CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp12 : CodonNum = 91

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp1291K91KK4483KsynaaGaaA1992619926113711-13713
ORF1ab/nsp1291K91RK4483RnonsynaAgaGg13853138510.99985613711-13713
ORF1ab/nsp1291K91RK4483RnonsynaAGaGA1385320.00014437313711-13713
ORF1ab/nsp1291K91EK4483EnonsynAagGag189418850.99524813711-13713
ORF1ab/nsp1291K91EK4483EnonsynAaGGaA189490.0047518513711-13713
ORF1ab/nsp1291K91NK4483NnonsynaaGaaT7257000.96551713711-13713
ORF1ab/nsp1291K91NK4483NnonsynaaGaaC725250.034482813711-13713
ORF1ab/nsp1291K91GK4483GnonsynAAgGGg8282113711-13713
ORF1ab/nsp1291K91TK4483TnonsynaAgaCg4444113711-13713
ORF1ab/nsp1291K91delK4483deldelAAG---3131113711-13713
ORF1ab/nsp1291K91MK4483MnonsynaAgaTg77113711-13713
ORF1ab/nsp1291K91del1K4483del1delAag-ag310.33333313711-13713
ORF1ab/nsp1291K91del1K4483del1delaaGaa-310.33333313711-13713
ORF1ab/nsp1291K91del1K4483del1delAAg-Tg310.33333313711-13713
ORF1ab/nsp1291K91HK4483HnonsynAaGCaC210.513711-13713
ORF1ab/nsp1291K91HK4483HnonsynAaGCaT210.513711-13713
ORF1ab/nsp1291K91YK4483YnonsynAaGTaT11113711-13713
ORF1ab/nsp1291K91SK4483SnonsynaAGaGT11113711-13713
ORF1ab/nsp1291K91XK4483XnonsynAagTag11113711-13713

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp1291K91KaaGaaA1992619926All0.003811
ORF1ab/nsp1291K91KaaGaaA1897318973B.1.4270.958087
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg1385113853All0.002649
ORF1ab/nsp1291K91RaAGaGA213853All0
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg28762876B.1.617.20.010829
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg27812781AY.410.81746
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag18851894All0.000361
ORF1ab/nsp1291K91EAaGGaA91894All0.000002
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg14591459AY.1030.009059
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg12371237B.1.1.70.001107
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag768768AY.4.2.10.114422
ORF1ab/nsp1291K91NaaGaaT700725All0.000134
ORF1ab/nsp1291K91NaaGaaC25725All0.000005
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg481481AY.40.000749
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg460460AY.440.0028
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg404404B.1.6250.950588
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg370370AY.420.014885
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg356356B.1.1770.004688
ORF1ab/nsp1291K91KaaGaaA313313B.10.002867
ORF1ab/nsp1291K91NaaGaaT282282AY.40.000439
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag223223B.1.1.70.0002
ORF1ab/nsp1291K91KaaGaaA207207B.1.4290.00487
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg204204AY.30.002029
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg186186AY.330.012421
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg170170P.10.002678
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg136136AY.250.000818
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg133133AY.430.000589
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg126126AY.60.005182
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg124124B.1.20.001092
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag113113AY.4.20.002451
ORF1ab/nsp1291K91NaaGaaT112112P.10.001764
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg110110AY.1020.002917
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg106106B.10.000971
ORF1ab/nsp1291K91NaaGaaT103103B.1.177.781
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg9393B.1.1.2140.005157
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag8484AY.40.000131
ORF1ab/nsp1291K91GAAgGGg8282All0.000016
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg8181B.1.258.170.008422
ORF1ab/nsp1291K91GAAgGGg7878B.1.1.70.00007
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg7575AY.1180.004699
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag6969AY.39.10.002733
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg6767B.1.10.001215
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg6666B.1.1.1890.099849
ORF1ab/nsp1291K91KaaGaaA6363B.1.1.70.000056
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg6363B.1.4290.001482
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg6161B.1.5260.001434
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag5858B.1.617.20.000218
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg5757B.1.1.2220.011628
ORF1ab/nsp1291K91KaaGaaA5656B.1.4740.106464
ORF1ab/nsp1291K91KaaGaaA5555B.1.20.000484
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg5353AY.90.003583
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg5252AY.260.001472
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg4848AY.390.001186
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg4848B.1.1.5190.001906
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg4646AY.290.000726
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg4646AY.470.001431
ORF1ab/nsp1291K91TaAgaCg4444All0.000008
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg4242AY.1200.001562
ORF1ab/nsp1291K91KaaGaaA4141AY.40.000064
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg4141C.370.004759
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag4040AY.440.000243
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag3838AY.1030.000236
ORF1ab/nsp1291K91NaaGaaT2635B.1.1.70.000023
ORF1ab/nsp1291K91NaaGaaC935B.1.1.70.000008
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg3434AY.980.002686
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg3434K.10.809524
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg3333AY.1190.001165
