CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp12 : CodonNum = 882

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp12	882	H882R	H5274R	nonsyn	cAt	cGt	1102	1102	1	16084-16086
ORF1ab/nsp12	882	H882Y	H5274Y	nonsyn	Cat	Tat	308	308	1	16084-16086
ORF1ab/nsp12	882	H882H	H5274H	syn	caT	caC	306	306	1	16084-16086
ORF1ab/nsp12	882	H882del	H5274del	del	CAT	---	76	76	1	16084-16086
ORF1ab/nsp12	882	H882N	H5274N	nonsyn	Cat	Aat	28	28	1	16084-16086
ORF1ab/nsp12	882	H882Q	H5274Q	nonsyn	caT	caG	12	11	0.916667	16084-16086
ORF1ab/nsp12	882	H882Q	H5274Q	nonsyn	caT	caA	12	1	0.0833333	16084-16086
ORF1ab/nsp12	882	H882L	H5274L	nonsyn	cAt	cTt	10	9	0.9	16084-16086
ORF1ab/nsp12	882	H882L	H5274L	nonsyn	cAT	cTC	10	1	0.1	16084-16086
ORF1ab/nsp12	882	H882del1	H5274del1	del	caT	ca-	6	4	0.666667	16084-16086
ORF1ab/nsp12	882	H882del1	H5274del1	del	Cat	-at	6	1	0.166667	16084-16086
ORF1ab/nsp12	882	H882del1	H5274del1	del	cAt	c-t	6	1	0.166667	16084-16086
ORF1ab/nsp12	882	H882D	H5274D	nonsyn	Cat	Gat	2	2	1	16084-16086
ORF1ab/nsp12	882	H882G	H5274G	nonsyn	CAt	GGt	1	1	1	16084-16086
ORF1ab/nsp12	882	H882S	H5274S	nonsyn	CAT	TCA	1	1	1	16084-16086
ORF1ab/nsp12	882	H882F	H5274F	nonsyn	CAT	TTC	1	1	1	16084-16086
ORF1ab/nsp12	882	H882P	H5274P	nonsyn	cAt	cCt	1	1	1	16084-16086
ORF1ab/nsp12	882	H882del2	H5274del2	del	CAt	--t	1	1	1	16084-16086

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp12	882	H882R	cAt	cGt	1102	1102	All	0.000211
ORF1ab/nsp12	882	H882R	cAt	cGt	465	465	B.1	0.004259
ORF1ab/nsp12	882	H882R	cAt	cGt	451	451	B.1.127	0.991209
ORF1ab/nsp12	882	H882Y	Cat	Tat	308	308	All	0.000059
ORF1ab/nsp12	882	H882H	caT	caC	306	306	All	0.000059
ORF1ab/nsp12	882	H882H	caT	caC	175	175	B.1.1.7	0.000157
ORF1ab/nsp12	882	H882del	CAT	---	76	76	All	0.000015
ORF1ab/nsp12	882	H882R	cAt	cGt	54	54	AY.25	0.000325
ORF1ab/nsp12	882	H882R	cAt	cGt	54	54	AY.4	0.000084
ORF1ab/nsp12	882	H882Y	Cat	Tat	34	34	B.1.1.253	0.085213
ORF1ab/nsp12	882	H882del	CAT	---	33	33	B.1.1.7	0.00003
ORF1ab/nsp12	882	H882Y	Cat	Tat	32	32	A	0.012384
ORF1ab/nsp12	882	H882Y	Cat	Tat	30	30	AY.3	0.000298
ORF1ab/nsp12	882	H882N	Cat	Aat	28	28	All	0.000005
ORF1ab/nsp12	882	H882Y	Cat	Tat	25	25	B.1.1.7	0.000022
ORF1ab/nsp12	882	H882Y	Cat	Tat	25	25	Q.7	0.027778
