CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp12 : CodonNum = 399

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp12399A399TA4791TnonsynGctAct4714700.99787714635-14637
ORF1ab/nsp12399A399TA4791TnonsynGcTAcA47110.0021231414635-14637
ORF1ab/nsp12399A399AA4791AsyngcTgcA4402700.61363614635-14637
ORF1ab/nsp12399A399AA4791AsyngcTgcC4401390.31590914635-14637
ORF1ab/nsp12399A399AA4791AsyngcTgcG440310.070454514635-14637
ORF1ab/nsp12399A399VA4791VnonsyngCtgTt6161114635-14637
ORF1ab/nsp12399A399delA4791deldelGCT---4040114635-14637
ORF1ab/nsp12399A399SA4791SnonsynGctTct3232114635-14637
ORF1ab/nsp12399A399DA4791DnonsyngCtgAt33114635-14637
ORF1ab/nsp12399A399del2A4791del2delGCt--t11114635-14637
ORF1ab/nsp12399A399PA4791PnonsynGctCct11114635-14637
ORF1ab/nsp12399A399EA4791EnonsyngCTgAG11114635-14637

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp12399A399TGctAct470471All0.00009
ORF1ab/nsp12399A399TGcTAcA1471All0
ORF1ab/nsp12399A399AgcTgcA270440All0.000052
ORF1ab/nsp12399A399AgcTgcC139440All0.000027
ORF1ab/nsp12399A399AgcTgcG31440All0.000006
ORF1ab/nsp12399A399TGctAct212212B.1.1.70.00019
ORF1ab/nsp12399A399AgcTgcA156156B.1.160.121
ORF1ab/nsp12399A399TGctAct131131AY.440.000797
ORF1ab/nsp12399A399VgCtgTt6161All0.000012
ORF1ab/nsp12399A399AgcTgcA1842B.1.1.70.000016
ORF1ab/nsp12399A399AgcTgcC1742B.1.1.70.000015
ORF1ab/nsp12399A399AgcTgcG742B.1.1.70.000006
ORF1ab/nsp12399A399delGCT---4040All0.000008
ORF1ab/nsp12399A399VgCtgTt3535B.561
ORF1ab/nsp12399A399SGctTct3232All0.000006
ORF1ab/nsp12399A399AgcTgcC1828B.1.617.20.000068
ORF1ab/nsp12399A399AgcTgcG828B.1.617.20.00003
ORF1ab/nsp12399A399AgcTgcA228B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp12399A399AgcTgcC2627AY.430.000115
ORF1ab/nsp12399A399AgcTgcA127AY.430.000004
ORF1ab/nsp12399A399AgcTgcA2727B.1.1600.000842
ORF1ab/nsp12399A399TGctAct2525AY.40.000039
ORF1ab/nsp12399A399delGCT---1919B.1.1.70.000017
ORF1ab/nsp12399A399AgcTgcC1218AY.40.000019
ORF1ab/nsp12399A399AgcTgcA518AY.40.000008
ORF1ab/nsp12399A399AgcTgcG118AY.40.000002
ORF1ab/nsp12399A399TGctAct1717B.1.1.5190.000675
ORF1ab/nsp12399A399TGctAct1112B.1.1770.000145
ORF1ab/nsp12399A399TGcTAcA112B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp12399A399AgcTgcC1212B.1.177.350.008293
ORF1ab/nsp12399A399AgcTgcC48AY.1020.000106
ORF1ab/nsp12399A399AgcTgcA38AY.1020.00008
ORF1ab/nsp12399A399AgcTgcG18AY.1020.000027
ORF1ab/nsp12399A399AgcTgcA88B.1.1.3540.035088
ORF1ab/nsp12399A399TGctAct88B.1.617.20.00003
ORF1ab/nsp12399A399AgcTgcC47AY.440.000024
ORF1ab/nsp12399A399AgcTgcA37AY.440.000018
ORF1ab/nsp12399A399AgcTgcC77AY.50.000145
ORF1ab/nsp12399A399AgcTgcA57B.10.000046
ORF1ab/nsp12399A399AgcTgcC17B.10.000009
ORF1ab/nsp12399A399AgcTgcG17B.10.000009
ORF1ab/nsp12399A399AgcTgcC77B.1.177.420.006261
ORF1ab/nsp12399A399AgcTgcA36B.1.20.000026
ORF1ab/nsp12399A399AgcTgcC26B.1.20.000018
ORF1ab/nsp12399A399AgcTgcG16B.1.20.000009
ORF1ab/nsp12399A399AgcTgcA45AY.1030.000025
ORF1ab/nsp12399A399AgcTgcC15AY.1030.000006
ORF1ab/nsp12399A399AgcTgcG55AY.200.000194
ORF1ab/nsp12399A399AgcTgcC55AY.46.60.000361
ORF1ab/nsp12399A399TGctAct55B.1.36.330.037879
ORF1ab/nsp12399A399TGctAct55Q.80.000825
ORF1ab/nsp12399A399TGctAct44AY.1020.000106
ORF1ab/nsp12399A399TGctAct44AY.390.000099