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg3333B.1.240.21
ORF1ab/nsp1291K91delAAG---3131All0.000006
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag3030AY.430.000133
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg2828AY.50.000578
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg2828AY.570.018373
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag2828P.10.000441
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg2727B.1.3510.000803
ORF1ab/nsp1291K91NaaGaaT2626AY.260.000736
ORF1ab/nsp1291K91TaAgaCg2626B.10.000238
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag2525AY.250.00015
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg2525AY.46.60.001805
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag2525B.1.6370.001827
ORF1ab/nsp1291K91NaaGaaT2424B.1.1.390.012232
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg2323B.1.1.2580.074919
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg2222B.1.5960.001917
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg2121AY.98.10.001017
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg2020AY.130.00322
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg2020B.1.2580.001331
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg1919AY.46.40.003126
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag1919B.1.1.4860.029968
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg1818AY.370.005689
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag1818B.10.000165
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag1818C.350.013932
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg1717B.1.466.20.006651
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg1616AY.610.001676
ORF1ab/nsp1291K91KaaGaaA1616AY.99.20.001475
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag1616B.1.1770.000211
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg1616B.1.177.360.258065
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg1616B.1.177.600.003495
ORF1ab/nsp1291K91KaaGaaA1616B.1.3360.039024
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg1515AY.200.000583
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg1515AY.450.001825
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag1515B.1.3510.000446
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg1414AY.1160.004015
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag1414AY.470.000435
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag1414B.1.177.600.003058
ORF1ab/nsp1291K91NaaGaaT1414B.1.617.20.000053
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg1313AY.4.20.000282
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg1313B.1.1.330.005471
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg1313B.1.177.80.009782
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag1313B.1.6210.001151
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg1212AY.1000.000552
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg1212AY.1210.001624
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg1212B.1.177.40.002533
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag1212B.1.20.000106
ORF1ab/nsp1291K91KaaGaaA1212B.1.2580.000799
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg1212B.1.36.10.013683
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag1212B.1.3960.008469
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg1212B.1.6370.000877
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg1111AY.230.000767
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg1111AY.39.10.000436
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg1111AY.460.001145
ORF1ab/nsp1291K91KaaGaaA1111B.1.1.4160.009955
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg1111B.1.438.10.00118
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg1111Q.10.00139
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag1010AY.1000.00046
ORF1ab/nsp1291K91KaaGaaA1010AY.330.000668
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg1010B.1.1.4340.003486
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg1010B.1.1280.006353
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg1010B.1.2430.000696
ORF1ab/nsp1291K91KaaGaaA1010B.1.575.10.02439
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg1010C.36.30.005672
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag99AY.290.000142
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag99AY.30.00009
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg99B.1.1.5250.04918
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg99B.1.360.001313
ORF1ab/nsp1291K91NaaGaaC99B.1.5250.001018
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg99B.1.617.10.001161
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg99N.50.015901
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg88AY.1110.001465
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag88AY.200.000311
ORF1ab/nsp1291K91NaaGaaT88AY.250.000048
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg88AY.270.000518
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag88AY.390.000198
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg88B.1.6190.006969
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag88C.370.000929
ORF1ab/nsp1291K91MaAgaTg77All0.000001
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag77AY.1020.000186
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg77AY.120.002212
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg77AY.20.002493
ORF1ab/nsp1291K91NaaGaaT77AY.290.00011
ORF1ab/nsp1291K91NaaGaaT77AY.390.000173
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg77AY.5.30.002362
