CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp12 : CodonNum = 803

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp12	803	T803T	T5195T	syn	acT	acC	7175	6941	0.967387	15847-15849
ORF1ab/nsp12	803	T803T	T5195T	syn	acT	acA	7175	166	0.0231359	15847-15849
ORF1ab/nsp12	803	T803T	T5195T	syn	acT	acG	7175	68	0.00947735	15847-15849
ORF1ab/nsp12	803	T803I	T5195I	nonsyn	aCt	aTt	5468	5468	1	15847-15849
ORF1ab/nsp12	803	T803N	T5195N	nonsyn	aCt	aAt	347	345	0.994236	15847-15849
ORF1ab/nsp12	803	T803N	T5195N	nonsyn	aCT	aAC	347	2	0.00576369	15847-15849
ORF1ab/nsp12	803	T803A	T5195A	nonsyn	Act	Gct	204	201	0.985294	15847-15849
ORF1ab/nsp12	803	T803A	T5195A	nonsyn	AcT	GcA	204	2	0.00980392	15847-15849
ORF1ab/nsp12	803	T803A	T5195A	nonsyn	AcT	GcC	204	1	0.00490196	15847-15849
ORF1ab/nsp12	803	T803P	T5195P	nonsyn	Act	Cct	55	55	1	15847-15849
ORF1ab/nsp12	803	T803S	T5195S	nonsyn	Act	Tct	41	34	0.829268	15847-15849
ORF1ab/nsp12	803	T803S	T5195S	nonsyn	aCt	aGt	41	6	0.146341	15847-15849
ORF1ab/nsp12	803	T803S	T5195S	nonsyn	AcT	TcC	41	1	0.0243902	15847-15849
ORF1ab/nsp12	803	T803del	T5195del	del	ACT	---	8	8	1	15847-15849
ORF1ab/nsp12	803	T803D	T5195D	nonsyn	ACt	GAt	4	3	0.75	15847-15849
ORF1ab/nsp12	803	T803D	T5195D	nonsyn	ACT	GAC	4	1	0.25	15847-15849
ORF1ab/nsp12	803	T803E	T5195E	nonsyn	ACT	GAA	2	2	1	15847-15849
ORF1ab/nsp12	803	T803K	T5195K	nonsyn	aCT	aAA	2	2	1	15847-15849
ORF1ab/nsp12	803	T803Y	T5195Y	nonsyn	ACT	TAC	2	1	0.5	15847-15849
ORF1ab/nsp12	803	T803Y	T5195Y	nonsyn	ACt	TAt	2	1	0.5	15847-15849
ORF1ab/nsp12	803	T803V	T5195V	nonsyn	ACt	GTt	1	1	1	15847-15849
ORF1ab/nsp12	803	T803G	T5195G	nonsyn	ACt	GGt	1	1	1	15847-15849
ORF1ab/nsp12	803	T803H	T5195H	nonsyn	ACt	CAt	1	1	1	15847-15849
ORF1ab/nsp12	803	T803del1	T5195del1	del	acT	ac-	1	1	1	15847-15849

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acC	6941	7175	All	0.001328
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acA	166	7175	All	0.000032
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acG	68	7175	All	0.000013
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	5468	5468	All	0.001046
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acC	5058	5088	AY.4	0.007872
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acG	29	5088	AY.4	0.000045
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acA	1	5088	AY.4	0.000002
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acC	1513	1532	B.1.1.7	0.001354
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acA	14	1532	B.1.1.7	0.000013
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acG	5	1532	B.1.1.7	0.000004
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	1091	1091	AY.4	0.001698
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	1049	1049	AY.25	0.00631
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	699	699	B.1.1.433	0.995726
ORF1ab/nsp12	803	T803N	aCt	aAt	345	347	All	0.000066
ORF1ab/nsp12	803	T803N	aCT	aAC	2	347	All	0
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	339	339	B.1.1.7	0.000303
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	311	311	B.1.1.253	0.779449
ORF1ab/nsp12	803	T803A	Act	Gct	201	204	All	0.000038
ORF1ab/nsp12	803	T803A	AcT	GcA	2	204	All	0
ORF1ab/nsp12	803	T803A	AcT	GcC	1	204	All	0
ORF1ab/nsp12	803	T803N	aCt	aAt	204	204	B.1.36.35	0.53125
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	172	172	AY.103	0.001068
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	166	166	B.1.617.2	0.000625
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	120	120	AY.43	0.000532
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acA	80	103	AY.25	0.000481
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acC	23	103	AY.25	0.000138
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	97	97	AY.36	0.014377
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	94	94	B.1.1.236	0.648276
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acC	87	90	B.1.617.2	0.000328
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acA	2	90	B.1.617.2	0.000008
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acG	1	90	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	83	83	B.1.1	0.001506
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	76	76	B.1.2	0.000669
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	70	70	AY.29.1	0.015436
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	60	60	AY.39	0.001483
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acC	46	59	AY.43	0.000204
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acA	9	59	AY.43	0.00004
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acG	4	59	AY.43	0.000018
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	59	59	B.1.177	0.000777
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	59	59	B.1.480	0.146766
ORF1ab/nsp12	803	T803P	Act	Cct	55	55	All	0.000011
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	50	50	AY.99.2	0.004608
ORF1ab/nsp12	803	T803A	Act	Gct	50	50	B.1.1.7	0.000045
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	48	48	AY.3	0.000477
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	48	48	AY.44	0.000292