ORF1ab/nsp12	882	H882R	cAt	cGt	17	17	B.1.617.2	0.000064
ORF1ab/nsp12	882	H882Y	Cat	Tat	15	15	AY.4	0.000023
ORF1ab/nsp12	882	H882H	caT	caC	14	14	B.1.276	0.237288
ORF1ab/nsp12	882	H882Q	caT	caG	11	12	All	0.000002
ORF1ab/nsp12	882	H882Q	caT	caA	1	12	All	0
ORF1ab/nsp12	882	H882H	caT	caC	12	12	AY.25	0.000072
ORF1ab/nsp12	882	H882Y	Cat	Tat	11	11	B.1	0.000101
ORF1ab/nsp12	882	H882H	caT	caC	11	11	B.1.617.2	0.000041
ORF1ab/nsp12	882	H882L	cAt	cTt	9	10	All	0.000002
ORF1ab/nsp12	882	H882L	cAT	cTC	1	10	All	0
ORF1ab/nsp12	882	H882H	caT	caC	10	10	AY.103	0.000062
ORF1ab/nsp12	882	H882N	Cat	Aat	10	10	B.1.525	0.001132
ORF1ab/nsp12	882	H882Y	Cat	Tat	9	9	AY.23	0.000628
ORF1ab/nsp12	882	H882H	caT	caC	9	9	AY.4	0.000014
ORF1ab/nsp12	882	H882H	caT	caC	8	8	B.1.429	0.000188
ORF1ab/nsp12	882	H882Y	Cat	Tat	8	8	B.1.617.2	0.00003
ORF1ab/nsp12	882	H882H	caT	caC	7	7	AY.27	0.000453
ORF1ab/nsp12	882	H882Y	Cat	Tat	7	7	AY.9	0.000473
ORF1ab/nsp12	882	H882Y	Cat	Tat	7	7	B.1.2	0.000062
ORF1ab/nsp12	882	H882del1	caT	ca-	4	6	All	0.000001
ORF1ab/nsp12	882	H882del1	cAt	c-t	1	6	All	0
ORF1ab/nsp12	882	H882del1	Cat	-at	1	6	All	0
ORF1ab/nsp12	882	H882R	cAt	cGt	6	6	AY.103	0.000037
ORF1ab/nsp12	882	H882del	CAT	---	6	6	AY.25	0.000036
ORF1ab/nsp12	882	H882R	cAt	cGt	6	6	AY.33	0.000401
ORF1ab/nsp12	882	H882R	cAt	cGt	6	6	AY.4.2	0.00013
ORF1ab/nsp12	882	H882Y	Cat	Tat	6	6	AY.44	0.000037
ORF1ab/nsp12	882	H882R	cAt	cGt	6	6	B.1.1.7	0.000005
ORF1ab/nsp12	882	H882Y	Cat	Tat	6	6	B.1.177.4	0.001266
ORF1ab/nsp12	882	H882H	caT	caC	6	6	B.1.2	0.000053
ORF1ab/nsp12	882	H882del	CAT	---	5	5	AY.4	0.000008
ORF1ab/nsp12	882	H882Y	Cat	Tat	5	5	AY.43	0.000022
ORF1ab/nsp12	882	H882N	Cat	Aat	5	5	B.1	0.000046
ORF1ab/nsp12	882	H882Y	Cat	Tat	5	5	B.1.351.3	0.004382
ORF1ab/nsp12	882	H882Y	Cat	Tat	4	4	B.1.1.255	0.012121
ORF1ab/nsp12	882	H882Q	caT	caG	4	4	B.1.160.31	0.032258
ORF1ab/nsp12	882	H882R	cAt	cGt	4	4	B.1.177	0.000053
ORF1ab/nsp12	882	H882Y	Cat	Tat	4	4	B.1.177	0.000053
ORF1ab/nsp12	882	H882Y	Cat	Tat	4	4	B.1.526	0.000094
ORF1ab/nsp12	882	H882Q	caT	caG	4	4	B.1.617.2	0.000015
ORF1ab/nsp12	882	H882Y	Cat	Tat	4	4	C.37	0.000464
ORF1ab/nsp12	882	H882Y	Cat	Tat	3	3	AY.103	0.000019
ORF1ab/nsp12	882	H882Y	Cat	Tat	3	3	AY.113	0.000427
ORF1ab/nsp12	882	H882del	CAT	---	3	3	AY.4.5	0.000322
