CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp13 : CodonNum = 190

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp13190N190NN5514NsynaaCaaT31863186116804-16806
ORF1ab/nsp13190N190delN5514deldelAAC---4949116804-16806
ORF1ab/nsp13190N190KN5514KnonsynaaCaaA26250.96153816804-16806
ORF1ab/nsp13190N190IN5514InonsynaAcaTc26120.46153816804-16806
ORF1ab/nsp13190N190IN5514InonsynaACaTT2680.30769216804-16806
ORF1ab/nsp13190N190IN5514InonsynaACaTA2660.23076916804-16806
ORF1ab/nsp13190N190KN5514KnonsynaaCaaG2610.038461516804-16806
ORF1ab/nsp13190N190TN5514TnonsynaAcaCc25150.616804-16806
ORF1ab/nsp13190N190TN5514TnonsynaACaCT2550.216804-16806
ORF1ab/nsp13190N190TN5514TnonsynaACaCA2550.216804-16806
ORF1ab/nsp13190N190DN5514DnonsynAacGac1515116804-16806
ORF1ab/nsp13190N190SN5514SnonsynaACaGT740.57142916804-16806
ORF1ab/nsp13190N190SN5514SnonsynaAcaGc730.42857116804-16806
ORF1ab/nsp13190N190HN5514HnonsynAacCac650.83333316804-16806
ORF1ab/nsp13190N190HN5514HnonsynAaCCaT610.16666716804-16806
ORF1ab/nsp13190N190YN5514YnonsynAacTac22116804-16806
ORF1ab/nsp13190N190GN5514GnonsynAAcGGc210.516804-16806
ORF1ab/nsp13190N190GN5514GnonsynAACGGA210.516804-16806
ORF1ab/nsp13190N190EN5514EnonsynAaCGaA11116804-16806
ORF1ab/nsp13190N190RN5514RnonsynaACaGA11116804-16806

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp13190N190NaaCaaT31863186All0.000609
ORF1ab/nsp13190N190NaaCaaT18931893B.1.2790.972265
ORF1ab/nsp13190N190NaaCaaT900900B.1.1.70.000806
ORF1ab/nsp13190N190NaaCaaT121121AY.40.000188
ORF1ab/nsp13190N190delAAC---4949All0.000009
ORF1ab/nsp13190N190KaaCaaA2526All0.000005
ORF1ab/nsp13190N190IaAcaTc1226All0.000002
ORF1ab/nsp13190N190IaACaTT826All0.000002
ORF1ab/nsp13190N190IaACaTA626All0.000001
ORF1ab/nsp13190N190KaaCaaG126All0
ORF1ab/nsp13190N190TaAcaCc1525All0.000003
ORF1ab/nsp13190N190TaACaCT525All0.000001
ORF1ab/nsp13190N190TaACaCA525All0.000001
ORF1ab/nsp13190N190NaaCaaT2323B.1.617.20.000087
ORF1ab/nsp13190N190NaaCaaT2121AY.440.000128
ORF1ab/nsp13190N190NaaCaaT2121B.10.000192
ORF1ab/nsp13190N190delAAC---2020B.1.1.70.000018
ORF1ab/nsp13190N190NaaCaaT1919B.1.1.3720.013085
ORF1ab/nsp13190N190IaAcaTc716B.10.000064
ORF1ab/nsp13190N190IaACaTA616B.10.000055
ORF1ab/nsp13190N190IaACaTT316B.10.000027
ORF1ab/nsp13190N190DAacGac1515All0.000003
ORF1ab/nsp13190N190NaaCaaT1515AY.330.001002
ORF1ab/nsp13190N190KaaCaaA1414B.1.1.70.000013
ORF1ab/nsp13190N190NaaCaaT1414B.1.3510.000416
ORF1ab/nsp13190N190NaaCaaT1313B.1.1.1760.005712
ORF1ab/nsp13190N190NaaCaaT1111AY.1170.00093
ORF1ab/nsp13190N190TaAcaCc411B.10.000037
ORF1ab/nsp13190N190TaACaCA411B.10.000037
ORF1ab/nsp13190N190TaACaCT311B.10.000027
ORF1ab/nsp13190N190NaaCaaT1010AY.1030.000062
ORF1ab/nsp13190N190NaaCaaT1010P.10.000158
ORF1ab/nsp13190N190KaaCaaA88B.10.000073
ORF1ab/nsp13190N190SaACaGT47All0.000001
ORF1ab/nsp13190N190SaAcaGc37All0.000001
ORF1ab/nsp13190N190NaaCaaT77B.1.1770.000092
ORF1ab/nsp13190N190HAacCac56All0.000001
ORF1ab/nsp13190N190HAaCCaT16All0
