CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp12 : CodonNum = 595

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp12595Y595YY4987YsyntaTtaC592592115223-15225
ORF1ab/nsp12595Y595XY4987XnonsyntaTtaA1031010.98058315223-15225
ORF1ab/nsp12595Y595XY4987XnonsyntaTtaG10320.019417515223-15225
ORF1ab/nsp12595Y595delY4987deldelTAT---3939115223-15225
ORF1ab/nsp12595Y595CY4987CnonsyntAttGt1616115223-15225
ORF1ab/nsp12595Y595HY4987HnonsynTatCat1313115223-15225
ORF1ab/nsp12595Y595del1Y4987del1delTat-at650.83333315223-15225
ORF1ab/nsp12595Y595del1Y4987del1deltaTta-610.16666715223-15225
ORF1ab/nsp12595Y595FY4987FnonsyntAttTt22115223-15225
ORF1ab/nsp12595Y595NY4987NnonsynTatAat22115223-15225
ORF1ab/nsp12595Y595SY4987SnonsyntAttCt210.515223-15225
ORF1ab/nsp12595Y595SY4987SnonsynTATAGC210.515223-15225
ORF1ab/nsp12595Y595DY4987DnonsynTaTGaC11115223-15225

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp12595Y595YtaTtaC592592All0.000113
ORF1ab/nsp12595Y595YtaTtaC306306AY.250.001841
ORF1ab/nsp12595Y595XtaTtaA101103All0.000019
ORF1ab/nsp12595Y595XtaTtaG2103All0
ORF1ab/nsp12595Y595XtaTtaA6263B.1.1.70.000056
ORF1ab/nsp12595Y595XtaTtaG163B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp12595Y595YtaTtaC4747AY.40.000073
ORF1ab/nsp12595Y595delTAT---3939All0.000007
ORF1ab/nsp12595Y595YtaTtaC3838AY.1020.001008
ORF1ab/nsp12595Y595YtaTtaC2626B.1.1.70.000023
ORF1ab/nsp12595Y595delTAT---2020B.1.1.70.000018
ORF1ab/nsp12595Y595YtaTtaC1919B.1.617.20.000072
ORF1ab/nsp12595Y595YtaTtaC1818B.1.9.30.692308
ORF1ab/nsp12595Y595CtAttGt1616All0.000003
ORF1ab/nsp12595Y595YtaTtaC1414AY.390.000346
ORF1ab/nsp12595Y595YtaTtaC1414B.1.177.210.001071
ORF1ab/nsp12595Y595HTatCat1313All0.000002
ORF1ab/nsp12595Y595YtaTtaC1313AY.440.000079
ORF1ab/nsp12595Y595YtaTtaC1010AY.50.000206
ORF1ab/nsp12595Y595YtaTtaC99B.10.000082
ORF1ab/nsp12595Y595YtaTtaC77AY.230.000488
ORF1ab/nsp12595Y595del1Tat-at56All0.000001
ORF1ab/nsp12595Y595del1taTta-16All0
ORF1ab/nsp12595Y595YtaTtaC66AY.1030.000037
ORF1ab/nsp12595Y595XtaTtaA66AY.430.000027
ORF1ab/nsp12595Y595YtaTtaC66AY.430.000027
ORF1ab/nsp12595Y595YtaTtaC66B.1.20.000053
ORF1ab/nsp12595Y595YtaTtaC55B.1.1.5190.000199
ORF1ab/nsp12595Y595HTatCat44AY.40.000006
ORF1ab/nsp12595Y595YtaTtaC44C.370.000464
ORF1ab/nsp12595Y595YtaTtaC33AY.200.000117
ORF1ab/nsp12595Y595delTAT---33AY.40.000005
ORF1ab/nsp12595Y595XtaTtaA33AY.40.000005
ORF1ab/nsp12595Y595XtaTtaA33B.10.000027
ORF1ab/nsp12595Y595delTAT---33B.1.1770.00004
ORF1ab/nsp12595Y595YtaTtaC33B.1.2430.000209
ORF1ab/nsp12595Y595YtaTtaC33B.1.5440.018072
ORF1ab/nsp12595Y595CtAttGt33B.1.617.20.000011
ORF1ab/nsp12595Y595NTatAat22All0
ORF1ab/nsp12595Y595FtAttTt22All0
ORF1ab/nsp12595Y595StAttCt12All0
ORF1ab/nsp12595Y595STATAGC12All0
ORF1ab/nsp12595Y595YtaTtaC22AY.1170.000169
ORF1ab/nsp12595Y595YtaTtaC22AY.1180.000125
ORF1ab/nsp12595Y595YtaTtaC22AY.260.000057
ORF1ab/nsp12595Y595XtaTtaA22AY.390.000049
ORF1ab/nsp12595Y595XtaTtaA22AY.420.00008
ORF1ab/nsp12595Y595YtaTtaC22AY.46.40.000329
ORF1ab/nsp12595Y595XtaTtaA22AY.46.60.000144
ORF1ab/nsp12595Y595YtaTtaC22AY.470.000062
ORF1ab/nsp12595Y595YtaTtaC22AY.9.20.000073
ORF1ab/nsp12595Y595YtaTtaC22AY.980.000158
ORF1ab/nsp12595Y595XtaTtaA22B.1.1.1210.004854
ORF1ab/nsp12595Y595del1Tat-at22B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp12595Y595CtAttGt22B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp12595Y595XtaTtaA22B.1.1170.025
ORF1ab/nsp12595Y595YtaTtaC22B.1.2340.000264
ORF1ab/nsp12595Y595CtAttGt22B.1.4290.000047
ORF1ab/nsp12595Y595XtaTtaA22B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp12595Y595CtAttGt22D.20.00015
