CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp12 : Mut = I37I

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp12	37	I37I	I4429I	syn	atC	atT	5954	5839	0.980685	13549-13551
ORF1ab/nsp12	37	I37I	I4429I	syn	atC	atA	5954	115	0.0193147	13549-13551

Details of the mutation I37I within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	5839	5954	All	0.001117
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atA	115	5954	All	0.000022
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	1670	1683	B.1.1.7	0.001495
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atA	13	1683	B.1.1.7	0.000012
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	574	604	AY.4	0.000893
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atA	30	604	AY.4	0.000047
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	524	524	L.1	0.998095
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	300	301	B.1.617.2	0.00113
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atA	1	301	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	293	293	B.1.497	0.092225
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	272	272	AY.44	0.001656
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	234	234	B.1.177.35	0.161714
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	222	222	AY.86	0.184232
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	172	172	B.1.351.5	0.103118
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	128	146	AY.120	0.004759
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atA	18	146	AY.120	0.000669
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	128	128	AY.74	0.014803
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	112	112	B.1.160	0.003493
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	101	101	AY.100	0.004647
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	85	85	AY.103	0.000528
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	61	62	AY.43	0.00027
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atA	1	62	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	58	58	B.1.221	0.00412
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	49	49	B.1.2	0.000431
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	43	43	AY.25	0.000259
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	38	38	B.1.525	0.0043
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	29	32	B.1	0.000266
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atA	3	32	B.1	0.000027
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atA	23	30	AY.4.5	0.002472
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	7	30	AY.4.5	0.000752
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	29	29	AY.3	0.000288
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	26	26	AY.3.1	0.002217
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	23	23	Q.8	0.003793
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	22	22	AY.5	0.000454
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	20	20	B.1.177	0.000263
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	20	20	B.1.526	0.00047
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	18	18	B.1.429	0.000424
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	16	16	B.1.351	0.000476
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	14	14	B.1.177.42	0.012522
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	13	13	AY.102	0.000345
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	13	13	AY.27	0.000841
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	13	13	B.1.1	0.000236
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	13	13	P.1	0.000205
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	12	12	AY.20	0.000466
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	12	12	AY.4.2	0.00026
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	12	12	AY.99.2	0.001106
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	12	12	B.1.1.10	0.013378
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	11	11	B.1.596	0.000959
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	11	11	B.1.619	0.009582
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	10	10	AY.119	0.000353
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	10	10	AY.26	0.000283
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	8	10	AY.42	0.000322
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atA	2	10	AY.42	0.00008
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	10	10	AY.47	0.000311
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	10	10	B.1.1.519	0.000397
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	10	10	P.1.14	0.000478
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	9	9	AY.29	0.000142
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	9	9	AY.39	0.000222
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	9	9	B.1.234	0.001187
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	9	9	Q.4	0.004093
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	8	8	AM.4	0.028571
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	8	8	AY.46.6	0.000578
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	8	8	B.1.177.52	0.01406
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	8	8	B.1.36	0.001167
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	8	8	B.1.427	0.000404
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	7	7	AY.121	0.000947
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	7	7	AY.46.4	0.001152
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	7	7	AY.5.4	0.001937
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	7	7	AY.98	0.000553
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	5	6	AY.39.1	0.000198
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atA	1	6	AY.39.1	0.00004
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atA	5	6	AY.9	0.000338
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	1	6	AY.9	0.000068
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	6	6	B.1.1.312	0.011472
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	6	6	B.1.258	0.000399
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	5	6	B.1.466.2	0.001956
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atA	1	6	B.1.466.2	0.000391
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	6	6	B.40	0.002186
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	6	6	P.2	0.00112
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	5	5	AY.110	0.000563
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	5	5	AY.23	0.000349
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	4	5	AY.33	0.000267
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atA	1	5	AY.33	0.000067
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	5	5	AY.46	0.00052
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	5	5	B.1.1.83	0.01355
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	5	5	B.1.621	0.000443
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	4	5	C.37	0.000464
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atA	1	5	C.37	0.000116
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	5	5	W.1	0.043478
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	4	4	AY.117	0.000338
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	4	4	AY.6	0.000165
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	4	4	AY.61	0.000419
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atA	4	4	AY.8	0.002424
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	4	4	AY.9.2	0.000147
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	4	4	AY.99.1	0.006211
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	3	4	B	0.000383
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atA	1	4	B	0.000128
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	4	4	B.1.1.8	0.014337
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	4	4	B.1.36.12	0.038462
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	4	4	C.11	0.042553
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	4	4	P.1.16	0.001496
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	3	3	AY.13	0.000483
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	3	3	AY.14	0.000264
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	3	3	AY.4.4	0.001227
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	3	3	AY.45	0.000365
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	3	3	AY.46.5	0.000595
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	3	3	AY.84	0.001312
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	2	3	AY.87	0.001665