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acC	47	48	B.1.177	0.000619
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acA	1	48	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp12	803	T803A	Act	Gct	45	45	B.1.2	0.000396
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	44	44	AY.102	0.001167
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	43	43	B.1	0.000394
ORF1ab/nsp12	803	T803S	Act	Tct	34	41	All	0.000007
ORF1ab/nsp12	803	T803S	aCt	aGt	6	41	All	0.000001
ORF1ab/nsp12	803	T803S	AcT	TcC	1	41	All	0
ORF1ab/nsp12	803	T803A	Act	Gct	41	41	AY.4	0.000064
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acA	23	34	AY.103	0.000143
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acC	9	34	AY.103	0.000056
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acG	2	34	AY.103	0.000012
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	31	31	AY.68	0.008486
ORF1ab/nsp12	803	T803N	aCt	aAt	27	27	B.1.1.7	0.000024
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	26	26	B.1.1.519	0.001032
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	25	25	B.1.526	0.000588
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	24	24	AY.29	0.000379
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	24	24	AY.4.2	0.000521
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acG	17	22	B.1.2	0.00015
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acC	4	22	B.1.2	0.000035
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acA	1	22	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acC	21	22	B.1.526	0.000494
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acA	1	22	B.1.526	0.000024
ORF1ab/nsp12	803	T803P	Act	Cct	20	20	AY.70	0.00417
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	19	19	AY.26	0.000538
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	19	19	B.1.470	0.026685
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	18	18	AY.20	0.0007
ORF1ab/nsp12	803	T803S	Act	Tct	18	18	AY.4	0.000028
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	18	18	B.1.243	0.001253
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	17	17	AY.9.1	0.001423
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acC	16	16	AY.20	0.000622
ORF1ab/nsp12	803	T803N	aCt	aAt	16	16	AY.4	0.000025
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	16	16	AY.74	0.00185
ORF1ab/nsp12	803	T803A	Act	Gct	15	15	AY.43	0.000066
ORF1ab/nsp12	803	T803N	aCt	aAt	14	14	AY.29	0.000221
ORF1ab/nsp12	803	T803N	aCt	aAt	13	13	B.1.617.2	0.000049
ORF1ab/nsp12	803	T803N	aCt	aAt	13	13	Q.3	0.001885
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acC	5	12	AY.44	0.00003
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acA	5	12	AY.44	0.00003
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acG	2	12	AY.44	0.000012
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	12	12	B.1.1.317	0.00494
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	12	12	P.2	0.00224
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	11	11	AY.42	0.000443
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	11	11	AY.47	0.000342
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acC	11	11	B.1.1	0.0002
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	11	11	B.1.1.318	0.003319
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	10	10	B.1.1.222	0.00204
ORF1ab/nsp12	803	T803P	Act	Cct	10	10	B.1.1.7	0.000009
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	9	9	AY.113	0.001282
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acC	9	9	AY.42	0.000362
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	9	9	AY.6	0.00037
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	9	9	B.1.160	0.000281
ORF1ab/nsp12	803	T803A	Act	Gct	9	9	B.1.617.2	0.000034
ORF1ab/nsp12	803	T803del	ACT	---	8	8	All	0.000002
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	8	8	AY.100	0.000368
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	8	8	AY.33	0.000534
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	8	8	AY.57	0.005249
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	8	8	AY.65	0.004264
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acC	6	8	B.1	0.000055
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acA	2	8	B.1	0.000018
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	8	8	B.1.36	0.001167
ORF1ab/nsp12	803	T803N	aCt	aAt	8	8	B.1.526	0.000188
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acC	6	7	AY.102	0.000159
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acA	1	7	AY.102	0.000027
ORF1ab/nsp12	803	T803P	Act	Cct	7	7	AY.113	0.000997
ORF1ab/nsp12	803	T803N	aCt	aAt	7	7	AY.43	0.000031
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	7	7	AY.75	0.000392
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	7	7	B.1.241	0.005682
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acA	7	7	B.1.411	0.025926
ORF1ab/nsp12	803	T803A	Act	Gct	3	6		0.166667
ORF1ab/nsp12	803	T803A	AcT	GcA	2	6		0.111111
ORF1ab/nsp12	803	T803A	AcT	GcC	1	6		0.055556
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	6	6	A.2.5.3	0.061856
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	6	6	AY.121	0.000812
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	6	6	AY.23	0.000418
