CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp13 : CodonNum = 154

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp13154V154LV5478LnonsynGtaTta120111980.99750216696-16698
ORF1ab/nsp13154V154LV5478LnonsynGtaCta120130.0024979216696-16698
ORF1ab/nsp13154V154VV5478VsyngtAgtG1741620.93103516696-16698
ORF1ab/nsp13154V154VV5478VsyngtAgtT17470.040229916696-16698
ORF1ab/nsp13154V154VV5478VsyngtAgtC17450.028735616696-16698
ORF1ab/nsp13154V154AV5478AnonsyngTagCa144144116696-16698
ORF1ab/nsp13154V154delV5478deldelGTA---9696116696-16698
ORF1ab/nsp13154V154IV5478InonsynGtaAta56540.96428616696-16698
ORF1ab/nsp13154V154IV5478InonsynGtAAtT5620.035714316696-16698
ORF1ab/nsp13154V154GV5478GnonsyngTagGa640.66666716696-16698
ORF1ab/nsp13154V154GV5478GnonsyngTAgGC620.33333316696-16698
ORF1ab/nsp13154V154del1V5478del1delGta-ta44116696-16698
ORF1ab/nsp13154V154SV5478SnonsynGTaTCa22116696-16698
ORF1ab/nsp13154V154EV5478EnonsyngTagAa22116696-16698
ORF1ab/nsp13154V154RV5478RnonsynGTaAGa210.516696-16698
ORF1ab/nsp13154V154RV5478RnonsynGTaCGa210.516696-16698
ORF1ab/nsp13154V154del2V5478del2delGTA--N11116696-16698
ORF1ab/nsp13154V154TV5478TnonsynGTAACG11116696-16698

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp13154V154LGtaTta11981201All0.000229
ORF1ab/nsp13154V154LGtaCta31201All0.000001
ORF1ab/nsp13154V154LGtaTta322322AY.290.005079
ORF1ab/nsp13154V154LGtaTta243243B.1.617.20.000915
ORF1ab/nsp13154V154LGtaTta178178AY.1200.006618
ORF1ab/nsp13154V154VgtAgtG162174All0.000031
ORF1ab/nsp13154V154VgtAgtT7174All0.000001
ORF1ab/nsp13154V154VgtAgtC5174All0.000001
ORF1ab/nsp13154V154AgTagCa144144All0.000028
ORF1ab/nsp13154V154delGTA---9696All0.000018
ORF1ab/nsp13154V154LGtaTta7676B.1.6030.808511
ORF1ab/nsp13154V154delGTA---6262B.1.1.70.000056
ORF1ab/nsp13154V154IGtaAta5456All0.00001
ORF1ab/nsp13154V154IGtAAtT256All0
ORF1ab/nsp13154V154LGtaTta5555AY.40.000086
ORF1ab/nsp13154V154LGtaTta4747AY.440.000286
ORF1ab/nsp13154V154LGtaTta3939AY.430.000173
ORF1ab/nsp13154V154AgTagCa3939B.1.1.70.000035
ORF1ab/nsp13154V154VgtAgtG3636B.1.1.70.000032
ORF1ab/nsp13154V154AgTagCa3434AY.40.000053
ORF1ab/nsp13154V154LGtaTta2425B.1.1.70.000021
ORF1ab/nsp13154V154LGtaCta125B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp13154V154VgtAgtG2223P.10.000347
ORF1ab/nsp13154V154VgtAgtT123P.10.000016
ORF1ab/nsp13154V154VgtAgtG2121B.1.6210.001859
ORF1ab/nsp13154V154AgTagCa1919B.1.617.20.000072
ORF1ab/nsp13154V154LGtaTta1818AY.1180.001128
ORF1ab/nsp13154V154LGtaTta1818AY.30.000179
ORF1ab/nsp13154V154LGtaTta1717AY.390.00042
ORF1ab/nsp13154V154LGtaTta1616AY.46.40.002632
