CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp13 : CodonNum = 151

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp13	151	I151V	I5475V	nonsyn	Att	Gtt	2593	2593	1	16687-16689
ORF1ab/nsp13	151	I151S	I5475S	nonsyn	aTt	aGt	321	319	0.993769	16687-16689
ORF1ab/nsp13	151	I151S	I5475S	nonsyn	aTT	aGC	321	1	0.00311526	16687-16689
ORF1ab/nsp13	151	I151S	I5475S	nonsyn	ATt	TCt	321	1	0.00311526	16687-16689
ORF1ab/nsp13	151	I151I	I5475I	syn	atT	atA	188	105	0.558511	16687-16689
ORF1ab/nsp13	151	I151I	I5475I	syn	atT	atC	188	83	0.441489	16687-16689
ORF1ab/nsp13	151	I151del	I5475del	del	ATT	---	103	103	1	16687-16689
ORF1ab/nsp13	151	I151T	I5475T	nonsyn	aTt	aCt	43	41	0.953488	16687-16689
ORF1ab/nsp13	151	I151T	I5475T	nonsyn	aTT	aCA	43	2	0.0465116	16687-16689
ORF1ab/nsp13	151	I151L	I5475L	nonsyn	Att	Ctt	17	13	0.764706	16687-16689
ORF1ab/nsp13	151	I151L	I5475L	nonsyn	AtT	CtG	17	2	0.117647	16687-16689
ORF1ab/nsp13	151	I151L	I5475L	nonsyn	AtT	CtC	17	2	0.117647	16687-16689
ORF1ab/nsp13	151	I151F	I5475F	nonsyn	Att	Ttt	7	7	1	16687-16689
ORF1ab/nsp13	151	I151del1	I5475del1	del	Att	-tt	6	3	0.5	16687-16689
ORF1ab/nsp13	151	I151del1	I5475del1	del	AtT	-tN	6	1	0.166667	16687-16689
ORF1ab/nsp13	151	I151del1	I5475del1	del	atT	at-	6	1	0.166667	16687-16689
ORF1ab/nsp13	151	I151del1	I5475del1	del	ATT	-NN	6	1	0.166667	16687-16689
ORF1ab/nsp13	151	I151M	I5475M	nonsyn	atT	atG	4	4	1	16687-16689
ORF1ab/nsp13	151	I151N	I5475N	nonsyn	aTt	aAt	2	2	1	16687-16689
ORF1ab/nsp13	151	I151D	I5475D	nonsyn	ATt	GAt	2	2	1	16687-16689
ORF1ab/nsp13	151	I151P	I5475P	nonsyn	ATt	CCt	1	1	1	16687-16689
ORF1ab/nsp13	151	I151R	I5475R	nonsyn	aTT	aGG	1	1	1	16687-16689
ORF1ab/nsp13	151	I151Q	I5475Q	nonsyn	ATT	CAG	1	1	1	16687-16689

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	2593	2593	All	0.000496
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	1130	1130	B.1.351.3	0.990359
ORF1ab/nsp13	151	I151S	aTt	aGt	319	321	All	0.000061
ORF1ab/nsp13	151	I151S	ATt	TCt	1	321	All	0
ORF1ab/nsp13	151	I151S	aTT	aGC	1	321	All	0
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	318	318	B.1.617.2	0.001197
ORF1ab/nsp13	151	I151S	aTt	aGt	289	289	AY.4	0.00045
ORF1ab/nsp13	151	I151I	atT	atA	105	188	All	0.00002
ORF1ab/nsp13	151	I151I	atT	atC	83	188	All	0.000016
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	104	104	AY.33	0.006945
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	104	104	AY.43	0.000461
ORF1ab/nsp13	151	I151del	ATT	---	103	103	All	0.00002
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	101	101	AY.4	0.000157
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	70	70	B.1.1.7	0.000063
ORF1ab/nsp13	151	I151del	ATT	---	64	64	B.1.1.7	0.000057
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	63	63	AY.25	0.000379
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	58	58	B.1.351.2	0.017549
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	56	56	AY.103	0.000348
ORF1ab/nsp13	151	I151I	atT	atA	44	53	AY.4	0.000068
ORF1ab/nsp13	151	I151I	atT	atC	9	53	AY.4	0.000014
ORF1ab/nsp13	151	I151T	aTt	aCt	41	43	All	0.000008
ORF1ab/nsp13	151	I151T	aTT	aCA	2	43	All	0
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	37	37	B.1.351	0.0011
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	36	36	AY.44	0.000219
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	36	36	B.1.637	0.002631
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	29	29	AY.4.4	0.011866
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	28	28	AY.75	0.001569
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	27	27	AY.39.1	0.00107
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	24	24	B.1.570	0.070588