ORF1ab/nsp12399A399AgcTgcA44AY.39.10.000158
ORF1ab/nsp12399A399AgcTgcG44AY.750.000224
ORF1ab/nsp12399A399VgCtgTt44AY.980.000316
ORF1ab/nsp12399A399AgcTgcA44B.1.1770.000053
ORF1ab/nsp12399A399TGctAct44B.1.3460.005242
ORF1ab/nsp12399A399AgcTgcA44B.1.4270.000202
ORF1ab/nsp12399A399SGctTct44B.1.4290.000094
ORF1ab/nsp12399A399VgCtgTt44B.1.617.20.000015
ORF1ab/nsp12399A399SGctTct44B.1.617.20.000015
ORF1ab/nsp12399A399DgCtgAt33All0.000001
ORF1ab/nsp12399A399TGctAct33AY.1030.000019
ORF1ab/nsp12399A399TGctAct33AY.250.000018
ORF1ab/nsp12399A399AgcTgcA23AY.250.000012
ORF1ab/nsp12399A399AgcTgcC13AY.250.000006
ORF1ab/nsp12399A399AgcTgcC23AY.290.000032
ORF1ab/nsp12399A399AgcTgcA13AY.290.000016
ORF1ab/nsp12399A399SGctTct33AY.40.000005
ORF1ab/nsp12399A399TGctAct33B.10.000027
ORF1ab/nsp12399A399TGctAct33B.1.10.000054
ORF1ab/nsp12399A399SGctTct33B.1.1.3170.001235
ORF1ab/nsp12399A399AgcTgcC23B.1.5260.000047
ORF1ab/nsp12399A399AgcTgcA13B.1.5260.000024
ORF1ab/nsp12399A399AgcTgcC33B.400.001093
ORF1ab/nsp12399A399TGctAct33P.1.140.000143
ORF1ab/nsp12399A399AgcTgcC22AY.280.003781
ORF1ab/nsp12399A399AgcTgcG12AY.30.00001
ORF1ab/nsp12399A399AgcTgcA12AY.30.00001
ORF1ab/nsp12399A399TGctAct22AY.340.000194
ORF1ab/nsp12399A399VgCtgTt22AY.40.000003
ORF1ab/nsp12399A399VgCtgTt22AY.430.000009
ORF1ab/nsp12399A399SGctTct22AY.440.000012
ORF1ab/nsp12399A399SGctTct22B.10.000018
ORF1ab/nsp12399A399VgCtgTt22B.10.000018
ORF1ab/nsp12399A399SGctTct22B.1.10.000036
ORF1ab/nsp12399A399AgcTgcA22B.1.1.370.000386
ORF1ab/nsp12399A399VgCtgTt22B.1.1.5190.000079
ORF1ab/nsp12399A399SGctTct22B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp12399A399TGctAct22B.1.2580.000133
ORF1ab/nsp12399A399TGctAct22B.1.351.30.001753
ORF1ab/nsp12399A399delGCT---22B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp12399A399TGctAct22P.10.000032
ORF1ab/nsp12399A399AgcTgcA11A.23.10.000704
ORF1ab/nsp12399A399del2GCt--t11All0
ORF1ab/nsp12399A399PGctCct11All0
ORF1ab/nsp12399A399EgCTgAG11All0
ORF1ab/nsp12399A399delGCT---11AY.1000.000046
ORF1ab/nsp12399A399VgCtgTt11AY.1020.000027
ORF1ab/nsp12399A399TGctAct11AY.1080.001103
ORF1ab/nsp12399A399AgcTgcG11AY.1090.00074
ORF1ab/nsp12399A399delGCT---11AY.1110.000183
ORF1ab/nsp12399A399AgcTgcA11AY.1150.005208
ORF1ab/nsp12399A399TGctAct11AY.1160.000287
ORF1ab/nsp12399A399AgcTgcA11AY.1160.000287
ORF1ab/nsp12399A399AgcTgcA11AY.1170.000085
ORF1ab/nsp12399A399TGctAct11AY.1190.000035
ORF1ab/nsp12399A399AgcTgcC11AY.1190.000035
ORF1ab/nsp12399A399PGctCct11AY.140.000088
ORF1ab/nsp12399A399AgcTgcG11AY.230.00007
ORF1ab/nsp12399A399TGctAct11AY.230.00007
ORF1ab/nsp12399A399delGCT---11AY.250.000006
ORF1ab/nsp12399A399AgcTgcC11AY.260.000028
ORF1ab/nsp12399A399SGctTct11AY.260.000028
ORF1ab/nsp12399A399TGctAct11AY.260.000028
ORF1ab/nsp12399A399AgcTgcA11AY.270.000065
ORF1ab/nsp12399A399TGctAct11AY.290.000016
ORF1ab/nsp12399A399VgCtgTt11AY.30.00001
ORF1ab/nsp12399A399SGctTct11AY.30.00001
ORF1ab/nsp12399A399AgcTgcC11AY.390.000025
ORF1ab/nsp12399A399delGCT---11AY.40.000002
ORF1ab/nsp12399A399TGctAct11AY.4.20.000022
ORF1ab/nsp12399A399AgcTgcC11AY.4.2.10.000149
ORF1ab/nsp12399A399delGCT---11AY.4.50.000107
ORF1ab/nsp12399A399del2GCt--t11AY.440.000006
ORF1ab/nsp12399A399AgcTgcC11AY.450.000122