ORF1ab/nsp12595Y595delTAT---11AD.20.000219
ORF1ab/nsp12595Y595YtaTtaC11AE.80.000489
ORF1ab/nsp12595Y595DTaTGaC11All0
ORF1ab/nsp12595Y595YtaTtaC11AY.1000.000046
ORF1ab/nsp12595Y595XtaTtaA11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp12595Y595YtaTtaC11AY.1200.000037
ORF1ab/nsp12595Y595YtaTtaC11AY.120.10.000321
ORF1ab/nsp12595Y595STATAGC11AY.120.10.000321
ORF1ab/nsp12595Y595YtaTtaC11AY.1210.000135
ORF1ab/nsp12595Y595NTatAat11AY.240.000431
ORF1ab/nsp12595Y595CtAttGt11AY.250.000006
ORF1ab/nsp12595Y595XtaTtaA11AY.250.000006
ORF1ab/nsp12595Y595YtaTtaC11AY.290.000016
ORF1ab/nsp12595Y595delTAT---11AY.330.000067
ORF1ab/nsp12595Y595YtaTtaC11AY.360.000148
ORF1ab/nsp12595Y595YtaTtaC11AY.39.10.00004
ORF1ab/nsp12595Y595CtAttGt11AY.40.000002
ORF1ab/nsp12595Y595delTAT---11AY.4.50.000107
ORF1ab/nsp12595Y595XtaTtaA11AY.410.000294
ORF1ab/nsp12595Y595HTatCat11AY.420.00004
ORF1ab/nsp12595Y595delTAT---11AY.430.000004
ORF1ab/nsp12595Y595HTatCat11AY.430.000004
ORF1ab/nsp12595Y595HTatCat11AY.440.000006
ORF1ab/nsp12595Y595CtAttGt11AY.440.000006
ORF1ab/nsp12595Y595XtaTtaA11AY.450.000122
ORF1ab/nsp12595Y595YtaTtaC11AY.460.000104
ORF1ab/nsp12595Y595XtaTtaA11AY.46.40.000165
ORF1ab/nsp12595Y595CtAttGt11AY.470.000031
ORF1ab/nsp12595Y595delTAT---11AY.520.000814
ORF1ab/nsp12595Y595XtaTtaA11AY.7.20.000559
ORF1ab/nsp12595Y595YtaTtaC11AY.75.10.00018
ORF1ab/nsp12595Y595XtaTtaA11AY.98.10.000048
ORF1ab/nsp12595Y595delTAT---11AY.99.10.001553
ORF1ab/nsp12595Y595CtAttGt11AY.99.20.000092
ORF1ab/nsp12595Y595NTatAat11B.10.000009
ORF1ab/nsp12595Y595del1Tat-at11B.10.000009
ORF1ab/nsp12595Y595HTatCat11B.10.000009
ORF1ab/nsp12595Y595XtaTtaA11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp12595Y595HTatCat11B.1.1.1010.01
ORF1ab/nsp12595Y595XtaTtaA11B.1.1.1150.008929
ORF1ab/nsp12595Y595FtAttTt11B.1.1.1380.006061
ORF1ab/nsp12595Y595YtaTtaC11B.1.1.2160.00089
ORF1ab/nsp12595Y595YtaTtaC11B.1.1.2880.001916
ORF1ab/nsp12595Y595XtaTtaA11B.1.1.3690.000446
ORF1ab/nsp12595Y595FtAttTt11B.1.1.40.002976
ORF1ab/nsp12595Y595YtaTtaC11B.1.1.4480.002033
ORF1ab/nsp12595Y595HTatCat11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp12595Y595delTAT---11B.1.1.700.000341
ORF1ab/nsp12595Y595del1taTta-11B.1.1400.018868
ORF1ab/nsp12595Y595delTAT---11B.1.1600.000031
ORF1ab/nsp12595Y595delTAT---11B.1.160.230.004831
ORF1ab/nsp12595Y595XtaTtaG11B.1.1650.011905
ORF1ab/nsp12595Y595delTAT---11B.1.177.160.000664
ORF1ab/nsp12595Y595delTAT---11B.1.177.540.000606
ORF1ab/nsp12595Y595YtaTtaC11B.1.177.570.000281
ORF1ab/nsp12595Y595delTAT---11B.1.177.810.000189
ORF1ab/nsp12595Y595DTaTGaC11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp12595Y595CtAttGt11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp12595Y595XtaTtaA11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp12595Y595YtaTtaC11B.1.3290.000608
ORF1ab/nsp12595Y595HTatCat11B.1.3360.002439
ORF1ab/nsp12595Y595XtaTtaA11B.1.3500.002933
ORF1ab/nsp12595Y595YtaTtaC11B.1.3510.00003
ORF1ab/nsp12595Y595XtaTtaA11B.1.3980.002976
ORF1ab/nsp12595Y595YtaTtaC11B.1.4290.000024
ORF1ab/nsp12595Y595StAttCt11B.1.4620.007246
ORF1ab/nsp12595Y595CtAttGt11B.1.4970.000315
ORF1ab/nsp12595Y595XtaTtaA11B.1.5760.000907
ORF1ab/nsp12595Y595del1Tat-at11B.1.5960.000087
ORF1ab/nsp12595Y595HTatCat11B.1.5960.000087
ORF1ab/nsp12595Y595YtaTtaC11B.1.5970.00463
ORF1ab/nsp12595Y595del1Tat-at11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp12595Y595HTatCat11D.30.005917
ORF1ab/nsp12595Y595YtaTtaC11P.10.000016
ORF1ab/nsp12595Y595XtaTtaA11P.10.000016
ORF1ab/nsp12595Y595delTAT---11U.30.003861