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acC	5	6	AY.3	0.00005
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acG	1	6	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	6	6	AY.46	0.000624
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	6	6	AY.5	0.000124
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	6	6	AY.98.1	0.000291
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	6	6	B.1.1.33	0.002525
ORF1ab/nsp12	803	T803N	aCt	aAt	6	6	B.1.160	0.000187
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acC	6	6	B.1.177.44	0.003114
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	6	6	B.1.351	0.000178
ORF1ab/nsp12	803	T803S	Act	Tct	6	6	B.1.381	0.046875
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	6	6	P.1	0.000095
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	5	5	A.28	0.013228
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	5	5	AY.1	0.001979
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	5	5	AY.118	0.000313
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	5	5	AY.119	0.000177
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	5	5	AY.32	0.002662
ORF1ab/nsp12	803	T803N	aCt	aAt	5	5	AY.44	0.00003
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	5	5	AY.94	0.002213
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	5	5	B.1.177.82	0.002387
ORF1ab/nsp12	803	T803N	aCt	aAt	3	4		0.166667
ORF1ab/nsp12	803	T803D	ACt	GAt	3	4		0.166667
ORF1ab/nsp12	803	T803D	ACT	GAC	1	4		0.055556
ORF1ab/nsp12	803	T803N	aCT	aAC	1	4		0.055556
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	4	4	AD.2	0.000876
ORF1ab/nsp12	803	T803D	ACt	GAt	3	4	All	0.000001
ORF1ab/nsp12	803	T803D	ACT	GAC	1	4	All	0
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	4	4	AY.120	0.000149
ORF1ab/nsp12	803	T803P	Act	Cct	4	4	AY.4	0.000006
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	4	4	AY.4.4	0.001637
ORF1ab/nsp12	803	T803N	aCt	aAt	4	4	AY.5	0.000083
ORF1ab/nsp12	803	T803P	Act	Cct	4	4	AY.75	0.000224
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	4	4	B	0.000511
ORF1ab/nsp12	803	T803N	aCt	aAt	4	4	B.1	0.000037
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	4	4	B.1.1.214	0.000222
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	4	4	B.1.1.28	0.001245
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acC	4	4	B.1.1.519	0.000159
ORF1ab/nsp12	803	T803S	aCt	aGt	4	4	B.1.1.7	0.000004
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	4	4	B.1.177.9	0.005326
ORF1ab/nsp12	803	T803N	aCt	aAt	4	4	B.1.199	0.016529
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	4	4	B.1.427	0.000202
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	4	4	B.1.596	0.000349
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acG	4	4	B.1.596	0.000349
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	4	4	C.14	0.017316
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acA	2	3		0.111111
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acC	1	3		0.055556
ORF1ab/nsp12	803	T803A	Act	Gct	3	3	AY.103	0.000019
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acC	3	3	AY.118	0.000188
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acC	3	3	AY.121	0.000406
ORF1ab/nsp12	803	T803P	Act	Cct	3	3	AY.25	0.000018
ORF1ab/nsp12	803	T803A	Act	Gct	3	3	AY.26	0.000085
ORF1ab/nsp12	803	T803N	aCt	aAt	3	3	AY.3	0.00003
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	3	3	AY.30	0.001187
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acC	3	3	AY.4.5	0.000322
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	3	3	AY.98	0.000237
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	3	3	B.1.1.159	0.014019
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acC	3	3	B.1.1.464	0.004418
ORF1ab/nsp12	803	T803A	Act	Gct	3	3	B.1.1.519	0.000119
ORF1ab/nsp12	803	T803del	ACT	---	3	3	B.1.1.7	0.000003
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acA	3	3	B.1.210	0.006397
ORF1ab/nsp12	803	T803N	aCt	aAt	2	3	B.1.221	0.000142
ORF1ab/nsp12	803	T803N	aCT	aAC	1	3	B.1.221	0.000071
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acC	3	3	B.1.258	0.0002
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	3	3	B.1.258.17	0.000312
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	3	3	B.1.311	0.000824
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	3	3	B.1.362	0.004622
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	3	3	B.1.396	0.002117
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	3	3	B.1.517	0.001281
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	3	3	B.1.621	0.000266
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acC	3	3	B.1.628	0.001057
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	3	3	D.2	0.000225
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	3	3	R.1	0.00027
ORF1ab/nsp12	803	T803E	ACT	GAA	2	2		0.111111
ORF1ab/nsp12	803	T803K	aCT	aAA	2	2		0.111111
ORF1ab/nsp12	803	T803Y	ACt	TAt	1	2		0.055556
ORF1ab/nsp12	803	T803S	AcT	TcC	1	2		0.055556
ORF1ab/nsp12	803	T803S	Act	Tct	1	2		0.055556
ORF1ab/nsp12	803	T803Y	ACT	TAC	1	2		0.055556
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	2	2	A.2.5	0.000998