ORF1ab/nsp12	882	H882del	CAT	---	3	3	AY.43	0.000013
ORF1ab/nsp12	882	H882Y	Cat	Tat	3	3	AY.45	0.000365
ORF1ab/nsp12	882	H882Y	Cat	Tat	3	3	AY.47	0.000093
ORF1ab/nsp12	882	H882Y	Cat	Tat	3	3	AY.5	0.000062
ORF1ab/nsp12	882	H882H	caT	caC	3	3	AY.74	0.000347
ORF1ab/nsp12	882	H882R	cAt	cGt	3	3	AY.85	0.001282
ORF1ab/nsp12	882	H882Y	Cat	Tat	3	3	B.1.1	0.000054
ORF1ab/nsp12	882	H882H	caT	caC	3	3	B.1.1.220	0.005576
ORF1ab/nsp12	882	H882Y	Cat	Tat	3	3	B.1.1.318	0.000905
ORF1ab/nsp12	882	H882del	CAT	---	3	3	B.1.177	0.00004
ORF1ab/nsp12	882	H882L	cAt	cTt	3	3	B.1.2	0.000026
ORF1ab/nsp12	882	H882R	cAt	cGt	3	3	B.1.293	0.0375
ORF1ab/nsp12	882	H882Y	Cat	Tat	3	3	B.1.36.1	0.003421
ORF1ab/nsp12	882	H882H	caT	caC	3	3	C.37	0.000348
ORF1ab/nsp12	882	H882D	Cat	Gat	2	2	All	0
ORF1ab/nsp12	882	H882R	cAt	cGt	2	2	AY.102	0.000053
ORF1ab/nsp12	882	H882H	caT	caC	2	2	AY.111	0.000366
ORF1ab/nsp12	882	H882Y	Cat	Tat	2	2	AY.119	0.000071
ORF1ab/nsp12	882	H882H	caT	caC	2	2	AY.20	0.000078
ORF1ab/nsp12	882	H882Y	Cat	Tat	2	2	AY.25	0.000012
ORF1ab/nsp12	882	H882H	caT	caC	2	2	AY.29	0.000032
ORF1ab/nsp12	882	H882Y	Cat	Tat	2	2	AY.29	0.000032
ORF1ab/nsp12	882	H882R	cAt	cGt	2	2	AY.3	0.00002
ORF1ab/nsp12	882	H882H	caT	caC	2	2	AY.3	0.00002
ORF1ab/nsp12	882	H882R	cAt	cGt	2	2	AY.34	0.000194
ORF1ab/nsp12	882	H882Y	Cat	Tat	2	2	AY.39	0.000049
ORF1ab/nsp12	882	H882Y	Cat	Tat	2	2	AY.42	0.00008
ORF1ab/nsp12	882	H882R	cAt	cGt	2	2	AY.43	0.000009
ORF1ab/nsp12	882	H882N	Cat	Aat	2	2	AY.43	0.000009
ORF1ab/nsp12	882	H882H	caT	caC	2	2	AY.44	0.000012
ORF1ab/nsp12	882	H882Y	Cat	Tat	2	2	AY.6	0.000082
ORF1ab/nsp12	882	H882Y	Cat	Tat	2	2	AY.84	0.000875
ORF1ab/nsp12	882	H882Y	Cat	Tat	2	2	AY.95	0.001522
ORF1ab/nsp12	882	H882H	caT	caC	2	2	AY.98.1	0.000097
ORF1ab/nsp12	882	H882H	caT	caC	2	2	B.1	0.000018
ORF1ab/nsp12	882	H882L	cAt	cTt	1	2	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp12	882	H882L	cAT	cTC	1	2	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp12	882	H882del	CAT	---	2	2	B.1.1	0.000036
ORF1ab/nsp12	882	H882H	caT	caC	2	2	B.1.1.318	0.000604
ORF1ab/nsp12	882	H882H	caT	caC	2	2	B.1.1.329	0.007692
ORF1ab/nsp12	882	H882L	cAt	cTt	2	2	B.1.1.7	0.000002
ORF1ab/nsp12	882	H882del	CAT	---	2	2	B.1.1.70	0.000682