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	23	23	AY.39	0.000568
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	22	22	AY.26	0.000623
ORF1ab/nsp13	151	I151I	atT	atC	22	22	B.1.526	0.000517
ORF1ab/nsp13	151	I151I	atT	atA	15	21	AY.43	0.000066
ORF1ab/nsp13	151	I151I	atT	atC	6	21	AY.43	0.000027
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	21	21	B.1	0.000192
ORF1ab/nsp13	151	I151T	aTt	aCt	18	18	B.1.1.7	0.000016
ORF1ab/nsp13	151	I151L	Att	Ctt	13	17	All	0.000002
ORF1ab/nsp13	151	I151L	AtT	CtG	2	17	All	0
ORF1ab/nsp13	151	I151L	AtT	CtC	2	17	All	0
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	16	16	AY.3	0.000159
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	16	16	AY.47	0.000498
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	15	15	B.1.398	0.044643
ORF1ab/nsp13	151	I151I	atT	atA	13	15	B.1.617.2	0.000049
ORF1ab/nsp13	151	I151I	atT	atC	2	15	B.1.617.2	0.000008
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	14	14	AY.32	0.007455
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	14	14	B.1.1	0.000254
ORF1ab/nsp13	151	I151del	ATT	---	14	14	B.1.177	0.000184
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	11	11	AY.102	0.000292
ORF1ab/nsp13	151	I151I	atT	atA	10	10	AY.117	0.000845
ORF1ab/nsp13	151	I151S	aTt	aGt	10	10	B.1.1.7	0.000009
ORF1ab/nsp13	151	I151I	atT	atC	7	10	B.1.1.7	0.000006
ORF1ab/nsp13	151	I151I	atT	atA	3	10	B.1.1.7	0.000003
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	9	9	B.1.1.28	0.002801
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	9	9	B.1.2	0.000079
ORF1ab/nsp13	151	I151I	atT	atC	5	8	B.1.2	0.000044
ORF1ab/nsp13	151	I151I	atT	atA	3	8	B.1.2	0.000026
ORF1ab/nsp13	151	I151F	Att	Ttt	7	7	All	0.000001
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	7	7	AY.119	0.000247
ORF1ab/nsp13	151	I151L	Att	Ctt	7	7	AY.3	0.00007
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	7	7	AY.5	0.000145
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	7	7	B.1.258	0.000466
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	7	7	B.1.427	0.000353
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	7	7	B.1.429	0.000165
ORF1ab/nsp13	151	I151S	aTt	aGt	7	7	B.1.617.2	0.000026
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	7	7	P.1	0.00011
ORF1ab/nsp13	151	I151L	AtT	CtG	2	6		0.111111
ORF1ab/nsp13	151	I151L	AtT	CtC	2	6		0.111111
ORF1ab/nsp13	151	I151L	Att	Ctt	2	6		0.111111
ORF1ab/nsp13	151	I151del1	Att	-tt	3	6	All	0.000001
ORF1ab/nsp13	151	I151del1	AtT	-tN	1	6	All	0
ORF1ab/nsp13	151	I151del1	atT	at-	1	6	All	0
ORF1ab/nsp13	151	I151del1	ATT	-NN	1	6	All	0
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	6	6	B	0.000767
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	6	6	B.1.1.269	0.008119
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	6	6	B.1.526	0.000141
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	6	6	C.38	0.048387
ORF1ab/nsp13	151	I151T	aTt	aCt	5	5	A	0.001935
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	5	5	AY.23	0.000349
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	5	5	B.1.243	0.000348
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	5	5	B.1.357	0.047619
ORF1ab/nsp13	151	I151del	ATT	---	4	4	AD.2	0.000876
ORF1ab/nsp13	151	I151M	atT	atG	4	4	All	0.000001
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	4	4	AY.113	0.00057
ORF1ab/nsp13	151	I151I	atT	atA	3	4	AY.39	0.000074
ORF1ab/nsp13	151	I151I	atT	atC	1	4	AY.39	0.000025
ORF1ab/nsp13	151	I151I	atT	atC	4	4	AY.44	0.000024
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	4	4	AY.84	0.00175
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	4	4	AY.98	0.000316