ORF1ab/nsp12	803	T803K	aCT	aAA	2	2	All	0
ORF1ab/nsp12	803	T803E	ACT	GAA	2	2	All	0
ORF1ab/nsp12	803	T803Y	ACT	TAC	1	2	All	0
ORF1ab/nsp12	803	T803Y	ACt	TAt	1	2	All	0
ORF1ab/nsp12	803	T803A	Act	Gct	2	2	AY.106	0.00067
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	2	2	AY.109	0.001479
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	2	2	AY.117	0.000169
ORF1ab/nsp12	803	T803A	Act	Gct	2	2	AY.119	0.000071
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acC	2	2	AY.119	0.000071
ORF1ab/nsp12	803	T803N	aCt	aAt	2	2	AY.20	0.000078
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acC	2	2	AY.33	0.000134
ORF1ab/nsp12	803	T803A	Act	Gct	2	2	AY.39	0.000049
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acC	2	2	AY.46	0.000208
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	2	2	AY.46.5	0.000397
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	2	2	AY.46.6	0.000144
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	2	2	AY.54	0.000191
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	2	2	AY.58	0.001815
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acC	2	2	AY.59	0.001059
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acC	2	2	AY.61	0.00021
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	2	2	AY.61	0.00021
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	2	2	AY.7	0.000392
ORF1ab/nsp12	803	T803A	Act	Gct	2	2	AY.70	0.000417
ORF1ab/nsp12	803	T803A	Act	Gct	2	2	AY.75	0.000112
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	2	2	AY.85	0.000854
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	2	2	AY.9.2	0.000073
ORF1ab/nsp12	803	T803A	Act	Gct	2	2	B.1	0.000018
ORF1ab/nsp12	803	T803P	Act	Cct	2	2	B.1.1	0.000036
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.170	0.002494
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.230	0.018349
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.25	0.001137
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acC	2	2	B.1.1.280	0.006173
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.306	0.000877
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acC	2	2	B.1.1.348	0.001592
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.355	0.030769
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.374	0.004751
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.39	0.001019
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.432	0.002532
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.518	0.012658
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.523	0.003125
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.70	0.000682
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	2	2	B.1.160.32	0.008584
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	2	2	B.1.177.60	0.000437
ORF1ab/nsp12	803	T803N	aCt	aAt	2	2	B.1.2	0.000018
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	2	2	B.1.22	0.002635
ORF1ab/nsp12	803	T803A	Act	Gct	2	2	B.1.258.17	0.000208
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acA	2	2	B.1.429	0.000047
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	2	2	B.1.429	0.000047
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	2	2	B.1.436	0.002058
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acC	2	2	B.1.453	0.006472
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	2	2	B.1.466.2	0.000782
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	2	2	B.1.469	0.00722
ORF1ab/nsp12	803	T803S	Act	Tct	2	2	B.1.617.2	0.000008
ORF1ab/nsp12	803	T803S	Act	Tct	2	2	B.40	0.000729
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	2	2	B.6	0.00182
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	2	2	C.36	0.001821
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	2	2	P.1.14	0.000096
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	2	2	P.1.15	0.000465
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	2	2	Q.3	0.00029
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	2	2	Q.8	0.00033
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acC	1	1	A.1	0.000282
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	1	1	A.1	0.000282
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	1	1	A.27	0.001656
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	1	1	AA.8	0.022222
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	1	1	AE.8	0.000489
ORF1ab/nsp12	803	T803V	ACt	GTt	1	1	All	0
ORF1ab/nsp12	803	T803G	ACt	GGt	1	1	All	0
ORF1ab/nsp12	803	T803H	ACt	CAt	1	1	All	0
ORF1ab/nsp12	803	T803del1	acT	ac-	1	1	All	0
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	1	1	AU.1	0.001266
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acA	1	1	AW.1	0.003049
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	1	1	AY.10	0.00053
ORF1ab/nsp12	803	T803S	aCt	aGt	1	1	AY.100	0.000046
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acC	1	1	AY.100	0.000046
ORF1ab/nsp12	803	T803A	Act	Gct	1	1	AY.102	0.000027
ORF1ab/nsp12	803	T803N	aCt	aAt	1	1	AY.102	0.000027
ORF1ab/nsp12	803	T803N	aCt	aAt	1	1	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp12	803	T803del	ACT	---	1	1	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp12	803	T803del1	acT	ac-	1	1	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acA	1	1	AY.105	0.000643