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg77AY.9.20.000257
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg77AY.99.20.000645
ORF1ab/nsp1291K91KaaGaaA77B.1.10.000127
ORF1ab/nsp1291K91KaaGaaA77B.1.1.1920.016166
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg77B.1.1.630.002701
ORF1ab/nsp1291K91KaaGaaA77B.1.3670.005547
ORF1ab/nsp1291K91EAaGGaA77B.1.4270.000353
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg77B.1.5250.000792
ORF1ab/nsp1291K91delAAG---660.333333
ORF1ab/nsp1291K91KaaGaaA66AY.1030.000037
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg66AY.1170.000507
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag66AY.260.00017
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg66AY.46.30.005602
ORF1ab/nsp1291K91NaaGaaT66B.10.000055
ORF1ab/nsp1291K91NaaGaaT66B.1.10.000109
ORF1ab/nsp1291K91TaAgaCg66B.1.1.70.000005
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg66B.1.177.850.032609
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg66B.1.3110.001647
ORF1ab/nsp1291K91KaaGaaA66B.1.617.20.000023
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg66B.1.6280.002114
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag66P.20.00112
ORF1ab/nsp1291K91NaaGaaC45AY.1050.002572
ORF1ab/nsp1291K91NaaGaaT15AY.1050.000643
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg55AY.220.01046
ORF1ab/nsp1291K91KaaGaaA55AY.30.00005
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg55AY.380.002496
ORF1ab/nsp1291K91KaaGaaA55AY.430.000022
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg55AY.5.40.001384
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg55AY.540.000477
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg55AY.700.001043
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg55AY.750.00028
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg55AY.770.005637
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg55AY.840.002187
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg55AY.910.003652
ORF1ab/nsp1291K91KaaGaaA55B.1.1.2200.009294
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg55B.1.1.250.002843
ORF1ab/nsp1291K91NaaGaaT55B.1.1.2820.05814
ORF1ab/nsp1291K91KaaGaaA55B.1.1.3350.064935
ORF1ab/nsp1291K91KaaGaaA55B.1.1570.014925
ORF1ab/nsp1291K91NaaGaaT55B.1.1770.000066
ORF1ab/nsp1291K91NaaGaaT45B.1.20.000035
ORF1ab/nsp1291K91NaaGaaC15B.1.20.000009
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag55B.1.2400.001078
ORF1ab/nsp1291K91KaaGaaA55B.1.5950.001305
ORF1ab/nsp1291K91KaaGaaA55B.1.6230.002682
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag55P.1.170.000809
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg44A.10.001127
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg44AY.1070.001864
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg44AY.1090.002959
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag44AY.1130.00057
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag44AY.300.001583
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg44AY.300.001583
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg44AY.320.00213
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg44AY.34.10.00204
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg44AY.39.20.006163
ORF1ab/nsp1291K91NaaGaaT44AY.430.000018
ORF1ab/nsp1291K91NaaGaaT44AY.440.000024
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg44AY.9.10.000335
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg44B.1.1.10.001307
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag44B.1.1.2220.000816
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg44B.1.1.3060.001754
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg44B.1.1.3170.001647
ORF1ab/nsp1291K91TaAgaCg44B.1.1110.0047
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg44B.1.1600.000125
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag44B.1.2580.000266
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg44B.1.36.180.001681
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg24B.1.4270.000101
ORF1ab/nsp1291K91RaAGaGA24B.1.4270.000101
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag44B.1.5260.000094
ORF1ab/nsp1291K91NaaGaaT44B.400.001457
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg44C.37.10.010471
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg44D.20.0003
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg44P.1.10.001271
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg44P.1.170.000647
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg33A.2.50.001497
ORF1ab/nsp1291K91del1aaGaa-13All0
ORF1ab/nsp1291K91del1Aag-ag13All0
ORF1ab/nsp1291K91del1AAg-Tg13All0
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg33AY.1060.001005
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg33AY.1080.003308
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg33AY.1130.000427
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag33AY.1200.000112
ORF1ab/nsp1291K91KaaGaaA33AY.20.001068
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag33AY.230.000209
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag33AY.270.000194
ORF1ab/nsp1291K91NaaGaaT33AY.30.00003
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg33AY.360.000445
ORF1ab/nsp1291K91KaaGaaA33AY.39.10.000119
ORF1ab/nsp1291K91KaaGaaA33AY.440.000018
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg33AY.46.20.001906
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg33AY.600.002814
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg33AY.7.10.000338
ORF1ab/nsp1291K91KaaGaaA33AY.90.000203
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag33AY.9.10.000251
