CoV-GLUE | Mutations | Mutation
Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):
ORF | CodonNum | Mut | ORF1abMut | MutType | RefCodon | MutCodon | AACount | CodonCount | CodonProp | Genome Position |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | S4999I | nonsyn | aGt | aTt | 1190 | 1190 | 1 | 15259-15261 |
Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):
ORF | CodonNum | Mut | RefCodon | MutCodon | CodonCount | AACount | Lineage | LineageCodonProp |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 1190 | 1190 | All | 0.000228 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 297 | 297 | B.1.1.232 | 0.53902 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 115 | 115 | B.1.1.7 | 0.000103 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 107 | 107 | AY.4 | 0.000167 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 60 | 60 | B.1.1.312 | 0.114723 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 56 | 56 | AY.4.5 | 0.00602 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 53 | 53 | B.1 | 0.000485 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 48 | 48 | AY.25 | 0.000289 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 44 | 44 | AY.44 | 0.000268 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 41 | 41 | B.1.617.2 | 0.000154 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 36 | 36 | AY.3 | 0.000358 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 35 | 35 | AY.43 | 0.000155 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 20 | 20 | B.1.2 | 0.000176 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 15 | 15 | AY.39.1 | 0.000594 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 14 | 14 | AY.29 | 0.000221 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 13 | 13 | AY.110 | 0.001465 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 12 | 12 | AY.102 | 0.000318 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 11 | 11 | AY.42 | 0.000443 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 10 | 10 | B.1.1 | 0.000181 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 10 | 10 | B.1.243 | 0.000696 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 9 | 9 | AY.27 | 0.000582 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 9 | 9 | B.1.1.291 | 0.006682 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 9 | 9 | B.1.526 | 0.000212 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 8 | 8 | AD.2 | 0.001752 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 8 | 8 | B.1.177 | 0.000105 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 8 | 8 | B.1.258 | 0.000532 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 6 | 6 | AY.16 | 0.002278 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 5 | 5 | AU.1 | 0.006329 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 5 | 5 | AY.103 | 0.000031 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 5 | 5 | AY.39 | 0.000124 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 5 | 5 | AY.98 | 0.000395 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 5 | 5 | B.1.1.135 | 0.023474 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 5 | 5 | D.2 | 0.000375 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 4 | 4 | AY.9.2 | 0.000147 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 4 | 4 | P.1.2 | 0.004624 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 3 | 3 | AY.120 | 0.000112 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 3 | 3 | AY.121 | 0.000406 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 3 | 3 | AY.61 | 0.000314 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 3 | 3 | AY.89 | 0.014706 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 3 | 3 | B.1.302 | 0.04 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 3 | 3 | P.1 | 0.000047 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 3 | 3 | R.1 | 0.00027 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 2 | 2 | AY.107 | 0.000932 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 2 | 2 | AY.114 | 0.000462 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 2 | 2 | AY.119 | 0.000071 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 2 | 2 | AY.20 | 0.000078 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 2 | 2 | AY.5 | 0.000041 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 2 | 2 | AY.54 | 0.000191 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 2 | 2 | AY.55 | 0.001835 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 2 | 2 | AY.9 | 0.000135 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 2 | 2 | AY.91 | 0.001461 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 2 | 2 | B.1.1.25 | 0.001137 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 2 | 2 | B.1.1.351 | 0.005587 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 2 | 2 | B.1.258.17 | 0.000208 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 2 | 2 | B.1.36.29 | 0.001035 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 2 | 2 | B.1.427 | 0.000101 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 2 | 2 | B.1.429 | 0.000047 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 1 | 1 | AY.100 | 0.000046 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 1 | 1 | AY.101 | 0.00049 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 1 | 1 | AY.108 | 0.001103 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 1 | 1 | AY.111 | 0.000183 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 1 | 1 | AY.116 | 0.000287 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 1 | 1 | AY.117 | 0.000085 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 1 | 1 | AY.13 | 0.000161 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 1 | 1 | AY.23 | 0.00007 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 1 | 1 | AY.46 | 0.000104 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 1 | 1 | AY.46.6 | 0.000072 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 1 | 1 | AY.62 | 0.000436 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 1 | 1 | AY.68 | 0.000274 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 1 | 1 | AY.71 | 0.000475 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 1 | 1 | AY.73 | 0.000665 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 1 | 1 | AY.9.1 | 0.000084 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 1 | 1 | AY.98.1 | 0.000048 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 1 | 1 | AY.99.2 | 0.000092 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 1 | 1 | B | 0.000128 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 1 | 1 | B.1.1.153 | 0.001095 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 1 | 1 | B.1.1.176 | 0.000439 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 1 | 1 | B.1.1.222 | 0.000204 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 1 | 1 | B.1.1.442 | 0.018519 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 1 | 1 | B.1.1.486 | 0.001577 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 1 | 1 | B.1.1.519 | 0.00004 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 1 | 1 | B.1.1.63 | 0.000386 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 1 | 1 | B.1.160.28 | 0.002924 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 1 | 1 | B.1.177.56 | 0.000668 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 1 | 1 | B.1.206 | 0.000816 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 1 | 1 | B.1.221 | 0.000071 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 1 | 1 | B.1.234 | 0.000132 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 1 | 1 | B.1.258.7 | 0.001912 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 1 | 1 | B.1.279 | 0.000514 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 1 | 1 | B.1.351 | 0.00003 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 1 | 1 | B.1.36.1 | 0.00114 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 1 | 1 | B.1.36.17 | 0.000494 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 1 | 1 | B.1.36.22 | 0.001208 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 1 | 1 | B.1.380 | 0.006623 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 1 | 1 | B.1.404 | 0.001302 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 1 | 1 | B.1.470 | 0.001404 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 1 | 1 | B.1.578 | 0.017857 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 1 | 1 | B.1.596 | 0.000087 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 1 | 1 | B.1.617.1 | 0.000129 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 1 | 1 | B.1.621 | 0.000089 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 1 | 1 | C.36 | 0.000911 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 1 | 1 | N.6 | 0.007092 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 1 | 1 | P.1.17 | 0.000162 |
ORF1ab/nsp12 | 607 | S607I | aGt | aTt | 1 | 1 | Q.2 | 0.000613 |
CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk
|