CoV-GLUE | Mutations | Mutation
Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):
ORF | CodonNum | Mut | ORF1abMut | MutType | RefCodon | MutCodon | AACount | CodonCount | CodonProp | Genome Position |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | G4571C | nonsyn | Ggt | Tgt | 3446 | 3446 | 1 | 13975-13977 |
Details of the mutation G179C within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):
ORF | CodonNum | Mut | RefCodon | MutCodon | CodonCount | AACount | Lineage | LineageCodonProp |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 3446 | 3446 | All | 0.000659 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 2042 | 2042 | AE.8 | 0.998533 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 843 | 843 | B.1.1.7 | 0.000755 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 96 | 96 | AY.4 | 0.000149 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 70 | 70 | B.1.617.2 | 0.000264 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 31 | 31 | AY.103 | 0.000192 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 30 | 30 | AY.25 | 0.00018 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 19 | 19 | B.1 | 0.000174 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 18 | 18 | P.1.17 | 0.002912 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 16 | 16 | AY.120 | 0.000595 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 15 | 15 | AY.102 | 0.000398 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 15 | 15 | B.1.1 | 0.000272 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 15 | 15 | B.1.1.306 | 0.006576 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 14 | 14 | B.1.177 | 0.000184 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 14 | 14 | B.1.538 | 0.112903 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 14 | 14 | P.1 | 0.000221 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 13 | 13 | AY.3 | 0.000129 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 11 | 11 | AY.39 | 0.000272 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 9 | 9 | AY.26 | 0.000255 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 8 | 8 | B.1.1.311 | 0.002865 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 8 | 8 | B.1.2 | 0.00007 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 8 | 8 | B.1.351 | 0.000238 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 6 | 6 | AY.29 | 0.000095 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 5 | 5 | AY.43 | 0.000022 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 5 | 5 | AY.92 | 0.001436 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 5 | 5 | B.1.617.1 | 0.000645 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 4 | 4 | A.2.4 | 0.013468 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 4 | 4 | AY.100 | 0.000184 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 4 | 4 | B.1.1.89 | 0.024242 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 4 | 4 | B.1.265 | 0.005083 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 4 | 4 | B.1.429 | 0.000094 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 4 | 4 | P.1.14 | 0.000191 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 3 | 3 | A.2.5 | 0.001497 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 3 | 3 | AY.4.5 | 0.000322 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 3 | 3 | AY.44 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 3 | 3 | B.1.243 | 0.000209 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | AY.106 | 0.00067 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | AY.119 | 0.000071 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | AY.12 | 0.000632 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | AY.20 | 0.000078 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | AY.4.2 | 0.000043 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | AY.46 | 0.000208 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | AY.5 | 0.000041 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | AY.6 | 0.000082 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | AY.84 | 0.000875 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | B.1.1.159 | 0.009346 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | B.1.1.174 | 0.006757 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | B.1.1.28 | 0.000622 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | B.1.35 | 0.016949 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | B.1.369 | 0.00057 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | B.1.427 | 0.000101 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | B.1.637 | 0.000146 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | C.18 | 0.005181 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | C.37 | 0.000232 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | D.2 | 0.00015 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | A.19 | 0.009434 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.10 | 0.00053 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.117 | 0.000085 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.13 | 0.000161 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.14 | 0.000088 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.16 | 0.00038 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.16.1 | 0.00047 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.32 | 0.000532 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.47 | 0.000031 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.54 | 0.000095 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.72 | 0.001361 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.9 | 0.000068 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.91.1 | 0.004065 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.96 | 0.002075 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.98.1 | 0.000048 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AZ.2 | 0.000821 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.1.113 | 0.006993 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.1.232 | 0.001815 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.1.354 | 0.004386 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.1.372 | 0.000689 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.1.413 | 0.006897 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.1.416 | 0.000905 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.1.519 | 0.00004 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.128 | 0.000635 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.169 | 0.014925 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.177.21 | 0.000076 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.177.45 | 0.000381 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.177.46 | 0.000918 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.221 | 0.000071 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.236 | 0.002053 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.279 | 0.000514 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.351.3 | 0.000876 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.351.5 | 0.0006 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.367 | 0.000792 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.422 | 0.000812 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.453 | 0.003236 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.526 | 0.000024 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.596 | 0.000087 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.621 | 0.000089 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | C.36 | 0.000911 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | C.36.3 | 0.000567 |
ORF1ab/nsp12 | 179 | G179C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | C.37.1 | 0.002618 |
CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk
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