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag33AY.980.000237
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag33AY.99.20.000276
ORF1ab/nsp1291K91KaaGaaA33B0.000383
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag33B.1.10.000054
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag33B.1.1.10.00098
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag33B.1.1.2660.036585
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg33B.1.1.280.000934
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag33B.1.1.330.001263
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg33B.1.1.4640.004418
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag33B.1.1.5190.000119
ORF1ab/nsp1291K91MaAgaTg33B.1.1.70.000003
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg33B.1.1.700.001023
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg33B.1.177.190.004292
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag33B.1.177.210.000229
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg33B.1.177.400.015464
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag33B.1.2340.000396
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag33B.1.2430.000209
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag33B.1.258.170.000312
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag33B.1.3560.005181
ORF1ab/nsp1291K91NaaGaaT33B.1.36.290.001552
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag33B.1.4290.000071
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg33B.1.4560.009804
ORF1ab/nsp1291K91KaaGaaA33B.1.5960.000261
ORF1ab/nsp1291K91KaaGaaA33B.1.6210.000266
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg33B.1.6210.000266
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg33B.1.6270.006061
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag33D.20.000225
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag33P.1.140.000143
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg33P.1.140.000143
ORF1ab/nsp1291K91NaaGaaT33P.1.140.000143
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg33P.1.150.000697
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg33P.1.70.000958
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg33Q.30.000435
ORF1ab/nsp1291K91EAaGGaA220.111111
ORF1ab/nsp1291K91HAaGCaT12All0
ORF1ab/nsp1291K91HAaGCaC12All0
ORF1ab/nsp1291K91KaaGaaA22AY.1020.000053
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg22AY.1050.001286
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg22AY.1100.000225
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg22AY.116.10.000623
ORF1ab/nsp1291K91NaaGaaT22AY.1190.000071
ORF1ab/nsp1291K91KaaGaaA22AY.130.000322
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg22AY.140.000176
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg22AY.16.10.00094
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg22AY.190.002281
ORF1ab/nsp1291K91TaAgaCg22AY.250.000012
ORF1ab/nsp1291K91delAAG---22AY.250.000012
ORF1ab/nsp1291K91KaaGaaA22AY.290.000032
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag22AY.3.10.000171
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag22AY.340.000194
ORF1ab/nsp1291K91TaAgaCg22AY.40.000003
ORF1ab/nsp1291K91delAAG---22AY.40.000003
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg22AY.4.40.000818
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg22AY.4.50.000215
ORF1ab/nsp1291K91GAAgGGg22AY.430.000009
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag22AY.460.000208
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag22AY.46.60.000144
ORF1ab/nsp1291K91MaAgaTg22AY.470.000062
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg22AY.480.00093
ORF1ab/nsp1291K91NaaGaaT22AY.50.000041
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag22AY.50.000041
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg22AY.5.10.007519
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg22AY.530.000575
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg22AY.580.001815
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg22AY.680.000547
ORF1ab/nsp1291K91NaaGaaT22AY.690.000373
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg22AY.710.00095
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg22AY.740.000231
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag22AY.750.000112
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag22AY.850.000854
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag22AY.860.00166
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg22AY.920.000575
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg22AY.940.000885
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg22AZ.20.001642
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg22B0.000256
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg22B.1.1.1340.022727
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg22B.1.1.1800.021505
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg22B.1.1.2160.001781
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg22B.1.1.2840.000215
ORF1ab/nsp1291K91NaaGaaT22B.1.1.2850.013072
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg22B.1.1.3330.002153
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg22B.1.1.3480.001592
ORF1ab/nsp1291K91KaaGaaA22B.1.1.3490.020619
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg22B.1.1.5260.007092
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg22B.1.130.004751
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg22B.1.1390.001466
ORF1ab/nsp1291K91NaaGaaT22B.1.177.180.00232
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg22B.1.177.430.002954
ORF1ab/nsp1291K91KaaGaaA22B.1.177.730.001133