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	1	1	AY.107	0.000466
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	1	1	AY.108	0.001103
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	1	1	AY.116.1	0.000311
ORF1ab/nsp12	803	T803S	aCt	aGt	1	1	AY.119	0.000035
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	1	1	AY.12	0.000316
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acA	1	1	AY.120.1	0.000321
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	1	1	AY.120.2.1	0.000498
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acA	1	1	AY.13	0.000161
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	1	1	AY.13	0.000161
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	1	1	AY.14	0.000088
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	1	1	AY.16.1	0.00047
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	1	1	AY.23.1	0.000417
ORF1ab/nsp12	803	T803N	aCt	aAt	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp12	803	T803A	Act	Gct	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	1	1	AY.27	0.000065
ORF1ab/nsp12	803	T803S	Act	Tct	1	1	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp12	803	T803H	ACt	CAt	1	1	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp12	803	T803A	Act	Gct	1	1	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	1	1	AY.3.1	0.000085
ORF1ab/nsp12	803	T803N	aCt	aAt	1	1	AY.3.1	0.000085
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	1	1	AY.34	0.000097
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acC	1	1	AY.34.1	0.00051
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acC	1	1	AY.35	0.000233
ORF1ab/nsp12	803	T803A	Act	Gct	1	1	AY.37	0.000316
ORF1ab/nsp12	803	T803P	Act	Cct	1	1	AY.39	0.000025
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acC	1	1	AY.39	0.000025
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	1	1	AY.39.1	0.00004
ORF1ab/nsp12	803	T803N	aCt	aAt	1	1	AY.4.2	0.000022
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acC	1	1	AY.4.2	0.000022
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	1	1	AY.4.2.1	0.000149
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acG	1	1	AY.4.2.1	0.000149
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	1	1	AY.4.5	0.000107
ORF1ab/nsp12	803	T803A	Act	Gct	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp12	803	T803S	Act	Tct	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acC	1	1	AY.45	0.000122
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acC	1	1	AY.46.4	0.000165
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acC	1	1	AY.48	0.000465
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acG	1	1	AY.5	0.000021
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	1	1	AY.5.3	0.000337
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acC	1	1	AY.5.3	0.000337
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	1	1	AY.5.4	0.000277
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	1	1	AY.51	0.000909
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	1	1	AY.55	0.000917
ORF1ab/nsp12	803	T803P	Act	Cct	1	1	AY.6	0.000041
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acC	1	1	AY.6	0.000041
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acC	1	1	AY.7.1	0.000113
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acC	1	1	AY.72	0.001361
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	1	1	AY.73	0.000665
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	1	1	AY.75.1	0.00018
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acC	1	1	AY.78	0.001541
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	1	1	AY.84	0.000437
ORF1ab/nsp12	803	T803V	ACt	GTt	1	1	AY.85	0.000427
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acC	1	1	AY.88	0.000884
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	1	1	AY.88	0.000884
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acA	1	1	AY.9.1	0.000084
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	1	1	AY.92	0.000287
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acA	1	1	AY.95	0.000761
ORF1ab/nsp12	803	T803S	Act	Tct	1	1	AY.98	0.000079
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acC	1	1	AY.98	0.000079
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	1	1	AY.99	0.001049
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	1	1	AZ.2	0.000821
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acG	1	1	B	0.000128
ORF1ab/nsp12	803	T803A	Act	Gct	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp12	803	T803del	ACT	---	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp12	803	T803G	ACt	GGt	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp12	803	T803N	aCt	aAt	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp12	803	T803S	Act	Tct	1	1	B.1.1.129	0.009174
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.141	0.002012
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.189	0.001513
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acC	1	1	B.1.1.214	0.000055
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.216	0.00089