ORF1ab/nsp12	882	H882del	CAT	---	2	2	B.1.177.54	0.001213
ORF1ab/nsp12	882	H882H	caT	caC	2	2	B.1.351	0.000059
ORF1ab/nsp12	882	H882H	caT	caC	2	2	B.1.36.29	0.001035
ORF1ab/nsp12	882	H882Y	Cat	Tat	2	2	B.1.367	0.001585
ORF1ab/nsp12	882	H882Y	Cat	Tat	2	2	B.1.429	0.000047
ORF1ab/nsp12	882	H882Y	Cat	Tat	2	2	B.1.564	0.000852
ORF1ab/nsp12	882	H882del	CAT	---	2	2	B.1.617.2	0.000008
ORF1ab/nsp12	882	H882Y	Cat	Tat	2	2	P.2	0.000373
ORF1ab/nsp12	882	H882H	caT	caC	2	2	R.1	0.00018
ORF1ab/nsp12	882	H882N	Cat	Aat	1	1	A	0.000387
ORF1ab/nsp12	882	H882F	CAT	TTC	1	1	All	0
ORF1ab/nsp12	882	H882del2	CAt	--t	1	1	All	0
ORF1ab/nsp12	882	H882G	CAt	GGt	1	1	All	0
ORF1ab/nsp12	882	H882S	CAT	TCA	1	1	All	0
ORF1ab/nsp12	882	H882P	cAt	cCt	1	1	All	0
ORF1ab/nsp12	882	H882Y	Cat	Tat	1	1	AY.102	0.000027
ORF1ab/nsp12	882	H882N	Cat	Aat	1	1	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp12	882	H882Y	Cat	Tat	1	1	AY.110	0.000113
ORF1ab/nsp12	882	H882del	CAT	---	1	1	AY.111	0.000183
ORF1ab/nsp12	882	H882R	cAt	cGt	1	1	AY.113	0.000142
ORF1ab/nsp12	882	H882Y	Cat	Tat	1	1	AY.116	0.000287
ORF1ab/nsp12	882	H882R	cAt	cGt	1	1	AY.118	0.000063
ORF1ab/nsp12	882	H882Y	Cat	Tat	1	1	AY.118	0.000063
ORF1ab/nsp12	882	H882H	caT	caC	1	1	AY.119	0.000035
ORF1ab/nsp12	882	H882R	cAt	cGt	1	1	AY.120	0.000037
ORF1ab/nsp12	882	H882H	caT	caC	1	1	AY.14	0.000088
ORF1ab/nsp12	882	H882R	cAt	cGt	1	1	AY.16	0.00038
ORF1ab/nsp12	882	H882H	caT	caC	1	1	AY.16.1	0.00047
ORF1ab/nsp12	882	H882R	cAt	cGt	1	1	AY.16.1	0.00047
ORF1ab/nsp12	882	H882R	cAt	cGt	1	1	AY.20	0.000039
ORF1ab/nsp12	882	H882Y	Cat	Tat	1	1	AY.20	0.000039
ORF1ab/nsp12	882	H882R	cAt	cGt	1	1	AY.23.1	0.000417
ORF1ab/nsp12	882	H882F	CAT	TTC	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp12	882	H882N	Cat	Aat	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp12	882	H882del	CAT	---	1	1	AY.29	0.000016
ORF1ab/nsp12	882	H882R	cAt	cGt	1	1	AY.29.1	0.000221
ORF1ab/nsp12	882	H882Q	caT	caG	1	1	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp12	882	H882H	caT	caC	1	1	AY.33	0.000067
ORF1ab/nsp12	882	H882H	caT	caC	1	1	AY.39	0.000025
ORF1ab/nsp12	882	H882L	cAt	cTt	1	1	AY.4	0.000002
ORF1ab/nsp12	882	H882H	caT	caC	1	1	AY.4.2	0.000022