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg22B.1.177.770.001452
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag22B.1.177.870.001456
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg22B.1.2210.000142
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg22B.1.258.240.021505
ORF1ab/nsp1291K91KaaGaaA22B.1.3110.000549
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg22B.1.36.240.012346
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag22B.1.4000.000858
ORF1ab/nsp1291K91NaaGaaT22B.1.4000.000858
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg22B.1.4080.00738
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg22B.1.4260.002018
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg22B.1.4330.00639
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag22B.1.5610.000794
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg22B.1.5610.000794
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg22B.1.5620.037037
ORF1ab/nsp1291K91KaaGaaA22B.1.6050.011905
ORF1ab/nsp1291K91NaaGaaT22B.1.617.10.000258
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg22B.1.6340.006849
ORF1ab/nsp1291K91NaaGaaC12B.1.6360.006711
ORF1ab/nsp1291K91NaaGaaT12B.1.6360.006711
ORF1ab/nsp1291K91KaaGaaA22B.1.940.054054
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg22C.1.20.008511
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg22P.1.120.000968
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg22P.1.130.001797
ORF1ab/nsp1291K91NaaGaaT22P.1.150.000465
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg22P.20.000373
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg22Q.80.00033
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11A.20.000662
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag11A.2.40.003367
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11A.2.5.10.004808
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag11A.23.10.000704
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag11A.70.055556
ORF1ab/nsp1291K91YAaGTaT11All0
ORF1ab/nsp1291K91SaAGaGT11All0
ORF1ab/nsp1291K91XAagTag11All0
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11AY.100.00053
ORF1ab/nsp1291K91NaaGaaT11AY.1020.000027
ORF1ab/nsp1291K91NaaGaaT11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp1291K91NaaGaaT11AY.1070.000466
ORF1ab/nsp1291K91delAAG---11AY.1080.001103
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag11AY.1150.005208
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11AY.1150.005208
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag11AY.1160.000287
ORF1ab/nsp1291K91NaaGaaT11AY.1170.000085
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag11AY.1170.000085
ORF1ab/nsp1291K91KaaGaaA11AY.1170.000085
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag11AY.1180.000063
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag11AY.1190.000035
ORF1ab/nsp1291K91del1AAg-Tg11AY.1190.000035
ORF1ab/nsp1291K91delAAG---11AY.1200.000037
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag11AY.1210.000135
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag11AY.130.000161
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag11AY.16.10.00047
ORF1ab/nsp1291K91NaaGaaT11AY.200.000039
ORF1ab/nsp1291K91NaaGaaT11AY.230.00007
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag11AY.23.10.000417
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11AY.240.000431
ORF1ab/nsp1291K91KaaGaaA11AY.240.000431
ORF1ab/nsp1291K91KaaGaaA11AY.250.000006
ORF1ab/nsp1291K91KaaGaaA11AY.270.000065
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11AY.280.00189
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag11AY.29.10.000221
ORF1ab/nsp1291K91delAAG---11AY.30.00001
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag11AY.330.000067
ORF1ab/nsp1291K91NaaGaaT11AY.330.000067
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11AY.340.000097
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11AY.350.000233
ORF1ab/nsp1291K91KaaGaaA11AY.390.000025
ORF1ab/nsp1291K91NaaGaaT11AY.39.10.00004
ORF1ab/nsp1291K91GAAgGGg11AY.40.000002
ORF1ab/nsp1291K91NaaGaaT11AY.4.20.000022
ORF1ab/nsp1291K91MaAgaTg11AY.4.20.000022
ORF1ab/nsp1291K91SaAGaGT11AY.410.000294
ORF1ab/nsp1291K91KaaGaaA11AY.420.00004
ORF1ab/nsp1291K91TaAgaCg11AY.420.00004
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag11AY.420.00004
ORF1ab/nsp1291K91TaAgaCg11AY.430.000004
ORF1ab/nsp1291K91del1aaGaa-11AY.430.000004
ORF1ab/nsp1291K91NaaGaaT11AY.450.000122
ORF1ab/nsp1291K91KaaGaaA11AY.460.000104
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag11AY.46.40.000165
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11AY.5.20.002463
ORF1ab/nsp1291K91NaaGaaT11AY.5.20.002463
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag11AY.5.30.000337
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11AY.500.000799
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11AY.520.000814
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11AY.550.000917
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11AY.590.00053
ORF1ab/nsp1291K91NaaGaaC11AY.620.000436
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11AY.620.000436
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag11AY.640.000595
ORF1ab/nsp1291K91KaaGaaA11AY.640.000595
ORF1ab/nsp1291K91delAAG---11AY.670.000464
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11AY.690.000187
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11AY.70.000196
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag11AY.730.000665
ORF1ab/nsp1291K91KaaGaaA11AY.750.000056
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11AY.75.10.00018