ORF1ab/nsp12399A399delGCT---11AY.46.20.000635
ORF1ab/nsp12399A399DgCtgAt11AY.50.000021
ORF1ab/nsp12399A399delGCT---11AY.680.000274
ORF1ab/nsp12399A399AgcTgcC11AY.690.000187
ORF1ab/nsp12399A399TGctAct11AY.750.000056
ORF1ab/nsp12399A399AgcTgcC11AY.770.001127
ORF1ab/nsp12399A399VgCtgTt11AY.840.000437
ORF1ab/nsp12399A399delGCT---11AY.90.000068
ORF1ab/nsp12399A399SGctTct11AY.9.10.000084
ORF1ab/nsp12399A399TGctAct11AY.9.20.000037
ORF1ab/nsp12399A399delGCT---11AY.9.20.000037
ORF1ab/nsp12399A399SGctTct11AY.99.10.001553
ORF1ab/nsp12399A399delGCT---11AY.99.10.001553
ORF1ab/nsp12399A399SGctTct11B0.000128
ORF1ab/nsp12399A399VgCtgTt11B0.000128
ORF1ab/nsp12399A399delGCT---11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp12399A399AgcTgcA11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp12399A399VgCtgTt11B.1.1.280.000311
ORF1ab/nsp12399A399delGCT---11B.1.1.3060.000438
ORF1ab/nsp12399A399AgcTgcC11B.1.1.330.000421
ORF1ab/nsp12399A399VgCtgTt11B.1.1.3480.000796
ORF1ab/nsp12399A399AgcTgcC11B.1.1.4160.000905
ORF1ab/nsp12399A399AgcTgcA11B.1.1.4490.022727
ORF1ab/nsp12399A399delGCT---11B.1.1.460.004367
ORF1ab/nsp12399A399AgcTgcA11B.1.1.5190.00004
ORF1ab/nsp12399A399TGctAct11B.1.1.5260.003546
ORF1ab/nsp12399A399DgCtgAt11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp12399A399delGCT---11B.1.1600.000031
ORF1ab/nsp12399A399AgcTgcA11B.1.160.260.002421
ORF1ab/nsp12399A399VgCtgTt11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp12399A399VgCtgTt11B.1.177.120.000152
ORF1ab/nsp12399A399delGCT---11B.1.177.160.000664
ORF1ab/nsp12399A399AgcTgcA11B.1.177.440.000519
ORF1ab/nsp12399A399delGCT---11B.1.177.540.000606
ORF1ab/nsp12399A399AgcTgcC11B.1.177.560.000668
ORF1ab/nsp12399A399SGctTct11B.1.177.870.000728
ORF1ab/nsp12399A399VgCtgTt11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp12399A399TGctAct11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp12399A399TGctAct11B.1.2060.000816
ORF1ab/nsp12399A399TGctAct11B.1.220.001318
ORF1ab/nsp12399A399AgcTgcA11B.1.2210.000071
ORF1ab/nsp12399A399VgCtgTt11B.1.2210.000071
ORF1ab/nsp12399A399delGCT---11B.1.2210.000071
ORF1ab/nsp12399A399delGCT---11B.1.2580.000067
ORF1ab/nsp12399A399TGctAct11B.1.258.170.000104
ORF1ab/nsp12399A399AgcTgcA11B.1.258.170.000104
ORF1ab/nsp12399A399TGctAct11B.1.3020.013333
ORF1ab/nsp12399A399AgcTgcA11B.1.3510.00003
ORF1ab/nsp12399A399TGctAct11B.1.351.20.000303
ORF1ab/nsp12399A399AgcTgcC11B.1.360.000146
ORF1ab/nsp12399A399TGctAct11B.1.360.000146
ORF1ab/nsp12399A399SGctTct11B.1.36.90.003215
ORF1ab/nsp12399A399AgcTgcA11B.1.4290.000024
ORF1ab/nsp12399A399TGctAct11B.1.4290.000024
ORF1ab/nsp12399A399TGctAct11B.1.466.20.000391
ORF1ab/nsp12399A399AgcTgcC11B.1.5090.000866
ORF1ab/nsp12399A399delGCT---11B.1.5610.000397
ORF1ab/nsp12399A399SGctTct11B.1.5640.000426
ORF1ab/nsp12399A399AgcTgcC11B.1.5950.000261
ORF1ab/nsp12399A399SGctTct11B.1.5960.000087
ORF1ab/nsp12399A399TGctAct11B.1.5990.00365
ORF1ab/nsp12399A399DgCtgAt11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp12399A399EgCTgAG11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp12399A399AgcTgcA11D.20.000075
ORF1ab/nsp12399A399SGctTct11N.50.001767
ORF1ab/nsp12399A399AgcTgcA11P.1.170.000162
ORF1ab/nsp12399A399TGctAct11Q.10.000126