CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp13 : CodonNum = 2

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp132V2VV5326VsyngtTgtA22286137740.61805616240-16242
ORF1ab/nsp132V2VV5326VsyngtTgtG2228683330.37391216240-16242
ORF1ab/nsp132V2VV5326VsyngtTgtC222861790.0080319516240-16242
ORF1ab/nsp132V2delV5326deldelGTT---9595116240-16242
ORF1ab/nsp132V2IV5326InonsynGttAtt1212116240-16242
ORF1ab/nsp132V2AV5326AnonsyngTtgCt12110.91666716240-16242
ORF1ab/nsp132V2AV5326AnonsyngTTgCC1210.083333316240-16242
ORF1ab/nsp132V2FV5326FnonsynGttTtt77116240-16242
ORF1ab/nsp132V2GV5326GnonsyngTtgGt55116240-16242
ORF1ab/nsp132V2del1V5326del1delGtt-tt540.816240-16242
ORF1ab/nsp132V2del1V5326del1delGtT-tG510.216240-16242
ORF1ab/nsp132V2SV5326SnonsynGTtAGt310.33333316240-16242
ORF1ab/nsp132V2SV5326SnonsynGTTTCG310.33333316240-16242
ORF1ab/nsp132V2SV5326SnonsynGTTTCC310.33333316240-16242
ORF1ab/nsp132V2DV5326DnonsyngTtgAt22116240-16242
ORF1ab/nsp132V2HV5326HnonsynGTTCAC22116240-16242
ORF1ab/nsp132V2LV5326LnonsynGttCtt22116240-16242
ORF1ab/nsp132V2NV5326NnonsynGTtAAt11116240-16242
ORF1ab/nsp132V2PV5326PnonsynGTTCCC11116240-16242
ORF1ab/nsp132V2YV5326YnonsynGTTTAC11116240-16242
ORF1ab/nsp132V2del2V5326del2delGTt--t11116240-16242

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtA1377422286All0.002634
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtG833322286All0.001594
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtC17922286All0.000034
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtA1299212992B.1.177.210.9935
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtG50405040AY.46.51
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtG30013075B.1.617.20.0113
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtA633075B.1.617.20.000237
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtC113075B.1.617.20.000041
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtA428451B.1.1.70.000383
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtC23451B.1.1.70.000021
ORF1ab/nsp132V2delGTT---9595All0.000018
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtA4581AY.40.00007
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtC2481AY.40.000037
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtG1281AY.40.000019
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtG6464AY.460.006661
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtG5659AY.390.001384
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtA259AY.390.000049
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtC159AY.390.000025
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtA3555AY.440.000213
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtG1955AY.440.000116
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtC155AY.440.000006
ORF1ab/nsp132V2delGTT---4646B.1.1.70.000041
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtG4545AY.46.30.042017
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtG3636AY.420.001448
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtA3536B.1.1770.000461
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtC136B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtA3233B.10.000293
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtC133B.10.000009
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtG2727B.1.619.10.017319
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtC2124AY.50.000434
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtG224AY.50.000041
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtA124AY.50.000021
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtA1717AY.200.000661
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtC1616B.1.1.1640.082474
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtA1313AY.1000.000598
ORF1ab/nsp132V2IGttAtt1212All0.000002
ORF1ab/nsp132V2AgTtgCt1112All0.000002
ORF1ab/nsp132V2AgTTgCC112All0
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtA1212B.1.5960.001046
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtA1112B.1.6210.000974
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtG112B.1.6210.000089
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtA911AY.1020.000239
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtG211AY.1020.000053
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtA611B.1.20.000053
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtC511B.1.20.000044
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtC610AY.430.000027
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtA310AY.430.000013
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtG110AY.430.000004
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtA1010Q.10.001263
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtA68AY.250.000036