ORF1ab/nsp13190N190NaaCaaT66B.1.20.000053
ORF1ab/nsp13190N190delAAC---55AY.40.000008
ORF1ab/nsp13190N190NaaCaaT55AY.430.000022
ORF1ab/nsp13190N190NaaCaaT55AY.750.00028
ORF1ab/nsp13190N190NaaCaaT55B.1.10.000091
ORF1ab/nsp13190N190delAAC---440.222222
ORF1ab/nsp13190N190SaACaGT440.222222
ORF1ab/nsp13190N190DAacGac44B.10.000037
ORF1ab/nsp13190N190HAacCac34B.10.000027
ORF1ab/nsp13190N190HAaCCaT14B.10.000009
ORF1ab/nsp13190N190TaAcaCc34B.1.10.000054
ORF1ab/nsp13190N190TaACaCA14B.1.10.000018
ORF1ab/nsp13190N190DAacGac44B.1.1.70.000004
ORF1ab/nsp13190N190DAacGac44B.1.20.000035
ORF1ab/nsp13190N190NaaCaaT44B.1.466.20.001565
ORF1ab/nsp13190N190NaaCaaT44B.1.617.10.000516
ORF1ab/nsp13190N190NaaCaaT33AY.1020.00008
ORF1ab/nsp13190N190NaaCaaT33AY.30.00003
ORF1ab/nsp13190N190NaaCaaT33B.1.2430.000209
ORF1ab/nsp13190N190NaaCaaT220.111111
ORF1ab/nsp13190N190IaACaTT220.111111
ORF1ab/nsp13190N190TaACaCT220.111111
ORF1ab/nsp13190N190YAacTac22All0
ORF1ab/nsp13190N190GAACGGA12All0
ORF1ab/nsp13190N190GAAcGGc12All0
ORF1ab/nsp13190N190NaaCaaT22AY.1000.000092
ORF1ab/nsp13190N190NaaCaaT22AY.1140.000462
ORF1ab/nsp13190N190NaaCaaT22AY.370.000632
ORF1ab/nsp13190N190NaaCaaT22AY.380.000999
ORF1ab/nsp13190N190NaaCaaT22AY.46.40.000329
ORF1ab/nsp13190N190NaaCaaT22AY.75.10.000361
ORF1ab/nsp13190N190NaaCaaT22AY.98.10.000097
ORF1ab/nsp13190N190delAAC---22B.10.000018
ORF1ab/nsp13190N190KaaCaaA22B.1.10.000036
ORF1ab/nsp13190N190IaAcaTc12B.1.10.000018
ORF1ab/nsp13190N190IaACaTT12B.1.10.000018
ORF1ab/nsp13190N190GAACGGA12B.1.10.000018
ORF1ab/nsp13190N190GAAcGGc12B.1.10.000018
ORF1ab/nsp13190N190NaaCaaT22B.1.1.2140.000111
ORF1ab/nsp13190N190NaaCaaT22B.1.1.2840.000215
ORF1ab/nsp13190N190NaaCaaT22B.1.1.330.000842
ORF1ab/nsp13190N190NaaCaaT22B.1.1.3480.001592
ORF1ab/nsp13190N190IaACaTT12B.1.1.4090.002833
ORF1ab/nsp13190N190IaAcaTc12B.1.1.4090.002833
ORF1ab/nsp13190N190NaaCaaT22B.1.1.5190.000079
ORF1ab/nsp13190N190NaaCaaT22B.1.2580.000133
ORF1ab/nsp13190N190NaaCaaT22B.1.5250.000226
ORF1ab/nsp13190N190NaaCaaT22B.1.5610.000794
ORF1ab/nsp13190N190NaaCaaT22B.1.5960.000174
ORF1ab/nsp13190N190IaACaTT12P.10.000016
ORF1ab/nsp13190N190IaAcaTc12P.10.000016
ORF1ab/nsp13190N190NaaCaaT11A.190.009434
ORF1ab/nsp13190N190TaAcaCc11A.2.20.001689
ORF1ab/nsp13190N190NaaCaaT11AF.10.037037
ORF1ab/nsp13190N190RaACaGA11All0
ORF1ab/nsp13190N190EAaCGaA11All0
ORF1ab/nsp13190N190TaAcaCc11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp13190N190NaaCaaT11AY.1090.00074
ORF1ab/nsp13190N190delAAC---11AY.1200.000037
ORF1ab/nsp13190N190NaaCaaT11AY.120.10.000321
ORF1ab/nsp13190N190NaaCaaT11AY.200.000039
ORF1ab/nsp13190N190NaaCaaT11AY.250.000006
ORF1ab/nsp13190N190NaaCaaT11AY.270.000065
ORF1ab/nsp13190N190TaAcaCc11AY.30.00001
ORF1ab/nsp13190N190NaaCaaT11AY.390.000025
ORF1ab/nsp13190N190TaAcaCc11AY.40.000002
ORF1ab/nsp13190N190NaaCaaT11AY.4.20.000022
ORF1ab/nsp13190N190delAAC---11AY.4.50.000107
ORF1ab/nsp13190N190IaAcaTc11AY.410.000294
ORF1ab/nsp13190N190NaaCaaT11AY.420.00004
