CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp12 : CodonNum = 663

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp12663L663LL5055LsynTtgCtg3212250.70093515427-15429
ORF1ab/nsp12663L663LL5055LsynttGttA321960.29906515427-15429
ORF1ab/nsp12663L663FL5055FnonsynttGttT23150.65217415427-15429
ORF1ab/nsp12663L663FL5055FnonsynttGttC2380.34782615427-15429
ORF1ab/nsp12663L663ML5055MnonsynTtgAtg1111115427-15429
ORF1ab/nsp12663L663delL5055deldelTTG---99115427-15429
ORF1ab/nsp12663L663SL5055SnonsyntTgtCg77115427-15429
ORF1ab/nsp12663L663VL5055VnonsynTtgGtg33115427-15429
ORF1ab/nsp12663L663XL5055XnonsyntTgtAg320.66666715427-15429
ORF1ab/nsp12663L663XL5055XnonsyntTGtAA310.33333315427-15429
ORF1ab/nsp12663L663del1L5055del1delttGtt-210.515427-15429
ORF1ab/nsp12663L663del1L5055del1delTtg-tg210.515427-15429
ORF1ab/nsp12663L663WL5055WnonsyntTgtGg11115427-15429

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp12663L663LTtgCtg225321All0.000043
ORF1ab/nsp12663L663LttGttA96321All0.000018
ORF1ab/nsp12663L663LTtgCtg126126B.1.5440.759036
ORF1ab/nsp12663L663LttGttA2848B.1.1.70.000025
ORF1ab/nsp12663L663LTtgCtg2048B.1.1.70.000018
ORF1ab/nsp12663L663LttGttA2328AY.40.000036
ORF1ab/nsp12663L663LTtgCtg528AY.40.000008
ORF1ab/nsp12663L663FttGttT1523All0.000003
ORF1ab/nsp12663L663FttGttC823All0.000002
ORF1ab/nsp12663L663LttGttA1618B.1.20.000141
ORF1ab/nsp12663L663LTtgCtg218B.1.20.000018
ORF1ab/nsp12663L663LTtgCtg1213AY.440.000073
ORF1ab/nsp12663L663LttGttA113AY.440.000006
ORF1ab/nsp12663L663LttGttA1212B.1.1.500.008147
ORF1ab/nsp12663L663LTtgCtg1212B.1.177.810.002272
ORF1ab/nsp12663L663MTtgAtg1111All0.000002
ORF1ab/nsp12663L663LTtgCtg910B.10.000082
ORF1ab/nsp12663L663LttGttA110B.10.000009
ORF1ab/nsp12663L663delTTG---99All0.000002
ORF1ab/nsp12663L663LTtgCtg69B.1.617.20.000023
ORF1ab/nsp12663L663LttGttA39B.1.617.20.000011
ORF1ab/nsp12663L663StTgtCg77All0.000001
ORF1ab/nsp12663L663delTTG---66B.1.1.70.000005
ORF1ab/nsp12663L663MTtgAtg55B.10.000046
ORF1ab/nsp12663L663FttGttC44B.1.1.70.000004
ORF1ab/nsp12663L663LTtgCtg44B.1.1340.021858
ORF1ab/nsp12663L663FttGttT24D.20.00015
ORF1ab/nsp12663L663FttGttC24D.20.00015
ORF1ab/nsp12663L663LTtgCtg44P.1.100.001078
ORF1ab/nsp12663L663VTtgGtg33All0.000001
ORF1ab/nsp12663L663XtTgtAg23All0
ORF1ab/nsp12663L663XtTGtAA13All0
ORF1ab/nsp12663L663LTtgCtg33AY.1090.002219
ORF1ab/nsp12663L663del1Ttg-tg12All0
ORF1ab/nsp12663L663del1ttGtt-12All0
ORF1ab/nsp12663L663LTtgCtg12AY.1030.000006
ORF1ab/nsp12663L663LttGttA12AY.1030.000006
ORF1ab/nsp12663L663LTtgCtg22AY.430.000009
ORF1ab/nsp12663L663LTtgCtg22AY.50.000041
ORF1ab/nsp12663L663FttGttT22B.10.000018
ORF1ab/nsp12663L663FttGttT22B.1.10.000036
ORF1ab/nsp12663L663LttGttA22B.1.10.000036
ORF1ab/nsp12663L663LttGttA22B.1.177.150.001262
ORF1ab/nsp12663L663FttGttT12B.1.20.000009