ORF1ab/nsp12	882	H882H	caT	caC	1	1	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp12	882	H882R	cAt	cGt	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp12	882	H882S	CAT	TCA	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp12	882	H882H	caT	caC	1	1	AY.45	0.000122
ORF1ab/nsp12	882	H882R	cAt	cGt	1	1	AY.45	0.000122
ORF1ab/nsp12	882	H882H	caT	caC	1	1	AY.46	0.000104
ORF1ab/nsp12	882	H882H	caT	caC	1	1	AY.46.6	0.000072
ORF1ab/nsp12	882	H882Y	Cat	Tat	1	1	AY.46.6	0.000072
ORF1ab/nsp12	882	H882R	cAt	cGt	1	1	AY.5	0.000021
ORF1ab/nsp12	882	H882H	caT	caC	1	1	AY.5	0.000021
ORF1ab/nsp12	882	H882del	CAT	---	1	1	AY.5.3	0.000337
ORF1ab/nsp12	882	H882N	Cat	Aat	1	1	AY.52	0.000814
ORF1ab/nsp12	882	H882Y	Cat	Tat	1	1	AY.59	0.00053
ORF1ab/nsp12	882	H882Y	Cat	Tat	1	1	AY.68	0.000274
ORF1ab/nsp12	882	H882del	CAT	---	1	1	AY.9	0.000068
ORF1ab/nsp12	882	H882Y	Cat	Tat	1	1	AY.98.1	0.000048
ORF1ab/nsp12	882	H882del	CAT	---	1	1	AY.99	0.001049
ORF1ab/nsp12	882	H882R	cAt	cGt	1	1	AY.99.2	0.000092
ORF1ab/nsp12	882	H882Y	Cat	Tat	1	1	B	0.000128
ORF1ab/nsp12	882	H882N	Cat	Aat	1	1	B	0.000128
ORF1ab/nsp12	882	H882Q	caT	caG	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp12	882	H882del1	Cat	-at	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp12	882	H882del	CAT	---	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp12	882	H882D	Cat	Gat	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp12	882	H882H	caT	caC	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp12	882	H882N	Cat	Aat	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp12	882	H882Y	Cat	Tat	1	1	B.1.1.189	0.001513
ORF1ab/nsp12	882	H882Y	Cat	Tat	1	1	B.1.1.192	0.002309
ORF1ab/nsp12	882	H882Y	Cat	Tat	1	1	B.1.1.214	0.000055
ORF1ab/nsp12	882	H882del	CAT	---	1	1	B.1.1.232	0.001815
ORF1ab/nsp12	882	H882H	caT	caC	1	1	B.1.1.27	0.00565
ORF1ab/nsp12	882	H882H	caT	caC	1	1	B.1.1.294	0.001266
ORF1ab/nsp12	882	H882del	CAT	---	1	1	B.1.1.311	0.000358
ORF1ab/nsp12	882	H882R	cAt	cGt	1	1	B.1.1.464	0.001473
ORF1ab/nsp12	882	H882del1	caT	ca-	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp12	882	H882R	cAt	cGt	1	1	B.1.160	0.000031
ORF1ab/nsp12	882	H882del	CAT	---	1	1	B.1.177.15	0.000631
ORF1ab/nsp12	882	H882del1	caT	ca-	1	1	B.1.177.44	0.000519
ORF1ab/nsp12	882	H882L	cAt	cTt	1	1	B.1.177.65	0.000665