ORF1ab/nsp13190N190delAAC---11AY.430.000004
ORF1ab/nsp13190N190delAAC---11AY.440.000006
ORF1ab/nsp13190N190SaAcaGc11AY.440.000006
ORF1ab/nsp13190N190delAAC---11AY.46.20.000635
ORF1ab/nsp13190N190delAAC---11AY.50.000021
ORF1ab/nsp13190N190delAAC---11AY.520.000814
ORF1ab/nsp13190N190NaaCaaT11AY.60.000041
ORF1ab/nsp13190N190NaaCaaT11AY.680.000274
ORF1ab/nsp13190N190delAAC---11AY.720.001361
ORF1ab/nsp13190N190delAAC---11AY.90.000068
ORF1ab/nsp13190N190HAacCac11AY.90.000068
ORF1ab/nsp13190N190NaaCaaT11AY.920.000287
ORF1ab/nsp13190N190NaaCaaT11AY.950.000761
ORF1ab/nsp13190N190TaAcaCc11AY.950.000761
ORF1ab/nsp13190N190SaAcaGc11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp13190N190EAaCGaA11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp13190N190DAacGac11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp13190N190RaACaGA11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp13190N190delAAC---11B.1.1.1390.022727
ORF1ab/nsp13190N190NaaCaaT11B.1.1.2220.000204
ORF1ab/nsp13190N190NaaCaaT11B.1.1.3180.000302
ORF1ab/nsp13190N190NaaCaaT11B.1.1.4090.002833
ORF1ab/nsp13190N190KaaCaaA11B.1.1.4090.002833
ORF1ab/nsp13190N190YAacTac11B.1.1.5190.00004
ORF1ab/nsp13190N190TaAcaCc11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp13190N190delAAC---11B.1.1.700.000341
ORF1ab/nsp13190N190IaAcaTc11B.1.1260.001276
ORF1ab/nsp13190N190HAacCac11B.1.1460.004237
ORF1ab/nsp13190N190NaaCaaT11B.1.1600.000031
ORF1ab/nsp13190N190delAAC---11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp13190N190delAAC---11B.1.177.170.000821
ORF1ab/nsp13190N190delAAC---11B.1.177.40.000211
ORF1ab/nsp13190N190NaaCaaT11B.1.177.480.003125
ORF1ab/nsp13190N190delAAC---11B.1.177.540.000606
ORF1ab/nsp13190N190delAAC---11B.1.177.830.001481
ORF1ab/nsp13190N190TaAcaCc11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp13190N190NaaCaaT11B.1.2210.000071
ORF1ab/nsp13190N190NaaCaaT11B.1.2220.001692
ORF1ab/nsp13190N190NaaCaaT11B.1.36.100.004785
ORF1ab/nsp13190N190NaaCaaT11B.1.36.370.002778
ORF1ab/nsp13190N190DAacGac11B.1.3810.007812
ORF1ab/nsp13190N190NaaCaaT11B.1.4270.00005
ORF1ab/nsp13190N190NaaCaaT11B.1.4280.00102
ORF1ab/nsp13190N190NaaCaaT11B.1.4290.000024
ORF1ab/nsp13190N190NaaCaaT11B.1.5200.021739
ORF1ab/nsp13190N190NaaCaaT11B.1.564.10.001577
ORF1ab/nsp13190N190NaaCaaT11B.1.5770.000687
ORF1ab/nsp13190N190SaAcaGc11B.1.6090.000479
ORF1ab/nsp13190N190TaAcaCc11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp13190N190delAAC---11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp13190N190NaaCaaT11B.1.621.10.000506
ORF1ab/nsp13190N190NaaCaaT11B.1.6370.000073
ORF1ab/nsp13190N190DAacGac11B.120.00641
ORF1ab/nsp13190N190NaaCaaT11B.4.10.018868
ORF1ab/nsp13190N190KaaCaaG11B.60.00091
ORF1ab/nsp13190N190delAAC---11C.170.055556
ORF1ab/nsp13190N190YAacTac11D.20.000075
ORF1ab/nsp13190N190NaaCaaT11D.20.000075
ORF1ab/nsp13190N190NaaCaaT11P.1.140.000048
ORF1ab/nsp13190N190NaaCaaT11P.1.150.000232
ORF1ab/nsp13190N190NaaCaaT11Q.10.000126