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atA	1	3	AY.87	0.000833
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	3	3	B.1.1.70	0.001023
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	3	3	B.1.177.4	0.000633
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	2	3	B.1.258.17	0.000208
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atA	1	3	B.1.258.17	0.000104
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	2	2	AY.109	0.001479
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	2	2	AY.114	0.000462
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	2	2	AY.12	0.000632
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	2	2	AY.16.1	0.00094
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	2	2	AY.34.1	0.00102
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	2	2	AY.36	0.000296
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	2	2	AY.51	0.001818
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atA	2	2	AY.58	0.001815
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	2	2	AY.69	0.000373
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	2	2	AY.88	0.001768
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	2	2	B.1.1.1	0.000653
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	2	2	B.1.1.135	0.00939
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	2	2	B.1.1.294	0.002532
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	2	2	B.1.1.317	0.000823
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	2	2	B.1.1.318	0.000604
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	2	2	B.1.1.63	0.000772
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	2	2	B.1.177.21	0.000153
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	2	2	B.1.177.44	0.001038
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	2	2	B.1.177.7	0.00033
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	2	2	B.1.177.81	0.000379
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	2	2	B.1.349	0.00143
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	2	2	B.1.36.18	0.00084
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	2	2	B.1.445	0.023529
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	2	2	B.1.561	0.000794
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	2	2	B.1.575	0.000607
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	1	2	B.1.599	0.00365
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atA	1	2	B.1.599	0.00365
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atA	1	2	B.1.637	0.000073
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	1	2	B.1.637	0.000073
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	2	2	C.36	0.001821
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atA	1	2	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	1	2	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	2	2	P.1.15	0.000465
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	2	2	P.1.4	0.001953
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	1	1	A.2.2	0.001689
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	1	1	A.21	0.00277
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	1	1	A.23.1	0.000704
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	1	1	AD.2	0.000219
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	1	1	AT.1	0.005128
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	1	1	AY.106	0.000335
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	1	1	AY.2	0.000356
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	1	1	AY.34	0.000097
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	1	1	AY.4.2.1	0.000149
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	1	1	AY.40	0.000964
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	1	1	AY.41	0.000294
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	1	1	AY.46.1	0.001027
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	1	1	AY.46.2	0.000635
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	1	1	AY.50	0.000799
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	1	1	AY.54	0.000095
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	1	1	AY.55	0.000917
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	1	1	AY.60	0.000938
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	1	1	AY.7.1	0.000113
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atA	1	1	AY.75.1	0.00018
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	1	1	AY.89	0.004902
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	1	1	AY.90	0.000684
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	1	1	AY.92	0.000287
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	1	1	AY.93	0.000273
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	1	1	AY.99	0.001049
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	1	1	B.1.1.157	0.000913
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	1	1	B.1.1.161	0.003534
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	1	1	B.1.1.207	0.001182
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	1	1	B.1.1.222	0.000204
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	1	1	B.1.1.243	0.004082
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	1	1	B.1.1.25	0.000569
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	1	1	B.1.1.255	0.00303
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	1	1	B.1.1.277	0.000759
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	1	1	B.1.1.284	0.000107
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	1	1	B.1.1.306	0.000438
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	1	1	B.1.1.33	0.000421
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	1	1	B.1.1.348	0.000796
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	1	1	B.1.1.369	0.000446
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	1	1	B.1.1.37	0.000193
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	1	1	B.1.1.397	0.002252
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	1	1	B.1.1.416	0.000905
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	1	1	B.1.1.432	0.001266
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	1	1	B.1.1.435	0.034483
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	1	1	B.1.110.3	0.000718
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	1	1	B.1.146	0.004237
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	1	1	B.1.160.32	0.004292
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	1	1	B.1.177.23	0.003236
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atA	1	1	B.1.177.32	0.00135
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	1	1	B.1.177.45	0.000381
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	1	1	B.1.177.6	0.000977
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	1	1	B.1.177.82	0.000477
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	1	1	B.1.240	0.000216
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	1	1	B.1.243	0.00007
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	1	1	B.1.258.14	0.00098
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	1	1	B.1.325	0.006897
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	1	1	B.1.36.1	0.00114
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	1	1	B.1.36.16	0.001425
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	1	1	B.1.36.36	0.000602
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	1	1	B.1.369	0.000285
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	1	1	B.1.390	0.010638
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	1	1	B.1.396	0.000706
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	1	1	B.1.433	0.003195
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	1	1	B.1.438.1	0.000107
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	1	1	B.1.448	0.002625
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	1	1	B.1.456	0.003268
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	1	1	B.1.516	0.001957
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	1	1	B.1.588	0.00091
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	1	1	B.1.617.1	0.000129
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	1	1	B.1.625	0.002353
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atA	1	1	B.3.1	0.001658
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	1	1	B.41	0.008
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	1	1	B.6.6	0.000889
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	1	1	P.1.2	0.001156
ORF1ab/nsp12	37	I37I	atC	atT	1	1	W.4	0.001351

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.