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtC28AY.250.000012
ORF1ab/nsp132V2delGTT---88B.1.1770.000105
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtA88Q.30.00116
ORF1ab/nsp132V2FGttTtt77All0.000001
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtA47B.1.10.000073
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtC37B.1.10.000054
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtC77B.1.2210.000497
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtC57P.10.000079
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtA27P.10.000032
ORF1ab/nsp132V2delGTT---66AY.40.000009
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtC66B.1.5750.00182
ORF1ab/nsp132V2GgTtgGt55All0.000001
ORF1ab/nsp132V2del1Gtt-tt45All0.000001
ORF1ab/nsp132V2del1GtT-tG15All0
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtC55B.1.1.2140.000277
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtC45B.1.1.330.001684
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtA15B.1.1.330.000421
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtG55B.1.1.5190.000199
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtA55B.1.5260.000118
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtA24AY.1030.000012
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtC24AY.1030.000012
ORF1ab/nsp132V2SGTtAGt13All0
ORF1ab/nsp132V2SGTTTCG13All0
ORF1ab/nsp132V2SGTTTCC13All0
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtG23AY.1130.000285
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtA13AY.1130.000142
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtC23AY.290.000032
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtA13AY.290.000016
ORF1ab/nsp132V2delGTT---33AY.4.50.000322
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtC33AY.9.20.00011
ORF1ab/nsp132V2delGTT---33B.1.10.000054
ORF1ab/nsp132V2del1Gtt-tt23B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp132V2del1GtT-tG13B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtC33B.1.177.870.002183
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtA23B.1.3510.000059
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtC13B.1.3510.00003
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtC33B.1.5950.000783
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtA33C.260.022059
ORF1ab/nsp132V2DgTtgAt220.111111
ORF1ab/nsp132V2delGTT---220.111111
ORF1ab/nsp132V2AgTtgCt220.111111
ORF1ab/nsp132V2LGttCtt22All0
ORF1ab/nsp132V2HGTTCAC22All0
ORF1ab/nsp132V2DgTtgAt22All0
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtA22AY.1110.000366
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtC22AY.29.10.000441
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtC22AY.30.00002
ORF1ab/nsp132V2AgTtgCt22AY.40.000003
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtC22AY.4.20.000043
ORF1ab/nsp132V2SGTTTCG12AY.430.000004
ORF1ab/nsp132V2SGTtAGt12AY.430.000004
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtG22AY.46.20.001271
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtG22AY.46.60.000144
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtG12AY.470.000031
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtA12AY.470.000031
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtG22AY.5.30.000675
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtC22AY.700.000417
ORF1ab/nsp132V2delGTT---22B.10.000018
ORF1ab/nsp132V2delGTT---22B.1.1.3110.000716
ORF1ab/nsp132V2AgTtgCt22B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtC22B.1.177.120.000303
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtA22B.1.177.860.000367
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtA22B.1.617.10.000258
ORF1ab/nsp132V2del1Gtt-tt22B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtA22C.140.008658
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtA11A0.000387
ORF1ab/nsp132V2delGTT---11A0.000387
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtC11A.10.000282
ORF1ab/nsp132V2IGttAtt11A.2.30.004739
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtA11AA.10.007246
ORF1ab/nsp132V2YGTTTAC11All0
ORF1ab/nsp132V2PGTTCCC11All0
ORF1ab/nsp132V2del2GTt--t11All0
ORF1ab/nsp132V2NGTtAAt11All0
ORF1ab/nsp132V2IGttAtt11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtC11AY.1040.001984
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtA11AY.1050.000643
ORF1ab/nsp132V2HGTTCAC11AY.1130.000142
ORF1ab/nsp132V2YGTTTAC11AY.1130.000142
ORF1ab/nsp132V2PGTTCCC11AY.1130.000142
ORF1ab/nsp132V2SGTTTCC11AY.1130.000142
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtG11AY.1170.000085
ORF1ab/nsp132V2IGttAtt11AY.1170.000085
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtC11AY.1190.000035
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtC11AY.1200.000037