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	4	4	B.1.1.306	0.001754
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	4	4	B.1.177	0.000053
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	4	4	B.1.177.4	0.000844
ORF1ab/nsp13	151	I151I	atT	atA	2	3	AY.102	0.000053
ORF1ab/nsp13	151	I151I	atT	atC	1	3	AY.102	0.000027
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	3	3	AY.120	0.000112
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	3	3	AY.120.1	0.000963
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	3	3	AY.13	0.000483
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	3	3	AY.20	0.000117
ORF1ab/nsp13	151	I151I	atT	atC	2	3	AY.3	0.00002
ORF1ab/nsp13	151	I151I	atT	atA	1	3	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp13	151	I151T	aTt	aCt	3	3	AY.37	0.000948
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	3	3	AY.42	0.000121
ORF1ab/nsp13	151	I151S	aTt	aGt	3	3	AY.43	0.000013
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	3	3	AY.45	0.000365
ORF1ab/nsp13	151	I151T	aTt	aCt	3	3	AY.6	0.000123
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	3	3	AY.98.1	0.000145
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	3	3	B.1.1.243	0.012245
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	3	3	B.1.1.374	0.007126
ORF1ab/nsp13	151	I151I	atT	atA	3	3	B.1.177	0.00004
ORF1ab/nsp13	151	I151I	atT	atC	3	3	B.1.177.17	0.002463
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	3	3	B.1.177.56	0.002003
ORF1ab/nsp13	151	I151F	Att	Ttt	3	3	B.1.36.8	0.003
ORF1ab/nsp13	151	I151del	ATT	---	2	2		0.111111
ORF1ab/nsp13	151	I151D	ATt	GAt	2	2		0.111111
ORF1ab/nsp13	151	I151T	aTT	aCA	2	2		0.111111
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	2	2		0.111111
ORF1ab/nsp13	151	I151N	aTt	aAt	2	2	All	0
ORF1ab/nsp13	151	I151D	ATt	GAt	2	2	All	0
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	2	2	AY.29	0.000032
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	2	2	AY.30	0.000791
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	2	2	AY.34	0.000194
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	2	2	AY.4.2	0.000043
ORF1ab/nsp13	151	I151S	aTt	aGt	2	2	AY.44	0.000012
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	2	2	AY.94	0.000885
ORF1ab/nsp13	151	I151del	ATT	---	2	2	B.1	0.000018
ORF1ab/nsp13	151	I151del	ATT	---	2	2	B.1.1	0.000036
ORF1ab/nsp13	151	I151S	ATt	TCt	1	2	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp13	151	I151S	aTt	aGt	1	2	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp13	151	I151I	atT	atC	2	2	B.1.1.220	0.003717
ORF1ab/nsp13	151	I151I	atT	atC	2	2	B.1.1.243	0.008163
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	2	2	B.1.1.519	0.000079
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	2	2	B.1.110.3	0.001437
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	2	2	B.1.160	0.000062
ORF1ab/nsp13	151	I151S	aTt	aGt	2	2	B.1.177.85	0.01087
ORF1ab/nsp13	151	I151T	aTt	aCt	2	2	B.1.258	0.000133
ORF1ab/nsp13	151	I151I	atT	atC	2	2	B.1.258	0.000133
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	2	2	B.1.621	0.000177
ORF1ab/nsp13	151	I151T	aTt	aCt	2	2	B.1.628	0.000705
ORF1ab/nsp13	151	I151I	atT	atA	2	2	B.1.637	0.000146
ORF1ab/nsp13	151	I151I	atT	atC	2	2	B.40	0.000729
ORF1ab/nsp13	151	I151I	atT	atA	2	2	P.1.14	0.000096
ORF1ab/nsp13	151	I151I	atT	atA	1	1	A	0.000387
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	1	1	A.1	0.000282
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	1	1	A.2.5	0.000499
ORF1ab/nsp13	151	I151Q	ATT	CAG	1	1	All	0
ORF1ab/nsp13	151	I151R	aTT	aGG	1	1	All	0
ORF1ab/nsp13	151	I151P	ATt	CCt	1	1	All	0