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.280	0.003086
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.289	0.002083
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acA	1	1	B.1.1.294	0.001266
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acA	1	1	B.1.1.307	0.002532
ORF1ab/nsp12	803	T803N	aCt	aAt	1	1	B.1.1.311	0.000358
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.315	0.008475
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.37	0.000193
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.372	0.000689
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.428	0.009434
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.50	0.000679
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.63	0.000386
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.8	0.003584
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	1	1	B.1.160.16	0.000929
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	1	1	B.1.169	0.014925
ORF1ab/nsp12	803	T803N	aCt	aAt	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.21	0.000076
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acC	1	1	B.1.177.55	0.002331
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.57	0.000281
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.7	0.000165
ORF1ab/nsp12	803	T803del	ACT	---	1	1	B.1.177.83	0.001481
ORF1ab/nsp12	803	T803A	Act	Gct	1	1	B.1.179	0.003759
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	1	1	B.1.192	0.009259
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	1	1	B.1.210	0.002132
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	1	1	B.1.214.2	0.0006
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acC	1	1	B.1.221	0.000071
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	1	1	B.1.222	0.001692
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	1	1	B.1.239	0.001221
ORF1ab/nsp12	803	T803A	Act	Gct	1	1	B.1.240	0.000216
ORF1ab/nsp12	803	T803A	Act	Gct	1	1	B.1.243	0.00007
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	1	1	B.1.258	0.000067
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acC	1	1	B.1.258.17	0.000104
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acC	1	1	B.1.258.4	0.003448
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acC	1	1	B.1.351	0.00003
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acA	1	1	B.1.36	0.000146
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acA	1	1	B.1.36.29	0.000517
ORF1ab/nsp12	803	T803A	Act	Gct	1	1	B.1.369	0.000285
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	1	1	B.1.369	0.000285
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	1	1	B.1.391	0.001127
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acC	1	1	B.1.409	0.000781
ORF1ab/nsp12	803	T803A	Act	Gct	1	1	B.1.427	0.00005
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acC	1	1	B.1.466.2	0.000391
ORF1ab/nsp12	803	T803P	Act	Cct	1	1	B.1.466.2	0.000391
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	1	1	B.1.499	0.00105
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acC	1	1	B.1.517	0.000427
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	1	1	B.1.521	0.004975
ORF1ab/nsp12	803	T803A	Act	Gct	1	1	B.1.526	0.000024
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	1	1	B.1.543	0.01
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	1	1	B.1.549	0.007194
ORF1ab/nsp12	803	T803S	Act	Tct	1	1	B.1.561	0.000397
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acC	1	1	B.1.570	0.002941
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	1	1	B.1.575.1	0.002439
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acC	1	1	B.1.575.1	0.002439
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	1	1	B.1.617.1	0.000129
ORF1ab/nsp12	803	T803del	ACT	---	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp12	803	T803P	Act	Cct	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	1	1	B.1.622	0.012987
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	1	1	B.1.623	0.000536
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	1	1	B.1.627	0.00202
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	1	1	B.1.637	0.000073
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	1	1	B.39	0.002331
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	1	1	B.4.7	0.010101
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acC	1	1	B.40	0.000364
ORF1ab/nsp12	803	T803A	Act	Gct	1	1	B.46	0.020833
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acC	1	1	C.1.2	0.004255
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	1	1	C.37	0.000116
ORF1ab/nsp12	803	T803A	Act	Gct	1	1	C.37	0.000116
ORF1ab/nsp12	803	T803P	Act	Cct	1	1	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acA	1	1	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	1	1	P.1.10	0.000269
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	1	1	P.1.7	0.000319
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acA	1	1	P.2	0.000187
ORF1ab/nsp12	803	T803A	Act	Gct	1	1	P.4	0.003802
ORF1ab/nsp12	803	T803T	acT	acC	1	1	Q.1	0.000126
ORF1ab/nsp12	803	T803del	ACT	---	1	1	Q.1	0.000126
ORF1ab/nsp12	803	T803I	aCt	aTt	1	1	Q.4	0.000455

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.