ORF1ab/nsp13154V154LGtaTta1414A.2.5.10.067308
ORF1ab/nsp13154V154VgtAgtG1414AY.40.000022
ORF1ab/nsp13154V154delGTA---1313B.1.1770.000171
ORF1ab/nsp13154V154VgtAgtG1011B.1.20.000088
ORF1ab/nsp13154V154VgtAgtT111B.1.20.000009
ORF1ab/nsp13154V154LGtaTta1010AY.1030.000062
ORF1ab/nsp13154V154LGtaTta1010AY.50.000206
ORF1ab/nsp13154V154VgtAgtG910B.1.10.000163
ORF1ab/nsp13154V154VgtAgtT110B.1.10.000018
ORF1ab/nsp13154V154LGtaTta88B.1.20.00007
ORF1ab/nsp13154V154LGtaTta77AY.250.000042
ORF1ab/nsp13154V154LGtaTta77AY.450.000852
ORF1ab/nsp13154V154LGtaTta67B.10.000055
ORF1ab/nsp13154V154LGtaCta17B.10.000009
ORF1ab/nsp13154V154VgtAgtG77B.1.1.3180.002112
ORF1ab/nsp13154V154VgtAgtG57B.1.617.20.000019
ORF1ab/nsp13154V154VgtAgtT17B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp13154V154VgtAgtC17B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp13154V154GgTagGa46All0.000001
ORF1ab/nsp13154V154GgTAgGC26All0
ORF1ab/nsp13154V154AgTagCa66AY.1020.000159
ORF1ab/nsp13154V154AgTagCa66AY.440.000037
ORF1ab/nsp13154V154IGtaAta66AY.460.000624
ORF1ab/nsp13154V154LGtaTta55AY.1020.000133
ORF1ab/nsp13154V154LGtaTta55AY.1190.000177
ORF1ab/nsp13154V154IGtaAta55B.1.1.70.000004
ORF1ab/nsp13154V154delGTA---44AD.20.000876
ORF1ab/nsp13154V154del1Gta-ta44All0.000001
ORF1ab/nsp13154V154IGtaAta44AY.250.000024
ORF1ab/nsp13154V154IGtaAta44AY.40.000006
ORF1ab/nsp13154V154AgTagCa44AY.670.001857
ORF1ab/nsp13154V154LGtaTta44B.1.10.000073
ORF1ab/nsp13154V154LGtaTta44B.1.1.2220.000816
ORF1ab/nsp13154V154IGtaAta44B.1.1.3690.001785
ORF1ab/nsp13154V154AgTagCa44B.1.20.000035
ORF1ab/nsp13154V154VgtAgtG44B.1.4270.000202
ORF1ab/nsp13154V154AgTagCa44B.1.5950.001044
ORF1ab/nsp13154V154AgTagCa33AY.1030.000019
ORF1ab/nsp13154V154AgTagCa33AY.250.000018
ORF1ab/nsp13154V154LGtaTta33AY.29.10.000662
ORF1ab/nsp13154V154LGtaTta33AY.34.10.00153
ORF1ab/nsp13154V154AgTagCa33AY.430.000013
ORF1ab/nsp13154V154IGtaAta33AY.470.000093
ORF1ab/nsp13154V154VgtAgtG33AY.750.000168
ORF1ab/nsp13154V154LGtaTta33B.1.1770.00004
ORF1ab/nsp13154V154VgtAgtG33B.1.617.10.000387
ORF1ab/nsp13154V154LGtaTta33C.370.000348
ORF1ab/nsp13154V154LGtaTta23P.10.000032
ORF1ab/nsp13154V154LGtaCta13P.10.000016
ORF1ab/nsp13154V154LGtaTta33P.1.150.000697
ORF1ab/nsp13154V154SGTaTCa220.111111
ORF1ab/nsp13154V154delGTA---220.111111
ORF1ab/nsp13154V154GgTAgGC220.111111
ORF1ab/nsp13154V154VgtAgtC220.111111
ORF1ab/nsp13154V154IGtAAtT220.111111
ORF1ab/nsp13154V154EgTagAa22All0
ORF1ab/nsp13154V154SGTaTCa22All0
ORF1ab/nsp13154V154RGTaCGa12All0
ORF1ab/nsp13154V154RGTaAGa12All0
ORF1ab/nsp13154V154LGtaTta22AY.160.000759
ORF1ab/nsp13154V154LGtaTta22AY.230.000139