ORF1ab/nsp12663L663FttGttC12B.1.20.000009
ORF1ab/nsp12663L663LTtgCtg22P.1.70.000639
ORF1ab/nsp12663L663LttGttA11A.10.000282
ORF1ab/nsp12663L663LTtgCtg11A.190.009434
ORF1ab/nsp12663L663LTtgCtg11A.20.000662
ORF1ab/nsp12663L663WtTgtGg11All0
ORF1ab/nsp12663L663LTtgCtg11AY.1190.000035
ORF1ab/nsp12663L663LttGttA11AY.200.000039
ORF1ab/nsp12663L663LTtgCtg11AY.250.000006
ORF1ab/nsp12663L663LTtgCtg11AY.290.000016
ORF1ab/nsp12663L663LTtgCtg11AY.30.00001
ORF1ab/nsp12663L663FttGttT11AY.370.000316
ORF1ab/nsp12663L663LTtgCtg11AY.380.000499
ORF1ab/nsp12663L663VTtgGtg11AY.40.000002
ORF1ab/nsp12663L663FttGttT11AY.40.000002
ORF1ab/nsp12663L663LttGttA11AY.4.20.000022
ORF1ab/nsp12663L663FttGttT11AY.4.30.000842
ORF1ab/nsp12663L663del1ttGtt-11AY.440.000006
ORF1ab/nsp12663L663FttGttT11AY.440.000006
ORF1ab/nsp12663L663FttGttC11AY.46.50.000198
ORF1ab/nsp12663L663StTgtCg11AY.46.60.000072
ORF1ab/nsp12663L663LTtgCtg11AY.520.000814
ORF1ab/nsp12663L663FttGttT11AY.90.000068
ORF1ab/nsp12663L663XtTGtAA11B0.000128
ORF1ab/nsp12663L663delTTG---11B0.000128
ORF1ab/nsp12663L663StTgtCg11B.10.000009
ORF1ab/nsp12663L663VTtgGtg11B.10.000009
ORF1ab/nsp12663L663StTgtCg11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp12663L663MTtgAtg11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp12663L663StTgtCg11B.1.1.1530.001095
ORF1ab/nsp12663L663VTtgGtg11B.1.1.1940.00495
ORF1ab/nsp12663L663MTtgAtg11B.1.1.2650.003155
ORF1ab/nsp12663L663MTtgAtg11B.1.1.3180.000302
ORF1ab/nsp12663L663LttGttA11B.1.1.3490.010309
ORF1ab/nsp12663L663StTgtCg11B.1.1.390.00051
ORF1ab/nsp12663L663FttGttT11B.1.1.4090.002833
ORF1ab/nsp12663L663LTtgCtg11B.1.1.5190.00004
ORF1ab/nsp12663L663del1Ttg-tg11B.1.1.950.019608
ORF1ab/nsp12663L663LttGttA11B.1.1600.000031
ORF1ab/nsp12663L663delTTG---11B.1.160.230.004831
ORF1ab/nsp12663L663LttGttA11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp12663L663LTtgCtg11B.1.177.230.003236
ORF1ab/nsp12663L663StTgtCg11B.1.177.730.000566
ORF1ab/nsp12663L663WtTgtGg11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp12663L663LttGttA11B.1.3050.002151
ORF1ab/nsp12663L663XtTgtAg11B.1.36.350.002604
ORF1ab/nsp12663L663LTtgCtg11B.1.4290.000024
ORF1ab/nsp12663L663LTtgCtg11B.1.5900.004545
ORF1ab/nsp12663L663FttGttT11B.1.5950.000261
ORF1ab/nsp12663L663MTtgAtg11B.1.617.10.000129
ORF1ab/nsp12663L663StTgtCg11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp12663L663XtTgtAg11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp12663L663MTtgAtg11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp12663L663delTTG---11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp12663L663FttGttT11B.200.023256
ORF1ab/nsp12663L663LTtgCtg11C.36.30.000567
ORF1ab/nsp12663L663LTtgCtg11P.10.000016
ORF1ab/nsp12663L663LTtgCtg11P.1.140.000048
ORF1ab/nsp12663L663MTtgAtg11Q.80.000165