ORF1ab/nsp12	882	H882N	Cat	Aat	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp12	882	H882R	cAt	cGt	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp12	882	H882del1	cAt	c-t	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp12	882	H882Q	caT	caA	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp12	882	H882del2	CAt	--t	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp12	882	H882del1	caT	ca-	1	1	B.1.206	0.000816
ORF1ab/nsp12	882	H882D	Cat	Gat	1	1	B.1.221	0.000071
ORF1ab/nsp12	882	H882Y	Cat	Tat	1	1	B.1.234	0.000132
ORF1ab/nsp12	882	H882L	cAt	cTt	1	1	B.1.236	0.002053
ORF1ab/nsp12	882	H882Y	Cat	Tat	1	1	B.1.258	0.000067
ORF1ab/nsp12	882	H882del	CAT	---	1	1	B.1.258.10	0.011364
ORF1ab/nsp12	882	H882N	Cat	Aat	1	1	B.1.260	0.003344
ORF1ab/nsp12	882	H882N	Cat	Aat	1	1	B.1.301	0.005917
ORF1ab/nsp12	882	H882H	caT	caC	1	1	B.1.311	0.000275
ORF1ab/nsp12	882	H882P	cAt	cCt	1	1	B.1.338	0.008621
ORF1ab/nsp12	882	H882Y	Cat	Tat	1	1	B.1.351	0.00003
ORF1ab/nsp12	882	H882Y	Cat	Tat	1	1	B.1.36	0.000146
ORF1ab/nsp12	882	H882del1	caT	ca-	1	1	B.1.369	0.000285
ORF1ab/nsp12	882	H882H	caT	caC	1	1	B.1.396	0.000706
ORF1ab/nsp12	882	H882Y	Cat	Tat	1	1	B.1.497	0.000315
ORF1ab/nsp12	882	H882H	caT	caC	1	1	B.1.525	0.000113
ORF1ab/nsp12	882	H882N	Cat	Aat	1	1	B.1.564	0.000426
ORF1ab/nsp12	882	H882R	cAt	cGt	1	1	B.1.599	0.00365
ORF1ab/nsp12	882	H882Q	caT	caG	1	1	B.1.609	0.000479
ORF1ab/nsp12	882	H882H	caT	caC	1	1	B.1.617.1	0.000129
ORF1ab/nsp12	882	H882G	CAt	GGt	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp12	882	H882R	cAt	cGt	1	1	B.1.621	0.000089
ORF1ab/nsp12	882	H882H	caT	caC	1	1	B.1.621	0.000089
ORF1ab/nsp12	882	H882del	CAT	---	1	1	B.1.621	0.000089
ORF1ab/nsp12	882	H882N	Cat	Aat	1	1	B.1.623	0.000536
ORF1ab/nsp12	882	H882del	CAT	---	1	1	B.1.630	0.005236
ORF1ab/nsp12	882	H882R	cAt	cGt	1	1	B.3	0.000831
ORF1ab/nsp12	882	H882del	CAT	---	1	1	B.34	0.013699
ORF1ab/nsp12	882	H882Y	Cat	Tat	1	1	B.40	0.000364
ORF1ab/nsp12	882	H882del	CAT	---	1	1	C.17	0.055556
ORF1ab/nsp12	882	H882H	caT	caC	1	1	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp12	882	H882R	cAt	cGt	1	1	P.1.14	0.000048
ORF1ab/nsp12	882	H882H	caT	caC	1	1	P.2	0.000187
ORF1ab/nsp12	882	H882del	CAT	---	1	1	Q.2	0.000613

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.