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	1	1	AY.1	0.000396
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	1	1	AY.100	0.000046
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	1	1	AY.101	0.00049
ORF1ab/nsp13	151	I151I	atT	atC	1	1	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp13	151	I151T	aTt	aCt	1	1	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp13	151	I151I	atT	atC	1	1	AY.106	0.000335
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	1	1	AY.106	0.000335
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	1	1	AY.108	0.001103
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	1	1	AY.109	0.00074
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	1	1	AY.11	0.001339
ORF1ab/nsp13	151	I151I	atT	atC	1	1	AY.120	0.000037
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	1	1	AY.121	0.000135
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	1	1	AY.14	0.000088
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	1	1	AY.16	0.00038
ORF1ab/nsp13	151	I151del1	atT	at-	1	1	AY.16	0.00038
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	1	1	AY.16.1	0.00047
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	1	1	AY.19	0.00114
ORF1ab/nsp13	151	I151I	atT	atC	1	1	AY.23	0.00007
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	1	1	AY.23.1	0.000417
ORF1ab/nsp13	151	I151del	ATT	---	1	1	AY.24	0.000431
ORF1ab/nsp13	151	I151I	atT	atC	1	1	AY.27	0.000065
ORF1ab/nsp13	151	I151del1	AtT	-tN	1	1	AY.4	0.000002
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	1	1	AY.4.2.1	0.000149
ORF1ab/nsp13	151	I151L	Att	Ctt	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp13	151	I151S	aTt	aGt	1	1	AY.45	0.000122
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	1	1	AY.46	0.000104
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	1	1	AY.46.1	0.001027
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	1	1	AY.46.3	0.000934
ORF1ab/nsp13	151	I151del1	Att	-tt	1	1	AY.46.4	0.000165
ORF1ab/nsp13	151	I151T	aTt	aCt	1	1	AY.47	0.000031
ORF1ab/nsp13	151	I151S	aTt	aGt	1	1	AY.5	0.000021
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	1	1	AY.5.4	0.000277
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	1	1	AY.52	0.000814
ORF1ab/nsp13	151	I151P	ATt	CCt	1	1	AY.59	0.00053
ORF1ab/nsp13	151	I151I	atT	atC	1	1	AY.6	0.000041
ORF1ab/nsp13	151	I151M	atT	atG	1	1	AY.69	0.000187
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	1	1	AY.7	0.000196
ORF1ab/nsp13	151	I151I	atT	atA	1	1	AY.85	0.000427
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	1	1	AY.9	0.000068
ORF1ab/nsp13	151	I151S	aTt	aGt	1	1	AY.9.2	0.000037
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	1	1	AY.92	0.000287
ORF1ab/nsp13	151	I151I	atT	atA	1	1	AY.92	0.000287
ORF1ab/nsp13	151	I151L	Att	Ctt	1	1	AY.98.1	0.000048
ORF1ab/nsp13	151	I151I	atT	atC	1	1	AY.99.2	0.000092
ORF1ab/nsp13	151	I151del	ATT	---	1	1	AZ.2	0.000821
ORF1ab/nsp13	151	I151I	atT	atC	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp13	151	I151F	Att	Ttt	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp13	151	I151I	atT	atA	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp13	151	I151M	atT	atG	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp13	151	I151R	aTT	aGG	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp13	151	I151L	Att	Ctt	1	1	B.1.1.176	0.000439
ORF1ab/nsp13	151	I151del	ATT	---	1	1	B.1.1.231	0.003096
ORF1ab/nsp13	151	I151I	atT	atC	1	1	B.1.1.25	0.000569
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	1	1	B.1.1.273	0.006757
ORF1ab/nsp13	151	I151T	aTt	aCt	1	1	B.1.1.284	0.000107
ORF1ab/nsp13	151	I151T	aTt	aCt	1	1	B.1.1.289	0.002083
