.000165
ORF1ab/nsp13201E201delGAA---11AY.520.000814
ORF1ab/nsp13201E201GgAagGa11AY.670.000464
ORF1ab/nsp13201E201delGAA---11AY.670.000464
ORF1ab/nsp13201E201TGAaACa11AY.670.000464
ORF1ab/nsp13201E201delGAA---11AY.680.000274
ORF1ab/nsp13201E201delGAA---11AY.720.001361
ORF1ab/nsp13201E201GgAagGa11AY.750.000056
ORF1ab/nsp13201E201HGaACaC11AY.840.000437
ORF1ab/nsp13201E201EgaAgaG11AY.840.000437
ORF1ab/nsp13201E201QGaACaG11AY.840.000437
ORF1ab/nsp13201E201DgaAgaC11AY.840.000437
ORF1ab/nsp13201E201EgaAgaG11AY.850.000427
ORF1ab/nsp13201E201delGAA---11AY.90.000068
ORF1ab/nsp13201E201GgAagGa11AY.9.20.000037
ORF1ab/nsp13201E201AgAagCa11AY.9.20.000037
ORF1ab/nsp13201E201TGAaACa11AY.9.20.000037
ORF1ab/nsp13201E201KGaaAaa11AY.9.20.000037
ORF1ab/nsp13201E201del2gAAg--11AY.910.00073
ORF1ab/nsp13201E201del1gAag-a11AY.940.000443
ORF1ab/nsp13201E201YGaATaC11AY.990.001049
ORF1ab/nsp13201E201KGaaAaa11B0.000128
ORF1ab/nsp13201E201QGaACaG11B.10.000009
ORF1ab/nsp13201E201HGaACaC11B.10.000009
ORF1ab/nsp13201E201GgAagGa11B.10.000009
ORF1ab/nsp13201E201EgaAgaG11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp13201E201delGAA---11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp13201E201GgAagGa11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp13201E201delGAA---11B.1.1.1390.022727
ORF1ab/nsp13201E201KGaaAaa11B.1.1.1740.003378
ORF1ab/nsp13201E201del2gAAg--11B.1.1.2070.001182
ORF1ab/nsp13201E201KGaaAaa11B.1.1.2690.001353
ORF1ab/nsp13201E201EgaAgaG11B.1.1.3370.003597
ORF1ab/nsp13201E201GgAagGa11B.1.1.3480.000796
ORF1ab/nsp13201E201AgAagCa11B.1.1.4140.142857
ORF1ab/nsp13201E201KGaaAaa11B.1.1.4210.030303
ORF1ab/nsp13201E201delGAA---11B.1.1.4480.002033
ORF1ab/nsp13201E201EgaAgaG11B.1.1.500.000679
ORF1ab/nsp13201E201del2gAAg--11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp13201E201del2gAAg--11B.1.1600.000031
ORF1ab/nsp13201E201AgAagCa11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp13201E201delGAA---11B.1.177.170.000821
ORF1ab/nsp13201E201KGaaAaa11B.1.177.570.000281
ORF1ab/nsp13201E201KGaaAaa11B.1.177.650.000665
ORF1ab/nsp13201E201del1Gaa-aa11B.1.177.820.000477
ORF1ab/nsp13201E201delGAA---11B.1.177.830.001481
ORF1ab/nsp13201E201del1gAag-a11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp13201E201EgaAgaG11B.1.2210.000071
ORF1ab/nsp13201E201KGaaAaa11B.1.2360.002053
ORF1ab/nsp13201E201KGaaAaa11B.1.2390.001221
ORF1ab/nsp13201E201GgAagGa11B.1.2430.00007
ORF1ab/nsp13201E201AgAagCa11B.1.2430.00007
ORF1ab/nsp13201E201DgaAgaT11B.1.258.140.00098
ORF1ab/nsp13201E201GgAagGa11B.1.2790.000514
ORF1ab/nsp13201E201QGaaCaa11B.1.3350.010309
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