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtA11AY.140.000088
ORF1ab/nsp132V2IGttAtt11AY.230.00007
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtC11AY.230.00007
ORF1ab/nsp132V2FGttTtt11AY.230.00007
ORF1ab/nsp132V2AgTtgCt11AY.260.000028
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtC11AY.260.000028
ORF1ab/nsp132V2delGTT---11AY.30.00001
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtG11AY.34.10.00051
ORF1ab/nsp132V2FGttTtt11AY.350.000233
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtA11AY.380.000499
ORF1ab/nsp132V2delGTT---11AY.390.000025
ORF1ab/nsp132V2IGttAtt11AY.40.000002
ORF1ab/nsp132V2IGttAtt11AY.420.00004
ORF1ab/nsp132V2GgTtgGt11AY.430.000004
ORF1ab/nsp132V2delGTT---11AY.430.000004
ORF1ab/nsp132V2AgTtgCt11AY.430.000004
ORF1ab/nsp132V2IGttAtt11AY.440.000006
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtG11AY.450.000122
ORF1ab/nsp132V2FGttTtt11AY.460.000104
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtG11AY.46.10.001027
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtG11AY.46.40.000165
ORF1ab/nsp132V2GgTtgGt11AY.5.30.000337
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtG11AY.5.40.000277
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtG11AY.530.000288
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtG11AY.570.000656
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtG11AY.580.000907
ORF1ab/nsp132V2HGTTCAC11AY.670.000464
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtG11AY.7.20.000559
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtA11AY.710.000475
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtG11AY.750.000056
ORF1ab/nsp132V2NGTtAAt11AY.840.000437
ORF1ab/nsp132V2delGTT---11AY.90.000068
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtG11AY.920.000287
ORF1ab/nsp132V2AgTTgCC11AY.990.001049
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtC11AY.99.20.000092
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtA11B0.000128
ORF1ab/nsp132V2IGttAtt11B0.000128
ORF1ab/nsp132V2FGttTtt11B.10.000009
ORF1ab/nsp132V2GgTtgGt11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp132V2LGttCtt11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtA11B.1.1.2080.012195
ORF1ab/nsp132V2delGTT---11B.1.1.2320.001815
ORF1ab/nsp132V2AgTtgCt11B.1.1.250.000569
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtC11B.1.1.2530.002506
ORF1ab/nsp132V2delGTT---11B.1.1.370.000193
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtC11B.1.1.4060.006494
ORF1ab/nsp132V2del2GTt--t11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp132V2LGttCtt11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtG11B.1.1110.001175
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtC11B.1.1460.004237
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtA11B.1.1600.000031
ORF1ab/nsp132V2delGTT---11B.1.177.180.00116
ORF1ab/nsp132V2delGTT---11B.1.177.190.001431
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtA11B.1.177.450.000381
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtA11B.1.177.510.004566
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtA11B.1.177.60.000977
ORF1ab/nsp132V2delGTT---11B.1.177.620.001192
ORF1ab/nsp132V2delGTT---11B.1.177.680.015152
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtA11B.1.177.700.005917
ORF1ab/nsp132V2delGTT---11B.1.177.730.000566
ORF1ab/nsp132V2IGttAtt11B.1.177.860.000183
ORF1ab/nsp132V2delGTT---11B.1.177.90.001332
ORF1ab/nsp132V2IGttAtt11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp132V2FGttTtt11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp132V2delGTT---11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp132V2GgTtgGt11B.1.2320.000537
ORF1ab/nsp132V2IGttAtt11B.1.2580.000067
ORF1ab/nsp132V2delGTT---11B.1.2580.000067
ORF1ab/nsp132V2delGTT---11B.1.416.10.001563
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtA11B.1.4290.000024
ORF1ab/nsp132V2delGTT---11B.1.4530.003236
ORF1ab/nsp132V2GgTtgGt11B.1.466.20.000391
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtC11B.1.4690.00361
ORF1ab/nsp132V2delGTT---11B.1.5760.000907
ORF1ab/nsp132V2delGTT---11B.1.5850.027778
ORF1ab/nsp132V2AgTtgCt11B.1.595.40.007299
ORF1ab/nsp132V2delGTT---11B.1.5960.000087
ORF1ab/nsp132V2delGTT---11B.1.617.10.000129
ORF1ab/nsp132V2AgTtgCt11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp132V2delGTT---11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp132V2FGttTtt11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtA11B.1.621.10.000506
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtC11B.1.6390.021739
ORF1ab/nsp132V2IGttAtt11C.160.00106
ORF1ab/nsp132V2delGTT---11C.170.055556
ORF1ab/nsp132V2FGttTtt11P.10.000016
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtC11P.1.150.000232
ORF1ab/nsp132V2VgtTgtA11P.1.70.000319