ORF1ab/nsp13	151	I151del	ATT	---	1	1	B.1.1.305	0.003861
ORF1ab/nsp13	151	I151del	ATT	---	1	1	B.1.1.306	0.000438
ORF1ab/nsp13	151	I151del	ATT	---	1	1	B.1.1.315	0.008475
ORF1ab/nsp13	151	I151S	aTt	aGt	1	1	B.1.1.369	0.000446
ORF1ab/nsp13	151	I151M	atT	atG	1	1	B.1.1.37	0.000193
ORF1ab/nsp13	151	I151del	ATT	---	1	1	B.1.1.44	0.00241
ORF1ab/nsp13	151	I151L	Att	Ctt	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp13	151	I151N	aTt	aAt	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp13	151	I151M	atT	atG	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	1	1	B.1.142	0.002899
ORF1ab/nsp13	151	I151del	ATT	---	1	1	B.1.160.17	0.001701
ORF1ab/nsp13	151	I151del	ATT	---	1	1	B.1.160.23	0.004831
ORF1ab/nsp13	151	I151N	aTt	aAt	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp13	151	I151del1	ATT	-NN	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	1	1	B.1.177.44	0.000519
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	1	1	B.1.177.60	0.000218
ORF1ab/nsp13	151	I151del	ATT	---	1	1	B.1.177.73	0.000566
ORF1ab/nsp13	151	I151del	ATT	---	1	1	B.1.177.83	0.001481
ORF1ab/nsp13	151	I151T	aTt	aCt	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp13	151	I151del1	Att	-tt	1	1	B.1.234	0.000132
ORF1ab/nsp13	151	I151del	ATT	---	1	1	B.1.242	0.018868
ORF1ab/nsp13	151	I151T	aTt	aCt	1	1	B.1.277	0.02381
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	1	1	B.1.326	0.007576
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	1	1	B.1.36	0.000146
ORF1ab/nsp13	151	I151del	ATT	---	1	1	B.1.36	0.000146
ORF1ab/nsp13	151	I151I	atT	atC	1	1	B.1.36.36	0.000602
ORF1ab/nsp13	151	I151F	Att	Ttt	1	1	B.1.36.39	0.002217
ORF1ab/nsp13	151	I151T	aTt	aCt	1	1	B.1.427	0.00005
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	1	1	B.1.443	0.004673
ORF1ab/nsp13	151	I151del	ATT	---	1	1	B.1.497	0.000315
ORF1ab/nsp13	151	I151T	aTt	aCt	1	1	B.1.551	0.00129
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	1	1	B.1.554	0.004405
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	1	1	B.1.565	0.00081
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	1	1	B.1.577	0.000687
ORF1ab/nsp13	151	I151I	atT	atC	1	1	B.1.580	0.004065
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	1	1	B.1.595	0.000261
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	1	1	B.1.609	0.000479
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	1	1	B.1.617.1	0.000129
ORF1ab/nsp13	151	I151I	atT	atC	1	1	B.1.619.1	0.000641
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	1	1	B.1.620	0.000946
ORF1ab/nsp13	151	I151del1	Att	-tt	1	1	B.1.637	0.000073
ORF1ab/nsp13	151	I151F	Att	Ttt	1	1	B.1.9	0.006173
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	1	1	B.3	0.000831
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	1	1	B.40	0.000364
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	1	1	B.45	0.003831
ORF1ab/nsp13	151	I151S	aTt	aGt	1	1	B.6.6	0.000889
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	1	1	C.36.3	0.000567
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	1	1	C.37	0.000116
ORF1ab/nsp13	151	I151I	atT	atC	1	1	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	1	1	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp13	151	I151Q	ATT	CAG	1	1	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp13	151	I151S	aTT	aGC	1	1	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	1	1	P.1.12	0.000484
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	1	1	P.1.14	0.000048
ORF1ab/nsp13	151	I151V	Att	Gtt	1	1	Q.1	0.000126
ORF1ab/nsp13	151	I151del	ATT	---	1	1	Q.1	0.000126
ORF1ab/nsp13	151	I151F	Att	Ttt	1	1	Q.1	0.000126

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.