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11AY.760.004831
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag11AY.770.001127
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11AY.80.000606
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11AY.820.001357
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag11AY.830.001724
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11AY.850.000427
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11AY.870.000833
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11AY.880.000884
ORF1ab/nsp1291K91NaaGaaT11AY.90.000068
ORF1ab/nsp1291K91delAAG---11AY.9.20.000037
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11AY.9.2.10.001976
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag11AY.910.00073
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11AY.930.000273
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag11AY.950.000761
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11AY.950.000761
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11AY.960.002075
ORF1ab/nsp1291K91TaAgaCg11AY.970.001701
ORF1ab/nsp1291K91KaaGaaA11AY.970.001701
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11AY.970.001701
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11AY.990.001049
ORF1ab/nsp1291K91delAAG---11AY.990.001049
ORF1ab/nsp1291K91HAaGCaC11B0.000128
ORF1ab/nsp1291K91delAAG---11B.1.1.10.000327
ORF1ab/nsp1291K91NaaGaaT11B.1.1.10.000327
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11B.1.1.1010.01
ORF1ab/nsp1291K91delAAG---11B.1.1.1390.022727
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11B.1.1.1530.001095
ORF1ab/nsp1291K91MaAgaTg11B.1.1.1570.000913
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11B.1.1.1760.000439
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11B.1.1.1920.002309
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag11B.1.1.1940.00495
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11B.1.1.2040.00304
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11B.1.1.2200.001859
ORF1ab/nsp1291K91delAAG---11B.1.1.2360.006897
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11B.1.1.2410.00207
ORF1ab/nsp1291K91KaaGaaA11B.1.1.2690.001353
ORF1ab/nsp1291K91KaaGaaA11B.1.1.280.000311
ORF1ab/nsp1291K91del1Aag-ag11B.1.1.280.000311
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag11B.1.1.2890.002083
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11B.1.1.2900.018182
ORF1ab/nsp1291K91KaaGaaA11B.1.1.3020.002075
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11B.1.1.3030.002762
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11B.1.1.3120.001912
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag11B.1.1.3170.000412
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11B.1.1.3180.000302
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11B.1.1.3260.001761
ORF1ab/nsp1291K91NaaGaaT11B.1.1.3290.003846
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11B.1.1.3360.016667
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag11B.1.1.3360.016667
ORF1ab/nsp1291K91delAAG---11B.1.1.3480.000796
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11B.1.1.370.000193
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11B.1.1.3720.000689
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag11B.1.1.390.00051
ORF1ab/nsp1291K91KaaGaaA11B.1.1.390.00051
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11B.1.1.4090.002833
ORF1ab/nsp1291K91NaaGaaT11B.1.1.4160.000905
ORF1ab/nsp1291K91KaaGaaA11B.1.1.5070.008696
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11B.1.1.5070.008696
ORF1ab/nsp1291K91KaaGaaA11B.1.1.5170.006803
ORF1ab/nsp1291K91KaaGaaA11B.1.1.5190.00004
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11B.1.1.5230.001563
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11B.1.1.5280.004808
ORF1ab/nsp1291K91XAagTag11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp1291K91HAaGCaT11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp1291K91delAAG---11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp1291K91YAaGTaT11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag11B.1.1.700.000341
ORF1ab/nsp1291K91NaaGaaT11B.1.1.700.000341
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag11B.1.1.830.00271
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag11B.1.1110.001175
ORF1ab/nsp1291K91KaaGaaA11B.1.1190.010526
ORF1ab/nsp1291K91KaaGaaA11B.1.1260.001276
ORF1ab/nsp1291K91KaaGaaA11B.1.1600.000031
ORF1ab/nsp1291K91delAAG---11B.1.1610.017241
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11B.1.1660.008475
ORF1ab/nsp1291K91delAAG---11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11B.1.177.170.000821
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag11B.1.177.200.001517
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11B.1.177.200.001517
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11B.1.177.240.001295
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag11B.1.177.330.001645
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11B.1.177.440.000519
ORF1ab/nsp1291K91delAAG---11B.1.177.570.000281
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11B.1.177.570.000281
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11B.1.177.60.000977
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11B.1.177.860.000183
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag11B.1.177.860.000183
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11B.1.1890.004292
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11B.1.2100.002132
ORF1ab/nsp1291K91NaaGaaT11B.1.214.20.0006
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11B.1.214.20.0006