ORF1ab/nsp13154V154LGtaTta22AY.330.000134
ORF1ab/nsp13154V154IGtaAta22AY.360.000296
ORF1ab/nsp13154V154LGtaTta22AY.4.20.000043
ORF1ab/nsp13154V154IGtaAta22AY.420.00008
ORF1ab/nsp13154V154VgtAgtG22AY.430.000009
ORF1ab/nsp13154V154LGtaTta22AY.60.000082
ORF1ab/nsp13154V154LGtaTta22AY.980.000158
ORF1ab/nsp13154V154LGtaTta22AY.98.10.000097
ORF1ab/nsp13154V154IGtaAta22B.10.000018
ORF1ab/nsp13154V154delGTA---22B.10.000018
ORF1ab/nsp13154V154AgTagCa22B.10.000018
ORF1ab/nsp13154V154VgtAgtC12B.10.000009
ORF1ab/nsp13154V154VgtAgtG12B.10.000009
ORF1ab/nsp13154V154AgTagCa22B.1.1.3180.000604
ORF1ab/nsp13154V154VgtAgtG22B.1.1030.038462
ORF1ab/nsp13154V154LGtaTta22B.1.110.30.001437
ORF1ab/nsp13154V154EgTagAa22B.1.1770.000026
ORF1ab/nsp13154V154VgtAgtG22B.1.1770.000026
ORF1ab/nsp13154V154IGtaAta22B.1.1770.000026
ORF1ab/nsp13154V154IGtaAta22B.1.177.280.014815
ORF1ab/nsp13154V154AgTagCa22B.1.5090.001732
ORF1ab/nsp13154V154IGtaAta22B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp13154V154RGTaCGa12P.10.000016
ORF1ab/nsp13154V154RGTaAGa12P.10.000016
ORF1ab/nsp13154V154VgtAgtG11AD.20.000219
ORF1ab/nsp13154V154TGTAACG11All0
ORF1ab/nsp13154V154del2GTA--N11All0
ORF1ab/nsp13154V154IGtaAta11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp13154V154VgtAgtG11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp13154V154IGtaAta11AY.1100.000113
ORF1ab/nsp13154V154VgtAgtG11AY.1110.000183
ORF1ab/nsp13154V154IGtaAta11AY.1170.000085
ORF1ab/nsp13154V154AgTagCa11AY.1190.000035
ORF1ab/nsp13154V154VgtAgtG11AY.1200.000037
ORF1ab/nsp13154V154VgtAgtG11AY.120.10.000321
ORF1ab/nsp13154V154LGtaTta11AY.120.20.001285
ORF1ab/nsp13154V154del1Gta-ta11AY.160.00038
ORF1ab/nsp13154V154VgtAgtT11AY.16.10.00047
ORF1ab/nsp13154V154IGtaAta11AY.230.00007
ORF1ab/nsp13154V154VgtAgtG11AY.23.10.000417
ORF1ab/nsp13154V154IGtaAta11AY.240.000431
ORF1ab/nsp13154V154delGTA---11AY.240.000431
ORF1ab/nsp13154V154VgtAgtG11AY.250.000006
ORF1ab/nsp13154V154LGtaTta11AY.260.000028
ORF1ab/nsp13154V154IGtaAta11AY.260.000028
ORF1ab/nsp13154V154LGtaTta11AY.340.000097
ORF1ab/nsp13154V154LGtaTta11AY.360.000148
ORF1ab/nsp13154V154VgtAgtG11AY.360.000148
ORF1ab/nsp13154V154VgtAgtG11AY.390.000025
ORF1ab/nsp13154V154IGtaAta11AY.390.000025
ORF1ab/nsp13154V154LGtaTta11AY.39.20.001541
ORF1ab/nsp13154V154VgtAgtG11AY.4.20.000022
ORF1ab/nsp13154V154IGtaAta11AY.4.20.000022
ORF1ab/nsp13154V154LGtaTta11AY.4.50.000107
ORF1ab/nsp13154V154IGtaAta11AY.430.000004
ORF1ab/nsp13154V154LGtaTta11AY.46.10.001027
ORF1ab/nsp13154V154LGtaTta11AY.46.20.000635
ORF1ab/nsp13154V154LGtaTta11AY.470.000031
ORF1ab/nsp13154V154LGtaTta11AY.5.20.002463
ORF1ab/nsp13154V154LGtaTta11AY.5.40.000277
ORF1ab/nsp13154V154LGtaTta11AY.540.000095
ORF1ab/nsp13154V154VgtAgtG11AY.590.00053
ORF1ab/nsp13154V154IGtaAta11AY.60.000041
ORF1ab/nsp13154V154LGtaTta11AY.610.000105
ORF1ab/nsp13154V154VgtAgtT11AY.610.000105
ORF1ab/nsp13154V154LGtaTta11AY.620.000436
ORF1ab/nsp13154V154VgtAgtG11AY.680.000274
ORF1ab/nsp13154V154LGtaTta11AY.700.000209
ORF1ab/nsp13154V154AgTagCa11AY.840.000437
ORF1ab/nsp13154V154VgtAgtG11AY.9.10.000084
ORF1ab/nsp13154V154IGtaAta11AY.980.000079
ORF1ab/nsp13154V154LGtaTta11AY.990.001049
ORF1ab/nsp13154V154delGTA---11AZ.20.000821
ORF1ab/nsp13154V154delGTA---11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp13154V154VgtAgtG11B.1.1.2140.000055
ORF1ab/nsp13154V154delGTA---11B.1.1.2310.003096
ORF1ab/nsp13154V154AgTagCa11B.1.1.280.000311
ORF1ab/nsp13154V154LGtaTta11B.1.1.2840.000107
ORF1ab/nsp13154V154IGtaAta11B.1.1.2840.000107
ORF1ab/nsp13154V154delGTA---11B.1.1.3060.000438
ORF1ab/nsp13154V154delGTA---11B.1.1.3150.008475
ORF1ab/nsp13154V154VgtAgtG11B.1.1.330.000421
ORF1ab/nsp13154V154AgTagCa11B.1.1.390.00051
ORF1ab/nsp13154V154LGtaTta11B.1.1.4130.006897
ORF1ab/nsp13154V154delGTA---11B.1.1.440.00241
ORF1ab/nsp13154V154LGtaTta11B.1.1.5190.00004
ORF1ab/nsp13154V154del2GTA--N11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp13154V154del1Gta-ta11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp13154V154VgtAgtG11B.1.1570.002985
ORF1ab/nsp13154V154LGtaTta11B.1.1600.000031
ORF1ab/nsp13154V154LGtaTta11B.1.160.160.000929
ORF1ab/nsp13154V154delGTA---11B.1.160.170.001701
ORF1ab/nsp13154V154GgTagGa11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp13154V154VgtAgtT11B.1.177.530.002392
ORF1ab/nsp13154V154delGTA---11B.1.177.730.000566
ORF1ab/nsp13154V154delGTA---11B.1.177.830.001481
ORF1ab/nsp13154V154LGtaTta11B.1.1920.009259
ORF1ab/nsp13154V154IGtaAta11B.1.1940.04
ORF1ab/nsp13154V154del1Gta-ta11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp13154V154GgTagGa11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp13154V154del1Gta-ta11B.1.2060.000816
ORF1ab/nsp13154V154delGTA---11B.1.2420.018868
ORF1ab/nsp13154V154AgTagCa11B.1.2430.00007
ORF1ab/nsp13154V154LGtaTta11B.1.2430.00007
ORF1ab/nsp13154V154IGtaAta11B.1.3510.00003
ORF1ab/nsp13154V154LGtaTta11B.1.360.000146
ORF1ab/nsp13154V154delGTA---11B.1.360.000146
ORF1ab/nsp13154V154VgtAgtG11B.1.3620.001541
ORF1ab/nsp13154V154AgTagCa11B.1.4000.000429
ORF1ab/nsp13154V154IGtaAta11B.1.4040.001302
ORF1ab/nsp13154V154LGtaTta11B.1.4270.00005
ORF1ab/nsp13154V154AgTagCa11B.1.4290.000024
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