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag11B.1.2210.000071
ORF1ab/nsp1291K91NaaGaaT11B.1.2210.000071
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11B.1.2230.002778
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11B.1.2340.000132
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11B.1.258.100.011364
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag11B.1.2770.02381
ORF1ab/nsp1291K91KaaGaaA11B.1.2800.007143
ORF1ab/nsp1291K91KaaGaaA11B.1.2810.021739
ORF1ab/nsp1291K91KaaGaaA11B.1.2890.00266
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag11B.1.3110.000275
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag11B.1.3190.003049
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag11B.1.3200.001245
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11B.1.3240.001605
ORF1ab/nsp1291K91NaaGaaT11B.1.3320.003497
ORF1ab/nsp1291K91KaaGaaA11B.1.3500.002933
ORF1ab/nsp1291K91delAAG---11B.1.3510.00003
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag11B.1.351.30.000876
ORF1ab/nsp1291K91NaaGaaT11B.1.360.000146
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag11B.1.360.000146
ORF1ab/nsp1291K91KaaGaaA11B.1.360.000146
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag11B.1.36.10.00114
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11B.1.36.210.00216
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11B.1.36.290.000517
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11B.1.36.330.007576
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11B.1.36.350.002604
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11B.1.36.370.002778
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11B.1.36.70.004
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11B.1.36.80.001
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag11B.1.3690.000285
ORF1ab/nsp1291K91delAAG---11B.1.3750.00082
ORF1ab/nsp1291K91TaAgaCg11B.1.3770.004566
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11B.1.3960.000706
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11B.1.4000.000429
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11B.1.4020.009804
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11B.1.4090.000781
ORF1ab/nsp1291K91delAAG---11B.1.4150.014286
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11B.1.4150.014286
ORF1ab/nsp1291K91NaaGaaT11B.1.4290.000024
ORF1ab/nsp1291K91NaaGaaT11B.1.438.10.000107
ORF1ab/nsp1291K91NaaGaaT11B.1.4560.003268
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11B.1.4590.004082
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11B.1.4680.005714
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11B.1.4990.00105
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11B.1.5050.004386
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11B.1.5090.000866
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11B.1.5170.000427
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag11B.1.5250.000113
ORF1ab/nsp1291K91KaaGaaA11B.1.5500.013699
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag11B.1.5510.00129
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11B.1.5600.00463
ORF1ab/nsp1291K91KaaGaaA11B.1.5610.000397
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11B.1.5650.00081
ORF1ab/nsp1291K91KaaGaaA11B.1.5680.001111
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11B.1.5760.000907
ORF1ab/nsp1291K91KaaGaaA11B.1.5770.000687
ORF1ab/nsp1291K91KaaGaaA11B.1.5800.004065
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11B.1.5800.004065
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11B.1.5880.00091
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11B.1.5950.000261
ORF1ab/nsp1291K91delAAG---11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp1291K91GAAgGGg11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag11B.1.6190.000871
ORF1ab/nsp1291K91NaaGaaT11B.1.6210.000089
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag11B.1.6250.002353
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag11B.1.6280.000352
ORF1ab/nsp1291K91delAAG---11B.1.6300.005236
ORF1ab/nsp1291K91KaaGaaA11B.1.6330.041667
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11B.1.910.002075
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11B.30.000831
ORF1ab/nsp1291K91KaaGaaA11B.30.000831
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11B.400.000364
ORF1ab/nsp1291K91NaaGaaT11B.60.00091
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11B.6.60.000889
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag11B.6.60.000889
ORF1ab/nsp1291K91delAAG---11C.170.055556
ORF1ab/nsp1291K91NaaGaaT11C.170.055556
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag11C.260.007353
ORF1ab/nsp1291K91delAAG---11C.360.000911
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11C.360.000911
ORF1ab/nsp1291K91KaaGaaA11C.360.000911
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11C.36.10.004149
ORF1ab/nsp1291K91KaaGaaA11C.370.000116
ORF1ab/nsp1291K91KaaGaaA11D.20.000075
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag11P.1.10.10.00813
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11P.1.160.000374
ORF1ab/nsp1291K91KaaGaaA11P.1.160.000374
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag11P.1.20.001156
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11P.1.20.001156
ORF1ab/nsp1291K91KaaGaaA11P.1.20.001156
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11P.1.40.000977
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11P.60.003145
ORF1ab/nsp1291K91EAagGag11Q.30.000145
ORF1ab/nsp1291K91KaaGaaA11Q.80.000165
ORF1ab/nsp1291K91RaAgaGg11R.10.00009